【第一百零七期】AI+药物研发领域一周资讯
2023-12-24
临床1期微生物疗法
前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2023年12月19日【靶点】J. Med. Chem. | 以艰难梭菌为靶点的头孢霉素类抗孢子药的设计、合成和评价2023年12月18日【蛋白质结构预测】J. Chem. Inf. Model. | 蛋白质结构预测的最新进展和挑战2023年12月18日【计算机辅助分子设计】Chem. Rev. | 离子液体作为先进工艺介质的计算机辅助分子设计：从基础到应用综述2023年12月18日【多任务学习】J. Chem. Inf. Model. | MT-EpiPred：多任务学习预测小分子表观遗传调节剂2023年12月18日【机器学习】J. Chem. Theory Comput. | 用于类药物分子键解离能预测的可转移机器学习原子间势2023年12月18日【SARS-CoV-2】Anal. Chem. | 基于高通量质谱法的SARS-CoV-2免疫测定方法的建立具体信息，请滑动下方文字1.【靶点】为了发现艰难梭菌产孢过程的小分子抑制剂，我们制备了一系列头孢替坦的C-7 α-(4-取代- 1h -1,2,3-三唑-1-基)乙酰胺类似物，头孢替坦是一种已知的艰难梭菌产孢特异性蛋白靶CdSpoVD的抑制剂。这些类似物通过CdSpoVD的体外结合试验和抗艰难梭菌的抑孢试验进行了评估。利用AlphaFold (AF)模型和CdSpoVD蛋白(PDB 7RCZ)的晶体结构预测对接分数(DS)来辅助进一步的设计概念。尽管化合物6a作为抑孢剂的效力比头孢替坦强一个数量级，但在艰难梭菌感染小鼠模型中的体内研究表明，化合物6a的孢子脱落能力与头孢替坦相当。重要的是，化合物6a没有广谱抗菌活性、毒性或溶血活性，因此具有进一步药物开发的潜力。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c01662DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.3c016622.【蛋白质结构预测】近年来，人工智能在蛋白质结构预测领域取得了重大进展。特别是，DeepMind的端到端模型AlphaFold2已经证明了预测许多未知蛋白质三维结构的能力，其准确性可与实验方法相媲美。这一突破为理解蛋白质结构和功能以及加速药物发现和生物医学领域的其他应用开辟了新的可能性。尽管人工智能在该领域取得了令人瞩目的成就，但仍存在一些挑战和局限性。本文综述了蛋白质结构预测的最新进展和面临的挑战。这些挑战包括预测多结构域蛋白质结构、蛋白质复合物结构、蛋白质的多种构象状态和蛋白质折叠途径。此外，我们强调了可以进行进一步改进的方向。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01324DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c013243.【计算机辅助分子设计】离子液体独特的物理化学性质、灵活的结构可调性和巨大的化学空间为其匹配不同的目标性质提供了巨大的机会，使其成为先进的工艺介质。问题的关键是如何高效、可靠地为特定的应用程序定制合适的ILs。在这方面，计算机辅助分子设计(CAMD)方法已被广泛应用于这一系列高知名度的化学品，即执行计算机辅助IL设计(CAILD)。这篇综述讨论了过去的发展，这些发展对CAILD的最新技术做出了贡献，并提供了一个关于未来工作如何加速laild的实际应用的观点。在CAILD的广泛背景下，综述了与il的正向结构-性质建模和反向分子设计相关的关键方面。对于前一个正向任务，介绍了各种IL的分子表示、建模算法以及IL的物理性质、热力学性质等代表性模型。对于后一种逆向任务，总结了不同分子设计方案的代表性作品。除了所取得的实质性进展之外，最后还提出了一些推动人文发展的未来展望。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.chemrev.3c00223DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.chemrev.3c002234.【多任务学习】表观遗传调节剂在各种疾病的治疗中发挥着越来越重要的作用。在这种情况下，有必要系统地研究这些药物的活性，并了解它们对整个表观遗传调控网络的影响，而不是仅仅关注单个靶标。这项工作介绍了MT-EpiPred，一种多任务学习方法，能够预测化合物对78个表观遗传靶标的活性。MT-EpiPred表现出色，平均auROC为0.915，能够处理少量目标。与现有方法相比，MT-EpiPred不仅扩大了目标池，而且在相同的数据集上取得了更好的预测性能。然后应用MT-EpiPred预测新合成化合物的表观遗传靶标(1)，其中分子靶标是未知的。该方法确定了KDM4D作为潜在靶点，随后通过体外酶抑制实验验证了该靶点，显示IC50为4.8 μM。MT-EpiPred方法已经在web服务器MT-EpiPred (http://epipred.com)中实现，提供免费访问。总之，这项工作为发现新的小分子表观遗传调节剂提供了一个方便和准确的工具，特别是在选择性抑制剂的开发和评估这些抑制剂对广泛的表观遗传网络的影响方面。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01368DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c013685.【机器学习】我们提出了一个可转移的MACE原子间势，适用于含有氢、碳和氧原子的开壳和闭壳类药物分子。包括对自由基种类的准确描述扩展了键解离能(BDE)预测的可能应用范围，例如，在细胞色素P450 (CYP)代谢的背景下。在COMP6数据集上验证了MACE电位的可转移性，该数据集仅包含闭壳分子，其准确性优于现有的一般ANI-2x电位。MACE在两个CYP代谢特异性数据集(包括开壳结构和闭壳结构)上实现了相似的准确性。该模型使我们能够计算脂肪族C-H BDE，从而使我们能够比较提取氢的反应能，这是CYPs催化的脂肪族羟基化反应的限速步骤。在“CYP 3A4”数据集上，MACE获得了1.37 kcal/mol的BDE RMSE，并且比半经验AM1和GFN2-xTB方法以及直接预测键解离焓的ALFABET模型更好地预测了BDE等级。最后，我们强调了MACE电位在sp3C-H键延伸路径上的平滑性，并表明最小的延伸足以使MACE模型开始寻找甲氧基自由基介导的氢提取的合理的最小能量路径。总之，这项工作为进一步扩展化学元素，(cypp介导的)反应类别和完整反应路径建模奠定了基础，而不仅仅是BDEs。