【第一百零四期】AI+药物研发领域一周资讯

2023-12-03

临床1期

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2023年12月1日【药物递送】ACS Nano | 通过两种匹配纳米颗粒的交替施用，放大了不依赖靶标数的靶向药物递送2023年12月1日【深度学习】J. Chem. Inf. Model. | 用于预测PPI -调制器相互作用的多模态深度学习框架2023年12月1日【分子动力学模拟】J. Chem. Theory Comput. | 在分子动力学模拟中处理诱导拟合、构象选择和次位姿以实现可靠的自由能预测2023年12月1日【SARS-CoV-2】J. Proteome Res. | SARS-CoV-2非结构蛋白3和4的表达可以调节细胞培养中未折叠蛋白的反应2023年11月30日【蛋白质热力学】J. Phys. Chem. Lett. | 几何图学习预测突变时结合自由能和蛋白质热力学稳定性的变化2023年11月30日【靶点】J. Agric. Food Chem. | 4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶作为新型作物杀菌剂靶点的发现与开发具体信息，请滑动下方文字1.【药物递送】基于配体与分子靶标特异性结合的靶向纳米颗粒(NPs)为组织选择性药物递送提供了一种很有前途的工具。然而，细胞表面的分子靶点数量有限，阻碍了可以结合的NPs的数量，从而限制了治疗结果。虽然已经开发了几种增强药物递送的策略，例如增强药物负载和循环时间或增加纳米载体的增强渗透性和保留效应，但没有一种策略能够解决这个问题。在此，我们设计了一种简单的方法，利用两个匹配的NPs进行扩增和靶向给药。一种NP被适配体功能化以特异性结合靶细胞，而另一种NP被适配体互补dna功能化以特异性结合适配体NP。交替施用这两种匹配的NPs使它们能够在疾病部位持续积累，尽管它们的分子靶点有限。作为概念验证，该方法在乳腺癌模型中进行了测试，并在体外和体内显著增强了肿瘤细胞的化疗。该方法在脑损伤模型中的潜在应用也得到了证明。总的来说，该研究描述了一种独立于靶标数的放大靶向药物递送方法。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsnano.3c04059DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsnano.3c040592.【深度学习】蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)对各种生物过程和疾病至关重要。然而，大多数现有的识别PPI调制器的计算方法要么需要目标结构，要么需要参考调制器，这限制了它们对新型PPI目标的适用性。为了解决这一挑战，我们提出了MultiPPIMI，这是一个基于序列的深度学习框架，可以预测任何给定PPI目标和调制器之间的相互作用。MultiPPIMI集成了PPI靶点和调制器的多模态表示，并使用双线性注意网络来捕获分子间相互作用。在我们精心设计的基准数据集上的实验结果表明，MultiPPIMI在三种冷启动场景下的平均AUROC为0.837，在随机分割场景下的AUROC为0.994。此外，案例研究表明，MultiPPIMI可以帮助分子对接模拟筛选Keap1/Nrf2 PPI相互作用抑制剂。我们相信所提出的方法提供了一种有希望的方法来筛选ppi靶向调制器。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01527DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c015273.【分子动力学模拟】在这项研究中，我们测试了标准分子动力学(MD)模拟、较短标准MD模拟的重复和哈密顿复制交换(HREM)模拟的性能，以两种大环宿主为样本进行客体递送，其特征是诱导拟合(苯基宿主)和构象选择(环烷基宿主)，以及ODR-BRD4(I)药物受体系统，其中配体可以呈现两种主要姿态。为了优化HREM模拟，我们提出并测试了一种动态迭代方案，用于在恒定的副本数量下沿副本进度均衡接受率，从而对采样效率产生适度的影响。关于标准MD，我们发现，虽然在短MD重复中分配的总模拟时间可以再现基于苯基的宿主和ODR-BRD4(I)复合物中HREM的采样效率，但在以长亚稳态为特征的基于萘基的大周期中，增强采样技术是唯一可行的替代方法，可以可靠地对坚固的构象进行规范采样。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jctc.3c00867DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jctc.3c008674.