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– U.S. FDA has confirmed that screening and dosing may proceed in Study SRP-9005-101 for LGMD2C/R5 – Enrollment and dosing completed in Study SRP-9004-102 for LGMD2D/R3 – Data expected for SRP-9003 for LGMD2E/R4 by mid-2025 CAMBRIDGE, Mass.--(BUSINESS WIRE)--Apr. 15, 2025-- Sarepta Therapeutics, Inc. (NASDAQ:SRPT), the leader in precision genetic medicine for rare diseases, today shared updates from its clinical programs focused on limb-girdle muscular dystrophy (LGMD) subtypes 2C/R5, 2D/R3, and 2E/R4. SRP-9005 for LGMD type 2C/R5: Following input from the U.S. Food and Drug Administration (FDA), Office of Therapeutic Products (OTP), Sarepta is cleared to proceed with dosing in Study SRP-9005-101 (COMPASS) in the U.S. COMPASS is a first-in-human clinical study of SRP-9005, an investigational gene therapy for LGMD type 2C/R5, or gamma-sarcoglycanopathy. SRP-9004 for LGMD type 2D/R3: Enrollment and dosing is complete in Study SRP-9004-102 (DISCOVERY). DISCOVERY is a phase 1, proof-of-concept study evaluating safety and expression of the alpha-sarcoglycan protein after treatment with SRP-9004, an investigational gene therapy for the treatment of LGMD type 2D/R3, or alpha-sarcoglycanopathy. SRP-9003 for LGMD type 2E/R4: Enrollment and dosing is complete in Study SRP-9003-301 (EMERGENE). EMERGENE is a phase 3 clinical trial of SRP-9003 (bidridistrogene xeboparvovec) for the treatment of LGMD type 2E/R4, or beta-sarcoglycanopathy. EMERGENE is a global study and the primary endpoint is the biomarker expression of beta-sarcoglycan protein. A pre-Biologics License Application (BLA) meeting has occurred and the OTP has confirmed eligibility for the accelerated approval pathway for the program. Sarepta remains on track to submit a BLA to the U.S. FDA in the second half of 2025. “There are no disease-modifying treatments approved for patients with any subtype of limb-girdle muscular dystrophy, and the unmet medical need is significant. Following feedback from U.S. FDA, we are pleased to announce that screening can proceed in Sarepta’s first clinical study for a gene therapy for individuals with LGMD type 2C – the fourth LGMD program that Sarepta has advanced into the clinic,” said Louise Rodino-Klapac, Ph.D., executive vice president, chief scientific officer and head of research