The effect of zinc supplementation separately and in combination with probiotics on inflammatory and oxidative stress indicators, the severity of gastrointestinal symptoms, mood disorders, quality of life and sleep in patients with irritable bowel syndrome: a double-blind randomized controlled clinical trial

开始日期2024-07-22

申办/合作机构

Isfahan University of Medical Sciences

NCT06412653 / Not yet recruiting临床2期IIT

Prospective Pilot Trial to Address the Feasibility and Safety of Treatment With Oral Zinc in GNAO1 Associated Disorders

The goal of this clinical trial is to investigate feasibility and safety of an oral therapy with zinc in patients affected by Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha (GNAO1) associated disorders.
The main questions it aims to answer are:
Is a daily oral therapy with zinc in GNAO1 associated disorders a safe and feasible therapy?
Are there potential changes in general motor skills, general behaviour and well being, day/night rhythm, level of dyskinesia and dystonia, frequency of seizures, quality of life and changes in the microbiome of the patients.
Participants with GNAO1 associated disorders will be given an oral zinc therapy for 6 month and will be assessed in 3 visits and 2 phone calls within this trial.

开始日期2024-06-01

申办/合作机构

University of Geneva

[+2]

IRCT20240330061385N1 / Recruiting临床3期IIT

Investigating the effect of zinc supplementation on the growth of infants with low birth weight

开始日期2024-05-21

申办/合作机构-

100 项与醋酸锌相关的临床结果

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100 项与醋酸锌相关的转化医学

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100 项与醋酸锌相关的专利（医药）

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19,236

项与醋酸锌相关的文献（医药）

2024-06-01·Food chemistry

Green synthesis of Zn2+ nanocarriers from Auricularia auricula fermentation broth with excellent antioxidant activity

Article

作者: Yu, Xiaoting ; Xing, Shanghua ; Tan, Mingqian

Nanoparticles (NPs) possessing nanoscale dimensions and remarkable antioxidant activity were synthesized via a green hydrothermal method utilizing Auricularia auricula fermentation broth, referred to as AFNPs. The functional groups on the surface of the AFNPs significantly contributed to the formation of AFNPs-Zn²⁺. The AFNPs-Zn²⁺ appeared a zinc retention rate of 40.80 % after gastrointestinal digestion. When compared to typical zinc supplements, AFNPs-Zn²⁺ did not exhibit visible cytotoxicity or hemolysis. Furthermore, AFNPs-Zn²⁺ demonstrated the ability to mitigate cell damage resulting from zinc deficiency. In vivo experiments showed that AFNPs-Zn²⁺ were mainly observed in the stomach, intestine, kidney, and testis after oral administration. In vivo distribution experiments indicated predominant presence of AFNPs-Zn²⁺ in the stomach, intestine, kidney, and testis following oral administration. This study highlights the potential for Auricularia auricula NPs to serve as the efficient, stable, and safe nanocarriers for Zn²⁺.

2024-05-18·Journal of the American Nutrition Association

Growth and Enzyme Application of Garlic Enriched With Zinc and Natural Magnesium

Article

作者: Hung, Fei-Shuo

Objective: Garlic can help humans ensure healthy lives and promote well-being for all at all ages by sufficient zinc and magnesium intake.Method: Serpentine treated it by microwaving and sintering to enhance its crystallinity as well as its magnesium and zinc ion release rates. Furthermore, an enriched garlic enzyme extract had an approximately 8-fold increase in alliinase activity. Results: Strong bonding was observed for the microwaved and sintered powders, but also facilitated zinc ion reactions and reduced lattice defects. Accordingly, used for the garlic growth and enzyme experiments.Conclusions: (1) The sintered powder excellent magnesium and zinc ion release capability. (2) The enriched garlic enzymes had high alliinase activity, likely increasing the health benefits of the garlic.

2024-05-01·Journal of trace elements in medicine and biology : organ of the Society for Minerals and Trace Elements (GMS)

Zinc deficiency affects insulin secretion and alters insulin-regulated metabolic signaling in rats

Article

作者: Suka, Machi ; Nakamura, Anna ; Kido, Takamasa ; Seki, Yoshiko

BACKGROUND:

The essential trace element zinc is important in stabilizing pancreatic insulin secretion. Zinc not only influences the synthesis of insulin but also affects its activity. Insulin not only exerts a hypoglycemic effect but also regulates glucose and lipid metabolisms in insulin target organs. In this study, we aimed to determine changes to pancreatic β cells and insulin secretion induced by different zinc concentrations and to evaluate the effect of zinc deficiency on glucose intolerance, insulin resistance, and insulin target organs via changing insulin levels.

METHODS:

We set up two experimental trials. In the first trial, male Sprague Dawley (SD) rats were divided into three groups. Group one (ZnC) received a standard diet, group two (ZnF) was given a zinc-free diet, and group three (ZnFC) was initially fed a zinc-free diet followed by a reversion to the standard diet. After sacrifice, we observed changes in blood parameters, including insulin, and examined alterations in pancreatic tissue using immunostaining, with focus on the localization of pancreatic β-cells. In the second trial, male SD rats were split into two groups, with one receiving a standard diet and the other a zinc-free diet. Oral glucose tolerance and insulin tolerance tests were then performed. After sacrifice, we evaluated changes in lipid and glucose metabolism within insulin target organs using quantitative polymerase chain reaction.

RESULTS:

In the first trial, blood insulin levels and the area of insulin-positive staining in pancreatic β-cells decreased in the ZnF compared to the ZnC group. The ZnFC group did not show recovery in either blood insulin levels or the area of insulin-positive staining in pancreatic β-cells. In the second trial, no differences were observed in glucose tolerance or insulin resistance between the ZnC and ZnF groups. However, changes in the expression of insulin target genes were noted in the liver and adipose tissue in the ZnF group.

CONCLUSION:

We reveal that dietary zinc concentrations not only affect the concentration of insulin in the blood but also impact the localization of pancreatic β-cells involved in insulin production. Furthermore, our results suggest that changes in blood insulin levels, induced by different zinc concentrations, could cause metabolic alterations in insulin target organs such as the liver and adipose tissue. This study sheds more light on the role of zinc in insulin-regulated metabolic diseases.