【SARS-CoV-2】冠状病毒(CoV)，包括SARS-CoV-2，通过激活应激反应信号通路(如未折叠蛋白反应(UPR))来调节宿主蛋白质稳态，UPR通过减弱翻译和增加蛋白质折叠能力来纠正错误折叠的蛋白质积累。虽然冠状病毒非结构蛋白(nsps)对感染至关重要，但人们对nsps在调节普遍定期循环中的作用知之甚少。我们利用定量蛋白质组学方法，表征了复制关键驱动因子SARS-CoV-2 nsp4过表达对细胞培养中UPR的影响，以灵敏地检测效应蛋白的全通路上调。我们发现nsp4优先激活UPR的ATF6和PERK分支。之前，我们发现nsp3的n端截断(nsp3.1)可以抑制ATF6的药理激活。为了确定nsp3.1和nsp4如何调节UPR，它们的共表达表明nsp3.1抑制nsp4介导的PERK，但不抑制ATF6的激活。对SARS-CoV-2感染蛋白质组学数据的重新分析显示，PERK靶点在感染早期的时间依赖性激活，随后消退。这种时间调控表明nsp3和nsp4在调节PERK通路中发挥作用，以减弱有利于病毒复制的宿主翻译，同时避免由慢性激活引起的后期凋亡信号。这项工作进一步加深了我们对冠状病毒-宿主蛋白质停滞相互作用的理解，并突出了蛋白质组学方法在普遍定期审议系统级分析中的作用。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jproteome.3c00600DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jproteome.3c006005.【蛋白质热力学】准确预测突变时结合自由能的变化对于优化药物、设计蛋白质、了解遗传疾病和具有成本效益的虚拟筛选至关重要。虽然机器学习方法在这一领域显示出前景，但在不同数据集上实现准确性和泛化仍然是一个挑战。本研究引入了蛋白质-蛋白质相互作用的几何图学习(GGL-PPI)，这是一种结合几何图表示和机器学习来预测突变诱导的结合自由能变化的新方法。GGL-PPI利用原子级图着色和多尺度加权彩色几何子图来捕捉生物分子的结构特征，在AB-Bind、SKEMPI 1.0和SKEMPI 2.0三个标准数据集上表现出优异的性能。该模型的有效性扩展到在盲测试集中预测蛋白质热力学稳定性，为直接和反向突变提供无偏预测，并显示出显着的泛化。GGL-PPI在预测突变引起的结合自由能和稳定性变化方面的准确性增强了我们对蛋白质复合物的理解，为药物设计工作提供了有价值的见解。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jpclett.3c02679DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jpclett.3c026796.【靶点】植物病原真菌对作物产量和品质构成严重威胁，杀菌剂耐药性的出现进一步加剧了这一问题。因此，迫切需要高效环保的杀菌剂。本研究研究了(+)- usnic酸的抗真菌活性及其对作物病原菌4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPPDs)的抑制作用，并测定了酵母酵母HPPD (ZtHPPD)-(+)- usnic酸配合物的结构。从而揭示了(+)-Usnic酸的抗真菌靶点及其对HPPD的抑制作用基础。此外，我们发现了一种潜在的铅杀菌剂，它具有一种新的支架，显示出显著的抗真菌活性。此外，我们的分子对接分析揭示了该化合物与ZtHPPD独特的结合模式，解释了其高抑制作用。我们认为，HPPD是一种很有前景的植物病原真菌控制靶点，该新化合物为杀菌剂和两用农药的开发提供了新的起点。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jafc.3c05260DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jafc.3c05260上下滚动查看更多药企动态2023年12月1日【诺华】投资金额超6亿！诺华在华设立放射性疗法生产基地2023年12月1日【神州细胞】神州细胞第3款新冠疫苗获紧急使用授权2023年11月30日【强生医疗科技】强生医疗科技以4亿美元收购Laminar2023年11月30日【石药集团】石药集团siRNA药物在华获批临床2023年11月30日【恒瑞】恒瑞 JAK1抑制剂「艾玛昔替尼」新适应症申报上市2023年11月29日【百时美施贵宝】布局抗体寡核苷酸偶联领域！百时美施贵宝达成23亿美元合作2023年11月29日【京新药业】治疗失眠障碍，京新药业1类新药｢地达西尼胶囊｣获批上市各动态具体信息，请滑动下方文字1.【诺华】12月1日，诺华宣布将在中国投资设立一家全新的放射性药物生产基地，以加快将创新型放射配体疗法引入中国的步伐，造福有临床需求的国内肿瘤患者。此生产基地将落地浙江省海盐县核技术应用（同位素）产业园，投资总额预计将超过6亿元人民币。该基地的建设将遵循安全高效运营的最高质量标准，在相关药物获得监管部门批准许可的情况下，预计将在2026年底投入生产。