and development, Sarepta Therapeutics. “In addition to our progress with SRP-9004 and SRP-9005, we remain on track to share data in the first half of this year from the EMERGENE study with SRP-9003. Our confidence in the potential for gene therapy to bring meaningful treatments to patients with rare, genetic based diseases remains high and the rapid progress across our LGMD pipeline is encouraging.” About Limb-Girdle Muscular Dystrophy Limb-girdle muscular dystrophies (LGMD) are genetic diseases that cause progressive, debilitating weakness and wasting that begins in muscles around the hips and shoulders before progressing to muscles in the arms and legs. There are more than 30 distinct subtypes of LGMD, each with a unique genetic mutation and distinct symptoms, progression, and treatment approaches. Sarepta’s leading LGMD pipeline currently has gene therapy programs in different stages of development for LGMD 2B/R2, LGMD 2E/R4, LGMD 2D/R3, LGMD 2C/R5, and LGMD 2A/R1 which together represent more than 70 percent of known LGMD cases. Sarepta is also the sponsor of JOURNEY, a natural history study evaluating disease progression for four LGMD subtypes: 2C/R5, 2D/R3, 2E/R4 and 2A/R1. JOURNEY is actively enrolling globally. About SRP-9003 (bidridistrogene xeboparvovec) SRP-9003 (bidridistrogene xeboparvovec) is an investigational gene therapy that uses the AAVrh74 vector, which is designed to be systemically and robustly delivered to skeletal, diaphragm and cardiac muscle, making it an ideal candidate to treat neuromuscular diseases. SRP-9003 is intended to deliver a full-length beta-sarcoglycan transgene and uses the MHCK7 promoter, chosen for its ability to robustly express in the heart1,2,3 which is critically important for patients with limb-girdle muscular dystrophy Type 2E (LGMD2E), also known as beta-sarcoglycanopathy and LGMDR4, many of whom die from pulmonary or cardiac complications. About SRP-9004 (patidistrogene bexoparvovec) SRP-9004 (patidistrogene bexoparvovec) is an investigational gene therapy for limb-girdle muscular dystrophy Type 2D (LGMD2D/R3). LGMD2D/R3 causes muscle weakness and primarily affects the muscles around the hips, shoulders, and thighs. SRP-9004 is engineered using the AAVrh74 vector, which is designed to be systemically and robustly delivered to skeletal, diaphragm and cardiac muscle, making