【第一百三十三期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-06-30

疫苗临床3期

前言 AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年6月28日【SMILES】ACS Omega | 使用SMILES表征在筛选的抗癌化合物中识别高质量的线索2024年6月27日【变构结合位点】J. Med. Chem. | 基于片段的一系列β-葡萄糖脑苷酶变构结合位点调节剂的发现2024年6月27日【SARS-CoV-2】ACS Nano | 一种显示现有中和抗体的保守表位的纳米颗粒疫苗对SARS-CoV-2变种具有广泛的保护作用2024年6月26日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | DrugFlow：人工智能驱动的一站式创新药物发现平台2024年6月26日【化学空间】J. Chem. Inf. Model. | 利用BAD分子过滤器提高胶体聚集小分子检测的准确性和化学空间覆盖率2024年6月26日【药物再利用】ACS Omega | 基于ML的综合策略确定特发性肺纤维化的药物再利用具体信息，请滑动下方文字 1.【SMILES】癌症是一种致命的疾病，影响着全世界许多人。化疗是对抗癌症最有效的治疗方案之一。然而，由于安全性和有效性问题，抗癌药物面临着很高的失败率。通过诱导毒性降低、疗效提高的药物先导，可以抑制药物失败。计算机辅助药物发现支持在操纵蛋白质和配体结构或表征方面的药物先导。简化分子输入行输入系统(SMILES)是一种用符号和字母数字字符表示分子三维结构的线性符号。SMILES代表在其描绘中囤积了戒指和脚手架结构。从分子smile中挖掘环和支架模式将有助于确定基于分子模式的生物学特性。此外，人工智能(AI)技术的出现将加速有效抗癌药物先导物的识别。以模式识别能力著称的人工智能算法可用于从SMILES表示中识别分子模式，从而实现属性预测。因此，我们开发了一个多层感知器(MLP)模型，用于使用NCI-60肿瘤生长抑制数据的SMILES预测抗癌活性。此外，通过对肿瘤生长抑制数据和ChEMBL药物的初步分析，确定了使用频率最高的8种支架。所建立的MLP模型对抗癌和非抗癌化合物进行分类，分类精度为0.92。此外，用机器学习算法对开发的模型进行基准测试，显示出MLP模型更好的性能。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsomega.4c02801 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsomega.4c02801 2.【变构结合位点】 β-葡萄糖脑苷酶(GBA/GCase)突变导致蛋白质错误折叠导致戈谢病，是帕金森病和路易体痴呆的主要遗传危险因素。鉴定小分子药理学伴侣可以稳定错误折叠的蛋白质，增加降解倾向突变体GCase向溶酶体的传递，这是一个正在积极研究的策略。在这里，我们描述了首次使用基于片段的药物发现(FBDD)来识别GCase的药理学伴侣。利用x射线晶体学和生物物理技术鉴定了碎片撞击。这项工作导致了一系列化合物的发现，这些化合物以nM的效力结合GCase并正向调节细胞中的GCase活性。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c00702 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c00702 3.【SARS-CoV-2】 SARS-CoV-2疫苗的快速发展已被用于预防2019冠状病毒(COVID-19)的传播。然而，由SARS-CoV-2变异和突变引起的持续和未来的大流行强调了对提供广谱保护的有效疫苗的需求。在这里，我们开发了一种纳米颗粒疫苗，对不同的SARS-CoV-2变体具有广泛的保护作用。预先存在的中和(CePn)抗体的相应保守表位在自组装的幽门螺杆菌铁蛋白上出现，以产生CePnF纳米颗粒。用CePnF纳米颗粒鼻内免疫小鼠可诱导强大的体液、细胞和粘膜免疫反应和持久的免疫。cepnf诱导的抗体对不同冠状病毒具有交叉反应性和中和活性。CePnF接种显著抑制了SARS-CoV-2 Delta、WIV04和Omicron菌株在hACE2转基因小鼠中的复制和病理，因此对这些SARS-CoV-2变体具有广泛的保护作用。我们构建的纳米疫苗靶向预先存在的中和抗体的保守表位，可以作为通用SARS-CoV-2疫苗的有希望的候选疫苗。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsnano.4c03075 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsnano.4c03075 4.【药物发现】人工智能(AI)辅助药物设计对现代药物发现产生了前所未有的影响，但仍然迫切需要用户友好的界面，以弥合这些复杂工具与科学家之间的差距，特别是那些不太精通计算机的科学家。在此，我们提出了DrugFlow，这是一个人工智能驱动的一站式平台，提供了一个干净、方便和基于云的界面，以简化早期药物发现工作流程。通过无缝集成一系列创新的人工智能算法，包括分子对接、定量结构-活性关系建模、分子生成、ADMET(吸收、分布、代谢、排泄和毒性)预测和虚拟筛选，DrugFlow可以为早期药物发现的几乎所有关键阶段提供有效的人工智能解决方案，包括命中识别和命中/先导物优化。我们希望该平台能够提供足够有价值的指导，以帮助现实世界的药物设计和发现。该平台可在https://drugflow.com上获得。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c00621 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.4c00621 5.【化学空间】在药物发现中进行有效的高通量筛选(HTS)活动的能力经常受到这些检测中由于小胶体聚集分子(SCAMs)而检测出假阳性的阻碍。SCAMs可以通过非特异性抑制靶蛋白在HTS中产生人工命中。在这项工作中，我们提出了一种新的基于二维化学结构的SCAMs检测计算预测工具。该工具称为增强聚合检测(BAD)分子过滤器，采用决策树集成方法，即CatBoost分类器和光梯度增强机，显著提高了SCAMs的检测。