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前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年4月5日【酶抑制剂】ACS Infect. Dis. | 利用DNA编码化学文库筛选发现结核分枝杆菌Pks13硫酯酶活性抑制剂2024年4月5日【SARS-CoV-2】ACS Appl. Bio Mater. | 绿色合成木薯块茎纳米颗粒用于丝网印刷碳电极上的电化学适体传感器检测SARS-CoV-22024年4月4日【蛋白质生物偶联物】ACS Macro Lett. | 量身定制的支链聚合物-蛋白质生物偶联物可调筛分性能2024年4月3日【药代动力学】J. Med. Chem. | 药代动力学分析器(PhaKinPro)：模型开发，验证和实现，作为鉴别具有不需要的药代动力学特征的化合物的网络工具2024年4月3日【蛋白质语言模型】ACS Synth. Biol. | 基于进化尺度模型(ESM)的罗塞塔序列设计与蛋白质语言模型预测的结合2024年4月2日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | MolProphet：一站式、通用、基于人工智能的早期药物发现平台具体信息，请滑动下方文字1.【酶抑制剂】DNA编码化学文库(DEL)技术提供了一种既省时又经济的方法，可以同时筛选数十亿种化合物，以确定它们对感兴趣的蛋白质靶点的亲和力。在这里，我们报告了其用于鉴定结核分枝杆菌(Mtb)聚酮合成酶13 (Pks13)硫酯酶活性的新化学抑制剂系列。我们介绍了三种化学上不同的抑制剂系列，以及它们的酶和Mtb全细胞效力，细胞中靶活性的测量，以及抑制剂-酶复合物的晶体结构，阐明了它们与酶活性位点的相互作用。其中一种抑制剂显示出良好的药代动力学特征，并在急性结核(TB)感染小鼠模型中显示出疗效。这些发现和检测方法的发展将有助于推进结核病药物的发现。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsinfecdis.3c00592DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsinfecdis.3c005922.【SARS-CoV-2】本文报道了以木薯淀粉为模板分子控制颗粒大小的绿色合成方法。绿色合成铈的最佳煅烧温度为800℃，结果表明，每个颗粒的粒径分布小于30 nm，平均粒径为9.68 nm，而Ce3+与Ce4+的比例为25.6%。利用绿色合成的纳米微球提高了冠状病毒病(COVID-19)电化学感应传感器系统的灵敏度，并将生物分子附着在电极表面。用铁氰化钾氧化还原系统测定了该适体传感器对病毒受体结合域的反应。用绿色合成的纳米二氧化铈修饰的丝网印刷碳电极的电导率比裸电极高1.43倍，而用商业二氧化铈修饰的碳电极的电导率仅提高1.18倍。优化后的配体传感器的检出限和定量限分别为1.94和5.87 ng·mL-1，准确度和精密度分别为98.5和89.1%。这些结果表明，绿色合成的二氧化铈是一种很有前途的制造电化学感应传感器的方法。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsabm.4c00088DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsabm.4c000883.【蛋白质生物偶联物】蛋白质-聚合物缀合物结合了蛋白质和合成聚合物的独特特性，使其成为生物医学应用的重要材料。在这项工作中，我们合成并表征了精确设计的蛋白质支化聚合物生物偶联物，以保留蛋白质功能，同时防止不必要的相互作用。以凝乳胰蛋白酶为模型蛋白，我们采用了一种控制自由基分支聚合(CRBP)技术，利用水溶性抗炎剂2-溴丙烯酸钠。绿光诱导的原子转移自由基聚合(ATRP)使支链聚合物直接从露天的蛋白质表面接枝。所得的生物偶联物具有预定的分子量、良好的结构和高分支密度。SEC-MALS的构象分析证实了支化聚合物的可控接枝。此外，酶分析显示，密集接枝的聚合物阻止了蛋白质抑制剂的渗透，所得的偶联物保留了高达90%的酶活性。该研究为设计具有可调筛选行为的蛋白质-聚合物生物偶联物提供了一种有前途的策略，为药物输送和生物技术的应用开辟了道路。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acsmacrolett.4c00059DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acsmacrolett.4c000594.【药代动力学】预测药代动力学特性的计算模型对于在高通量筛选活动中优先考虑候选药物至关重要。我们收集、整理并整合了在12个主要终点测试的化合物数据库，其中包含超过10,000个独特的分子。然后，我们利用这些数据建立并验证了二元定量构效关系(QSAR)模型。所有训练模型的正确分类率均在0.60以上，阳性预测值均在0.50以上。为了说明它们在药物发现中的效用，我们使用这些模型来预测NCATS Inxight drugs数据库中药物的药代动力学性质。