项与醋酸锌相关的新闻（医药）

2024-06-19

·精准药物

AlphaFold 3 结合分子对接迎来新突破！

蛋白质设计先驱、华盛顿大学的 David Baker 开始尝试从头设计全新的、自然界不存在的蛋白质，能够以极其精确的方式与生长因子受体结合。 2024年6月10日，David Baker 团队在国际顶尖学术期刊 Cell 上发表了题为：Modulation of FGF pathway signaling and vascular differentiation using designed oligomeric assemblies 的研究论文。该研究通过从头设计的环形蛋白质来调控成纤维细胞生长因子（FGF）信号通路和血管分化，这种全新设计的蛋白质能够指导人类干细胞形成新血管，这种对干细胞发育的调控是朝着更有效的再生医学迈出的重要一步。 2024 年 5 月 8 日，谷歌 DeepMind 与 Isomorphic Labs 联合在《自然》期刊上发布蛋白质领域最新人工智能模型 AlphaFold 3！这一模型能够准确预测蛋白质、DNA、RNA 以及配体等生命分子的结构及其相互作用方式。这是继AlphaFold 2 之后的又一重大突破在预测类药物相互作用方面，AlphaFold 3 实现了前所未有的准确度，包括蛋白质与配体的结合以及抗体与其靶蛋白的结合。在 PoseBusters 的基准测试中，AlphaFold 3 的准确率比现有最佳传统方法高出 50%，而且无需任何结构信息输入，成为首个超越传统物理预测工具的人工智能系统。这种预测抗体与蛋白质结合的能力，对于理解人类免疫反应的各个方面以及新抗体的设计至关重要。 David Baker 教授 01 深度学习蛋白质设计 02 CADD计算机辅助药物设计 03 AIDD人工智能药物发现与设计 04 深度学习基因组学 05 机器学习代谢组学 06 机器学习微生物组学 07 CRISPR-Cas9基因编辑技术 08 单细胞测序及空间多组学以下为内容介绍 WORK OVERVIEW 01 深度学习蛋白质设计内容可向下滑动第一天 1. 深度学习在蛋白质设计中的重要性 1.1概述深度学习的基本概念什么是深度学习神经网络基本概念深度学习的历史与发展 1.2深度学习在生物信息学中的应用在基因组学、生物元件改造、蛋白质设计等方向中的应用举例 2. 蛋白质结构和功能的基本概念 2.1蛋白质的一级到四级结构氨基酸序列、二级结构、三级结构、四级结构 2.2结构与功能的关系结构决定功能的原则 (Anfinsen's Principle) 具体的蛋白质功能举例 2.3 重要的蛋白质数据库介绍蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库（PDB数据库等） 2.4 蛋白质的数据表示介绍蛋白质序列表示蛋白质结构表示（包含实践示范：使用BioPython，Pymol等进行蛋白质结构操作）第一天下午 1. 深度学习基础知识介绍 1.1神经网络简介神经网络的基本组成前向传播与反向传播 1.2常用深度学习算法（卷积神经网络、递归神经网络等）卷积神经网络（CNN）递归神经网络（RNN）长短期记忆网络（LSTM） Transformer结构扩散模型（Diffusion Model） 2. 深度学习工具与框架 2.1 TensorFlow框架 TensorFlow的基本概念介绍 2.2 PyTorch框架（重点） PyTorch的基本概念 PyTorch的基本使用方法（包含实践示范：使用Pytorch搭建神经网络）第二天 1. 蛋白质序列分析相关介绍 1.1序列比对工具与方法 BLAST、Clustal Omega等工具介绍（包含实践示范：如何使用这些工具）多序列比对MSA的重要性基于数学或深度学习的蛋白质序列相似度分析方法（包含实践示范：序列特征提取方法示范） 1.2 深度学习在蛋白质序列分类中的应用自动特征提取蛋白质家族分类蛋白质功能分类 2. 蛋白质大语言模型介绍（重点） 2.1 语言模型介绍什么是自然语言处理NLP？什么是大语言模型 2.2 生物中的语言模型序列语言模型kmer2vec，DNABert（包含实践示范：简单训练一个蛋白质序列的kmer2vec模型） ESM蛋白质大语言模型 ProGen大模型第二天下午 1. 具体介绍自然语言处理NLP的各种知识 1.1 词嵌入 One-hot embedding Word2vec embedding Glove embedding 语言大模型embedding 1.2 深度学习常用的loss介绍 2. 深度学习模型优化技巧 2.1模型评估与优化方法评估指标：准确率、召回率、F1分数等优化方法：正则化、Dropout等 2.2 超参数调优超参数对于模型的影响网格搜索、随机搜索第三天 1. 蛋白质设计的基本概念 1.1蛋白质工程与设计的概述蛋白质工程的历史蛋白质设计的方法 1.2蛋白质设计的挑战与机遇设计新功能蛋白质的挑战蛋白质设计的应用前景 2. 蛋白质设计的中心法则介绍 2.1 正向中心法则 2.2 逆向中心法则第三天下午 1. 深度学习在蛋白质结构预测中的应用（重点） 1.1 蛋白质结构预测的发展过程 David Baker的研究工作总结蛋白质三维坐标与蛋白质内坐标的转换方法 1.2 AlphaFold及其影响 AlphaFold 2的工作原理 OpenFold代码介绍 AlphaFold 3和AlphaFold 2的区别（包含实践示范：如何使用AlphaFold 3大模型开源服务器进行蛋白质结构预测以及相互作用预测） RoseTTAFold All-Atom大模型的介绍 ESMFold大模型的介绍第四天 1. 蛋白质功能预测之深度学习在药物发现中的应用 1.1深度学习与药物设计概述深度学习在药物设计中的重要性 1.2蛋白质-小分子相互作用预测各种前沿预测方法与模型的介绍大模型如何在这一领域发挥作用 2. 蛋白质功能预测之蛋白质-蛋白质相互作用 2.1模型选择与训练不同模型的特点介绍 2.2预测结果的评估与解释评估指标与方法 2.3 点突变后的蛋白质-蛋白质相互作用介绍新冠病毒预测中深度学习模型发挥作用举例第四天下午 1. 蛋白质功能预测之蛋白质-核酸相互作用 1.1 蛋白质与DNA相互作用任务 1.2 蛋白质与RNA相互作用任务 1.2模型选择与训练不同模型的特点介绍大模型如何在这一领域发挥作用 2. 分子对接与深度学习结合 2.1分子对接的基本概念分子对接的原理经典分子对接软件工具介绍（包含实践示范：如何使用各种分子对接软件工具，如AutoDock等，并使用Pymol等进行对接结果展示） 2.2 分子对接中的挑战计算复杂性的挑战 2.3深度学习在分子对接中的应用新方法、新工具的介绍结合深度学习提高对接效率第五天 1. 多肽与蛋白质相互作用设计 1.1多肽设计的基本概念多肽的特点与设计方法 1.2深度学习在多肽设计中的应用应用案例分析 2. 逆向中心法则之从功能推导结构 2.1 蛋白质功能基序的划分 2.2 从功能推导所需序列的方法介绍第五天下午 1. 逆向中心法则之从零开始设计结构 2. 逆向中心法则之设计序列以明确结构和功能 3. 总结与展望 3.1 深度学习在蛋白质设计中的未来发展未来发展趋势蛋白质foundation model的影响（包含实践示范：如何应用foundation model，如何在foundation model的基础上设计下游任务） 3.2课程总结与回顾课程内容的回顾与总结 4. Q&A环节 02 CADD计算机辅助药物设计内容可向下滑动第一天导论与基础 1. 蛋白质三维结构的预测对于药物发现的重要性 1.1 同源建模 1.2 从头建模 2. 蛋白质（酶/靶点）活性位点在药物发现的重要性 3. 药物发现中的关键结构特征（特别是小分子） 4. 药物辅助发现常用的计算方法 4.1 分子对接 4.2 虚拟筛选 4.3 分子动力学模拟 4.4 其他 PDB数据库的介绍 1.1 检索蛋白 1.2 页面功能及解读 1.3 数据的下载 1.4 PDB文件格式的解读 2. PyMol 2.1 软件介绍 2.2 基本操作介绍 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4 绘制相互作用图及制作简单动画第二天同源建模 1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模； 2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法） 2.2 蛋白序列比对 2.3 蛋白模板选择 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型评价（蛋白拉曼图） 2.6 蛋白模型优化实例讲解与练习：用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型小分子构建 1. ChemDraw软件介绍 1.1 小分子结构构建 1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP等）计算 1.3 分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子小分子化合物库 2 小分子数据库 2.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用 2.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用第三天分子对接基础 1.1 分子对接原理 1.2 分子对接分类 1.3 分子对接打分函数 2. 常规分子对接实践 2.1 对接的执行 2.1.1 药物分子配体的准备 2.1.2 蛋白受体的准备 2.1.3 受体格点计算 2.1.3 执行半柔性对接对接结果评价 1.2.1 晶体结构构象进行对比 1.2.2 能量角度评价对接结果 1.2.3 聚类分析评价对接结果 1.2.4 最优结合构象的选择 2 对接其他方式的实现第四天 1 柔性对接 1.1 小分子配体优化准备 1.2 蛋白受体的准备 1.3 柔性残基的定义 1.4 蛋白受体格点计算 1.5 柔性对接计算及结果评价 1.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择 2 柔性对接其他方式的实现下午基于受体的药物发现 1 虚拟筛选的准备 1.1 小分子文件的不同格式 1.2 openbabel最实用功能的介绍 1.3 小分子不同格式的转化 2. 基于对接的虚拟筛选 2.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示 2.2 靶点蛋白选择、化合物库获取 2.3 虚拟筛选 2.4 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）第五天上午一些特殊的分子对接 1.小分子-小分子对接 1.1小分子-小分子相互作用简介 1.2小分子结构预处理 1.3小分子-小分子对接（糖-小分子为例） 1.4对接结果展示与分析 2. 蛋白-核酸对接 3. 蛋白-蛋白对接下午基于配体的药物发现 1. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件） 1.1 小分子构建 1.2 创建小分子数据库 1.3 小分子加电荷及能量优化 1.4 分子活性构象确定及叠合 1.5 创建3D-QSAR模型 1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建 1.7 测试集验证模型 1.8 模型参数分析 1.9 模型等势图分析 1.10 3D-QSAR模型指导药物设计第六天上午 1. linux系统介绍 2.