it an ideal candidate to treat neuromuscular diseases. Intended to deliver a full-length alpha-sarcoglycan transgene, SRP-9004 uses the tMCK promoter, chosen for its ability to selectively express in skeletal muscle which is critically important for patients with LGMD2D/R3. About SRP-9005 SRP-9005 is an investigational gene therapy for patients with limb-girdle muscular dystrophy Type 2C (LGMD2C/R5), also known as gamma-sarcoglycanopathy. SRP-9005 is intended to deliver a full-length gamma-sarcoglycan transgene using the AAVrh74 vector. SRP-9005 uses the MHCK7 promoter, chosen for its ability to robustly express in the heart, which is critically important for those with LGMD2C, many of whom die from pulmonary or cardiac complications. About Sarepta Therapeutics Sarepta is on an urgent mission: engineer precision genetic medicine for rare diseases that devastate lives and cut futures short. We hold leadership positions in Duchenne muscular dystrophy (Duchenne) and limb-girdle muscular dystrophies (LGMDs) and are building a robust portfolio of programs across muscle, central nervous system, and cardiac diseases. For more information, please visit www.sarepta.com or follow us on LinkedIn, X, Instagram and Facebook. Internet Posting of Information We routinely post information that may be important to investors in the 'For Investors' section of our website at www.sarepta.com. We encourage investors and potential investors to consult our website regularly for important information about us. Forward-Looking Statements In order to provide Sarepta’s investors with an understanding of its current results and future prospects, this press release contains statements that are forward-looking. Any statements contained in this press release that are not statements of historical fact may be deemed to be forward-looking statements. Words such as “believes,” “anticipates,” “plans,” “expects,” “will,” “may,” “intends,” “prepares,” “looks,” “potential,” “possible” and similar expressions are intended to identify forward-looking statements. These forward-looking statements include statements relating to our future operations, business plans, market opportunities, priorities and research and development programs and technologies; the potential benefits of our technologies, scientific approaches and strategic partnerships; and expected