链接网址请戳我2.【神州细胞】12月1日，神州细胞自主研发的组新冠病毒Beta/Omicron （BA.1/BQ.1.1/XBB.1）变异株S三聚体蛋白疫苗（项目代号：SCTV01E-2）被国家药监局纳入紧急使用。SCTV01E-2是继安诺能® 2（重组新冠病毒 2价（Alpha/Beta）S三聚体蛋白疫苗）、安诺能® 4（重组新冠病毒4价（Alpha/Beta/Delta/Omicron 变异株）S三聚体蛋白疫苗）之后，该公司第三款被国家纳入紧急使用的新冠疫苗产品。链接网址请戳我3.【强生医疗科技】11月30日，强生医疗科技宣布完成对Laminar的收购，Laminar是一家私营医疗器械公司，专注于消除非瓣膜性心房颤动(AFib)患者的左心耳(LAA)。强生医疗科技以4亿美元的预付款收购Laminar，并将在2024年及以后支付额外的临床和监管里程碑付款。Laminar加入强生医疗科技公司成为全球心律失常治疗领导者Biosense Webster的一部分。链接网址请戳我4.【石药集团】11月30日，石药集团发布公告，石药自主研发的化学1类新药SYH2053注射液（双链小干扰RNA（siRNA）药物）已获得中华人民共和国国家药品监督管理局批准，可以在中国开展临床试验。链接网址请戳我5.【恒瑞】11月30日，CDE官网显示，恒瑞 JAK1抑制剂艾玛昔替尼（SHR0302）JAK1抑制剂艾玛昔替尼（SHR0302）新适应症的上市申请获得受理，推测本次申报上市的适应症为类风湿关节炎。SHR0302是恒瑞医药自主研发的高选择性的JAK1抑制剂，国家1类新药，是国内自主研发的具有一类知识产权的口服小分子创新药物，可通过抑制JAK1信号传导发挥抗炎和抑制免疫的生物学效应。链接网址请戳我6.【百时美施贵宝】Avidity Biosciences今天宣布与百时美施贵宝（Bristol Myers Squibb）达成潜在总额约23亿美元的全球授权和研究合作，共同专注于多个心血管靶点的发现、开发和商业化。此次战略合作通过扩大Avidity与百时美施贵宝的现有关系，拓宽该公司抗体寡核苷酸偶联物（AOC）疗法的应用范围。Avidity同时将继续推进其在罕见心脏适应症方面的内部研发计划。链接网址请戳我7.【京新药业】11月29日，药监局官网显示，京新药业1类创新药地达西尼胶囊上市。该药适用于失眠障碍患者的短期治疗。地达西尼胶囊（EVT201胶囊）是治疗失眠障碍的1类小分子新药，属于新型GABAa受体部分正向别构调节剂（Partial positive allosteric modulator, pPAM），通过与α1-亚型结合导致GABAa受体的变构调节而中度激活该受体并导致下游信号转导，从而抑制中枢神经系统，发生睡眠作用。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2023年12月14日-16日杭州市滨江区人民政府、长三角数据驱动创新生物医药产业链联盟、中国生物医药产业链创新转化联合体举办2023首届长三角生物医药产业大会暨第四届中国生物医药产业链创新转化国际峰会2024年2月28-29日举办AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字2023首届长三角生物医药产业大会暨第四届中国生物医药产业链创新转化国际峰会主办方：杭州市滨江区人民政府、长三角数据驱动创新生物医药产业链联盟、中国生物医药产业链创新转化联合体会议时间：2023年12月14日-16日会议地点：杭州会议主旨：大会以“数智时代医药生存与创新”为主题，整合长三角地区IT+BT资源，交流探讨数字技术赋能生物医药产业数字化转型新路径与新经验，推进产业大数据及数字技术在药物发现、设计、研发、临床研究、质量检测、全链条管理等数字化场景应用创新。通过数据驱动+产业互联，把产业数字化治理与药械企业创新生态构建相结合，以数据流带动业务流，推动数据要素价值化，医药营销合规化，打造服务全国的产业服务交流平台，实现数据驱动全要素生产率和医药产业资源配置效率的提升，助力长三角数字化发展之路走深走实，共筑产业新生态。链接网址请戳我AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会会议时间：2024年2月28-29日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越抗体药物研发的最前沿，追踪最新的临床进展，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在抗体药物的年度产业大会！链接网址请戳我SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD 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