常用命令介绍 3. linux上程序的安装（gromacs）下午 MD实践一：溶剂化下蛋白质分子动力学模拟全面熟悉分子动力学模拟的一般流程第七天上午 MD实践二：溶剂化下蛋白质-配体的分子动力学模拟掌握处理非标准残基的力场拟合下午分子动力学模拟中的常用分析命令蛋白-配体结合自由能的结算部分模型案例图片 03 AIDD人工智能药物发现与设计内容可向下滑动第一天 1 人工智能药物发现(AIDD)简介 2 机器学习和深度学习在药物发现领域的应用 2.1 分子属性预测与优化 2.2 虚拟筛选 2.3 药物副作用预测与安全性评估 2.4 新药分子设计 3 工具介绍与安装 3.1 Anaconda3/Pycharm 安装 3.2 Numpy 基础 3.3 Pandas 基础 3.4 Matplotlib 基础 3.5 Scikit-learn 基础 3.6 Pytorch 基础 3.7 RDKit 基础第二天 1 机器学习简介 1.1 机器学习四要素 1.2 数据模块 1.3 核心和高级 API 2 回归算法与应用 2.1 线性回归 2.2 Lasso 回归 2.3 Ridge 回归 2.4 ElasticNset 弹性网络 3 分类算法与应用 3.1 逻辑回归 3.2 朴素贝叶斯 3.3 KNN 3.4 SVC 3.5 决策树 3.6 随机森林 3.7 集成学习 4 聚类算法 4.1 KMeans 4.2 密度聚类 DBSCAN 5 降维 5.1 奇异值分解 SVD 5.2 主成分分析 PCA 5.3 非负矩阵分解 NMF 6 模型的评估方法和评价指标 6.1 超参数优化 6.2 交叉验证 6.3 评价指标 7 特征工程 8 机器学习药物发现案例（一） ——化合物生物活性分类模型 9 机器学习药物发现案例（二） ——化合物生物活性回归模型 10 机器学习药物发现案例（三） —— 药物副作用预测模型图1. 副作用在药物-药物相似性网络中传播。第三天 1 深度学习与药物发现（一） 1.1 深度神经网络 1.2 正向和反向传播 1.3 优化方法 1.3.1 梯度下降增加动力 1.3.2 自适应学习 1.3.3 Adam 1.4 损失函数 1.4.1 平均绝对误差 1.4.2 均方误差损失函数 1.4.3 交叉熵损失函数 1.5 卷积神经网络 1.5.1 卷积层 1.5.2 填充和步幅 1.5.3 池化层 1.5.4 LeNet 网络 1.5.5 AlexNet 网络 2 深度学习药物发现案例（一） —— 药物-药物相互作用预测模型图 2. 利用药物关联网络特征和深度神经网络识别药物之间潜在相互作用事件。第四天 1 深度学习与药物发现（二） 1.1 循环神经网络 1.2 消息传递神经网络 1.3 图卷积神经网络 1.4 图注意力神经网络 1.5 图采样和聚合 2 深度学习药物发现案例（二） —— 药物靶标相互作用预测模型 3 深度学习药物发现案例（三） —— 药物重定位模型第五天 1 深度学习与药物发现（三） 1.1 注意力机制 1.2 自注意力模型 1.3 多头自注意力模型 1.4 交叉注意力模型 1.5 Transformer 模型 2 深度学习药物发现案例（四） —— 药物-药物相互作用预测模型 3 深度学习药物发现案例（五） —— 药物靶标结合亲和力预测模型图 4.将药物和蛋白质信息关联起来的带有注意力区块的AttentionDTA模型 04 深度学习基因组学内容可向下滑动第一天理论部分深度学习算法介绍 1.有监督学习的神经网络算法 1.1全连接深度神经网络DNN在基因组学中的应用举例 1.2卷积神经网络CNN在基因组学中的应用举例 1.3循环神经网络RNN在基因组学中的应用举例 1.4图卷积神经网络GCN在基因组学中的应用举例 2.无监督的神经网络算法 2.1自动编码器AE在基因组学中的应用举例 2.2生成对抗网络GAN在基因组学中的应用举例实操内容 1.Linux操作系统 1.1常用的Linux命令 1.2 Vim编辑器 1.3基因组数据文件管理, 修改文件权限 1.4查看探索基因组区域 2.Python语言基础 2.1.Python包安装和环境搭建 2.2.常见的数据结构和数据类型第二天基因组学基础 1. 基因组数据库 2. 表观基因组 3. 转录基因组 4.蛋白质组 5. 功能基因组实操内容基因组常用深度学习框架 1. 安装并介绍深度学习工具包tensorflow, keras，pytorch 2. 在工具包中识别深度学习模型要素 2.1.数据表示 2.2.张量运算 2.3.神经网络中的“层” 2.4.由层构成的模型 2.5.损失函数与优化器 2.6.数据集分割 2.7.过拟合与欠拟合 3.基因组数据处理 3.1安装并使用keras_dna处理各种基因序列数据如BED、 GFF、GTF、BIGWIG、BEDGRAPH、WIG等 3.2使用keras_dna设计深度学习模型 3.3使用keras_dna分割训练集、测试集 3.4使用keras_dna选取特定染色体的基因序列等第三天微生物组常用分析方法（实操） 1. 微生物丰度分析 2. 转录组丰度分析 3. 进化树分析 4. 降维分析第四天理论部分深度学习在识别拷贝数变异DeepCNV 1. SNP微阵列中预测拷贝数变异CNV，DeepCNV 2. RNA-Seq中预测premiRNA，dnnMiRPre 实操内容 1. 复现DeepCNV利用SNP微阵列联合图像分析识别拷贝数变异复现循环神经网络RNN工具 dnnMiRPre，从RNA-Seq中预测premiRNA 第五天理论部分深度学习在识别及疾病表型及生物标志物上的应用 1. 从基因表达数据中识别乳腺癌分型的深度学习工具DeepType 实操内容 1.复现DeepType，从METABRIC乳腺癌数据中区分乳腺癌亚型第六天理论部分深度学习在预测药物反应机制上的应用 1. 联合肿瘤基因标记及药物分子结构预测药物反应机制的深度学习工具SWnet 实操内容 1. 预处理药物分子结构信息 2. 计算药物相似性 3. 在不同数据集上构建self-attention SWnet 4. 评估self-attention SWnet 5. 构建多任务的SWnet 6. 构建单层SWnet 7. 构建带权值层的SWnet 部分模型案例图片 05 机器学习代谢组学内容可向下滑动第一天 A1 代谢物及代谢组学的发展与应用（1）代谢与生理过程；（2）代谢与疾病；（3）非靶向与靶向代谢组学；（4）空间代谢组学与质谱成像（MSI）；（5）代谢组学与药物和生物标志物；（6）代谢流与机制研究。 A2 代谢通路及代谢数据库（1）几种经典代谢通路简介；（2）三大常见代谢物库：HMDB、METLIN 和 KEGG; （3）代谢组学原始数据库：Metabolomics Workbench 和 Metabolights. A3 参考资料推荐 A4 代谢组学实验流程简介 A5 色谱、质谱硬件与原理解析（1）色谱分析原理与构造；（2）色谱仪和色谱柱的选择；（3）色谱的流动相：梯度洗脱法；（4）离子源、质量分析器与质量检测器解析；（5）质谱分析原理及动画演示；（6）色谱质谱联用技术（LC-MS）；第二天 B1 代谢物样本处理与抽提（1）各种组织、血液和体液等样本的提取流程与注意事项；（2）代谢物抽提流程与注意事项；（3）样本及代谢物的运输与保存问题； B2 LC-MS 数据质控与搜库（1） LC-MS 实验过程中 QC 和 Blank 样本的设置方法；（2） LC-MS 上机过程的数据质控监测和分析；（3）代谢组学上游分析原理——基于 Compound Discoverer 与 Xcms 软件；（4） Xcms 软件数据转换、提峰、峰对齐与搜库； B3 R 软件基础（1） R 和 Rstudio 的安装；（2） Rstudio 的界面配置；（3） R 中的基础运算和统计计算；（4） R 中的包：包，函数与参数的使用；（5） R 语言语法，数据类型与数据结构；（6） R 基础画图； B4 ggplot2 （1） ggplot2 简介（2） ggplot2 的画图哲学；（3） ggplot2 的配色系统；（4） ggplot2 数据挖掘与作图实战；第三天机器学习 C1 有监督式机器学习在代谢组学数据处理中的应用（1）人工智能、机器学习、深度学习的关系；（2）回归算法：从线性回归、Logistic 回归与 Cox 回归讲起；（3） PLS-DA 算法：PCA 降维后没有差异的数据还有救吗？（4） VIP score 的意义及选择；（5）分类算法：决策树，随机森林和贝叶斯网络模型； C2 一组代谢组学数据的分类算法实现的 R 演练 (1) 数据解读； (2) 演练与操作； C3 无监督式机器学习在代谢组学数据处理中的应用（1）大数据处理中的降维；（2） PCA 分析作图；（3）三种常见的聚类分析：K-means、层次分析与 SOM （4）热图和 hcluster 图的 R 语言实现； C4 一组代谢组学数据的降维与聚类分析的 R 演练 (1) 数据解析； (2) 演练与操作；第四天 D1 在线代谢组分析网页 Metaboanalyst 操作（1）用 R 将数据清洗成网页需要的格式；（2）独立组、配对组和多组的数据格式问题；（3） Metaboanalyst 中的上游分析（原始数据峰提取、峰对齐与搜库）（4） Metaboanalyst 的 pipeline 以及参数设置和注意事项；（5） Metaboanalyst 的结果查看和导出；（6） Metaboanalyst 的数据编辑；（7）全流程演练与操作。 D2 代谢组学数据清洗与 R 语言进阶（1）代谢组学中的 t、fold-change 和响应值；（2）数据清洗流程；（3） R 语言 tidyverse；（4）数据预处理：数据过滤与数据标准化（样本的 Normalization 和代谢物的 Scaling）；（5）代谢组学数据清洗演练；第五天 E1 文献数据分析部分复现（1 篇）（1）文献深度解读；（2）实操：从原始数据下载到图片复现；（3）学员实操。 E2 机器学习与代谢组学顶刊解读（3 篇）；（1） Signal Transduction and Targeted Therapy 一篇有关饥饿对不同脑区代谢组学影响变化的小鼠脑组织代谢图谱类的文献；(数据库型) （2） Cell 一篇代谢组学孕妇全程血液代谢组学分析得出对孕周和孕产期预测的代谢标志物的文献；(生物标志物型) （3） Nature 一篇对胰腺癌患者肠道菌群的代谢组学分析找到可以提高化疗效果的代谢物的文献。(机制研究型）部分模型案例图片 06 机器学习微生物组学内容可向下滑动第一天 1.微生物学基础知识回顾 2.机器学习基本概念介绍 a.什么是机器学习 b.监督学习、无监督学习 c.常用机器学习模型介绍 3.混淆矩阵 4.ROC曲线第二天 R语言简介与实操 1. R语言概述 2. R studio软件与R包安装 3. R语言语法及数据类型 4. 条件语句和循环 Linux实操 1. Linux操作系统 2. Linux操作系统的安装与设置 3. 网络配置与服务进程管理 4. Linux的远程登录管理 5. 常用的Linux命令 6. 在Linux下获取基因数据 7. Shell script与Vim编辑器下· 第三天微生物组常用分析方法（实操） 1. 微生物丰度分析 2. 转录组丰度分析 3. 进化树分析 4. 降维分析第四天机器学习在微生物组学中的应用案例分享 1. 疾病预测应用：利用机器学习基于微生物组学数据预测疾病状态 2. 肠道菌群研究：机器学习研究饮食对肠道微生物的影响第五天机器学习模型训练和分析（实操） 1. 加载数据及数据归一化 2. 构建训练模型（GLM, RF, SVM） 3. 模型参数优化 4. 模型错误率曲线绘制 5. 混淆矩阵计算 6. 重要特征筛选 7. 模型验证，ROC曲线绘制利用模型进行预测利用机器学习基于微生物组学数据预测宿主表型 1. 加载数据 2. 数据归一化 3. OUT特征处理 4. 机器学习模型构建（RF, KNN, SVM, Lasso等多种机器学习方法） 5. 绘制ROC 曲线，比较不同机器学习模型模型性能评估利用机器学习基于临床特征和肠道菌群预测疾病风险 1. 加载数据 2. 机器学习模型构建（RF, gbm, SVM等等） 3. 交叉验证 4.模型性能评估部分模型案例图片 07 CRISPR-Cas9基因编辑内容可向下滑动第一天基因编辑简介 1.基因编辑基本概念介绍 2.使用单基因遗传病数据库 (实操) 3. 5524种单基因遗传病的发病率及对应基因 4.使用网站查找突变位点周围碱基选择基因编辑工具(实操) 5.基因编辑历史 6.TALEN 7.Zinc finger 8.Base editor 9.Prime editor 第二天 1.如何选择正确Cas9蛋白类型 2.单碱基编辑(base editor) gRNA设计和软件(实操) 3.sgRNA修饰 4.手动设计PegRNA的八个要点(实操) 5.七种PegRNA辅助设计软件 6. 查找不同PAM的Cas9的碱基序列 7. 设计Cas9 mRNA及其体外转录所需的DNA 8. 如何设计深度测序(NSG)所需的引物 9. 如何准备深度测序(NGS)所需样品 10. Sleeping beauty 11. PiggyBac 12. 肽核酸Peptide nucleic acids 13. 外显子跳读Exon skipping 14. 介绍CRISPR knock out库 (GeCKO v2.0) 15. 