milestones and plans, including beginning dosing in Study SRP-9005-101, sharing data from our EMERGENE study in the first half of the year, and our expectation to file a BLA for SRP-9003 in the second half of 2025. These forward-looking statements involve risks and uncertainties, many of which are beyond Sarepta’s control. Actual results could materially differ from those stated or implied by these forward-looking statements as a result of such risks and uncertainties. Known risk factors include the following: success in preclinical and clinical trials, especially if based on a small patient sample, does not ensure that later clinical trials will be successful, and the results of future research may not be consistent with past positive results or may fail to meet regulatory approval requirements for the safety and efficacy of product candidates; the expected benefits and opportunities related to our agreements with strategic partners may not be realized or may take longer to realize than expected due to a variety of reasons, including any inability of the parties to perform their commitments and obligations, challenges and uncertainties inherent in product research and development and manufacturing limitations; if the actual number of patients suffering from the diseases we aim to treat is smaller than estimated, our revenue and ability to achieve profitability may be adversely affected; we may not be able to execute on our business plans, including meeting our expected or planned regulatory milestones and timelines, research and clinical development plans, and bringing our product candidates to market, for various reasons, some of which may be outside of our control, including possible limitations of company financial and other resources, manufacturing limitations that may not be anticipated or resolved for in a timely manner, and regulatory, court or agency decisions, such as decisions by the United States Patent and Trademark Office with respect to patents that cover our product candidates; and those risks identified under the heading “Risk Factors” in our most recent Annual Report on Form 10-K for the year ended December 31, 2024 filed with the Securities and Exchange Commission (SEC) as well as other SEC filings made by the Company which you are encouraged to review. References View source version on businesswire.com: https://www.businesswire.com/news/home/20250415170851/en/ Investor Contact: Ian Estepan 617-274-4052 iestepan@sarepta.com Media Contacts: Tracy Sorrentino 617-301-8566 tsorrentino@sarepta.com Kristen Stancil 617-528-8183 kstancil@sarepta.com Source: Sarepta Therapeutics, Inc.

