【第一百零八期】AI+药物研发领域一周资讯
临床1期临床研究
前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2023年12月29日【靶点】ACS Omega | 综合网络药理学方法评价果胶植物活性化学物质及其抑制结核病靶基因的机制2023年12月29日【主动学习】J. Chem. Inf. Model. | 基于回归的主动学习的超大型图书馆对接无障碍加速研究2023年12月29日【小分子对接】J. Med. Chem. | ChemEM：低温电镜结构中小分子的灵活对接2023年12月27日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | 基于网络的方法及其在药物发现中的应用2023年12月27日【分子动力学模拟】J. Chem. Theory Comput. | 从分子动力学模拟计算蛋白质氧化还原电位的波动关系2023年12月27日【SARS-CoV-2】ACS Chem. Biol. | SARS-COV-2木瓜蛋白酶结构域的变构抑制剂诱导其亲本蛋白NSP3的蛋白酶体降解具体信息，请滑动下方文字1.【靶点】结核分枝杆菌是全世界结核病的罪魁祸首。尽管在生物医学研究、新的治疗方法和预防措施方面取得了巨大进展，但结核病发病率继续上升。草本植物Acalypha indica，也被称为印度荨麻，属于大戟科，被认为是治疗一系列疾病的最重要的药物和药物来源之一。然而，其治疗作用的确切分子机制尚不清楚。本研究采用综合网络药理学方法，探讨了籼稻植物化学物质抗结核的潜在机制。从两个独立的数据库和已发表的文献中收集了籼稻的活性化学成分，利用SwissTargetPrediction对这些植物化学成分的靶基因进行了鉴定。使用GeneCards和DisGeNET数据库检索结核病相关基因和变异。在对重叠基因进行评估后，分别使用DAVID和STRING数据库进行基因富集分析和PPI网络分析。随后，为了确定该疾病的潜在靶点，进行了分子对接。A. indica发现9种有效成分，259个潜在治疗靶点;TB将两个数据集中的694个交叉基因归因;结核病和印度单胞杆菌都有44个潜在靶点重叠。基于程度的深入分析发现，AKT1和EGFR构成了PPI网络的基础。此外，对接分析和分子动力学模拟显示，植物甾醇和豆甾醇与AKT1和EGFR具有更高的结合亲和力，从而抑制结核病。本研究提供了一个令人信服的证据，即经实验认可，印度芽胞杆菌可以被用来靶向结核病;进一步为进一步开展印度芽孢杆菌抗结核活性的实验研究奠定了基础。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsomega.3c05589DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsomega.3c055892.【主动学习】基于结构的药物发现是一个寻找靶点和优化的过程，它依赖于目标生物分子的经过验证的三维模型，用于使该特定靶点的结构-功能关系合理化。最近出现了一种超大虚拟筛选方法，用于快速发现高亲和力的击中化合物，但它需要大量的计算资源。这项研究表明，使用简单线性回归模型的主动学习可以加速虚拟筛选，在对接10%的配体后，检索到对接命中列表前1%的90%。结果表明，对于低采样深度的配体对接，不需要使用复杂的模型(如深度学习方法)来预测不精确的结果。此外，我们探索了主动学习元参数，并发现具有简单集成方法的恒定批大小模型提供了最佳的配体检索率。最后，我们的方法在超大规模的虚拟筛选数据集上进行了验证，在筛选仅2%的库后检索了前0.05%的配体的70%。总之，这项工作为加速虚拟筛选提供了一种可计算的方法，可以作为未来设计低计算代理的蓝图，通过大规模加速对接探索化学空间。随着近年来在蛋白质结构预测方面的突破，该方法可以显著增加学术界的可及性，并有助于快速发现针对各种靶点的高亲和力命中化合物。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01661DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c016613.【小分子对接】低温电子显微镜(cryo-EM)，通过分辨率的进步，已经成为基于结构的药物发现的关键。然而，大多数低温电镜结构都是在3-4 Å分辨率下解决的，由于配体和周围侧链的精确定位问题，这给小分子对接和基于结构的虚拟筛选带来了挑战。我们提出ChemEM，一个软件包，利用低温电镜数据精确对接一个或多个配体在蛋白质结合位点。通过对高、中分辨率低温电镜结构和相应的高分辨率对照的高度整理基准进行验证，ChemEM显示出令人印象深刻的性能，除了一种情况外，在所有情况下都能准确地放置配体，通常超过低温电镜pdb沉积溶液。