生物医药系列产品
数据
资源
版本对比
免费注册
预约演示
免费注册
“高通量、高灵敏度”!
浙江大学
郭国骥、梁廷波等发文:公布新型单核总RNA测序方法
2023-11-28
·
今日头条
基因疗法
核酸药物
本文为转化医学网原创,转载请注明出处 作者:Jerry 导读:
肿瘤
异质性及其驱动因素影响
肿瘤
进展和
癌症
治疗。单细胞RNA测序用于研究
肿瘤
生态系统的异质性。 近日,
浙江大学
郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊《Advanced Science》上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文,本研究中, 研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法snHH-seq,该方法将随机引物与液滴微流控平台的预索引策略相结合。 这种创新的方法允许从临床冷冻样品中检测单个细胞核中的总RNA。并且建立了一个强大的流水线,以促进全长RNA-seq数据的分析。snHH-seq应用于来自32例不同
肿瘤
类型患者的73万多个单核。泛
癌症
研究使其能够全面分析
肿瘤
转录组数据,包括表达水平、突变、剪接模式、克隆动态等。 https://onlinelibrary-wiley-com.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1002/advs.202304755 研究背景 01 癌细胞及其驱动因素的异质性在
肿瘤
发生和恶性进展中起着重要作用,并对
癌症
治疗有重要影响。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量转录信息,从而准确地解决
肿瘤
异质性。 许多研究利用scRNA-seq来阐明
肿瘤
微环境的多样性,揭示治疗策略的机制,并据此提出新的分子标记和治疗靶点。 然而,scRNA-seq在处理临床
肿瘤
样本,特别是档案材料(如冷冻组织)方面具有独特的后勤和技术挑战。首先,临床
肿瘤
样本的scRNA-seq需要实施快速组织解离程序,目前大多数医院的常规病理实验室不存在这种程序。其次,大多数scRNA-seq方法使用oligo-dT引物来捕获和扩增聚腺苷化转录本,这一过程高度依赖于组织样品的质量。此外,寡聚dt捕获导致缺乏对许多生物过程很重要的非聚腺苷化转录本。第三,高通量scRNA-seq方法只能检测转录本3 '或5 '端的短片段,这限制了临床样本的突变和剪接分析,特别是对
肿瘤
。 为了克服这些挑战,研究人员开发了“高通量高灵敏度单核总RNA测序”(snHH-seq),将随机引物和预索引策略结合在液滴微流控平台上。单核RNA-seq (snRNA-seq)减少了对样品收集和处理的要求。这也为纵向样本的分析铺平了道路。使用随机引物而不是oligo-dT引物捕获转录本,不仅可以拯救部分降解转录本的档案临床样本,而且具有更高的灵敏度(一个转录本有多个可捕获的位点)和更高的覆盖率(转录本的3 '和5 '端,非聚腺苷化转录本和聚腺苷化转录本)。该预索引策略应用于基于液滴和基于平板的方法,提供至少一个数量级的吞吐量增益,并促进临床样品的多路分析。 研究进展 02 为了能够评估大量临床冷冻样本,减少解离的批次,研究人员建立了snHH-seq,一个基于液滴的高通量、高灵敏度的单核总RNA测序平台。snHH-seq是一种结合随机RT引物和预索引策略优势的强大方法。 snHH-seq具有高通量和高灵敏度,为
肿瘤
图谱绘制和其他基因组研究提供了新的可能性。 接下来,研究人员使用snHH-seq分析冷冻临床
肿瘤
样本。研究人员分析了32例患者的735 722个细胞核,涵盖了中国发病率和死亡率最高的
肿瘤
类型,包括
肺腺癌(LUAD)
、
肝细胞癌(HCC)
、
肝内胆管癌(ICC)
、
胶质瘤
、
结肠腺癌(COAD)
、
直肠腺癌(READ)
、
乳腺浸润性癌(BRCA)
、