简单介绍Base editing在微生物中的应用第三天 1.AAV递送(组织靶向) 2.脂质体递送 3.核糖核蛋白递送 4.高分子递送 5.Viral like particles递送 6.外泌体递送 7.无机纳米粒递送 8. 电转 9. 超声 10. 显微注射 11. PAM高通量筛选的6篇文章 12. Cas9-DNA-gRNA晶体结构 13.单基因遗传病细胞订制 14.单基因遗传病动物模型定制第四天 1.动物模型 2.质粒 3.分子克隆基础 4.AAV设计(实操) 5.Base editing文章分析 6.Prime editing 相关的140篇文章概览 7.如何提高Prime editing效率 8.Prime editing 相关的87篇研究文章概览 9.如何提高Prime editing效率 10.NGS引物设计 11.NGS测序结果分析第五天 1.基因编辑已经批准的药物 2. 临床试验 3.主要公司、科学家和专利 4.副作用和退市的产品 5.FDA政策 6.CRISPR在诊断中的应用 7.CRISPR library 8.CRISPR与单细胞测序 9. CRISPR与表观遗传学 10. CIRPSR在植物学中的应用 11. CRISPR在微生物学中的应用 12. NGS类型及原理 13. 3个基因序列的数据库(涵植物基因) 14. 2023年BE和PE领域热点 15. 设计课题与评价(实操) --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 08 单细胞测序及空间多组学内容可向下滑动第⼀天⽣信基础培训 basics of bioinforma,c • 什么是单细胞测序技术（以 10X 为例）？单细胞测序技术的应⽤。 • Command line 基础知识，什么是 command line? • Command line 的基本语法 • Shell scripts • 如何在 HPC (high performance cluster)上提交作业第⼆天 R 基础知识与单细胞数据分析⼯具的准备 • R and RStudio 的安装 • 常⽤ R 包的安装 • 单细胞相关的 R 和 RStudio 环境准备，及相应包的安装 • Seurat, ggplot2 等常⽤包的语法介绍第三天单细胞基础理论知识与质控分析 • 单细胞实验设计 • 单细胞数据产⽣ • Cellranger 的使⽤以及结果⽂件的解析 • 单细胞数据的读写，质量图谱解析 • 单细胞数据质控参数的选择与质控分析 • 质控后单细胞数据质量图谱展示及结果分析第四天单细胞数据下游分析 I • 单细胞数据标准化过程以及降维分析 • 单细胞数据的 ScMransforma5on 分析 • 标准化后的单细胞数据的聚类分析 • Doublet 检测 • 细胞注释第五天单细胞数据下游分析 II • 样品间的基因表达差异分析 • 富集分析 • Marker genes 识别 • 不同批次数据的整合分析 • 实际案例解析 • 其他下游数据分析 (依时间⽽定) 学习目标深度学习蛋白质设计这一课程旨在为学生提供深度学习与蛋白质设计领域的全面知识。通过讲授深度学习的基本概念和前沿技术，学生将理解深度学习在生物信息学特别是蛋白质设计中的具体应用。学生将了解如何使用主流深度学习框架PyTorch进行模型构建与优化，并通过实践操作掌握蛋白质结构预测、蛋白质功能预测和分子对接等关键技术。课程将介绍AlphaFold等先进模型，并探讨其在药物发现中的重要性。同时通过多肽设计、逆向中心法则等专题，学生将全面了解从功能推导结构和从零开始设计蛋白质的策略。 CADD计算机辅助药物设计掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux安装、gromacs分子动力学全程实操、溶剂化分子动力学模拟 AIDD人工智能药物发现与设计本课程让学员了解药物发现的前沿背景，学习人工智能领域的各类常见算法，熟悉工具包的安装与使用，掌握一定的算法编程能力，能够运用计算机方法研究药物相关问题。通过大量的案例讲解和实践操作，具备一定的AIDD模型构建和数据分析能力深度学习基因组学深入学习与了解深度学习基本框架与逻辑，同时掌握基本的生物信息学软件（Linux、R、python等）的使用，让学员能更好的应对基因组数据，挖掘出超越已有知识的新知识。而构建好的深度学习模型去探求新的研究思路和寻找新的潜在生物学机制，更好的服务于自身的科学研究和探索的过程中。机器学习代谢组学熟悉代谢组学和机器学习相关硬件和软件；熟悉代谢组学从样本处理到数据分析的全流程；能复现至少1篇CNS或子刊级别的代谢组学文章图片。机器学习微生物组学课程将涵盖机器学习技术在微生物数据分析中的应用，包括基因组序列分析、基因调控网络构建和多组学数据整合等，并带领学员们深度使用R语言，Python语言实地操作演示。 CRISPR-Cas9基因编辑课程从全局出发，由浅入深，课程通过基础入门+应用案例实操演练的方式，从最初的原理讲解到最后的应用实战，学完本课程你将掌握基因编辑技术的相关原理及其应用，此外可以学到基因编辑系统的优化策略，可以学到如何操作常用的生物学软件。能够快速运用到自己的科研项目和课题上。单细胞测序及空间多组学本课程聚焦单细胞测序技术，以 10x 为例，通过讲解单细胞测序技术原理及应⽤，单细胞测序技术的产⽣，数据的质控，分析。通过实例分析深⼊学习基本⽣物信息分析的基本⼯具，常规⽣物信息领域的数据格式解读与分析，单细胞测序数据的分析与出图。经过本课程学习，学员将有能⼒独⽴任何类型的单细胞数据。并将结果应⽤于相应的学术⽂章的发表以及指导实际临床研究。讲师介绍深度学习蛋白质设计授课老师来自清华大学，科研上致力于计算生物学及生物信息学研究，主要关注深度学习方法（特别是大模型）在生物医学中的应用。除了在清华大学的科研工作外曾在斯坦福大学进行过深度学习预测蛋白质-DNA结合的工作，也曾参与微软研究院蛋白质-小分子大模型相关研究。以第一作者/共同一作在SCI期刊发表研究论文数篇，还曾担任Plos Computational Biology等国际知名期刊的审稿人。 CADD计算机辅助药物设计主讲老师来自国内高校、中科院等单位，老师主要擅长深度学习、机器学习、药物虚拟筛选、计算机辅助药物设计、人工智能药物发现、分子对接、分子动力学等方面的研究 AIDD人工智能药物发现与设计授课老师余老师，有十余年的计算机算法研究和程序设计经验。研究方向涉及生物信息学，深度学习，药物靶标识别，药物不良反应等。参与了国自然基金2项，主持了省厅级科研项目3项。一作身份发表SCI论文数篇，包括BMC Bioinformatics, Journal of Biomedical Informatics, International Journal of Molecular Sciences等知名期刊。深度学习基因组学主讲老师刘老师，生物信息学PI，有十余年的测序数据分析经验。研究领域涉及人工智能、自然语言处理、功能基因组学、转录组学、miRNA及靶基因网络分析，单细胞测序数据分析，基因调控网络时序分析，蛋白质互作网络分析，多组学联合分析等。主持省自然科学基金等项目4项，发表SCI论文23篇，论著一部。机器学习代谢组学主讲老师来自985高校神经科学博士，主要利用代谢组学、转录组学和分子生物学等技术研究神经内科慢性病的发病机制和生物标志物。擅长高效液相色谱-质谱联用（LC-MS）技术进行非靶向和靶向代谢组学从样本制备到数据分析的全流程研究，以及多组学大数据的生物信息学整合分析。5年内在J Clin Invest, EBioMedicine, Cell Death Dis, Cell Death Discov, Nanotoxicology等杂志发表SCI论文10篇。机器学习微生物组学主讲老师来自清华大学博士，研究方向包括生物信息学、机器学习与微生物基因组学，大模型与蛋白质定向进化等。同时他在图神经网络和疾病药物靶向等知识图谱技术方面有丰富的经验，带领并指导多次团队在国际基因工程竞赛（iGEM）中获得国际金牌，并一作发表了多篇一区高水平SCI论文。 CRISPR-Cas9基因编辑技术主讲老师来自加州大学生物医学工程专业博士，曾在麻省理工和哈佛大学从事基因编辑研究，在耶鲁大学从事基因递送工作。文章发表在Nature Biomedical Engineering, Nature Communications等杂志上。曾在天使投资机构工作，主要投资基因编辑、单细胞测序、AI制药等方向的创业公司。单细胞测序及空间多组学主讲⽼师陈⽼师，加州⼤学戴维斯分校⽣物信息学领域博⼠，加州⼤学旧⾦⼭分校⽣物信息学博后。⽬前在知名⽣物公司从事⽣物信息分析。具有多年的微⽣物全基因组，微⽣物遗传抗病分析，肿瘤遗传变异分析（soma5c muta5ons and germline muta5ons），单细胞以及空间转录组学数据分析等，并开发了检测肿瘤样品 CNVs。以第⼀或共同作者发表⽂章在 Genome Biology, Cell 等知名期刊。授课时间及地点深度学习蛋白质设计 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式 CADD计算机辅助药物设计 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.23-2024.07.26晚上授课（晚19：00—晚22：00） 2024.07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00） 2024.07.29-2024.07.30晚上授课（晚19：00—晚22：00）腾讯会议直播形式 AIDD人工智能药物发现与设计 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式深度学习基因组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,08.03-2024.08.04全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式机器学习代谢组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.23-2024.07.24晚上授课（晚19：00—晚22：00） 2024.07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式机器学习微生物组学 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式 CRISPR-Cas9基因编辑 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式单细胞测序及空间多组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,08.03全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式课程费用深度学习蛋白质设计每人每班公费价：6380元每人每班自费价：5880元 CADD计算机辅助药物设计；AIDD人工智能药物发现；深度学习基因组学；机器学习代谢组学；机器学习微生物；CRISPR-Cas9基因编辑；单细胞测序及空间多组学每人每班公费价：5880 每人每班自费价：5480 报名福利优惠一：报二赠一10880元（原价17140，可任选三门课学习）优惠二：报四赠二18880元（原价35280，可任选六门课学习）特惠：全部报名25880元（两年内可免费学习本公司举办的任何课程，不限次数）早鸟福利：转发朋友圈或转发50人以上群聊即可获得300元现金红包（只限前15名）（报名费用可开具正规报销发票及提供相关缴费证明、邀请函，可提前开具报销发票、文件用于报销）报名缴费后即可获得全套预习资料供大家课前准备结业证书：参加培训并通过考试的学员，可以获得工业和信息化部工业文化发展中心颁发的“工业强国建设素质素养提升尚工行动”岗位能力适应评测证书。该证书可在中心官网查询，可作为能力评价，考核和任职的重要依据。评测证书查询网址：www.miit-icdc.org（自愿申请，需另行缴纳考试费500元/人） SIMPLICITY 官方联系人联系人：孙老师报名咨询电话：18638251323 往期学员好评声明：此内容由第三方提供、授权发布或者转载自第三方；本内容一切版权及连带责任由第三方负责，与本公众号无关。据此内容作出的任何判断，后果自负。