即使不包括cryo-EM密度，ChemEM评分功能也优于公认的AutoDock Vina评分。使用ChemEM，我们说明了有价值的信息可以从中分辨率的图谱中提取出来，并强调了低温电镜结构在药物发现中的实用性。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c01134DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.3c011344.【药物发现】药物发现耗时、昂贵，并且主要遵循“一种药物→一种靶点→一种疾病”的模式。随着系统生物学和网络药理学的快速发展，出现了“多药物→多靶点→多疾病”的新型药物发现范式。这种新的药物发现整体范式与网络的本质是一致的，导致了药物发现领域中基于网络的方法的出现。在这个视角中，我们首先介绍了网络的概念和数据源，并重点介绍了基于网络的方法中使用的经典方法。随后，我们将重点关注基于网络的方法在药物发现各个领域的实际应用，如靶标预测、虚拟筛选、药物治疗效果或药物不良事件的预测，以及分子机制的阐明。此外，我们还提供了具有代表性的web服务器，供研究人员在特定应用中使用基于网络的方法。最后，我们讨论了基于网络的方法面临的几个挑战和未来的发展方向。总之，基于网络的方法可以作为加速药物发现的有力工具。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01613DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c016135.【分子动力学模拟】蛋白质氧化还原电位的可调设计有望在生物技术和催化领域开辟一系列应用。本文介绍了一种结合涨落关系和分子动力学模拟计算氧化还原电位变化的方法。它包括还原态和氧化态的模拟，然后是它们之间的瞬时转换。利用Kubo-Onsager方法获得了扰动引入的能量差。利用详细的波动关系与贝叶斯推理相结合，这些数据被有效地后处理为氧化还原电位的估计。这种新方法被称为MD + CB，在一个全新的四螺旋束血红素蛋白(m4D2“maquette”)和五个设计的突变体上进行了测试，其中包括本工作中实验表征的一些突变体。发现MD + CB方法执行可靠，给出的氧化还原电位位移与突变体的实验值具有相当好的相关性(0.85)。MD + CB方法也与使用连续静电方法的氧化还原电位位移预测相比较。MD + CB方法中采用的估计方法可直接转移到标准平衡MD模拟中，并有望用于氧化还原蛋白工程和设计应用。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jctc.3c00785DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jctc.3c007856.【SARS-CoV-2】SARS-COV-2的木瓜蛋白酶对病毒复制和发病至关重要。它位于一个更大的多功能蛋白NSP3中，使其成为靶向降解方法的理想候选者，能够通过单分子处理消除多种功能。在这项工作中，我们开发了一个基于hibit的细胞模型来研究NSP3的降解，并利用这个平台发现了单价NSP3降解物。我们提出了以前未报道的木瓜素样蛋白酶抑制剂的降解活性。对结构-活性关系和作用机制研究的后续探索表明，泛素-蛋白酶体机制的招募完全由位点占用驱动，而不考虑配体的分子特征。在HDX数据的支持下，我们假设NSP3结合诱导的结构变化触发E3连接酶的募集并导致蛋白酶体降解。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acschembio.3c00312DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acschembio.3c00312上下滚动查看更多药企动态2023年12月30日【阿斯利康】阿斯利康390亿美元收购获得的长效C5补体抑制剂申报上市2023年12月29日【恒瑞】恒瑞医药1类新药「泰吉利定」新适应症申报上市2023年12月29日【礼来】礼来启动小分子GLP-1R激动剂头对头达格列净III期研究2023年12月28日【佩徳生物】AI+多肽药物，国内初创完成数千万元Pre-A轮融资2023年12月28日【鞍石生物】鞍石生物科技完成10亿元B轮融资2023年12月27日【信达生物】信达生物与圣因生物达成合作共同开发siRNA药物2023年12月27日【复宏汉霖】复宏汉霖EGFR ADC获FDA快速通道资格认定各动态具体信息，请滑动下方文字1.