【第一百一十七期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-03-10

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年3月8日【深度学习】J. Chem. Inf. Model. | DeePNAP：一种从蛋白质核酸序列预测其结合亲和力的深度学习方法2024年3月8日【药效团】J. Chem. Inf. Model. | 扩展FTMap用于基于片段的配体结合位点药效团区域识别2024年3月8日【SARS-CoV-2】ACS Nanosci. Au | SARS-CoV-2变异体与ACE2结合界面稳定性的单分子研究2024年3月7日【药物发现】J. Org. Chem. | 氟代哌啶作为基于片段的药物发现的三维片段的合成和化学信息学分析2024年3月7日【图神经网络】J. Chem. Inf. Model. | 图注意位点预测(GrASP)：利用带注意的图神经网络识别可药物结合位点2024年3月7日【机器学习】J. Chem. Inf. Model. | 离子液体对P100、MS2和Phi6抗病毒潜力的混合机器学习和实验研究具体信息，请滑动下方文字1.【深度学习】仅从蛋白质-核酸(PNA)的序列预测其结合亲和力对于PNA相互作用(PNAIs)的实验设计和分析至关重要。目前开发的大量结合亲和性预测模型仅限于特定的PNA，同时也依赖于PNA复合物的序列和结构信息进行训练和测试，以及作为输入。由于可用的PNA复杂结构很少，这极大地限制了训练数据集的多样性和泛化性。此外，大多数工具预测单个参数，例如结合亲和度或突变时的自由能变化，这使得模型的使用不太通用。因此，我们提出了DeePNAP，这是一个基于机器学习的模型，该模型基于ProNAB数据库中包含14401个条目(来自真核生物和原核生物)的庞大异构数据集，包括野生型和突变型PNA复合物结合参数。我们的模型仅根据PNAIs的序列精确地预测了它们的结合亲和力和自由能变化。虽然其他类似的工具从序列和结构信息中提取特征，但DeePNAP利用基于序列的特征在预测KD和ΔΔG时，为PNA复合物提供了预测值和实验值之间的高相关系数和低均方根误差，这意味着DeePNAP的可泛化性。此外，我们还开发了一个托管DeePNAP的web界面，它可以作为一个强大的工具，以高精度快速预测无数pnai的结合亲和力，从而更深入地了解它们在各种生物系统中的含义。Web界面：http://14.139.174.41:8080/链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01151DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c011512.【药效团】在基于结构的药物发现的早期阶段，了解配体结合热点和这些热点内的重要相互作用对于先导化合物的设计至关重要。计算溶剂映射服务器FTMap可以可靠地将结合热点识别为一致簇，即结合各种有机探针分子的自由能最小值。然而，在目前的实施中，FTMap提供的热点区域信息有限，这些区域往往与潜在配体的特定药效特征相互作用。E-FTMap是在原有FTMap协议基础上扩展的一种新型服务器。E-FTMap使用119个有机探针，而不是最初的FTMap中的16个探针，来详尽地绘制结合位点，并将药效团特征识别为类似化学基团结合的原子一致位点。我们对一组109个实验衍生的片段-铅对结构验证了E-FTMap，发现高排名的药效团特征与片段和铅化合物中的相应原子重叠。此外，将作图结果与结合配体的集合进行比较，发现E-FTMap生成的药效团倾向于对高度保守的蛋白质-配体相互作用进行采样。E-FTMap作为web服务器可在https://eftmap-bu-edu.libproxy1.nus.edu.sg上获得。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01969DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c019693.【SARS-CoV-2】SARS-CoV-2大流行激发了许多研究努力，以了解该病毒并减轻其全球严重性。了解病毒与人类受体之间的结合界面对这些努力至关重要，对遏制感染和传播至关重要。在这里，我们使用原子力显微镜和定向分子动力学模拟来探索SARS-CoV-2受体结合域(RBD)变异和血管紧张素转换酶2 (ACE2)，研究关键残基突变对结合亲和力的影响。我们的研究结果表明，与Mu变体相比，Omicron和Delta变体具有更强的结合亲和力。此外，利用接种疫苗或获得性免疫个体的血清，我们评估了免疫对变异RBD/ACE2复合物形成的影响。单分子力谱分析表明，在感染前接种疫苗可能对不同变种提供更强的保护。这些结果强调了监测抗原变化的必要性，以便继续制定创新和有效的SARS-CoV-2废除战略。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsnanoscienceau.3c00060DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsnanoscienceau.3c000604.【药物发现】从现成的二氢吡啶酮衍生物中简明地合成了一个小的氟化哌啶库。然后用化学信息学工具评估氟化对不同位置的影响。特别是，化合物的pKa已经被计算出来，揭示了氟原子显著降低了它们的碱度，这与对hERG通道的亲和力相关，从而导致心脏毒性。“铅的相似性”和三维性也被评估，以评估它们作为药物设计有用片段的能力。然后对一组代表性蛋白水解酶进行随机筛选，发现其中一个支架被3CLPro (SARS-CoV-2冠状病毒的主要蛋白酶)的催化口袋识别。