食管癌(ESCA)
和
胃腺癌(STAD)
。在单细胞
癌症
研究中,识别恶性细胞是至关重要的一步,因为它们构成了
癌症
样本的主要组成部分。为了在研究人员的数据集中识别细胞类型(恶性细胞和非恶性细胞),研究人员使用了标记基因和推断拷贝数变异(CNV)的组合。考虑到所研究的
癌症
类型,研究人员使用带注释的非上皮细胞,如内皮细胞、基质细胞和巨噬细胞作为intercnv的参考,以推断每个患者的CNV特征。 为了进一步说明TME(
肿瘤
微环境)的异质性,研究人员收集了来自不同患者的内皮细胞、骨髓细胞和基质细胞,并进行了亚聚类分析。研究人员获得了15个
肿瘤
内皮细胞(TEC)亚簇,包括动脉TEC (C4、
FBLN5
和
SULF1
)、静脉TEC (C6、
ACKR1
)、淋巴TEC (C2、
PROX1
)、毛细血管TEC (
C7
、
BTNL9
和
CD36
)、外周血TEC (
C9
、
PDGFRB
)、尖端TEC (C3、COL4A1)、细胞周期TEC (C12、C2orf48和
CIT
)和免疫样TEC (C10、
DOCK2
和PTPRC)。Tip TEC (C3)和cell cycle TEC (C12)在多个
肿瘤
中富集。在泛癌髓系细胞中,研究人员观察到
肿瘤
和
NAT
之间共享和特异性的基因特征。此外,研究人员在
乳腺肿瘤
和NAT样本中观察到显著的异质性。
C2
和
C5
主要驻留在
乳腺肿瘤
中,表达抑癌基因,可能调控乳腺TME中硫酸肝素的表达;C13主要存在于乳腺NAT和高表达的
LRP1B
中,
LRP1B
是一种可能抑制
肿瘤
迁移和侵袭的
肿瘤
抑制因子。表达
C8
的
TNXB
主要存在于
NAT
中,对多种
肿瘤
有贡献,可能阻碍
肿瘤
细胞的侵袭和转移。 总的来说,研究人员对细胞区室的泛
癌症
分析揭示了
肿瘤
环境的共享和
癌症
限制特征。 使用snHH-seq进行泛癌分析 研究结论 03 总之,研究人员证明了高分辨率单细胞全长转录组测序在鉴定新的
肿瘤
生物标志物方面的价值,并为全长单细胞测序提供了详细的分析。研究人员的综合分析方法包括检查基因表达、体细胞突变、剪接模式和克隆行为。通过利用这些不同的观点,研究人员可以确定与
癌症
相关基因和细胞类型相关的特定变异。这个项目代表了研究人员理解
癌症
潜在遗传机制的能力的重大进步。最终,这些发现加深了研究人员对
肿瘤
生物学的理解,并为更有效的诊断和治疗方法铺平了道路。 参考资料: https://onlinelibrary-wiley-com.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1002/advs.202304755 注:本文旨在介绍医学研究进展,不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导,请至正规医院就诊。 热门·直播/活动 🕓 北京|12月19日-20日 ▶第四届单细胞测序技术应用研讨会暨单细胞&空间组学研讨会(日程稍后公布) 点击对应文字 查看详情
更多内容,
请访问原始网站
文中所述内容并不反映新药情报库及其所属公司任何意见及观点,如有版权侵扰或错误之处,请及时联系我们,我们会在24小时内配合处理。
机构
浙江大学
适应症
癌症
肺腺癌
肝细胞癌
[+8]
靶点
FBLN5
SULF1
ACKR1
[+14]
药物
-
标准版
¥
16800
元/账号/年
新药情报库 | 省钱又好用!
立即使用
来和芽仔聊天吧
热门报告
特应性皮炎深度解析:药物开发、专利分析与风险评估
智慧芽生物医药
2024年7月全球首批及特殊审评药物报告
智慧芽生物医药
GPRC5D靶点专利调研报告
智慧芽生物医药
立即开始免费试用!
智慧芽新药情报库是智慧芽专为生命科学人士构建的基于AI的创新药情报平台,助您全方位提升您的研发与决策效率。
开始免费试用
立即开始数据试用!
智慧芽新药库数据也通过智慧芽数据服务平台,以API或者数据包形式对外开放,助您更加充分利用智慧芽新药情报信息。
试用数据服务