此外，我们利用开发的模型预测药物库中所有化合物的药代动力学性质。本文中描述的所有模型都已集成并通过PhaKinPro web门户网站(可访问https://phakinpro.mml.unc.edu/)公开提供。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c02446DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.3c024465.【蛋白质语言模型】计算蛋白质序列设计的目标是修改现有的或创造新的蛋白质;然而，没有蛋白质动力学和变构的可预测性，设计稳定和功能的蛋白质是具有挑战性的。将进化信息告知蛋白质设计方法，将突变空间限制在更多的原生序列上，从而在保持功能的同时增加稳定性。最近，在数以百万计的蛋白质序列上训练的语言模型，在预测突变的影响方面显示出了令人印象深刻的表现。用语言模型评估罗塞塔设计的序列，结果显示得分低于原始序列。为了将语言模型预测告知Rosetta设计协议，我们使用进化尺度建模(ESM)模型在设计过程中添加了一个新的度量来约束能量函数。所得序列具有更好的语言模型得分和相似的序列恢复，仅在Rosetta能量评估的适应度上略有下降。总之，我们的工作结合了最近机器学习方法和Rosetta蛋白质设计工具箱的优势。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acssynbio.3c00753DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acssynbio.3c007536.【药物发现】人工智能(AI)是加速药物发现和降低发现过程成本的有效工具。许多成功的人工智能应用在小分子药物发现的早期阶段。然而，这些应用程序中的大多数都需要对软件和硬件有深入的了解，并且关注于单个字段，这意味着这些应用程序之间的数据规范化和传输对于普通用户来说仍然是一个挑战。这通常限制了人工智能在药物发现中的应用。在此，基于一系列稳健的模型，我们形成了一个一站式、通用的、基于人工智能的药物发现平台MolProphet，为小分子药物发现的早期阶段提供完整的功能，包括基于人工智能的靶点口袋预测、命中发现和先导优化、化合物靶向，以及丰富的分析工具来检查结果。MolProphet是一个可访问且用户友好的基于web的平台，完全根据药物发现行业的实践设计。MolProphet筛选、生成或优化的分子可以低成本购买和合成，但具有良好的药物相似性。来自工业界和学术界的400多名用户在他们的工作中使用了MolProphet。我们希望这个平台能够提供一个强大的解决方案，帮助每一个正常的研究人员在药物设计和相关的研究领域。每个人都可以在https://www.molprophet.com/上获得它。链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.3c01979DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.3c01979上下滚动查看更多药企动态2024年4月5日【驯鹿生物】驯鹿生物伊基奥仑赛注射液重症肌无力自免适应症美国IND获批2024年4月4日【默沙东】默沙东启动KRAS G12C抑制剂联合K药III期研究，一线治疗NSCLC2024年4月3日【九源基因】首个！九源基因「司美格鲁肽」生物类似药申报上市2024年4月3日【普方生物】18亿美元！普方生物被Genmab全现金收购2024年4月2日【辉瑞】辉瑞两款first in class三抗在华申报临床2024年4月2日【第一三共】第一三共/阿斯利康TROP ADC第2项适应症在美申报上市各动态具体信息，请滑动下方文字1.【驯鹿生物】2024年4月5日，中国南京、上海、美国加州圣荷西——驯鹿生物，一家致力于细胞创新药物研发、生产和销售的生物制药公司，宣布公司自主研发的全人源靶向BCMA嵌合抗原受体自体T细胞注射液（伊基奥仑赛注射液，研发代号CT103A）新药临床试验申请（IND）获美国食品药品监督管理局（FDA）默示许可，拟用于治疗难治性全身型重症肌无力（Generalized Myasthenia Gravis，gMG），该产品此项适应症中国IND于今年1月份已获NMPA批准。链接网址请戳我2.【默沙东】4月4日，默沙东宣布已经启动一项在研口服选择性KRAS G12C抑制剂MK-1084联合帕博利珠单抗（Keytruda）一线治疗含有KRAS G12C突变且肿瘤表达PD-L1（TPS≥50%）转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者的III期临床试验。链接网址请戳我3.【九源基因】4月3日,CDE官方显示，九源基因提交司美格鲁肽注射液(商品名:吉优泰)的上市申请获得受理，用于成人2型糖尿病患者的血糖控制。九源基因的GLP-1受体激动剂司美格鲁肽生物类似药JY29-2，以吉优泰®作为品牌名称的用于治疗T2DM。链接网址请戳我4.