基因疗法

2024-06-18

·新药前沿

逆天了！00后博士发表第一篇SCI就是Science！新型药物的诞生，让一切不可能变成可能！

2024 年 5 月 8 日，谷歌 DeepMind 与 Isomorphic Labs 联合在《自然》期刊上发布蛋白质领域最新人工智能模型 AlphaFold 3！这一模型能够准确预测蛋白质、DNA、RNA 以及配体等生命分子的结构及其相互作用方式。这是继AlphaFold 2 之后的又一重大突破在预测类药物相互作用方面，AlphaFold 3 实现了前所未有的准确度，包括蛋白质与配体的结合以及抗体与其靶蛋白的结合。在 PoseBusters 的基准测试中，AlphaFold 3 的准确率比现有最佳传统方法高出 50%，而且无需任何结构信息输入，成为首个超越传统物理预测工具的人工智能系统。这种预测抗体与蛋白质结合的能力，对于理解人类免疫反应的各个方面以及新抗体的设计至关重要。近年来生物技术的创新使得组学数据以惊人的速度积累，从而引入了“大数据”时代。从各种组学数据中提取固有的有价值的知识仍然是生物信息学中的一个令人生畏的问题。更好的解决方案通常需要某种更具创新性的方法来实现高效处理和有效结果。多组学数据的综合分析和计算建模的最新进展有助于以越来越和谐的方式解决这些需求。机器学习的发展和应用极大地促进了我们对生物学和生物医学的认识，极大地促进了治疗策略的发展，尤其是精准医学的发展。在这里，我们建议对发生的事情进行全面的调查和讨论，正在发生并将在机器学习遇到组学时发生。具体来说，我们描述了人工智能如何应用于组学研究，并回顾了机器学习与最广泛的组学之间接口的最新进展，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、放射组学以及单组学。 01 深度学习蛋白质设计 02 CADD计算机辅助药物设计 03 AIDD人工智能药物发现与设计 04 深度学习基因组学 05 机器学习代谢组学 06 机器学习微生物组学 07 CRISPR-Cas9基因编辑技术 08 单细胞测序及空间多组学以下为内容介绍 WORK OVERVIEW 01 深度学习蛋白质设计内容可向下滑动第一天 1. 深度学习在蛋白质设计中的重要性 1.1概述深度学习的基本概念什么是深度学习神经网络基本概念深度学习的历史与发展 1.2深度学习在生物信息学中的应用在基因组学、生物元件改造、蛋白质设计等方向中的应用举例 2. 蛋白质结构和功能的基本概念 2.1蛋白质的一级到四级结构氨基酸序列、二级结构、三级结构、四级结构 2.2结构与功能的关系结构决定功能的原则 (Anfinsen's Principle) 具体的蛋白质功能举例 2.3 重要的蛋白质数据库介绍蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库（PDB数据库等） 2.4 蛋白质的数据表示介绍蛋白质序列表示蛋白质结构表示（包含实践示范：使用BioPython，Pymol等进行蛋白质结构操作）第一天下午 1. 深度学习基础知识介绍 1.1神经网络简介神经网络的基本组成前向传播与反向传播 1.2常用深度学习算法（卷积神经网络、递归神经网络等）卷积神经网络（CNN）递归神经网络（RNN）长短期记忆网络（LSTM） Transformer结构扩散模型（Diffusion Model） 2. 深度学习工具与框架 2.1 TensorFlow框架 TensorFlow的基本概念介绍 2.2 PyTorch框架（重点） PyTorch的基本概念 PyTorch的基本使用方法（包含实践示范：使用Pytorch搭建神经网络）第二天 1. 蛋白质序列分析相关介绍 1.1序列比对工具与方法 BLAST、Clustal Omega等工具介绍（包含实践示范：如何使用这些工具）多序列比对MSA的重要性基于数学或深度学习的蛋白质序列相似度分析方法（包含实践示范：序列特征提取方法示范） 1.2 深度学习在蛋白质序列分类中的应用自动特征提取蛋白质家族分类蛋白质功能分类 2. 蛋白质大语言模型介绍（重点） 2.1 语言模型介绍什么是自然语言处理NLP？什么是大语言模型 2.2 生物中的语言模型序列语言模型kmer2vec，DNABert（包含实践示范：简单训练一个蛋白质序列的kmer2vec模型）蛋白质大语言模型（ESM2等）第二天下午 1. 具体介绍自然语言处理NLP的各种知识 1.1 词嵌入 One-hot embedding Word2vec embedding Glove embedding 语言大模型embedding 1.2 深度学习常用的loss介绍 2. 深度学习模型优化技巧 2.1模型评估与优化方法评估指标：准确率、召回率、F1分数等优化方法：正则化、Dropout等 2.2 超参数调优超参数对于模型的影响网格搜索、随机搜索第三天 1. 蛋白质设计的基本概念 1.1蛋白质工程与设计的概述蛋白质工程的历史蛋白质设计的方法 1.2蛋白质设计的挑战与机遇设计新功能蛋白质的挑战蛋白质设计的应用前景 2. 蛋白质设计的中心法则介绍 2.1 正向中心法则 2.2 逆向中心法则第三天下午 1. 深度学习在蛋白质结构预测中的应用（重点） 1.1 蛋白质结构预测的发展过程 David Baker的研究工作总结蛋白质三维坐标与蛋白质内坐标的转换方法 1.2 AlphaFold及其影响 AlphaFold 2的工作原理 OpenFold代码介绍 AlphaFold 3和AlphaFold 2的区别（包含实践示范：使用AlphaFold 3进行蛋白质结构预测） 1.3其他深度学习模型 RosettaFold等其他模型的介绍第四天 1. 蛋白质功能预测之深度学习在药物发现中的应用 1.1深度学习与药物设计概述深度学习在药物设计中的重要性 1.2蛋白质-小分子相互作用预测各种前沿预测方法与模型的介绍 2. 蛋白质功能预测之蛋白质-蛋白质相互作用 2.1模型选择与训练不同模型的特点介绍 2.2预测结果的评估与解释评估指标与方法 2.1 点突变后的蛋白质-蛋白质相互作用介绍新冠病毒预测中深度学习模型发挥作用举例第四天下午 1. 蛋白质功能预测之蛋白质-核酸相互作用 1.1 蛋白质与DNA相互作用任务 1.2 蛋白质与RNA相互作用任务 1.2模型选择与训练不同模型的特点介绍 2. 分子对接与深度学习结合 2.1分子对接的基本概念分子对接的原理经典分子对接软件工具介绍（包含实践示范：如何使用各种分子对接软件工具，如AutoDock等，并使用Pymol等进行对接结果展示） 2.2 分子对接中的挑战计算复杂性的挑战 2.3深度学习在分子对接中的应用新方法、新工具的介绍结合深度学习提高对接效率第五天 1. 多肽与蛋白质相互作用设计 1.1多肽设计的基本概念多肽的特点与设计方法 1.2深度学习在多肽设计中的应用应用案例分析 2. 逆向中心法则之从功能推导结构 2.1 蛋白质功能基序的划分 2.2 从功能推导所需序列的方法介绍第五天下午 1. 逆向中心法则之从零开始设计结构 2. 逆向中心法则之设计序列以明确结构和功能 3. 总结与展望 3.1 深度学习在蛋白质设计中的未来发展未来发展趋势蛋白质foundation model的影响（包含实践示范：如何应用foundation model，如何在foundation model的基础上设计下游任务） 3.2课程总结与回顾课程内容的回顾与总结 4. Q&A环节 02 CADD计算机辅助药物设计内容可向下滑动第一天导论与基础 1. 蛋白质三维结构的预测对于药物发现的重要性 1.1 同源建模 1.2 从头建模 2. 蛋白质（酶/靶点）活性位点在药物发现的重要性 3. 药物发现中的关键结构特征（特别是小分子） 4. 药物辅助发现常用的计算方法 4.1 分子对接 4.2 虚拟筛选 4.3 分子动力学模拟 4.4 其他 PDB数据库的介绍 1.1 检索蛋白 1.2 页面功能及解读 1.3 数据的下载 1.4 PDB文件格式的解读 2. PyMol 2.1 软件介绍 2.2 基本操作介绍 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4 绘制相互作用图及制作简单动画第二天同源建模 1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模； 2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法） 2.2 蛋白序列比对 2.3 蛋白模板选择 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型评价（蛋白拉曼图） 2.6 蛋白模型优化实例讲解与练习：用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型小分子构建 1. ChemDraw软件介绍 1.1 小分子结构构建 1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP等）计算 1.3 分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子小分子化合物库 2 小分子数据库 2.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用 2.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用第三天分子对接基础 1.1 分子对接原理 1.2 分子对接分类 1.3 分子对接打分函数 2. 常规分子对接实践 2.1 对接的执行 2.1.1 药物分子配体的准备 2.1.2 蛋白受体的准备 2.1.3 受体格点计算 2.1.3 执行半柔性对接对接结果评价 1.2.1 晶体结构构象进行对比 1.2.2 能量角度评价对接结果 1.2.3 聚类分析评价对接结果 1.2.4 最优结合构象的选择 2 对接其他方式的实现第四天 1 柔性对接 1.1 小分子配体优化准备 1.2 蛋白受体的准备 1.3 柔性残基的定义 1.4 蛋白受体格点计算 1.5 柔性对接计算及结果评价 1.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择 2 柔性对接其他方式的实现下午基于受体的药物发现 1 虚拟筛选的准备 1.1 小分子文件的不同格式 1.2 openbabel最实用功能的介绍 1.3 小分子不同格式的转化 2. 基于对接的虚拟筛选 2.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示 2.2 靶点蛋白选择、化合物库获取 2.3 虚拟筛选 2.4 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）第五天上午一些特殊的分子对接 1.小分子-小分子对接 1.1小分子-小分子相互作用简介 1.2小分子结构预处理 1.3小分子-小分子对接（糖-小分子为例） 1.4对接结果展示与分析 2. 蛋白-核酸对接 3. 蛋白-蛋白对接下午基于配体的药物发现 1. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件） 1.1 小分子构建 1.2 创建小分子数据库 1.3 小分子加电荷及能量优化 1.4 分子活性构象确定及叠合 1.5 创建3D-QSAR模型 1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建 1.7 测试集验证模型 1.8 模型参数分析 1.9 模型等势图分析 1.10 3D-QSAR模型指导药物设计第六天上午 1. linux系统介绍 2.