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jctc.3c00710DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jctc.3c007106.【SARS-CoV-2】Covid-19大流行的严重影响凸显了对快速、可靠和高通量感染诊断方法的需求。目前的分析方法，无论是护理点检测还是集中检测，都不能满足对患者友好的检测、高要求和结果可靠性的要求。在这里，我们提出了一种两点分离按需诊断策略，该策略使用激光解吸/电离飞行时间质谱(LDI-TOF MS)，并采用稳定且可切割的离子探针作为质量报告器。使用该报告器可实现超灵敏、可中断、可存储、可恢复和高通量按需检测。我们描述了一个概念的演示，其中我们(i)设计和合成了一个激光可切割的报告基因(DTPA)， (ii)将报告基因偶联到抗体上并验证其功能，(iii)以良好的周转率和高灵敏度检测共轭报告基因，(iv)使用激光可切割的内标进行定量分析，(v)鉴定含有刺突蛋白的阴性和阳性样品。该方案具有极好的灵敏度(对SARS-CoV-2 Spike S1亚基抗体的amol)，无需任何扩增。该策略也适用于SARS-CoV-2以外的其他疾病抗原的检测。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.analchem.3c02421DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.analchem.3c02421上下滚动查看更多药企动态2023年12月22日【默沙东】全球首个！第一三共/默沙东HER3 ADC在美申报上市2023年12月22日【BMS】140亿美元！BMS收购Karuna，再鼎医药拥有核心产品中国权益2023年12月21日【第一三共】第一三共TLR7单抗国内获批临床，治疗系统性红斑狼疮2023年12月21日【强生】强生/杨森一款新型三特异性抗体在华申报临床，用于开发治疗B-NHL2023年12月20日【Sudo Biosciences】1.16亿美元！Sudo Biosciences开发下一代TYK2抑制剂2023年12月20日【云顶新耀】FDA完全批准全球首个IgA肾病药物，云顶新耀拥有中国权益各动态具体信息，请滑动下方文字1.【默沙东】12月22日，第一三共和默沙东共同宣布HER3-DXd（patritumab deruxtecan）的生物制品许可申请（BLA）获FDA受理并予以优先审评，适应症为既往至少接受过两种系统治疗的EGFR突变型局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC）EGFR突变型局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC），PDUFA日期为2024年6月26日。该产品也是首款申报上市的HER3 ADC。链接网址请戳我2.【BMS】12月22日，BMS宣布已与Karuna Therapeutics签订协议，将以每股330美元现金收购Karuna，总价为140亿美元。Karuna是一家专注于神经科学领域产品开发的创新公司，旗下核心产品毒蕈碱类抗精神病药物KarXT已在美国申报上市，用于治疗成人精神分裂症。该申请的PDUFA日期为2024年9月26日。如获得批准，KarXT将成为数十年来第一个具有新的药理机制，治疗精神分裂症的方法。链接网址请戳我3.【第一三共】12月21日，第一三共TLR7单抗DS-7011aTLR7单抗DS-7011a在国内获批临床，用于治疗系统性红斑狼疮（SLE）。Toll样受体7（TLR7）的信号传导可驱动I型干扰素（IFN）的产生，从而促进自身反应性B细胞的激活，并与SLE的发病机制有关。有研究表明，抗小鼠TLR7单抗可提高自发发生狼疮的NZBWF1小鼠的存活率，并抑制了自身抗体的产生。链接网址请戳我4.【强生】12月21日，国家药监局药品审评中心（CDE）官网公示，强生旗下子公司杨森制药的一款三特异性抗体「JNJ-80948543 」临床试验申请，已获受理，用于开发治疗 B 细胞非霍奇金淋巴瘤（B-NHL）。JNJ-80948543 是一种潜在的同类首创三特异性抗体，用于治疗具有高度未满足医疗需求的B-NHL恶性肿瘤。目前正在进行针对复发/难治性非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的 I 期剂量递增研究。链接网址请戳我5.【Sudo Biosciences】12月20日，Sudo Biosciences宣布完成1.16亿美元B轮融资。自2020年成立以来，该公司已筹集了总计1.57亿美元的资金。Sudo Biosciences是一家致力于设计和开发新药来改变患者生活的生物医药公司。该公司的管线靶向酪氨酸激酶2（TYK2）。链接网址请戳我6.【云顶新耀】12月20日，Calliditas Therapeutics宣布，该公司布地奈德迟释胶囊（商品名：Tarpeyo，Nefecon）获FDA完全批准，以降低成人原发性免疫球蛋白A肾病（IgAN）患者在疾病进展中的肾功能丧失风险。Tarpeyo目前是首个基于对肾功能测量获FDA完全批准的IgAN治疗药物。基于蛋白尿替代标志物，Tarpeyo于2021年12月首次获得FDA加速审批。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年2月28-29日 举办AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会2024年3月21-22日 上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日 上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年6月27-28日 举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会会议时间：2024年2月28-29日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越抗体药物研发的最前沿，追踪最新的临床进展，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在抗体药物的年度产业大会！链接网址请戳我SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方： 上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方： 上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓
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