【普方生物】4月3日，Genmab和ProfoundBio（普方生物）宣布，两家公司已经达成最终协议，Genmab将以全现金交易形式收购ProfoundBio。ProfoundBio是一家私营的临床阶段生物技术公司，致力于开发下一代ADC和ADC技术，用于治疗特定类型癌症，包括卵巢癌和其他表达FRα的实体瘤。Genmab将以18亿美元现金收购ProfoundBio，交易结束时支付（根据ProfoundBio的期末净债务和交易费用进行调整）。链接网址请戳我5.【辉瑞】4月2日，CDE网站显示，辉瑞的两款first in class三抗在中国申报临床。PF-07264660是一款靶向白介素4（IL-4）、IL-13和IL-33的三特异性抗体，于2022年8月进入临床开发阶段，目前正在美国开展针对特应性皮炎的II期临床试验。IL4I1是一种芳香烃受体（AHR）激活酶，参与吲哚代谢产物和犬尿喹啉酸的产生过程。PF-07275315则是一款靶向IL-4、IL-13和胸腺基质淋巴生成素（TSLP）的三特异性抗体，于2022年6月进入临床开发阶段，目前正在美国开展针对特应性皮炎的II期临床试验。链接网址请戳我6.【第一三共】4月2日，第一三共和阿斯利康联合宣布靶向TROP2的抗体药物偶联物（ADC）Datopotamab deruxtecan（Dato-DXd）的生物制品许可申请（BLA）获FDA受理，用于既往接受过至少一种全身治疗的不可切除或转移性HR阳性、HER2低表达或阴性（IHC 0、IHC 1+或IHC 2+/ISH-）乳腺癌成人患者，这些患者疾病已经进展并且不适合内分泌治疗。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年4月12-13日 E药学苑举办第三届多肽与核酸药物产业发展创新论坛2024年4月18-19日 举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月20-21日 智药邦举办2024人工智能与生物医药生态大会2024年6月27-28日 上海求实医药咨询有限公司举办ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字第三届多肽与核酸药物产业发展创新论坛主办方：E药学苑会议时间：2024年4月12日-13日会议地点：苏州会议主旨：聚焦更多创新的内容，相关领域的专家及科研人员，旨在为行业提供一个深度的多肽与核酸药物的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我2024人工智能与生物医药生态大会主办方：智药邦会议时间：2024年6月20日-21日会议地点：上海会议主旨：充分介绍和讨论AI赋能生物医药领域的前沿进展、重要案例、关键问题和各方思考，加强交流与合作，加速生物制药相关技术和产业的发展。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

感谢关注转发，欢迎学术交流请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程转录失调是许多癌症的一种标志，MYC癌基因家族的基因组扩增就是证据之一，至少20%的成人实体瘤发生过这种情况。靶向转录辅助因子和转录细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK9）已经成为一种阻止转录活性失调（包括致癌MYC）的治疗策略。Kronos Bio公司经过小分子微阵列筛选到苗头化合物1，通过多轮分子优化评估化合物的CDK9选择性，提高靶向效力及整体的物理化学性质和药代动力学特征等相关指标，得到有效、选择性高、可口服的CDK9抑制剂28（KB-0742）。化合物28在小鼠异种移植模型中表现出体内抗肿瘤活性，根据PK曲线实验结果有望成为有效的口服药物。目前正在对复发或难治性实体瘤或非霍奇金淋巴瘤患者开展I/II期剂量递增和队列研究临床试验（NCT04718675）。本篇文章主要介绍了KB-0742发现和分子优化过程，可为类似项目结构优化提供宝贵经验。图1. KB-0742发现和分子优化过程细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）是丝氨酸/苏氨酸激酶家族，和细胞周期蛋白（cyclin）协同发挥作用。CDKs按生理功能分为两类，负责细胞周期进程（CDK1、2、4、6）和细胞转录调节（CDK7、8、9、12、13）。细胞周期蛋白依赖性激酶9（CDK9）属于丝氨酸类激酶，主要在转录延伸的调控中发挥作用，而不影响细胞周期过程。CDK9/cyclin异二聚体作为一种正性转录延伸因子b（p-TEFb）中的重要催化亚基，转录调节CDKs。CDK9抑制剂可通过降解、抑制CDK9来阻断p-TEFb对RNA聚合酶II羧基末端区域的Ser2磷酸化，抑制转录，迅速降解mRNA水平，从而引起肿瘤细胞凋亡，使CDK9成为一个有吸引力的靶点。目前进入临床阶段的集中CDK9抑制剂包括atuveciclib、VIP152、AZD4573、PRT2527和GFH009，这些化合物都需要静脉注射给药。