常用命令介绍 3. linux上程序的安装（gromacs）下午 MD实践一：溶剂化下蛋白质分子动力学模拟全面熟悉分子动力学模拟的一般流程第七天上午 MD实践二：溶剂化下蛋白质-配体的分子动力学模拟掌握处理非标准残基的力场拟合下午分子动力学模拟中的常用分析命令蛋白-配体结合自由能的结算部分模型案例图片 03 AIDD人工智能药物发现与设计内容可向下滑动第一天 1 人工智能药物发现(AIDD)简介 2 机器学习和深度学习在药物发现领域的应用 2.1 分子属性预测与优化 2.2 虚拟筛选 2.3 药物副作用预测与安全性评估 2.4 新药分子设计 3 工具介绍与安装 3.1 Anaconda3/Pycharm 安装 3.2 Numpy 基础 3.3 Pandas 基础 3.4 Matplotlib 基础 3.5 Scikit-learn 基础 3.6 Pytorch 基础 3.7 RDKit 基础第二天 1 机器学习简介 1.1 机器学习四要素 1.2 数据模块 1.3 核心和高级 API 2 回归算法与应用 2.1 线性回归 2.2 Lasso 回归 2.3 Ridge 回归 2.4 ElasticNset 弹性网络 3 分类算法与应用 3.1 逻辑回归 3.2 朴素贝叶斯 3.3 KNN 3.4 SVC 3.5 决策树 3.6 随机森林 3.7 集成学习 4 聚类算法 4.1 KMeans 4.2 密度聚类 DBSCAN 5 降维 5.1 奇异值分解 SVD 5.2 主成分分析 PCA 5.3 非负矩阵分解 NMF 6 模型的评估方法和评价指标 6.1 超参数优化 6.2 交叉验证 6.3 评价指标 7 特征工程 8 机器学习药物发现案例（一） ——化合物生物活性分类模型 9 机器学习药物发现案例（二） ——化合物生物活性回归模型 10 机器学习药物发现案例（三） —— 药物副作用预测模型图1. 副作用在药物-药物相似性网络中传播。第三天 1 深度学习与药物发现（一） 1.1 深度神经网络 1.2 正向和反向传播 1.3 优化方法 1.3.1 梯度下降增加动力 1.3.2 自适应学习 1.3.3 Adam 1.4 损失函数 1.4.1 平均绝对误差 1.4.2 均方误差损失函数 1.4.3 交叉熵损失函数 1.5 卷积神经网络 1.5.1 卷积层 1.5.2 填充和步幅 1.5.3 池化层 1.5.4 LeNet 网络 1.5.5 AlexNet 网络 2 深度学习药物发现案例（一） —— 药物-药物相互作用预测模型图 2. 利用药物关联网络特征和深度神经网络识别药物之间潜在相互作用事件。第四天 1 深度学习与药物发现（二） 1.1 循环神经网络 1.2 消息传递神经网络 1.3 图卷积神经网络 1.4 图注意力神经网络 1.5 图采样和聚合 2 深度学习药物发现案例（二） —— 药物靶标相互作用预测模型 3 深度学习药物发现案例（三） —— 药物重定位模型第五天 1 深度学习与药物发现（三） 1.1 注意力机制 1.2 自注意力模型 1.3 多头自注意力模型 1.4 交叉注意力模型 1.5 Transformer 模型 2 深度学习药物发现案例（四） —— 药物-药物相互作用预测模型 3 深度学习药物发现案例（五） —— 药物靶标结合亲和力预测模型图 4.将药物和蛋白质信息关联起来的带有注意力区块的AttentionDTA模型 04 深度学习基因组学内容可向下滑动第一天理论部分深度学习算法介绍 1.有监督学习的神经网络算法 1.1全连接深度神经网络DNN在基因组学中的应用举例 1.2卷积神经网络CNN在基因组学中的应用举例 1.3循环神经网络RNN在基因组学中的应用举例 1.4图卷积神经网络GCN在基因组学中的应用举例 2.无监督的神经网络算法 2.1自动编码器AE在基因组学中的应用举例 2.2生成对抗网络GAN在基因组学中的应用举例实操内容 1.Linux操作系统 1.1常用的Linux命令 1.2 Vim编辑器 1.3基因组数据文件管理, 修改文件权限 1.4查看探索基因组区域 2.Python语言基础 2.1.Python包安装和环境搭建 2.2.常见的数据结构和数据类型第二天基因组学基础 1. 基因组数据库 2. 表观基因组 3. 转录基因组 4.蛋白质组 5. 功能基因组实操内容基因组常用深度学习框架 1. 安装并介绍深度学习工具包tensorflow, keras，pytorch 2. 在工具包中识别深度学习模型要素 2.1.数据表示 2.2.张量运算 2.3.神经网络中的“层” 2.4.由层构成的模型 2.5.损失函数与优化器 2.6.数据集分割 2.7.过拟合与欠拟合 3.基因组数据处理 3.1安装并使用keras_dna处理各种基因序列数据如BED、 GFF、GTF、BIGWIG、BEDGRAPH、WIG等 3.2使用keras_dna设计深度学习模型 3.3使用keras_dna分割训练集、测试集 3.4使用keras_dna选取特定染色体的基因序列等第三天微生物组常用分析方法（实操） 1. 微生物丰度分析 2. 转录组丰度分析 3. 进化树分析 4. 降维分析第四天理论部分深度学习在识别拷贝数变异DeepCNV 1. SNP微阵列中预测拷贝数变异CNV，DeepCNV 2. RNA-Seq中预测premiRNA，dnnMiRPre 实操内容 1. 复现DeepCNV利用SNP微阵列联合图像分析识别拷贝数变异复现循环神经网络RNN工具 dnnMiRPre，从RNA-Seq中预测premiRNA 第五天理论部分深度学习在识别及疾病表型及生物标志物上的应用 1. 从基因表达数据中识别乳腺癌分型的深度学习工具DeepType 实操内容 1.复现DeepType，从METABRIC乳腺癌数据中区分乳腺癌亚型第六天理论部分深度学习在预测药物反应机制上的应用 1. 联合肿瘤基因标记及药物分子结构预测药物反应机制的深度学习工具SWnet 实操内容 1. 预处理药物分子结构信息 2. 计算药物相似性 3. 在不同数据集上构建self-attention SWnet 4. 评估self-attention SWnet 5. 构建多任务的SWnet 6. 构建单层SWnet 7. 构建带权值层的SWnet 部分模型案例图片 05 机器学习代谢组学内容可向下滑动第一天 A1 代谢物及代谢组学的发展与应用（1）代谢与生理过程；（2）代谢与疾病；（3）非靶向与靶向代谢组学；（4）空间代谢组学与质谱成像（MSI）；（5）代谢组学与药物和生物标志物；（6）代谢流与机制研究。 A2 代谢通路及代谢数据库（1）几种经典代谢通路简介；（2）三大常见代谢物库：HMDB、METLIN 和 KEGG; （3）代谢组学原始数据库：Metabolomics Workbench 和 Metabolights. A3 参考资料推荐 A4 代谢组学实验流程简介 A5 色谱、质谱硬件与原理解析（1）色谱分析原理与构造；（2）色谱仪和色谱柱的选择；（3）色谱的流动相：梯度洗脱法；（4）离子源、质量分析器与质量检测器解析；（5）质谱分析原理及动画演示；（6）色谱质谱联用技术（LC-MS）；第二天 B1 代谢物样本处理与抽提（1）各种组织、血液和体液等样本的提取流程与注意事项；（2）代谢物抽提流程与注意事项；（3）样本及代谢物的运输与保存问题； B2 LC-MS 数据质控与搜库（1） LC-MS 实验过程中 QC 和 Blank 样本的设置方法；（2） LC-MS 上机过程的数据质控监测和分析；（3）代谢组学上游分析原理——基于 Compound Discoverer 与 Xcms 软件；（4） Xcms 软件数据转换、提峰、峰对齐与搜库； B3 R 软件基础（1） R 和 Rstudio 的安装；（2） Rstudio 的界面配置；（3） R 中的基础运算和统计计算；（4） R 中的包：包，函数与参数的使用；（5） R 语言语法，数据类型与数据结构；（6） R 基础画图； B4 ggplot2 （1） ggplot2 简介（2） ggplot2 的画图哲学；（3） ggplot2 的配色系统；（4） ggplot2 数据挖掘与作图实战；第三天机器学习 C1 有监督式机器学习在代谢组学数据处理中的应用（1）人工智能、机器学习、深度学习的关系；（2）回归算法：从线性回归、Logistic 回归与 Cox 回归讲起；（3） PLS-DA 算法：PCA 降维后没有差异的数据还有救吗？（4） VIP score 的意义及选择；（5）分类算法：决策树，随机森林和贝叶斯网络模型； C2 一组代谢组学数据的分类算法实现的 R 演练 (1) 数据解读； (2) 演练与操作； C3 无监督式机器学习在代谢组学数据处理中的应用（1）大数据处理中的降维；（2） PCA 分析作图；（3）三种常见的聚类分析：K-means、层次分析与 SOM （4）热图和 hcluster 图的 R 语言实现； C4 一组代谢组学数据的降维与聚类分析的 R 演练 (1) 数据解析； (2) 演练与操作；第四天 D1 在线代谢组分析网页 Metaboanalyst 操作（1）用 R 将数据清洗成网页需要的格式；（2）独立组、配对组和多组的数据格式问题；（3） Metaboanalyst 中的上游分析（原始数据峰提取、峰对齐与搜库）（4） Metaboanalyst 的 pipeline 以及参数设置和注意事项；（5） Metaboanalyst 的结果查看和导出；（6） Metaboanalyst 的数据编辑；（7）全流程演练与操作。 D2 代谢组学数据清洗与 R 语言进阶（1）代谢组学中的 t、fold-change 和响应值；（2）数据清洗流程；（3） R 语言 tidyverse；（4）数据预处理：数据过滤与数据标准化（样本的 Normalization 和代谢物的 Scaling）；（5）代谢组学数据清洗演练；第五天 E1 文献数据分析部分复现（1 篇）（1）文献深度解读；（2）实操：从原始数据下载到图片复现；（3）学员实操。 E2 机器学习与代谢组学顶刊解读（3 篇）；（1） Signal Transduction and Targeted Therapy 一篇有关饥饿对不同脑区代谢组学影响变化的小鼠脑组织代谢图谱类的文献；(数据库型) （2） Cell 一篇代谢组学孕妇全程血液代谢组学分析得出对孕周和孕产期预测的代谢标志物的文献；(生物标志物型) （3） Nature 一篇对胰腺癌患者肠道菌群的代谢组学分析找到可以提高化疗效果的代谢物的文献。(机制研究型）部分模型案例图片 06 机器学习微生物组学内容可向下滑动第一天 1.微生物学基础知识回顾 2.机器学习基本概念介绍 a.什么是机器学习 b.监督学习、无监督学习 c.常用机器学习模型介绍 3.混淆矩阵 4.ROC曲线第二天 R语言简介与实操 1. R语言概述 2. R studio软件与R包安装 3. R语言语法及数据类型 4. 条件语句和循环 Linux实操 1. Linux操作系统 2. Linux操作系统的安装与设置 3. 网络配置与服务进程管理 4. Linux的远程登录管理 5. 常用的Linux命令 6. 在Linux下获取基因数据 7. Shell script与Vim编辑器下· 第三天微生物组常用分析方法（实操） 1. 微生物丰度分析 2. 转录组丰度分析 3. 进化树分析 4. 降维分析第四天机器学习在微生物组学中的应用案例分享 1. 疾病预测应用：利用机器学习基于微生物组学数据预测疾病状态 2. 肠道菌群研究：机器学习研究饮食对肠道微生物的影响第五天机器学习模型训练和分析（实操） 1. 加载数据及数据归一化 2. 构建训练模型（GLM, RF, SVM） 3. 模型参数优化 4. 模型错误率曲线绘制 5. 混淆矩阵计算 6. 重要特征筛选 7. 模型验证，ROC曲线绘制利用模型进行预测利用机器学习基于微生物组学数据预测宿主表型 1. 加载数据 2. 数据归一化 3. OUT特征处理 4. 机器学习模型构建（RF, KNN, SVM, Lasso等多种机器学习方法） 5. 绘制ROC 曲线，比较不同机器学习模型模型性能评估利用机器学习基于临床特征和肠道菌群预测疾病风险 1. 加载数据 2. 机器学习模型构建（RF, gbm, SVM等等） 3. 交叉验证 4.模型性能评估部分模型案例图片 07 CRISPR-Cas9基因编辑内容可向下滑动第一天基因编辑简介 1.基因编辑基本概念介绍 2.使用单基因遗传病数据库 (实操) 3. 5524种单基因遗传病的发病率及对应基因 4.使用网站查找突变位点周围碱基选择基因编辑工具(实操) 5.基因编辑历史 6.TALEN 7.Zinc finger 8.Base editor 9.Prime editor 第二天 1.如何选择正确Cas9蛋白类型 2.单碱基编辑(base editor) gRNA设计和软件(实操) 3.sgRNA修饰 4.手动设计PegRNA的八个要点(实操) 5.七种PegRNA辅助设计软件 6. 查找不同PAM的Cas9的碱基序列 7. 设计Cas9 mRNA及其体外转录所需的DNA 8. 如何设计深度测序(NSG)所需的引物 9. 如何准备深度测序(NGS)所需样品 10. Sleeping beauty 11. PiggyBac 12. 肽核酸Peptide nucleic acids 13. 外显子跳读Exon skipping 14. 介绍CRISPR knock out库 (GeCKO v2.0) 15. 简单介绍Base editing在微生物中的应用第三天 1.AAV递送(组织靶向) 2.