【第一百三十一期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-06-16

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前言 AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年6月14日【图注意网络】J. Chem. Theory Comput. | 推进力场参数化：一种有向图注意网络方法2024年6月13日【药物发现】ACS Omega | 选定抗生素的药物再利用：癌症药物发现的一种新兴方法2024年6月13日【酶抑制剂】J. Med. Chem. | 含有芳基羧酸片段的1,2,4-恶二唑衍生物作为沙贝病毒木瓜蛋白酶样抑制剂的设计、合成和生物学评价2024年6月13日【化学空间】J. Chem. Inf. Model. | 隐式化学空间中的进化多目标分子优化2024年6月12日【强化学习】J. Med. Chem. | 基于强化学习模型的综合可行导联分子从头设计：人工智能辅助发现靶向CXCR4的抗IBD导联2024年6月12日【SARS-CoV-2】ACS Chem. Biol. | SARS-CoV-2 Mpro的高分辨率底物特异性分析与SARS-CoV Mpro的比较具体信息，请滑动下方文字 1.【图注意网络】力场(FFs)是一种成熟的模拟大型复杂分子系统的工具。然而，参数化FFs是一项具有挑战性且耗时的任务，它依赖于经验启发法、实验数据和计算数据。最近的努力旨在使用预先存在的数据库和动态从头算数据自动分配FF参数。在这项研究中，我们提出了一个基于图的力场(GB-FFs)模型，直接从化学环境中推导出广义琥珀力场(GAFF)的参数，并研究了功能形式的影响。我们的端到端参数化方法通过聚集定向分子图中的基本信息来预测参数，消除了对专家定义程序的需要，并提高了GAFF在更广泛的分子复合物中的准确性和可移植性。仿真结果与原GAFF参数化进行了比较。实际上，我们的研究结果表明，该模型的可转移性得到了改善，表明其在模拟分子间和扭转相互作用方面的准确性得到了提高，同时溶剂化自由能也得到了改善。本文提出的优化方法完全适用于其他非极化ff和极化ff。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jctc.3c01421 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jctc.3c01421 2.【药物发现】药物再利用是一种研究先前批准的药物的新治疗应用的方法。这种对“旧”药物进行再利用的方法现在非常有效，易于安排，具有成本效益，并且在治疗包括癌症在内的各种疾病方面几乎没有失败的风险。药物再利用是目前癌症治疗的一个重要研究课题。这是一种探索现有药物的最新治疗应用的方法。从理论上讲，与创造新分子实体的公认挑战相比，重新利用策略具有各种优势，包括更快、更安全、更容易、更便宜。在现实世界中，一些药物已经被重新利用，包括阿司匹林、二甲双胍和氯喹。然而，医生和科学家在重新利用药物时面临着许多挑战，比如大多数药物不具有成本效益，而且对细菌有抗药性。因此，这篇综述的目的是收集有关重新利用药物的信息，使其更具成本效益，使细菌更难抵抗。癌症患者更容易受到细菌感染。由于他们的免疫系统较弱，抗生素有助于保护他们免受各种传染病的侵害。虽然抗生素不是免疫增强剂，但它们确实通过杀死细菌和减缓癌细胞的生长而有益于防御系统。它们的使用也增加了治疗效果，并有助于避免复发。近年来，由于真核生物的原核基因组和线粒体DNA之间的进化关系，抗生素已被重新用作有效的抗癌药物。抗癌抗生素通过干扰癌细胞的DNA和阻断启动子的生长来阻止癌细胞的生长，包括蒽环类药物、柔红霉素、表柔红霉素、米托蒽醌、阿霉素和伊达柔红霉素，这是另一种经fda批准用于治疗癌症的抗生素。根据内共生假说，原核生物和真核生物被认为具有进化关系。因此，在这项研究中，我们正试图探索治疗疾病(包括癌症)所必需的抗生素，帮助人们减少与各种感染相关的死亡，并大幅延长人们的预期寿命和生活质量。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsomega.4c00617 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsomega.4c00617 3.【酶抑制剂】木瓜蛋白酶(PLpro)因其在SARS-CoV-2生命周期中的关键作用而成为一个有希望的治疗靶点。基于SARS-CoV-2 PLpro-GRL0617配合物结构，通过成环策略设计合成了一系列1,2,4-恶二唑衍生物。系统构效关系研究表明，在GRL0617中引入恶二唑和芳基羧酸基团增强了GRL0617对PLpro的酶抑制活性、亲和力和去泛素化能力。1,2,4- oxadiazole化合物13f和26r具有PLpro抑制活性(IC50分别为1.8和1.0 μM)和抗病毒活性(EC50分别为5.4和4.3 μM)，在小鼠体内具有良好的代谢稳定性(t1/2 > 93.2 min)和较高的血浆暴露量(AUC0-t分别为17,380.08和24,289.76 ng·h/mL)。特别是化合物26r具有39.1%的中等口服生物利用度和较强的抗病毒活性，值得进一步的体内研究。我们的发现为发现靶向PLpro的抗病毒药物提供了新的见解。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c00534 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c00534 4.【化学空间】优化技术在推进药物开发中发挥着关键作用，作为许多生成方法的基础，可以有效地设计从现有先导化合物衍生的优化分子。然而，现有的方法在生成同时优化多种药物性质的多样化、新颖和高性质的分子时经常遇到困难。为了克服这个瓶颈，我们提出了一个多目标分子优化框架(MOMO)。MOMO在分子序列水平上采用了一种特别设计的基于帕累托的多属性评估策略来指导隐式化学空间中的进化搜索。通过对MOMO与五种最先进的方法在两个基准多性质分子优化任务中的比较分析表明，MOMO在多样性、新颖性和优化性质方面明显优于它们。MOMO在药物发现中的实际适用性也在现实世界发现问题中的四个具有挑战性的任务中得到了验证。这些结果表明，MOMO可以为解决具有多种性质的分子优化问题提供一个有用的工具。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.4c00031 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.4c00031 5.