Kronos Bio使用公司内部的小分子微阵列（SMM）平台，筛选了在细胞裂解环境中与转录复合物结合的小分子库，发现化合物1（KI-Arv03）表现出优异的激酶组和CDK亚型选择性，通过多轮分子结构优化，发现有效、高选择性、可口服的CDK9抑制剂28（KB-0742）。化合物28在多种小鼠异种移植模型中表现出体内抗肿瘤活性，尤其是侵袭性MYC驱动的TNBC。经动力学实验研究发现，Kronos Bio公司筛选获得的苗头化合物1与CDK9的ATP竞争。同时，CDK9/cyclinT1共晶结构（PDB:3MY1）也证明化合物1在ATP竞争结合位点的催化裂缝隙中并以type I型与蛋白结合（如Fig1所示）。因此，公司利用基于结构的药物设计方法进一步增强对ATP竞争性结合位点的结合活性。从晶体结构中分析，该化合物吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-胺母核与铰链Cys106（NH和C=O）形成氢键作用。母核与铰链结合后末端伯胺指向溶剂暴露区的Glu107和Asp109的主链羰基和Asp109的侧链形成氢键作用或离子键。吡唑并嘧啶的5-丙基与Leu156侧链形成疏水作用。经结合模式分析，Kronos Bio公司假定化合物1的三个关键区域，即C-3（R3）、C-5（R1）和C-7（R2）位置进行分子优化。首先R1固定为异丙基，重点研究ATP竞争结合位点R2基团的空间要求，特别是化合物与Asp109和Glu107的相互作用（如表1所示）。将1的氨基环戊烷收缩为环丁烷（化合物2）维持CDK9/cyclin T1结合活性。氨基氮杂环丁烷类似物3结合活性降低5倍。甲基化氮杂环丁烷（化合物4）失去了与Glu107氢键作用，且暴露于溶剂区引入疏水作用，降低结合活性。氮杂环丁烷（5）与氮杂环丁烷（3）表现出相似的效力。羟基环丁烷（6）IC50为183nM，恢复部分结合活性。羟基烷基化（如化合物7）对结合活性没有明显影响。而氨基替代羟基，如化合物8结合活性明显增强（IC50达到25nM），推测化合物8与Asp109和Glu107形成更强的氢键作用。化合物8经CDK激酶谱筛选，显示出对CDK4和CDK7的活性，对CDK9的选择性分别为195倍和360倍。吡唑并嘧啶（9）3位氯原子取代对CDK9（IC50为12nM）更有效，但失去了选择性，特别是对CDK4，选择性倍数从195倍下降到18倍。单甲基取代10与化合物8相比失去效力，这说明在Asp109和Glu107之间需要两个能够形成氢键的氢原子。改变R2中与Asp109和Glu107形成氢键的距离和电子要求会产生混合效应。将氢键供体/氢键受体基团进一步向具有羟基亚甲基的溶剂区延伸，如化合物11，近似于其非亚甲基类似物6。相比于单甲基化胺10，乙酰胺12和酰胺13几乎没有变化，这表明仅以电子效应改变氮上的氢键受体能力对效力影响不大。甲基磺酰胺17进一步验证了这一想法，该类似物结合活性仅有微小改变和类似的选择性特征。然而，甲基脲14结合活性增加至46nM，并且CDK选择性提高。认为两个尿素N-H基团都可以与Asp109有效结合形成氢键。使用氰基胍15也可以看到类似结果，与其它测试的CDKs相比，选择性均≥32倍。苯胺16与氰基胍和脲具有同等效力，但对CDK2的选择性较低。接下来，Kronos Bio公司研究五元环对结合活性的影响，从3-氨基吡咯烷18和19开始，R-对映异构体的效力比S-构型强大约6倍。回到二氨基环戊烷系列，正如最初筛选得到的化合物1类似结果，发现（S, S）构型（20）非常有效，可与二氨基环丁烷化合物8相媲美。母核3位氯取代类似物21的IC50为4nM，但失去了选择性，特别是针对CDK3、4和7。五元环系列的甲基脲变体（24）与四元环（14）具有相似的效力，对CDK9与其它测试的CDK激酶的选择性≥31倍。羟基化氨基环戊烷25比其环丁烷类似物6更有效，但未能表现出比二氨基环丁烷（8）或二氨基环戊烷（20）更优。与环丁烷8和环丁烷20相比，二氨基环己烷26的效力降低，这意味着类似物结合的环最好为四元环和五元环。根据优化结果，可以确定任何与Asp109和Glu107相互作用的R2取代都会改善吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-胺母核的铰链结合，增加结合活性。仅结合一个氨基酸残基（尤其是Asp109）的R2取代基结合活性降低，可能是由于母核与铰链残基Cys106的相互作用较弱或较短暂。在评估R2不同片段后，发现（S, S）-二氨基环戊烷系列最佳。接下来评估吡唑并嘧啶母核5位不同R1取代基团（如表2所示）。根据晶体结构分析，这些片段将指向由Leu156侧链，与CDK9/cyclin T1蛋白形成疏水作用。公司采用最小药效基团方法并逐渐扩大化合物20的异丙基。首先测试了单甲基延伸，2-丁基化合物27增强效力，IC50为10nM。3-戊基28结合活性进一步增强达到6nM。CDK激酶组筛选证明与其他CDK激酶相比，该化合物对CDK9具有≥66倍的选择性。3-氯取代化合物29并未表现出针对CDK9显著改善活性。接下来，评估芳基R1基团，发现邻位取代，尤其是较小的基团，如甲基（32）可以维持与化合物28相似的效力和整体选择性。