在开发过滤器的过程中，我们探索了在单个数据集上训练的模型，使用这些模型的共识方法，以及第三种合并数据集方法，每种方法都针对特定的药物发现需求进行了定制。单个数据集方法是最有效的，达到93%的灵敏度和90%的特异性，分别比现有的最先进的模型高出20%和5%。共识模型提供了更广泛的化学空间覆盖率，超过90%的所有测试集。这个特性对于早期药物化学项目来说是一个重要的方面，并提供了适用领域的信息。同时，合并的数据集模型表现出稳健的性能，在综合10倍交叉验证测试集中具有79%的显着灵敏度。对模型特征的SHAP分析表明，疏水性和分子复杂性是影响聚集倾向的主要因素。BAD分子过滤器很容易在https://molmodlab-aau.com/Tools.html上为公众使用。该过滤器为药物发现的早期阶段提供了一种新的、更强大的汇总预测工具，以优化命中率并减少相关的测试和验证开销。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.4c00363 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.4c00363 6.【药物再利用】特发性肺纤维化(IPF)影响全球约300万人。IPF是一种病因不明的疾病，其特征是肺部瘢痕组织的形成，导致进行性呼吸系统疾病。目前，只有两种fda批准的专门用于治疗IPF的小分子药物，这为IPF治疗药物的快速发展创造了需求。此外，新药开发耗时耗力，成本高昂，成功率不到10%。对于一种罕见的散发性疾病，药物再利用是目前将药物迅速推向市场的最可行的选择。通常情况下，药物的再利用始于使用计算工具筛选fda批准的药物，这导致命中率较低。在这里，我们开发了一种基于机器学习的药物再利用策略，通过引入基于机器学习的预测，然后是文献和gsea辅助的验证和药物通路预测，来显著减少假阳性结果。开发的策略已应用于1480种fda批准的药物和目前处于IPF临床试验中的药物，以筛选“TGFB1”，“TGFB2”，“PDGFR-a”，“SMAD-2/3”，“FGF-2”以及更多蛋白质，共产生247种药物和27种潜在的可重复使用药物。文献和GSEA验证表明，247种药物中有72种(29.14%)已用于IPF, 247种药物中有13种(5.2%)已用于肺纤维化，247种药物中有20种(8%)已用于其他纤维化疾病，如囊性纤维化和肾纤维化。对其余142种药物进行通路预测，得到118种不同的通路。进一步分析发现118条通路中有29条直接或间接参与IPF, 29条通路中有11条直接参与IPF。此外，建议15种潜在的药物组合在IPF中显示出较强的协同作用。本文报道的药物再利用策略将有助于快速开发治疗IPF和其他相关疾病的药物。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsomega.4c03796 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsomega.4c03796 上下滚动查看更多药企动态2024年6月28日【恒瑞】恒瑞 SGLT2抑制剂「恒格列净」获批新适应症2024年6月28日【石药集团】国产第14款！石药集团 PD-1抗体获批上市2024年6月27日【艾伯维】艾伯维2.5亿美元收购囊获潜在FIC炎症性肠病疗法2024年6月27日【和铂医药】和铂医药重新递交「巴托利单抗」的上市申请2024年6月26日【Verona Pharma】First in class慢阻肺新药获FDA批准上市，优锐医药拥有中国权益2024年6月26日【诺和诺德】诺和诺德收购基因编辑疗法及平台各动态具体信息，请滑动下方文字 1.【恒瑞】 6月28日，药监局网站显示，恒瑞医药的恒格列净片新适应症获批。根据临床试验进度，推测本次获批上市的新适应症为联合二甲双胍和磷酸瑞格列汀改善2型糖尿病患者的血糖控制。链接网址请戳我 2.【石药集团】 6月28日，石药集团子公司巨石生物制药研发的恩朗苏拜单抗注射液(商品名：恩舒幸)的上市申请已获药监局批准。本次申报的适应症为治疗至少一线含铂方案化疗失败的PD-L1表达阳性的复发或转移性宫颈癌 PD-L1表达阳性的复发或转移性宫颈癌患者。链接网址请戳我 3.【艾伯维】6月27日，艾伯维宣布收购Celsius Therapeutics，这是一家致力于为炎症性疾病患者开创新疗法的公司。Celsius目前进入临床阶段的研究资产仅有一款，即潜在first-in-class的TREM1单抗CEL383，现已完成治疗炎症性肠病（IBD）的I期临床研究。链接网址请戳我 4.【和铂医药】 6月27日，和铂医药宣布已向国家药监局（NMPA）重新递交巴托利单抗（HBM9161）治疗全身型重症肌无力（gMG）的生物制品许可申请（BLA）。链接网址请戳我 5.【Verona Pharma】 6月26日，Verona Pharma宣布FDA已批准Ensifentrine（恩塞芬汀，商品名：Ohtuvayre）用于维持治疗慢性阻塞性肺病（COPD）的新药申请（NDA）。该药物是COPD领域20多年来批准的全新机制药物。链接网址请戳我 6.【诺和诺德】 6月26日，2seventy bio宣布已于诺和诺德达成资产购买协议（APA）。根据APA条款，诺和诺德获得血友病A项目和2seventy bio的体内基因编辑技术平台的权益，后者主要用于开发治疗自免疾病的自体或同种异体细胞疗法。协议签署后，参与该技术平台开发的2seventy bio团队也将加入诺和诺德，并继续推进其开发。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息 2024年8月29-30日上海求实医药咨询有限公司举办ICNS 2024 第四届中枢神经系统药物深度聚焦论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字 ICNS 2024 第四届中枢神经系统药物深度聚焦论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年8月29日-30日会议地点：南京会议主旨：深化基础研究，提升药物开发成功率，突破技术瓶颈，并探索新疗法的前沿进展。链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn 关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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