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.joc.4c00143DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.joc.4c001435.【图神经网络】识别和发现可药物蛋白质结合位点是计算机辅助药物发现的重要早期步骤，但它仍然是一项艰巨的任务，因为大多数活动依赖于从实验中获得的结合位点的先验知识。在这里，我们提出了一种称为Graph Attention site prediction (GrASP)的绑定站点预测方法，并重新评估从数据集准备到模型评估的站点预测工作流中几乎每一步的假设。GrASP能够在恢复PDB结构中的结合位点方面实现最先进的性能，同时保持高度的精度，这将最大限度地减少下游任务(如对接和自由能扰动)中浪费的计算。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01698DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c016986.【机器学习】病毒是一组广泛分布的生物体，通常会导致非常危险的疾病，因为它们中的大多数都遵循一种尽快繁殖和感染宿主的机制。病原病毒也有规律地变异，其结果是防止病毒传播和从所引起的疾病中恢复的措施往往是有限的。新物质的开发非常耗时，预算很高，需要牺牲许多生物。计算化学方法允许以更低的成本进行更快的分析，最重要的是，将实验牺牲的生物体数量减少到最低限度。离子液体是一类具有潜在杀病毒活性的化合物，具有广泛的应用前景。在我们的研究中，我们进行了复杂的计算分析来预测离子液体对三种替代病毒的抗病毒活性:两种非包膜病毒，单核细胞增生李斯特菌噬菌体P100和大肠杆菌噬菌体MS2，以及一种包膜病毒，syringae假单胞菌噬菌体Phi6。根据毒性活性的实验数据(logEC90)，我们对154种il进行了活性分类。根据经济合作与发展组织(OECD)的建议，使用分类树方法创建并验证了预测模型。此外，我们通过对1277种理论生成的离子液体进行虚拟筛选，对我们的模型进行外部验证，然后选择10种活性离子液体进行合成，验证它们对所分析病毒的活性。我们的研究证明了计算方法预测离子液体抗病毒活性的有效性和效率。因此，与涉及活体动物的耗时实验研究相比，计算模型是一种具有成本效益的替代方法。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c02037DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c02037上下滚动查看更多药企动态2023年3月8日【诺和诺德】首个！司美格鲁肽获批用于降低心血管事件风险2023年3月7日【强生】强生完成对Ambrx的收购2023年3月7日【百济神州】全球首个！泽布替尼在美获批滤泡性淋巴瘤新适应症2023年3月7日【未知君】罗欣药业与未知君达成合作，推动肠道菌群移植商业化进程2023年3月6日【勃林格殷格翰】全球首发！勃林格殷格翰殷格翰「佩索利单抗」皮下注射制剂在华获批上市2023年3月6日【吉利德】15亿美元！吉利德布局三抗肿瘤药各动态具体信息，请滑动下方文字1.【诺和诺德】3月8日，诺和诺德宣布司美格鲁肽（2.4mg，商品名Wegovy）获FDA批准新适应症，用于降低心血管疾病合并肥胖或超重成年人发生心血管死亡、心脏病发作和中风风险。该药物也是首个获批用于降低主要不良心血管事件（MACE）发生风险的肥胖症治疗药物。链接网址请戳我2.【强生】3月7日，强生宣布，已完成对Ambrx Biopharma的收购。两个月前，强生公司将以每股28.00$的现金收购Ambrx的所有流通股，总股权价值约为20亿美元。链接网址请戳我3.【百济神州】3月7日，百济神州宣布，FDA已批准了泽布替尼的第5项适应症，联合CD20单抗奥妥珠单抗 CD20单抗奥妥珠单抗治疗既往至少经过二线治疗后复发或难治性（R/R）滤泡性淋巴瘤（FL）成人患者。这标志着泽布替尼成为了首个也是唯一一个获批5项肿瘤适应症的BTK抑制剂，也是首个也是唯一一个获批用于FL的BTK抑制剂。链接网址请戳我4.【未知君】3月7日，罗欣药业和未知君宣布建立长期战略合作伙伴关系，未知君将肠道菌群移植（Fecal Microbiota Transplantation，简称FMT）治疗解决方案授权罗欣药业，在双方约定区域和渠道范围内开展独家商业化合作。双方在优势互补、互惠互利的基础上，共同加速FMT治疗的商业化进程。链接网址请戳我5.【勃林格殷格翰】3月6日，勃林格殷格翰宣布，其罕见皮肤病创新靶向生物制剂佩索利单抗（商品名：圣利卓）皮下注射制剂上市申请已获国家药监局批准，用于减少12岁及以上青少年（体重≥40kg）和成人的泛发性脓疱型银屑病（GPP）发作。链接网址请戳我6.【吉利德】3月6日，吉利德宣布，已与Merus达成一项研究合作许可协议，共同开发靶向新型双重肿瘤相关抗原（TAA）的三特异性抗体。双方将使用Merus专有的Triclonics平台以及吉利德在肿瘤学的专业经验，研究和开发多个独立的临床前研究项目。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年4月18-19日举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月27-28日举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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