氟化甲基化合物33对CDK9的结合活性IC50为9 nM，并且表现高选择性，对CDK9的选择性是其他测试CDK激酶的233倍以上。与氟化物33相比，改用氯取代（34）保持CDK9效力，但丧失了对CDK4和CDK7的选择性。鉴于CDK9效力和CDK亚型选择性，选择基于化合物28进一步优化。二氨基环戊烷立体化学要求如表3所示进行评估，显示（S, S）构型是最有效的构型。然后对每种异构体进行选择性分析。表4说明了测试的CDKs中化合物28的选择性，具体如表4所示。Kronos Bio公司将四种异构体对接到CDK9的ATP竞争性结合口袋中，其中（S,S）构型在能量上最受青睐（如Fig2所示）。化合物28与CDK9/cyclin T1的共晶结构（PDB:8K5R）证实了配体结合如模型预测一样（如Fig3所示）。化合物28的氨基-吡唑并嘧啶母核与ATP竞争性结合口袋的铰链区Cys106结合，二氨基环戊烷的末端胺与Asp109形成氢键相互作用。3-戊基指向由Leu156侧链形成的疏水作用。化合物28在631种激酶（375种野生型、232种突变型和24种非典型激酶）的激酶组中筛选发现，与SMM筛选得到的化合物1相比，化合物28保留了选择性，对CDK9/cyclin T1显示出更强的效力，对所有分析的CDKs选择性超过66倍，对CDK1、3、4的选择性超过100倍。使用TNBC细胞培养模型，利用荧光标记抗体和高内涵荧光成像来测量细胞增殖和凋亡，对化合物28的细胞活性进行体外评估。发现化合物28可抑制细胞生长，在测试的TNBC细胞系中显示出细胞抑制（GI50值范围为530nM至1μM）和细胞毒性（IC50值范围为600nM至1.2μM）。值得注意的是，化合物28在5个测试细胞系中的4个中有效诱导细胞凋亡（如表5所示）。此外评估了化合物28的化学性质和ADME性质（如表6所示）。该化合物在2、10和50μM浓度的Caco-2测定中表现良好的渗透性，流出比范围1.48至1.85。对CYP450酶的抑制表明均不抑制。化合物28在小鼠、大鼠、犬和人微粒体中表现出低的体内清除率。在肝细胞中表现出低至中等的清除率，导致这些测定的t1/2≥2小时。在小鼠和人血浆蛋白测定中表现出高游离分数，并且在所有测试物种的血浆中稳定性超过360分钟。与其良好的理化和体外ADME特征一致，化合物28在小鼠、大鼠和犬中表现出良好的总体PK特性（如表7所示）。静脉给药后的血浆T1/2，小鼠为1.2h，大鼠未2.4h，犬为4.7h。在所有临床前物种中，相对于肝血流量，血浆清除率低至中等。表观稳态分布容积（Vd, ss）在不同物种之间略有差异，范围从小鼠的3.9L/kg到大鼠的7.3 L/kg。化合物28表现出可口服。结合体内外推法和异速生长方法来预测人体PK参数。基于70kg体重，平均预测人血浆清除率（CL）和Vd, ss分别为2.0mL/min/kg和6.0L/kg假设单室药代动力学，估计终末半衰期为35小时（半衰期=[ln 2]×Vss/CL）。来自非临床物种的预测人口服生物利用度为75%。当在临床中探索剂量递增至药理学活性剂量时，预计的长血浆半衰期应使化合物28能够实现持续暴露，同时避免出现高峰 (Cmax) 浓度（如Fig4所示）。接下来评估化合物28在MYC扩增的TNBC患者来源的异种移植模型（PDX）中对体内肿瘤生长的药效（PD）影响。为了评估化合物28的靶向PD，检测了MYC水平和RNA聚合酶II Ser2磷酸化水平作为异种移植肿瘤样本中CDK9活性的下游指标。化合物28终末剂量2小时后，MYC和pSER2均显著降低，而化合物28的血浆浓度仍然很高（如Fig5所示）。携带已建立的皮下PDX肿瘤无胸腺Nude-Foxn1nu小鼠接受对照、标准化疗药物或化合物28治疗。在所有模型中均观察到化合物28的肿瘤生长抑制，其中两种CTG-1017和CTG-0437模型的化合物28肿瘤生长抑制与SOC相比，靶向PD效果与显著的体内抗肿瘤效果相对应（如Fig6所示）。从发现苗头化合物1开始，使用基于结构的药物设计方法对SMM筛选命中的优化，从而发现了临床候选物28 (KB-0742)，这是一种有效的、选择性的、可口服的CDK9抑制剂。化合物28在TNBC小鼠异种移植模型中表现出体内抗肿瘤活性。在体外，化合物28以浓度依赖性方式降低肿瘤裂解物中的 MYC和pSER2，并在降低这些PD标志物水平的相同剂量下显着抑制体内肿瘤生长。此外，化合物28的aPK曲线预测人体持续暴露有利于临床上有效的口服给药。目前化合物28已经开展针对复发性或难治性实体瘤或非霍奇金淋巴瘤患者的I/II期剂量递增和扩展临床试验（NCT04718675）。文章来源10.1021/acs.jmedchem.3c01233请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程1.药渡CyberSAR结合药物设计思想，挖掘了文献及专利报道的活性的结构，通过CyberSAR以方便快速获得研发人员兴趣靶向结构，以供开拓思路，就CDK9抑制剂举例如下：2.在靶点界面选中“化学空间”选项标签下级联“聚类结构视图”选项卡，可以将CyberSAR平台收录的文献和专利具有关于CDK9/cyclin T1相关实验测试活性的分子以“母核结构聚类 “的形式展示。