【强化学习】人工智能(AI)从头分子生成为药物发现提供了新结构的线索。然而，所生成分子的靶亲和力和可合成性对人工智能技术的成功应用提出了关键挑战。因此，我们开发了一种先进的强化学习模型，以弥合从头分子生成理论与药物发现实际方面之间的差距。该模型以化学反应模板和市售积木为起点，采用正向反应预测生成分子，同时进行实时对接和药物相似度预测，确保可合成性和药物相似度。我们应用该模型设计了靶向炎症相关受体CXCR4的活性分子，并根据ai提出的合成路线成功制备了活性分子。在随后的体外和体内实验中，一些分子表现出有效的抗cxcr4和抗炎活性。表现最好的化合物XVI缓解了炎症性肠病的相关症状，并表现出合理的药代动力学特性。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c00184 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c00184 6.【SARS-CoV-2】来自COVID-19的SARS-CoV-2 Mpro蛋白酶在病毒成熟过程中在11个位点切割pp1a和pp2b多蛋白，是Nirmatrelvir的靶标，Nirmatrelvir是一线治疗药物Paxlovid的两种成分之一。我们利用YESS 2.0平台，结合蛋白酶和底物在酵母内质网中的表达、荧光活化细胞分选和下一代测序，对SARS-CoV-2 Mpro以及SARS 2003中相关的SARS- CoV Mpro进行了高分辨率底物特异性分析。即使在如此高的分辨率下，这两种酶的底物特异性特征基本上是相同的。在我们的分类中分离的裂解底物的种群是如此之深，以至于对SARS-CoV-2多蛋白pp1a和pp2b上不同裂解位点的相对催化效率进行了定性预测。这些结果不仅证明了YESS 2.0/NGS方法在蛋白酶底物特异性分析方面的精确性和可重复性，而且应该有助于设计下一代SARS-CoV-2 Mpro抑制剂，以及类似的SARS-CoV Mpro抑制剂。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acschembio.4c00096 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acschembio.4c00096 上下滚动查看更多药企动态2024年6月14日【信诺维】信诺维创新ADC获FDA快速通道资格，治疗胃癌2024年6月13日【晶泰科技】晶泰科技在港交所主板挂牌上市，AI+机器人打造18C第一股2024年6月13日【BMS】BMS新一代ROS1/NTRK抑制剂获FDA批准新适应症2024年6月13日【艾伯维】17.1亿美元！明济生物与艾伯维达成授权协议2024年6月12日【君实生物】全球首个达预设PFS和OS双主要终点阳性！君实 PD-1单抗第9项适应症获批！2024年6月12日【诺华】诺华「卡马替尼」在华获批上市各动态具体信息，请滑动下方文字 1.【信诺维】 6月14日，信诺维宣布其研发的靶向Claudin18.2的新一代抗体偶联药物（ADC） XNW27011获得美国FDA授予快速通道资格，用于治疗胃癌。链接网址请戳我 2.【晶泰科技】 2024年6月13日，晶泰科技（2228.HK）正式在香港交易所主板挂牌上市，上市股票发行价格为5.28港元/股，净募集资金约8.96亿港元。香港特别行政区财政司司长陈茂波，香港特别行政区政府创新科技及工业局局长孙东、副局长张曼莉，香港交易所集团主席唐家成、行政总裁陈翊庭出席上市仪式，与晶泰科技联合创始人温书豪、马健、赖力鹏一起，共同见证港交所18C第一股诞生的历史性时刻。链接网址请戳我 3.【BMS】 6月13日，BMS宣布FDA已经加速批准Augtyro（repotrectinib）新适应症，用于12岁及以上儿童和成人神经营养因子受体络氨酸激酶（NTRK）基因融合突变局部晚期或转移性实体瘤 NTRK）基因融合突变局部晚期或转移性实体瘤患者。链接网址请戳我 4.【艾伯维】 6月13日，明济生物制药（北京）有限公司和艾伯维共同宣布一项开发FG-M701的许可协议。FG-M701是一种用于治疗炎症性肠病的下一代TL1A抗体，目前正处于临床前开发阶段。（去年Sanofi、Roche和Merck均花重金布局TL1A抗体）链接网址请戳我 5.【君实生物】 6月12日，君实生物宣布，已收到国家药品监督管理局核准签发的《药品注册证书》，特瑞普利单抗联合依托泊苷和铂类用于广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）的一线治疗的新适应症上市申请获得批准。链接网址请戳我 6.【诺华】6月12日，诺华宣布，该公司盐酸卡马替尼片（妥瑞达®）获得中国国家药品监督管理局批准上市，用于未经系统治疗的携带间质上皮转化因子（MET）外显子14跳跃突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC）成人患者。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息 2024年6月20-21日智药邦举办2024人工智能与生物医药生态大会2024年6月27-28日上海求实医药咨询有限公司举办ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛2024年8月29-30日上海求实医药咨询有限公司举办ICNS 2024 第四届中枢神经系统药物深度聚焦论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字 2024人工智能与生物医药生态大会主办方：智药邦会议时间：2024年6月20日-21日会议地点：上海会议主旨：充分介绍和讨论AI赋能生物医药领域的前沿进展、重要案例、关键问题和各方思考，加强交流与合作，加速生物制药相关技术和产业的发展。链接网址请戳我 ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我 ICNS 2024 第四届中枢神经系统药物深度聚焦论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年8月29日-30日会议地点：南京会议主旨：深化基础研究，提升药物开发成功率，突破技术瓶颈，并探索新疗法的前沿进展。链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn 关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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