近日，东阳光药业团队在国际权威药物化学期刊《Journal of Medicinal Chemistry》上发表了一篇题为“发现FLT3-ITD抑制剂Clifutinib：一种新型双苯乙炔脲衍生物及其在复发/难治性FLT3-ITD阳性急性髓系白血病治疗中的临床试验研究”的研究论文。Clifutinib作为一种新型的FLT3-ITD抑制剂，通过抑制FLT3-ITD激酶活性，显著抑制了携带FLT3-ITD突变的AML细胞系MV-4-11和MOLM-13的增殖，其IC50值分别为1.5 nM和1.4 nM。此外，Clifutinib在小鼠模型中也展现出良好的药代动力学特性和抗肿瘤效果，且未引起显著体重下降等不良反应。目前，Clifutinib已进入III期临床试验（NCT05586074），有望为复发/难治性FLT3-ITD阳性AML患者提供新的治疗选择。克立福替尼（Clifutinib，苯磺酸克立福替尼）是东阳光药业自主研发的一款高选择性FLT3抑制剂，克立福替尼是国内首个进入III期临床试验的国产FLT3抑制剂，标志着其在AML治疗领域的领先地位。一分钟速览研究背景急性髓系白血病（AML）是一种常见且预后极差的恶性血液疾病，其中FLT3-ITD（FMS样酪氨酸激酶3内部串联重复突变）是AML中最常见的基因突变之一，与疾病进展和不良预后密切相关。尽管已有多种FLT3抑制剂进入临床，但仍有部分患者对治疗产生耐药性，且现有药物存在一定的副作用。因此，开发更有效、更安全的FLT3-ITD抑制剂是当前研究的热点。重点内容东阳光药业团队通过合理药物设计，开发了一系列双苯乙炔脲衍生物作为新型FLT3-ITD抑制剂。其中，化合物9e（命名为Clifutinib）表现出优异的活性和药物特性。研究结果表明，Clifutinib对FLT3-ITD激酶的抑制活性极强，IC50值仅为15.1 nM，并且在MV-4-11和MOLM-13两种携带FLT3-ITD突变的AML细胞系中展现出显著的抗增殖活性，IC50值分别为1.5 nM和1.4 nM。此外，Clifutinib在小鼠模型中也表现出良好的药代动力学特性和抗肿瘤效果，且未引起显著体重下降等不良反应。研究总结Clifutinib作为一种新型的双苯乙炔脲衍生物，具有高选择性、高活性和良好的药物特性，有望成为治疗复发/难治性FLT3-ITD阳性AML的有效药物。目前，Clifutinib已进入III期临床试验（NCT05586074），其临床数据将进一步验证其在AML治疗中的潜力。图片来源：ACS详细阅读01Background研究背景FMS样酪氨酸激酶3（FLT3）是一种跨膜酪氨酸激酶，属于III型分裂激酶域家族，与KIT、FMS和PDGFR等激酶密切相关。FLT3通过与细胞外配体结合促进二聚化和自身磷酸化，激活下游的RAS/MAPK、PI3K/AKT和JAK/STAT5信号通路，从而调节造血干细胞的增殖、分化和存活等细胞过程。然而，FLT3的激活突变，尤其是内部串联重复（ITD）突变，在急性髓系白血病（AML）中频繁出现，并与不良预后相关。AML是一种常见且具有侵袭性的致命恶性肿瘤，全球每年约有超过250,000人死于AML相关的癌症。FLT3-ITD突变在AML患者中占比约25%，这些突变通过促进配体非依赖性二聚化，持续激活FLT3信号通路，导致白血病细胞的异常增殖和分化。因此，FLT3-ITD突变已成为AML治疗的一个重要靶点。过去几十年中，虽然已有多种FLT3抑制剂被研究作为潜在的治疗药物，但这些抑制剂在特异性、亲和力和结合位点上存在差异，且部分患者在接受治疗后仍会复发。此外，一些抑制剂还存在如QTc间期延长、发热性中性粒细胞减少和全血细胞减少等非靶向效应引起的副作用。鉴于此，研究团队致力于探索更有效、更具选择性且更安全的FLT3-ITD抑制剂，以期为FLT3-ITD阳性AML的临床治疗提供新的选择。图片来源：ACS02Drug Design药物设计与评价①药物设计在本研究中，研究团队采用了一种非经典的生物电子等排策略，用苯乙炔基团替换Quizartinib中的苯并咪唑并噻唑部分。这种替换有望减少因三杂环化合物的电子富集性质所导致的hERG毒性，主要目标是发现新的、更具选择性和更安全的FLT3-ITD抑制剂。图片来源：ACS②构效关系探究新合成的化合物通过CTG实验评估了它们对携带FLT3-ITD突变的人类急性髓系白血病（AML）细胞系MV-4-11的抗增殖活性。已获批准的化合物6（Quizartinib）作为阳性对照，显示出平均IC50值为0.9 nM的强抗增殖活性，与先前报道的数据相当。令人鼓舞的是，新合成的双苯乙炔脲衍生物9a也显示出显著的抗增殖活性，其IC50值为1.4 nM，与Quizartinib相当。这一发现表明，苯乙炔基团可以作为有效的片段替代Quizartinib中的苯并咪唑并噻唑部分，提供了一类具有卓越抗增殖活性的新型高效FLT3-ITD抑制剂，这与我们的设计策略一致。