其中绿色字体高亮的”为文献报道的体外酶、细胞活性测试实验中IC50<100nM的活性分子结构、具体实验、实验结果及实验来源。3.在靶点界面选中“化学空间”选项标签下级联“原始结构视图”选项卡，可以将CyberSAR平台收录的文献具有关于CDK9/cyclin1相关实验测试活性的分子以“研发阶段时光轴“的形式展示。其中绿色字体高亮的”数据挖掘“即为潜力Hit。登录方式CyberSAR在电脑浏览器端登录网址：https://data.pharmacodia.com/cybersar/，欢迎猛烈试用。请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程如需进一步沟通，请扫码添加微信联系药渡赵博士或药渡CyberSAR沟通群。

感谢关注转发，欢迎学术交流回复药渡Cyber，领取文献原文请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程佛罗伦萨大学首次报道了一系列可能用于治疗奥沙利铂引起的神经性病变化合物，这些化合物能够调节人碳酸酐酶亚型（hCA）以及瞬时受体电位香草素1（TRPV1）活性。所有化合物均对参与此类病理学的主要hCA表现出有效的体外抑制活性，而从中挑选的化合物具有TRPV1中度激动作用。最有效的化合物(R)-12a、(R)-37a和两种对映异构体(R)-39a、(S)-39b的体内评估发现在神经性病变小鼠模型中均能诱导持久的镇痛效果，并在给药后30分钟发挥最大功效。图1.具有CAs抑制和TRPV1激动双重活性的化合物发现和分子优化过程基于铂的化疗（即顺铂、卡铂和奥沙利铂）用于治疗肿瘤尤其是晚期转移性癌症，如结直肠癌、卵巢癌、乳腺癌和肺癌等是有效治疗药物。然而，铂类药物在临床使用过程中存在一定的毒副作用，尤其是剂量限制性毒性、肾毒性、耳毒性、骨髓抑制和神经毒性是人们主要关注的毒副作用，通常会因为毒副作用过大，导致临床停止用药。如周围神经毒性引起感觉异常或迟钝，而后转变为慢性感觉神经毒性。此外，慢性疼痛症状会严重影响生存质量。迄今为止，尚无治疗奥沙利铂引起的神经性病变的有效治疗药物，只有非甾体类抗炎药（NSAID）和阿片类药物能够减缓疼痛。虽然引起神经性病变的病理生理学机制尚不清楚，但是很多报道认同背根神经节（DRG）神经元发生稳态功能障碍可能诱发神经性病变的原因。这种假设一致认为DRG位于中枢神经系统之外，因此不受血脑屏障保护。这种理论有一个重要的证据是接受奥沙利铂治疗的患者，通过奥沙利铂代谢物（即奥沙利铂草酸盐）螯合钙离子，其瞬时受体电位（TRP）离子通道家族（如TRPM8、TRPV1和TRPA1）中的某些亚型受到干扰，引起神经性病变症状。根据这一现象，佛罗伦萨大学开始研究TRPV1这个潜在镇痛靶点，因为它能通过触发重要的钙离子流入而参与伤害性刺激的传递。通过刺激TRPV1受体，使TRPV1受体脱敏成为一种疼痛治疗的有效策略。此前发现辣椒素或树胶脂毒素（resiniferatoxin）为TRPV1受体激动剂，文献报道辣椒素视为“分子手术刀”，会导致TRPV1离子通道开放时间延长，细胞毒性作用只明显影响表达TRPV1的感觉神经元。TRPV1部分激动剂也能有效缓解疼痛。缓解疼痛的另一类药物是TRPV1拮抗剂，如Fig1 B中的capsazepine或SB-705498。TRPV1拮抗剂虽然可以逆转疼痛，但存在高热和意外烧伤等副作用，因此TRPV1拮抗剂无法进一步开发成药。神经性病变通常与DRG神经元不受控的细胞内酸化有关，导致金属(如铂)与血红蛋白形成加合物。在同一篇文献报道中认为，由于去除主要pH缓冲系统而导致的不受控pH波动可能会通过抑制碳酸酐酶（CA, EC 4.2.1.1）亚型（即碳酸酐酶II，hCAII）而逆转。基于Potenzieri等人的开创性研究，佛罗伦萨大学的研究者尝试通过使用能够抑制金属酶并激活TRPV1受体的化合物来干预神经性病变pH失衡。除了pH影响外，当KCC2在周围神经损伤中受损时，抑制大量中枢神经系统表达的碳酸酐酶（即II、VII和XII亚型）可能会导致碳酸氢盐依赖的GABAA受体的去极化减少。设计思路佛罗伦萨大学开始利用SB-705498的强效中枢神经性系统渗透性和TRPV1选择性拮抗作用作为分子改造起始化合物，基于该化合物引入最少的官能团进行分子优化以获得具有hCA抑制活性的化合物。采取的合成策略考虑到：1、用碳酸酐酶抑制的药效团如磺酰胺替换SB-705498上的CF3取代基，同时，替换苯环上不同取代基找到同时作用两个靶点的化合物；2、研究SB-705498中苯环上的溴换成间位或对位取代，同时用其它取代基团（如NO2或H）考虑替换CF3。最后，考察改造的化合物立体异构体是否对不同碳酸酐酶亚型和TRPV1受体的亲和力有影响。碳酸酐酶抑制剂作用测试了所有合成的化合物（7a,b-22a,b，24a，25a-b, 35a-46a，37b-40b，43b-46b）hCA亚型I、II、IV、VII、IX和XIII的抑制活性具体情况如表1所示。碳酸酐酶亚型抑制活性的构效关系如下：化合物7-22a,b对细胞质hCA II抑制活性Ki的范围从12.1nM到818nM。对hCA I亲和力与亚型II类似。