脂质体递送 3.核糖核蛋白递送 4.高分子递送 5.Viral like particles递送 6.外泌体递送 7.无机纳米粒递送 8. 电转 9. 超声 10. 显微注射 11. PAM高通量筛选的6篇文章 12. Cas9-DNA-gRNA晶体结构 13.单基因遗传病细胞订制 14.单基因遗传病动物模型定制第四天 1.动物模型 2.质粒 3.分子克隆基础 4.AAV设计(实操) 5.Base editing文章分析 6.Prime editing 相关的140篇文章概览 7.如何提高Prime editing效率 8.Prime editing 相关的87篇研究文章概览 9.如何提高Prime editing效率 10.NGS引物设计 11.NGS测序结果分析第五天 1.基因编辑已经批准的药物 2. 临床试验 3.主要公司、科学家和专利 4.副作用和退市的产品 5.FDA政策 6.CRISPR在诊断中的应用 7.CRISPR library 8.CRISPR与单细胞测序 9. CRISPR与表观遗传学 10. CIRPSR在植物学中的应用 11. CRISPR在微生物学中的应用 12. NGS类型及原理 13. 3个基因序列的数据库(涵植物基因) 14. 2023年BE和PE领域热点 15. 设计课题与评价(实操) --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 08 单细胞测序及空间多组学内容可向下滑动第⼀天⽣信基础培训 basics of bioinforma,c • 什么是单细胞测序技术（以 10X 为例）？单细胞测序技术的应⽤。 • Command line 基础知识，什么是 command line? • Command line 的基本语法 • Shell scripts • 如何在 HPC (high performance cluster)上提交作业第⼆天 R 基础知识与单细胞数据分析⼯具的准备 • R and RStudio 的安装 • 常⽤ R 包的安装 • 单细胞相关的 R 和 RStudio 环境准备，及相应包的安装 • Seurat, ggplot2 等常⽤包的语法介绍第三天单细胞基础理论知识与质控分析 • 单细胞实验设计 • 单细胞数据产⽣ • Cellranger 的使⽤以及结果⽂件的解析 • 单细胞数据的读写，质量图谱解析 • 单细胞数据质控参数的选择与质控分析 • 质控后单细胞数据质量图谱展示及结果分析第四天单细胞数据下游分析 I • 单细胞数据标准化过程以及降维分析 • 单细胞数据的 ScMransforma5on 分析 • 标准化后的单细胞数据的聚类分析 • Doublet 检测 • 细胞注释第五天单细胞数据下游分析 II • 样品间的基因表达差异分析 • 富集分析 • Marker genes 识别 • 不同批次数据的整合分析 • 实际案例解析 • 其他下游数据分析 (依时间⽽定) 学习目标深度学习蛋白质设计这一课程旨在为学生提供深度学习与蛋白质设计领域的全面知识。通过讲授深度学习的基本概念和前沿技术，学生将理解深度学习在生物信息学特别是蛋白质设计中的具体应用。学生将了解如何使用主流深度学习框架PyTorch进行模型构建与优化，并通过实践操作掌握蛋白质结构预测、蛋白质功能预测和分子对接等关键技术。课程将介绍AlphaFold等先进模型，并探讨其在药物发现中的重要性。同时通过多肽设计、逆向中心法则等专题，学生将全面了解从功能推导结构和从零开始设计蛋白质的策略。 CADD计算机辅助药物设计掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux安装、gromacs分子动力学全程实操、溶剂化分子动力学模拟 AIDD人工智能药物发现与设计本课程让学员了解药物发现的前沿背景，学习人工智能领域的各类常见算法，熟悉工具包的安装与使用，掌握一定的算法编程能力，能够运用计算机方法研究药物相关问题。通过大量的案例讲解和实践操作，具备一定的AIDD模型构建和数据分析能力深度学习基因组学深入学习与了解深度学习基本框架与逻辑，同时掌握基本的生物信息学软件（Linux、R、python等）的使用，让学员能更好的应对基因组数据，挖掘出超越已有知识的新知识。而构建好的深度学习模型去探求新的研究思路和寻找新的潜在生物学机制，更好的服务于自身的科学研究和探索的过程中。机器学习代谢组学熟悉代谢组学和机器学习相关硬件和软件；熟悉代谢组学从样本处理到数据分析的全流程；能复现至少1篇CNS或子刊级别的代谢组学文章图片。机器学习微生物组学通过本次培训多个案例的系统讲解让参会学员学会机器学习在微生物组数据分析流程，能够快速运用到自己的科研项目和课题上 CRISPR-Cas9基因编辑课程从全局出发，由浅入深，课程通过基础入门+应用案例实操演练的方式，从最初的原理讲解到最后的应用实战，学完本课程你将掌握基因编辑技术的相关原理及其应用，此外可以学到基因编辑系统的优化策略，可以学到如何操作常用的生物学软件。能够快速运用到自己的科研项目和课题上。单细胞测序及空间多组学本课程聚焦单细胞测序技术，以 10x 为例，通过讲解单细胞测序技术原理及应⽤，单细胞测序技术的产⽣，数据的质控，分析。通过实例分析深⼊学习基本⽣物信息分析的基本⼯具，常规⽣物信息领域的数据格式解读与分析，单细胞测序数据的分析与出图。经过本课程学习，学员将有能⼒独⽴任何类型的单细胞数据。并将结果应⽤于相应的学术⽂章的发表以及指导实际临床研究。讲师介绍深度学习蛋白质设计授课老师来自清华大学，科研上致力于计算生物学及生物信息学研究，主要关注深度学习方法（特别是大模型）在生物医学中的应用。除了在清华大学的科研工作外曾在斯坦福大学进行过深度学习预测蛋白质-DNA结合的工作，也曾参与微软研究院蛋白质-小分子大模型相关研究。以第一作者/共同一作在SCI期刊发表研究论文数篇，还曾担任Plos Computational Biology等国际知名期刊的审稿人。 CADD计算机辅助药物设计主讲老师来自国内高校、中科院等单位，老师主要擅长深度学习、机器学习、药物虚拟筛选、计算机辅助药物设计、人工智能药物发现、分子对接、分子动力学等方面的研究 AIDD人工智能药物发现与设计授课老师余老师，有十余年的计算机算法研究和程序设计经验。研究方向涉及生物信息学，深度学习，药物靶标识别，药物不良反应等。参与了国自然基金2项，主持了省厅级科研项目3项。一作身份发表SCI论文数篇，包括BMC Bioinformatics, Journal of Biomedical Informatics, International Journal of Molecular Sciences等知名期刊。深度学习基因组学主讲老师刘老师，生物信息学PI，有十余年的测序数据分析经验。研究领域涉及人工智能、自然语言处理、功能基因组学、转录组学、miRNA及靶基因网络分析，单细胞测序数据分析，基因调控网络时序分析，蛋白质互作网络分析，多组学联合分析等。主持省自然科学基金等项目4项，发表SCI论文23篇，论著一部。机器学习代谢组学主讲老师来自985高校神经科学博士，主要利用代谢组学、转录组学和分子生物学等技术研究神经内科慢性病的发病机制和生物标志物。擅长高效液相色谱-质谱联用（LC-MS）技术进行非靶向和靶向代谢组学从样本制备到数据分析的全流程研究，以及多组学大数据的生物信息学整合分析。5年内在J Clin Invest, EBioMedicine, Cell Death Dis, Cell Death Discov, Nanotoxicology等杂志发表SCI论文10篇。机器学习微生物组学主讲老师来自生物科技公司核心高管，曾在麻省理工学院、加州大学旧金山分校等机构工作，过去5年科研工作发表于Cell, PNAS等杂志 CRISPR-Cas9基因编辑技术主讲老师来自加州大学生物医学工程专业博士，曾在麻省理工和哈佛大学从事基因编辑研究，在耶鲁大学从事基因递送工作。文章发表在Nature Biomedical Engineering, Nature Communications等杂志上。曾在天使投资机构工作，主要投资基因编辑、单细胞测序、AI制药等方向的创业公司。单细胞测序及空间多组学主讲⽼师陈⽼师，加州⼤学戴维斯分校⽣物信息学领域博⼠，加州⼤学旧⾦⼭分校⽣物信息学博后。⽬前在知名⽣物公司从事⽣物信息分析。具有多年的微⽣物全基因组，微⽣物遗传抗病分析，肿瘤遗传变异分析（soma5c muta5ons and germline muta5ons），单细胞以及空间转录组学数据分析等，并开发了检测肿瘤样品 CNVs。以第⼀或共同作者发表⽂章在 Genome Biology, Cell 等知名期刊。授课时间及地点深度学习蛋白质设计 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式 CADD计算机辅助药物设计 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.23-2024.07.26晚上授课（晚19：00—晚22：00） 2024.07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00） 2024.07.29-2024.07.30晚上授课（晚19：00—晚22：00）腾讯会议直播形式 AIDD人工智能药物发现与设计 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式深度学习基因组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,08.03-2024.08.04全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式机器学习代谢组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.23-2024.07.24晚上授课（晚19：00—晚22：00） 2024.07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式机器学习微生物组学 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024.07.15-2024.07.16晚上授课（晚19：00—晚22：00）2024,07.20-2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式 CRISPR-Cas9基因编辑 2024.07.13-2024.07.14全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式单细胞测序及空间多组学 2024.07.20-2024.07.21全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,07.27-2024.07.28全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）2024,08.03全天授课（上午9：00-11：30下午13：30-17：00）腾讯会议直播形式课程费用深度学习蛋白质设计每人每班公费价：6380元每人每班自费价：5880元 CADD计算机辅助药物设计；AIDD人工智能药物发现；深度学习基因组学；机器学习代谢组学；机器学习微生物；CRISPR-Cas9基因编辑；单细胞测序及空间多组学每人每班公费价：5880 每人每班自费价：5480 报名福利优惠一：报二赠一10880元（原价17140，可任选三门课学习）优惠二：报四赠二18880元（原价35280，可任选六门课学习）特惠：全部报名25880元（两年内可免费学习本公司举办的任何课程，不限次数）早鸟福利：转发朋友圈或转发50人以上群聊即可获得300元现金红包（只限前15名）（报名费用可开具正规报销发票及提供相关缴费证明、邀请函，可提前开具报销发票、文件用于报销）报名缴费后即可获得全套预习资料供大家课前准备结业证书：参加培训并通过考试的学员，可以获得工业和信息化部工业文化发展中心颁发的“工业强国建设素质素养提升尚工行动”岗位能力适应评测证书。该证书可在中心官网查询，可作为能力评价，考核和任职的重要依据。评测证书查询网址：www.miit-icdc.org（自愿申请，需另行缴纳考试费500元/人） SIMPLICITY 官方联系人联系人：汪老师报名咨询电话：13140113821 往期学员好评