基于这一发现，化合物9a被选为先导化合物，并首先研究了其R1取代基的构效关系（SAR），因为该取代基的位置延伸至溶剂可及区域。化合物9a、9b和9d对MV-4-11细胞的抗增殖活性相当（IC50值分别为1.4、1.6和1.1 nM），证实了9a中的2-吗啉乙氧基可以被9b中的4-甲基哌嗪-1-乙氧基和9d中的六氢-6H-[1,4]二氧杂环庚烷-6-乙氧基所替代。然而，用9c中的甲氧乙基-N,N-二甲基哌啶-4-氨基替代则导致抗增殖活性降低了24.5倍（IC50值为34.4 nM）。这些结果表明，9e中的2-吗啉乙氧基可以被不同的亲水基团替代，同时保持对MV-4-11 AML细胞的抗增殖活性。考虑到苯乙炔基团与Quizartinib中的苯并咪唑并噻唑基团的长度差异，尝试通过延长亲水R1取代基的（CH2）n链来匹配Quizartinib的几何长度。通过系统地将（CH2）2链延长至（CH2）3，合成了化合物9e至9h，以研究连接链长度对抗增殖活性的影响。如预期所示，化合物9e至9h对MV-4-11细胞的抗增殖活性与化合物9a至9d相当，其IC50值分别为1.5、2.4、8和3.1 nM。然而，用9i中的3-甲氧基丙基-2-氧杂-6-氮杂螺[3.4]辛烷基团替代9e中的3-吗啉丙氧基，导致抗增殖活性降低了9.52倍，IC50值为13.8 nM。令人困惑的是，吡啶衍生物9j无活性，而将9e中的苯乙炔基团替换为9k中的3-（丙-1-炔-1-基）吡唑并[1,5-a]嘧啶基团则显示出相当的抗增殖活性，IC50值为1.9 nM。结果表明，苯乙炔基团可以被双杂环乙炔基团替代，同时保持强大的抗增殖活性，尽管药物特性可能不太理想。SAR研究表明，R1位置可以耐受广泛的亲水基团替代。表2展示了化合物中R2、R3和R4位置的结构关系对活性的影响。在化合物9e的R2位置引入氟原子得到化合物9l，其抗增殖活性略有下降，IC50值为4.8 nM。然而，当引入更大的取代基，如化合物9m中的甲氧基和化合物9n中的氰基时，抗增殖活性显著降低。这种活性下降归因于这些取代基（尤其是氰基）的位阻效应，以及它们的吸电子效应进一步降低了邻近脲基团的碱性，削弱了与FLT3残基Glu661的氢键作用，最终降低了抗增殖活性。在R3位置也观察到了类似的趋势，如化合物9p和9q所示，它们的IC50值分别为426.4 nM和25.5 nM，表明在R3位置引入大取代基是不被允许的。相比之下，R4位置对不同取代基的耐受性更强，如化合物9r至9v所示，它们均表现出较强的抗增殖活性。总结来说，对R2、R3和R4位置的优化研究表明，在R2和R3位置引入不同的取代基会导致抗增殖活性降低，而R4位置则能够耐受多种不同的取代基。随后，研究者对几种具有良好抗增殖活性的化合物进行了药代动力学（PK）性质的评估，这些化合物在大鼠中口服给药（5 mg/kg）后，其血浆中的半衰期（T1/2）、清除率（CL）、曲线下面积（AUClast）和生物利用度（F%）等参数被测定（见表3）。其中，化合物9e和9o表现出了相似的血浆半衰期（分别为4.45小时和5.86小时），较低的清除率（分别为6.67 mL/min/kg和4.83 mL/min/kg），更好的曲线下面积（分别为8313 h•ng/mL和11346 h•ng/mL），以及更高的生物利用度（分别为67.9%和69.3%），这些参数与Quizartinib（T1/2 = 5.22小时，CL = 7.33 mL/min/kg，AUClast = 6321 h•ng/mL，F% = 57.6%）相比，显示出更优异的药代动力学特性。特别值得注意的是，在30 μM的浓度下，化合物9e对hERG离子通道的阻断作用较弱（抑制率为22.78%），低于化合物9o（抑制率为36.3%）。综合这些结果，表明化合物9e在大鼠中具有出色的药代动力学特性，并且具有较低的hERG毒性潜在风险。图片来源：ACS03In vitro In Vivo体内外评价①化合物9e在小鼠、犬和猴体内的药代动力学（PK）特性研究研究者还对化合物9e在小鼠、犬和猴体内的药代动力学（PK）特性进行了研究，这些动物分别通过静脉注射（IV）和口服（PO）的方式给药。如表4所示，化合物9e在这些动物体内表现出低清除率（CL分别为18.9、11.3和1.35 mL/min/kg）、适中的半衰期（T1/2分别为1.73、7.41和8.94小时）、相对较低的分布容积（Vss分别为1.36、5.08和0.996 L/kg），以及较高的口服生物利用度（F%分别为50.3%、71.91%和20.05%）。这些结果表明，化合物9e具有良好的药代动力学特性，支持对其进一步开展体内外研究。图片来源：ACS②在多种人类肿瘤细胞系中评估化合物9e的选择性基于上述结果，研究者进一步在多种人类肿瘤细胞系中评估了化合物9e的选择性（见表5）。结果显示，化合物9e对内源性表达FLT3-ITD的MV-4-11和MOLM-13细胞表现出显著的选择性和抗增殖活性；然而，对于不表达FLT3-ITD的细胞系（如RS4;11、HL-60、MOLT-4、RPMI8226和K562），其抗增殖效果极小或不存在。为了进一步研究化合物9e的细胞活性及其对携带FLT3-ITD-TKD二次突变细胞的抗增殖活性，研究者使用了经过基因工程改造的亲本Ba/F3细胞系以及一系列FLT3突变转化的Ba/F3细胞。如表6所示，化合物9e对Ba/F3-FLT3-ITD细胞（IC50 = 0.9 nM）以及其他携带FLT3-ITD-TKD二次突变的Ba/F3细胞（IC50 = 2.9−302 nM）表现出显著的抗增殖活性，但对亲本Ba/F3细胞无活性。