【阿斯利康】12月30日，CDE官网显示阿斯利康补体C5抑制剂瑞利珠单抗注射液C5抑制剂瑞利珠单抗注射液（ravulizumab，Ultomiris）的上市申请申请获CDE受理。瑞利珠单抗是一款长效补体C5抑制剂，最早于2018年12月获FDA批准上市，用于治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH），商品名为Ultomiris；2021年9月，瑞利珠单抗新适应症获FDA批准，用于治疗非典型溶血性尿毒症综合征（aHUS）的成人及儿童（一个月以上）患者；2022年4月，瑞利珠单抗第3项适应症获FDA批准，用于治疗成人全身型重症肌无力（gMG）。链接网址请戳我2.【恒瑞】12月29日，CDE官网显示，恒瑞医药1类新药富马酸泰吉利定注射液的新适应症上市申请已获受理。富马酸泰吉利定注射液（SHR8554）是一种靶向μ阿片受体（MOR）的小分子药物，可以选择性地激活G蛋白偶联通路，而对于β-arrestin-2通路仅有很弱的激活作用。该选择性作用保证了泰吉利定具有中枢镇痛效果的同时，可减轻胃肠道不良反应和减少呼吸抑制不良反应的发生率。链接网址请戳我3.【礼来】12月29日，药物临床试验登记与信息公示平台显示，礼来启动了GLP-1R小分子激动剂orforglipron（LY3502970）的一项III期ACHIEVE-2研究，旨在二甲双胍治疗后血糖控制不佳的2型糖尿病成人受试者中评估每日一次口服orforglipron与达格列净相比的有效性和安全性。链接网址请戳我4.【佩徳生物】12月28日，佩徳生物完成数千万元Pre-A轮融资，由川发展院士基金领投，华西证券等机构跟投，本轮融资主要用于多肽新药管线研发。佩德生物成立于2021年5月，构建了亿级有毒动物天然多肽库，基于动物毒液多肽定向挖掘体系，通过“高通量+云计算”筛选平台、AI技术，筛选和开发多肽药物。链接网址请戳我5.【鞍石生物】2023年12月28日，北京——中国富有潜力的抗肿瘤创新药企业北京鞍石生物科技有限责任公司（简称：鞍石生物科技，或Avistone）宣布于近日完成了B轮10亿元人民币融资。本轮融资由国投招商和IDG资本联合领投，燕创集团、凯辉基金跟投，现有股东贝恩资本继续追加投资。本轮所融资金将用于推进鞍石生物科技管线内的临床研究，开拓伯瑞替尼和安达替尼双靶联合的广泛场景，积极推动中美双申报的进程，加快潜在化合物的筛选和成药推进，并助力药品上市和商业化布局。链接网址请戳我6.【信达生物】12月27日，信达生物与Sanegene Bio（简称“圣因生物”）宣布达成合作协议，共同开发靶向血管紧张素原（Angiotensinogen，AGT）的小核酸（siRNA）候选药物SGB-3908，用于治疗高血压，同时信达生物获得该药物未来开发、生产和商业化的独家选择权。链接网址请戳我7.【复宏汉霖】12月27日，复星医药发布公告，其控股子公司复宏汉霖的注射用HLX42（靶向EGFR抗体-新型DNA拓扑异构酶I抑制剂偶联药物）获FDA快速通道资格认定，用于治疗经第三代EGFR酪氨酸激酶抑制剂治疗后疾病进展的EGFR突变的晚期或转移性非小细胞肺癌EGFR突变的晚期或转移性非小细胞肺癌。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年2月28-29日 举办AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会2024年3月21-22日 上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日 上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年6月27-28日 举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会会议时间：2024年2月28-29日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越抗体药物研发的最前沿，追踪最新的临床进展，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在抗体药物的年度产业大会！链接网址请戳我SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方： 上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方： 上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓
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