化合物13a的效力最低（hCA I的Ki为937.6nM）。亚型I和II观察到相同的动力学趋势。值得注意的是，与包含7-22b、25b、37-40b和43-46b的 S-构型相比，所有R-构型对映异构体（7-22a、24a、25a和35-46a）具有更强的抑制活性。其中，化合物7a在两种碳酸酐酶亚型上的效力均比其S构型对映异构体7b强近10倍。化合物11a（Ki 为37.0nM）的抗hCAI活性比化合物11b（Ki为475.8nM）强13倍。而化合物10a-b、16a,b 和20a,b观察到两种对映异构体的相反抑制趋势。与R构型相比，(S)-10b、(S)-16b和(S)-20b是更有效的hCAI和II抑制剂（即(R)-10b、(R)-16b和(R)-20b）。推测R构型和S构型之间的这种逆转活性可能是由于CF3取代基。另外，化合物13a,b和17a,b等引入大体积的取代基团消除了手性中心的影响。对于hCA II而言，在苯环上引入磺酰胺取代基系列（35-46），发现磺酰胺在硫脲衍生物37-40a,b的对位或间位取代可以增加R构型对映异构体的效力。此外，当磺酰胺处于对位（如43a和45a）时，脲基衍生物表现出相同的趋势。化合物对膜蛋白hCA IV的Ki值在微摩范围内。值得注意的是，用磺酰脲取代脲导致化合物24a的效力大幅提升至纳摩水平（Ki为36.6nM）。在磺酰脲的邻位引入一个氯原子（25a,b）效力下降20倍。几乎所有的化合物对脑相关亚型hCA VII都有强烈的抑制活性，Ki在亚纳摩水平（12b Ki达到0.9nM）。结果显示化合物对亚型VII与亚型I和II相比有不同的抑制趋势，大多数S构型对映异构体比R构型更有效。而用硫脲取代脲的化合物（7a,b和8a,b）观察到相应对映体的活性翻转。与S构型（7b，Ki为12.1nM）相比，R构型的7a（Ki为6.6nM）效力高出2倍。相反，硫脲衍生物S构型8b（Ki为2.6nM）显示出比R构型（8a，Ki为8.6nM）高3倍。卤素原子邻位似乎对S构型选择性至关重要，如衍生物11a,b和21a,b，其选择性比化合物12a,b高10倍和80倍。化合物37-46中磺酰基的取代位置在对映异构体的选择性上发挥重要作用。如在间位异构体系列中，R构型相对于S构型的增加选择性。所有化合物对肿瘤相关的hCA IX和XII亚型均有效抑制，并显示Ki值在1.3nM至971.3nM。对映异构体对两类亚型的选择性主要受苯环而不是吡啶环上的取代基影响。如表1所示结果显示化合物9、14、15、17、18和21的对映异构体在hCAI X和XII之间具有反向选择性。化合物11a,b和21a,b对hCAIX的效力，用后者的硫脲基取代前者的脲基，导致S构型选择性增加（11b比11a活性高13.9倍；21b活性比11a高52.5倍）。而对于hCA XII，R构型抑制活性更高，如化合物21a,b。观察到化合物 37-46的S构型对映异构体是最佳抑制剂，特别是衍生物38a,b显示出对映异构体超过100倍的选择性。TRPV1实验评估了所选的R构型对映异构体7a、9a-16a、18a-22a、24a、35a-46a和S构型对映异构体39b和45b测试调节TRPV1受体活性，具体结果如表2所示。尽管设计的系列化合物均源自TRPV1拮抗剂SB-705498，但从表2测试的结果说明化合物具有明显的激动作用。即使很小的化学结构修饰可能导致TRPV1活性调节中激动-拮抗作用转换。如化合物10a，37a，38a，39ab，40a，45a,b和46a表现出中等激动作用，EC50值在3.1nM到74.5μM。多数在吡啶环上引入磺酰胺化合物活性丧失。化合物10a有微弱的激动活性（10a EC50为74.5μM），当化合物12a中引入2位氯取代时，激动活性显著恢复。相反，当大多数苯环上带磺酰胺取代基时显示有激动活性，EC50值在低微摩范围内，如化合物37a和45b分别为8.0μM和3.1μM。在某些情况下，立体中心的构型并不影响活性或效力，如对映异构体39a和39b的TRPV1 EC50为12.5μM。据报道，(R)-45a和(S)-45b的效力存在构型选择性，后者的活性是前者的9倍。X射线晶体结构为了阐明化合物抑制CA的分子基础，分别以1.3Å和1.6Å分辨率测定了hCA II与对映异构体(R)-37a和(S)-37b复合物的 X 射线结构（Fig3）。电子密度图分析（支持信息（SI）中的图S1）显示抑制剂(R)-37a的密度，进入催化裂隙，与配体完全相容。正如预期的那样，磺酰胺部分直接与锌离子和Thr199残基形成氢键相互作用，从而显示出此类抑制剂的典型结合模式。此外，苯磺酰胺部分与Val121和Leu198的侧链之间建立了典型的疏水相互作用，并有助于增强活性位点内的复合物。(R)-37a硫脲基部分的近端氮原子与Thr200形成水桥。在Leu198和Pro202与主支架的疏水部分之间观察到有价值的额外疏水相互作用，其负责将整个配体粘附在活性位点的疏水区域内（Fig3 A）。与hCAII结合的第二种抑制剂(S)-37b也揭示了有趣的结构特征（Fig3 B）。首先，观察到硫脲基部分呈双构象。此外，衍生物(S)-37b的尾部也观察到了有趣的特征。