这些数据表明，化合物9e是一种强效的选择性FLT3-ITD抑制剂，能够克服FLT3-ITD-TKD二次突变。此外，化合物9e还对由最常见的FLT3-TKD突变（D835Y、D835H和D835V）驱动的BaF3细胞表现出显著的抗增殖活性，其IC50值分别为5.4 nM、10.9 nM和37.4 nM。图片来源：ACS③机制探究化合物9e对FLT3-ITD突变的白血病细胞表现出良好的抗增殖活性，但对FLT3野生型细胞没有这种活性。从机制上讲，化合物9e能够诱导FLT3-ITD突变的急性髓系白血病（AML）细胞发生凋亡。为了研究这一现象，研究者用不同浓度的化合物9e（1−100 nM）处理MV-4-11细胞，并通过Annexin V/碘化丙啶（PI）染色来评估细胞凋亡情况。如图3A和B所示，化合物9e以剂量依赖的方式诱导MV-4-11细胞凋亡。此外，化合物9e还能有效阻断FLT3信号通路。这一现象通过用化合物9e处理MV-4-11细胞2小时，并利用Western blotting分析FLT3及其下游信号蛋白（ERK、AKT和STAT5）的磷酸化状态来研究。如图3C所示，化合物9e以剂量依赖的方式抑制了FLT3、ERK、AKT和STAT5的磷酸化，而没有影响它们的总蛋白水平。综合这些结果表明，化合物9e能够强烈诱导FLT3-ITD突变的AML细胞凋亡，并抑制FLT3激酶活性及其下游信号蛋白。结果表明，化合物9e在MV-4-11细胞中诱导的凋亡效应是通过抑制FLT3信号通路介导的。图片来源：ACS④激酶家族选择性鉴于化合物9e在体外展现出的特性，包括对FLT3-ITD激酶的强效抑制、对FLT3-ITD阳性AML细胞的显著抗增殖活性以及良好的药代动力学（PK）特性，研究者进一步对其激酶选择性进行了评估。在对414种人类激酶的单浓度（1 μM）测试中，结果显示化合物9e仅对其中12种激酶表现出超过80%的抑制率（见图4A和表S1），对FLT3-ITD激酶的抑制尤为显著，其IC50值为15.1 nM（见图4B）。值得注意的是，与其它FLT3抑制剂常见的非靶标激酶KIT相比，化合物9e对其抑制活性极低，IC50值高达1790 nM。这些结果凸显了化合物9e作为一种高选择性、强效的FLT3-ITD抑制剂的潜力。图片来源：ACS⑤结合模式探究通过分子对接模拟研究了化合物9e与FLT3激酶的结合情况。结果显示，化合物9e与FLT3激酶在DFG-out状态下具有与Quizartinib相似的ATP结合口袋（见图5）。研究发现，化合物9e与FLT3激酶之间的关键结合相互作用包括：化合物9e的脲基团的NH和C=O分别与FLT3激酶的Glu661和Asp829残基形成的两个氢键。此外，化合物9e的苯基团与FLT3激酶的芳香残基Phe691和Phe830之间发生了π-π堆积作用。化合物9e的叔丁基团与FLT3激酶的疏水口袋（包括Met665、Leu802、His809和Ile827残基）相互作用，而其3-吗啉丙氧基团则与FLT3激酶的溶剂可及区域相互作用。值得注意的是，化合物9e的苯基团并未与铰链区的Cys694残基形成经典的氢键，这表明其不太可能与其他激酶的铰链区形成氢键相互作用，这也与化合物9e相比其他FLT3抑制剂具有更少的非靶向效应以及更高的选择性相一致。图片来源：ACS⑥体内药效学与药动学化合物9e对主要的CYP450酶（包括CYP1A2、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6和CYP3A4）没有显著的抑制作用，其IC50值均大于33.3 μM。此外，研究还考察了化合物9e在三位供体的人类肝细胞中诱导CYP亚型mRNA表达和活性的潜力，结果显示诱导因子小于2，且未观察到浓度依赖性，这表明化合物9e可能不会因代谢酶引起显著的药物相互作用，从而限制其临床应用。为了探究化合物9e在体内的抗肿瘤效果，研究者将人类MV-4-11 AML细胞（携带FLT3-ITD）植入NOD/SCID小鼠体内，并让这些小鼠口服20 mg/kg/天的化合物9e（见图6A）。经过8天的治疗，小鼠的肿瘤显著缩小了85.4%，而接受阳性对照药物Quizartinib（相同剂量）的小鼠肿瘤缩小了88.6%，且两组小鼠的体重没有显著变化（见图6A）。在治疗停止后的7天内，未观察到肿瘤反弹。随后，研究者在MV-4-11异种移植肿瘤模型中对化合物9e进行了剂量递增研究（见图6B）。荷瘤小鼠每天口服一次化合物9e，连续21天，并在之后的31天内监测肿瘤大小。结果显示，接受1.5 mg/kg或4.5 mg/kg剂量的化合物9e治疗的小鼠，肿瘤迅速且几乎完全消失，在31天的后续观察期内未发现肿瘤反弹（见图6B）。此外，未观察到体重减轻或其他毒性迹象。4.5 mg/kg和20 mg/kg的高剂量与1.5 mg/kg剂量方案相比，显示出相似的治疗效果，表明在MV-4-11异种移植肿瘤模型中，1.5 mg/kg剂量方案即可达到最佳治疗效果。在MOLM-13异种移植肿瘤模型中，化合物9e在0.5 mg/kg、1.5 mg/kg和4.5 mg/kg剂量下分别实现了39%、52%和94%的肿瘤生长抑制（TGI）（见图6C）。当化合物9e与阿糖胞苷（Ara-C，50 mg/kg）联合使用时，在同一MOLM-13异种移植肿瘤模型中，单独使用Ara-C的TGI为36%，而Ara-C与化合物9e（1.5 mg/kg/天）联合使用的TGI为80%，这进一步证实了化合物9e作为联合治疗药物的显著疗效。