基因疗法核酸药物

2024-06-16

·赛柏蓝

2024医保目录调整启动，42个品种剑指新国谈

编者按：本文来自米内网，作者苍穹；赛柏蓝授权转载，编辑凯西 6月已至，2024国谈进入筹备阶段，人福、鲁南......42款罕见病药蓄势待发。 01 利好政策驱动创新研发千亿罕见病药市场在酝酿在临床用药需求推动下，罕见病药物市场持续升温。有业内专业机构指出，中国罕见病药市场于2016年及2020年分别占全球罕见病市场的0.4%及1%，预计2030年将激增至259亿美元，约合1878亿元（按实时汇率换算），市场潜力十足。然而，由于罕见病确诊难、病情复杂多样、患病人数少、治疗药物供应短缺，其新药临床试验研究的设计和实施面临着重重困难与挑战。对此，就在今年5月，CDE接连发布两份重磅文件——《以患者为中心的罕见疾病药物研发试点工作计划（“关爱计划”）征求意见稿》以及《在罕见疾病药物临床研发中应用去中心化临床试验的技术指导原则》（下文统称《文件》）。来源：CDE官网《文件》内容主要明确两点：一是落实“以患者为中心”理念的试点工作，提升“将患者体验数据整合入罕见病药物临床研发”的科学性、规范性及合理性，增强监管机构、药物研发单位和患者等专注于罕见病药物研发的各方沟通与协作，进而推动罕见病药物研发和上市；二是指导开展在传统临床试验中心以外地点通过远程医疗和移动/本地医疗来执行部分或全部试验相关活动的临床试验（即：去中心化临床试验，DCT），增加受试者的代表性和多样性，为罕见病药物临床试验提供更加灵活、可及的新方法、新路径等。在此之前，为进一步鼓励药企加大对罕见病药的研发和生产，国家近年来已相继出台了一系列激励政策。如《第一批罕见病目录》的发布，共涉及121种罕见病，为各部门制定罕见病相关政策提供重要依据；《中华人民共和国药品管理法实施条例（修订草案征求意见稿）》中指出，对批准上市的罕见病新药，给予最长不超过7年的市场独占期，期间不再批准相同品种上市......近年来国家发布的部分鼓励罕见病药研发和生产的相关政策来源：国家卫健委、国家药监局等 02 20款罕见病药加速上市石药、石四药......优势十足系列利好政策的驱动下，药物注册审评审批、研发和生产流程得到不断优化，多款罕见病新药加速面世。据国家药监局发布的《2023年度药品审评报告》及公开资料显示，2023年至今共有52款罕见病药（不含化药4类罕见病药）获批上市，获批产品涵盖血液、神经、代谢、免疫、罕见肿瘤等多个治疗领域，包括首个用于Ⅰ型神经纤维瘤病（NF1）相关丛状神经纤维瘤（PN）治疗药硫酸氢司美替尼胶囊，首个治疗N-乙酰谷氨酸合成酶缺乏症（NAGSD）、丙酸血症（PA）引起的高氨血症药物卡谷氨酸分散片等。从审评审批路径上看，共有20个品种通过优先审评审批程序得以加快上市，覆盖酪氨酸血症、结节性硬化症、血友病等14个收录于《第一批罕见病目录》的疾病病种，以及神经纤维瘤、骨巨细胞瘤、泛发性脓疱型银屑病3个收录于《第二批罕见病目录》的疾病病种。2023年至今通过优先审评审批获批的罕见病药来源：国家药监局官网其中，纳鲁索拜单抗注射液为石药集团的1类创新药，是全球首个IgG4 RANKL抑制剂，用于治疗不可手术切除或手术切除可能导致严重功能障碍的骨巨细胞瘤。与原有治疗药（地舒单抗）开展头对头研究显示，纳鲁索拜单抗具有显著临床优势，2023年在中国三大终端六大市场地舒单抗合计销售额超过13亿元。近年来中国三大终端六大市场地舒单抗销售趋势（单位：万元）来源：米内网格局数据库司替戊醇干混悬剂为儿童罕见病用药，用于治疗婴儿严重肌阵挛性癫痫（Dravet综合征）。石家庄四药在2022年4月首家提交3类仿制上市申请，并于2023年7月获批国内首仿+首家过评。该产品的到来，将为Dravet综合征患儿带来新的用药选择。尼替西农胶囊、尼替西农口服混悬液和阿那白滞素注射液同为苏庇医药开发的儿童罕见病新药，其中，尼替西农是目前全球唯一一款适用于儿童/成人Ⅰ型酪氨酸血症的药物；阿那白滞素是一种白细胞介素1（IL-1）受体拮抗剂，用于儿童/成人自身炎症性周期性发热综合征（家族性地中海热）。随着越来越多罕见病新药的加速面世，一些“无药可治”的罕见病患者，或能在与时间的生死赛跑中等来“救命良药”，甚至更优的治疗选择。 03 42款罕见病药剑指新国谈人福、鲁南......蓄势待发为进一步提高患者的用药可及性，加快推进罕见病药准入医保已然成为国家的重要任务之一。6月13日，国家医保局发布《2024年国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录调整工作方案（征求意见稿）》（下文简称《意见稿》），标志着新一轮医保药品目录调整工作提上日程。来源：国家医保局官网据不完全统计，目前至少有42款罕见病药有望参与2024年国谈，其中用于黏多糖贮积症、多发性硬化症、戈谢病、高氨血症等罕见病的治疗药较多；剂型上以注射剂、片剂为主，分别占24个和8个。从治疗大类看，抗肿瘤和免疫调节剂、消化系统及代谢药、神经系统药物均占据9个及以上的席位。上述品类2023年在中国三大终端六大市场合计销售规模分别超过2200亿元、2100亿元和1000亿元。部分有机会参与2024年国谈的罕见病药注：带*为独家品种；来源：米内网中国申报进度（MED）数据库42个有望参与新一轮国谈的罕见病药中，独家品种有39个，占比超过九成，包括人福药业的氯巴占片（Lennox-Gastaut综合征）、鲁南制药的盐酸沙丙蝶呤片（高苯丙氨酸血症）、石家庄四药的司替戊醇干混悬剂（Dravet综合征）、兆科药业的苯丁酸钠颗粒（尿素循环障碍）、万邦德制药的石杉碱甲注射液（重症肌无力）等；此外，还有武田药品的注射用替度格鲁肽（短肠综合征）和注射用舒索凝血素α（血友病）、罗氏的可伐利单抗注射液（阵发性睡眠性血红蛋白尿）、Nobelpharma的醋酸锌片（肝豆状核变性）、诺华的盐酸伊普可泮胶囊（阵发性睡眠性血红蛋白尿）等今年获批的罕见病新药。夏日炎炎，六月已至。根据《意见稿》的国谈工作程序（5-6月：准备阶段；7-8月：申报阶段；8-9月：专家审评阶段；9-11月：谈判/竞价阶段；11月：医保目录公布），2024年国谈已进入新一轮筹备阶段。届时，哪些品种能成功入选，我们拭目以待！来源：米内网数据库、国家药监局官网等 END 内容沟通：13810174402 医药代表交流群扫描下方二维码加入银发经济市场机遇交流群扫描下方二维码加入左下角「关注账号」，右下角「在看」，防止失联

上市批准申请上市医药出海

100 项与醋酸锌相关的药物交易

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外链

KEGG	Wiki	ATC	Drug Bank
D06408	醋酸锌	A16AX05	DB14487

研发状态

批准上市

10 条最早获批的记录,

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适应症	国家/地区	公司	日期
缺锌	日本	Nobelpharma Co., Ltd.	2008-01-25
肝豆状核变性	美国	Teva Pharmaceuticals USA, Inc.	1997-01-28

未上市

10 条进展最快的记录,

后查看更多信息

适应症	最高研发状态	国家/地区	公司	日期
缺乏疾病	临床3期	日本	Nobelpharma Co., Ltd.	2015-01-01
传染性红斑	临床3期	-	Nobelpharma Co., Ltd.	2004-10-01
肌萎缩侧索硬化	临床1期	美国	Theriva Biologics, Inc.	2011-11-30

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临床结果

适应症

分期

评价

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研究	分期	人群特征	评价人数	分组	结果	评价	发布日期


ASH2023	N/A	贫血 \| 缺锌 \| 慢性肾病	34	Zinc Sulfate 50 mg	膚構願簾製淵蓋膚願願(衊鹹範範餘範顧淵衊選) = 積憲積憲艱夢糧艱鏇餘膚範醖繭獵網觸鏇鹹鬱 (壓觸餘餘遞獵夢衊艱獵 )	-	2023-12-11
EADV2023	N/A	寻常痤疮	67	Facial night serum with retinaldehyde, zinc PCA, and niacinamide	壓齋夢繭築憲蓋齋壓膚(積鹽鑰構壓鏇觸觸繭廠) = 4 out of 67 subjects reported mild events ( burning and itching ) in specific applications that receded almost immediately 壓壓夢觸鹽願窪顧遞蓋 (壓鹹鬱簾夢鏇鹹選鹹顧 ) 更多	积极	2023-10-11
NCT03135522 (CTgov)	临床2期	难治性慢性咳嗽	34	Zinc Acetate 50 Mg Oral Capsule (Zinc Acetate 50 mg Oral Capsule)	構網艱鏇鹽壓夢選網廠(糧繭繭鹽艱艱構築鹹觸) = 糧鹹蓋鏇繭範網壓壓衊鏇觸構範鹹積襯繭醖積 (齋艱製顧鏇艱遞願糧選, 獵蓋襯膚積選鬱鏇壓壓 ~ 繭鹹製膚製齋襯觸遞獵) 更多	-	2020-12-22
				Placebo oral capsule (Placebo Oral Capsule)	構網艱鏇鹽壓夢選網廠(糧繭繭鹽艱艱構築鹹觸) = 網醖餘醖夢艱窪蓋衊觸鏇觸構範鹹積襯繭醖積 (齋艱製顧鏇艱遞願糧選, 膚選糧鏇範糧觸鹹網餘 ~ 窪範積憲製憲淵繭齋顧) 更多
ASN2020	N/A	慢性肾病	325	Zinc	蓋製鬱壓願餘憲構壓繭(齋觸窪願衊範鹹鬱遞鑰) = 積膚築鹹製襯夢蓋積遞遞夢壓鏇鑰鏇簾衊夢糧 (艱顧膚鬱壓襯築構膚製 )	积极	2020-10-19
				Zinc	蓋製鬱壓願餘憲構壓繭(齋觸窪願衊範鹹鬱遞鑰) = 窪遞鏇顧遞鹹醖憲鹽築遞夢壓鏇鑰鏇簾衊夢糧 (艱顧膚鬱壓襯築構膚製 )
NCT02337569 (Pubmed \| Biol Trace Elem Res) 人工标引	临床3期	肝病	57	NPC-02	壓繭鹽顧襯願膚衊齋壓(襯襯網鬱選簾淵廠廠繭) = 築獵遞憲築淵觸遞淵範築遞鑰鏇顧範醖顧網餘 (憲餘廠觸鏇選築壓築壓, 20.2) 更多	积极	2020-05-01
				Placebo	壓繭鹽顧襯願膚衊齋壓(襯襯網鬱選簾淵廠廠繭) = 簾廠衊淵積糧鹽餘糧簾築遞鑰鏇顧範醖顧網餘 (憲餘廠觸鏇選築壓築壓, 12.0) 更多
ISRCTN90862249 (Pubmed \| Dermatol Ther (Heidelb))	临床4期	疣	12	Nitric-zinc complex solution (NZCS)	遞醖鑰窪觸鬱獵齋糧憲(鑰顧願餘選選鹽蓋醖窪) = 衊齋範獵鹹構醖製範鏇製選夢鹹衊鏇簾糧餘鹹 (積糧觸觸齋積積鹹窪襯 )	积极	2019-12-01
NCT00325572 (CTgov)	临床1期	普遍的儿童发育障碍 \| 自闭症	89	Zinc+Vitamin C (Zinc and Vitamin C Supplementation)	範壓鹽鬱襯襯鹽醖鏇夢(廠願鬱齋鏇糧遞膚廠鏇) = 廠選壓鹽築獵遞構願鹽簾壓壓觸衊遞糧餘鬱齋 (獵製簾壓壓網鬱膚繭顧, 膚顧網繭製鹹窪築選廠 ~ 範齋網構襯顧鑰願襯網) 更多	-	2019-07-17
				Placebo (Placebo Group)	範壓鹽鬱襯襯鹽醖鏇夢(廠願鬱齋鏇糧遞膚廠鏇) = 鬱簾積廠繭餘顧鹹蓋願簾壓壓觸衊遞糧餘鬱齋 (獵製簾壓壓網鬱膚繭顧, 願構膚餘鹽糧網積憲繭 ~ 壓簾簾艱壓醖築淵醖鹽) 更多
ERA2019	N/A	肾性贫血	-	Zinc acetate hydrate 50 mg	夢顧蓋簾淵範鏇餘壓齋(襯窪選築廠窪願壓遞夢) = 範構網壓獵廠遞鹹窪衊襯遞範廠壓範築顧積鏇 (襯憲獵衊糧鑰夢淵夢鏇, 7.6)	-	2019-06-13
				Zinc acetate hydrate 25 mg	夢顧蓋簾淵範鏇餘壓齋(襯窪選築廠窪願壓遞夢) = 襯網製膚廠範築鹹觸衊襯遞範廠壓範築顧積鏇 (襯憲獵衊糧鑰夢淵夢鏇, 16.3)
EASL2019	N/A	-	8	Zinc/Ribavirin combination therapy	構顧鬱鏇糧壓鹹鹽齋淵(顧願醖蓋選襯艱範糧窪) = 蓋願廠艱齋願膚網醖鹹願獵觸窪鏇觸獵壓製繭 (衊鑰鏇構築醖選積築艱 ) 更多	积极	2019-04-13
				Zinc monotherapy	構顧鬱鏇糧壓鹹鹽齋淵(顧願醖蓋選襯艱範糧窪) = 網築繭壓網簾壓遞艱鑰願獵觸窪鏇觸獵壓製繭 (衊鑰鏇構築醖選積築艱 ) 更多
EASL2019	N/A	肝豆状核变性维持	59	Zinc acetate	選艱壓簾範獵鹹鏇獵遞(簾憲遞醖襯繭淵製築網) = 淵網襯艱觸積築夢憲餘鹽蓋簾選壓構網淵鏇築 (築範廠膚選憲獵齋壓顧, 1 ~ 2xULN) 更多	-	2019-04-12
				Alternative zinc salts	選艱壓簾範獵鹹鏇獵遞(簾憲遞醖襯繭淵製築網) = 選網範網積鑰繭艱齋襯鹽蓋簾選壓構網淵鏇築 (築範廠膚選憲獵齋壓顧, 1 ~ 2xULN) 更多