事实上，吡咯烷环的S构型立构中心将该部分移动到Phe131的另一侧，与该残基发生疏水相互作用。(S)-37b尾部的这种不同位置也通过吡啶环的氮与Glu69之间的水桥以及与Ile91的疏水相互作用来稳定。两种对映体(R)-37a和(S)-37b之间的结构比较（Fig3 C）也揭示了相似的特征，例如典型的苯磺酰胺与催化锌原子和Thr199的相互作用；另一方面，立体中心能够影响两个分子的尾部构象，这两个分子占据由Phe131残基划分的两个不同的疏水口袋。然而，这种结构多样性并不显著影响两种抑制剂对该亚型的抑制等级。体内止痛验证基于体外获得的CA和TRPV1谱，佛罗伦萨大学选择了最合适的化合物来进行奥沙利铂重复治疗引起的神经病理性疼痛的体内小鼠模型。考虑的化合物包括：(i) (R)-36a和(R)-43a作为缺乏TRPV1活性的有效CA抑制剂；(ii) (R)-12a和(R)-37a，对两个靶点均有效；(iii) 两种对映异构体(R)-39a和(S)-39b，对CA II和TRPV1显示出相似的有效性。结果如Fig4所示。评估了口服给药所选化合物（浓度增加至100mg/kg）后的动物舔潜伏期体内实验。观察到与以下情况存在剂量依赖性性：对TRPV1没有任何活性的化合物(R)-36a和(R)-43a显示出剂量依赖性有效性在给药后45分钟达到峰值，随后效果迅速下降，并在75分钟时被抑制（如Fig 4所示）。(R)-12a和(R)-37a在给药后30分钟达到峰值，并且有效长达45分钟。(R)-37a的效力和活性比(R)-12a更有效。这种效应可能合理地归因于(R)-37a抑制CA II的效力超过(R)-12a（即10.4倍），也考虑到DRG神经元特别富含这种亚型。(R)-39a和(S)-39b在30和100mg/kg时显著有效，在较高剂量下完全恢复奥沙利铂过敏。基于两个对映异构体的CA II和TRPV1体外活性接近（如表1和表2所示），(S)-39a略好可能是由于不同的体内代谢过程。结论这是第一次报道了关于双靶向分子能够通过同时激活TRPV1和抑制CAs酶来缓解神经性病变的文献。通过芳香环取代、脲基和硫脲基连接体之间的生物等排转换以及立体中心的引入时对两个靶标的影响进行了初步SAR分析。合成的化合物组中存在的(R)-或(S)-立体中心似乎对两个靶标的活性没有相关影响。特别引人注目的是(R)-37a和(S)-37b（即CA II Ki分别为6.7和4.9nM）的情况，因为它们与CA II共晶结构显示分子尾部位于活性位点的酶促疏水部分，并占据由Phe131残基分开的不同亚口袋。将CA弹头磺酰胺部分引入TRPV1拮抗剂调节剂SB-705498的方法导致活性逆转至中度激动作用。观察到的分子立体中心对 TRPV1 的体外影响是多种多样的。如(R)-39a和(S)-39b（即两种化合物的EC50均为12.5μM）不会引起任何效力变化，而对于化合物45，(S)-构型的激动活性比其相应的(R)-构型（EC50）高9倍。(R)-45和(S)-45分别为29.5和3.1μM。选择最有价值的体外表现化合物（即(R)-12a、(R)-36a、(R)-37a、(R)-39a、(S)-39b和(R)-43a）探索它们对OINP体内小鼠模型。所有具有CAII或TRPV1活性的化合物均能诱导持久的镇痛效果，并在给药后30分钟发挥最大功效。相反，仅具有针对CA的活性的化合物(R)-36a和(R)-43报道了中等和较短的缓解结果，从而证明了所报告分子的TRPV1激动剂部分对生物模型的重要贡献。非常有趣的是，对映异构体(R)-39a和(S)-39b在体内模型中诱导生化反应方面明显不同，前者比其 (S)-构型更有效和持久。同时具有中等活性的TRPV1激动剂和CA强抑制剂的小分子是有效且值得开发的策略，可用于最大限度地减少神经性病变诱发的症状（如疼痛）。文章来源https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.2c01911请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程1.药渡CyberSAR结合药物设计思想，挖掘了文献及专利报道的活性的结构，通过CyberSAR以方便快速获得研发人员兴趣靶向结构，以供开拓思路，就TRPV1激动剂举例如下：2.在靶点界面选中“化学空间”选项标签下级联“聚类结构视图”选项卡，可以将CyberSAR平台收录的文献和专利具有关于TRPV1相关实验测试活性的分子以“母核结构聚类”的形式展示。其中“绿色字体高亮”的为文献报道的体外酶、细胞活性测试实验中EC50<100nM的活性分子结构、具体实验、实验结果及实验来源。3.在靶点界面选中“化学空间”选项标签下级联“原始结构视图”选项卡，可以将CyberSAR平台收录的文献具有关于TRPV1相关实验测试活性的分子以“研发阶段时光轴”的形式展示。其中绿色字体高亮的”数据挖掘“即为潜力Hit。登录方式CyberSAR在电脑浏览器端登录网址：https://data.pharmacodia.com/cybersar/，欢迎猛烈试用。请点击此处链接观看CyberSAR系统详细使用教程如需进一步沟通，请扫码添加微信联系药渡赵博士或药渡CyberSAR沟通群。