这些结果进一步支持了化合物9e的强抗肿瘤效果和低毒性。随后，研究者对接受化合物9e治疗、携带MV-4-11异种移植肿瘤的小鼠的血浆和肿瘤组织进行了检查，以探索化合物9e在体内的药代动力学（PK）和药效学（PD）特性。在PK特性方面，化合物9e在所有剂量下均在1小时内被吸收至血浆中。在单次口服0.5 mg/kg、1.5 mg/kg和4.5 mg/kg的化合物9e后，血浆中的Cmax和AUC0−t值分别为20.5 ng/mL、52.8 ng/mL和199 ng/mL，以及58.9 ng·h/mL、208 ng·h/mL和908 ng·h/mL，血浆和肿瘤组织显示出相似的特性（见图6D、E，表7）。值得注意的是，化合物9e在肿瘤组织中富集。结果表明，接受化合物9e治疗的小鼠血浆和肿瘤组织中的化合物9e浓度呈剂量依赖性，并且彼此之间有很好的相关性。在PD特性方面，以4.5 mg/kg的剂量给药3小时后，化合物9e实现了对FLT3和STAT5磷酸化的完全抑制，并且这种抑制效果可持续长达7小时（见图6F）。图片来源：ACS总结代表性化合物9e在激酶实验中展现出对FLT3-ITD的高抑制活性，IC50值为15.1 nM，并且对携带FLT3-ITD突变的MV-4-11和MOLM-13 AML细胞具有显著的抗增殖活性，IC50值分别为1.5 nM和1.4 nM。这些抑制活性与MV-4-11细胞中FLT3及其下游信号蛋白磷酸化的抑制密切相关。此外，化合物9e对其他非FLT3-ITD突变细胞无抗增殖活性，表明其具有较宽的安全窗口。化合物9e还表现出显著的激酶选择性，并能有效抑制由FLT3-ITD-TKD二次突变驱动的各种Ba/F3细胞的增殖，IC50值在2.9−302 nM之间。通过Annexin V/PI染色和Western blotting实验，研究者发现化合物9e以剂量依赖的方式诱导MV-4-11细胞凋亡，并通过抑制FLT3信号通路实现这一效果。分子对接模拟结果表明，化合物9e与FLT3激酶的结合模式与Quizartinib相似。此外，化合物9e在小鼠、大鼠、猴和犬中展现出良好的药代动力学特性，具有低清除率和分布容积。在NOD/SCID小鼠的MV-4-11（1.5 mg/kg，每日一次，肿瘤生长抑制[TGI] = 193.5%）和MOLM-13（4.5 mg/kg，每日一次，TGI = 94%）异种移植肿瘤模型中，化合物9e显示出显著的体内抗肿瘤效果。化合物9e的抗肿瘤效果呈剂量依赖性，且在血浆和肿瘤组织中的浓度与剂量密切相关。此外，化合物9e与阿糖胞苷（Ara-C）联合使用在MOLM-13异种移植肿瘤模型中增强了抗肿瘤活性。综合体外和体内研究结果，化合物9e被认为是一种有潜力的FLT3-ITD阳性AML治疗药物。化合物9e（Clifutinib）已在I期临床试验（NCT04827069）中显示出可管理的安全性，并已进入III期临床试验（NCT05586074），用于治疗复发/难治性FLT3-ITD阳性AML，相关数据即将公布。参考来源：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c03023 声明：发表/转载本文仅仅是出于传播信息的需要，并不意味着代表本公众号观点或证实其内容的真实性。据此内容作出的任何判断，后果自负。若有侵权，告知必删！长按关注本公众号   粉丝群/投稿/授权/广告等请联系公众号助手 觉得本文好看，请点这里↓

DRUGAI今天为大家介绍的是来自北京药理毒理研究所的Feng Jiannan与北京生物技术研究所的Ren Hongguang团队发表的一篇论文。在免疫治疗领域，抗原肽（Antigenic Peptides）通过主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex, MHC）呈递并被T细胞受体（T Cell Receptor, TCR）识别这一过程扮演着关键角色。研究团队开发了一个名为UniPMT的人工智能预测系统，专门用于预测抗原肽、MHC和TCR三者之间的结合情况。实验结果表明，这一系统在预测准确度方面实现了重大突破。以肽段-MHC-TCR结合预测为例，其预测准确率比现有方法提高了15%。在实际应用中，UniPMT不仅能准确预测T细胞的增殖反应，在新抗原特异性结合预测方面的表现更是优于现有方法，准确率提升幅度高达17.62%。更重要的是，该系统能够清晰地解释预测结果，帮助研究人员理解关键结合位点，并对结合概率进行精确计算。这些特点使UniPMT在抗原肽的发现、疾病免疫治疗以及新型疫苗设计等领域展现出广阔的应用前景。免疫治疗研究中，科学家们一直在探索抗原肽、主要组织相容性复合体（MHC）和T细胞受体（TCR）三者之间的结合机制。由于实验方法耗时费力，研究人员开始转向计算机辅助预测方法。早期的预测方法主要分为两类：一类是使用统计评分函数计算结合概率的评分法，另一类是利用深度神经网络学习序列特征的学习法。随后，针对肽段和TCR的结合预测，又相继开发出了TEIM3、TCR-AI和PanPep等专门工具。然而，这些方法往往只关注其中两种分子之间的结合，忽视了三者之间可能存在的相互影响。为解决这一问题，研究团队开发了UniPMT模型。这个创新模型采用异构图神经网络（Heterogeneous Graph Neural Networks）技术，在三个层面实现了突破：数据层面：整合了不同类型的分子及其相互作用信息。框架层面：通过异构图神经网络捕捉复杂的生物分子互作关系。训练层面：结合深度矩阵分解（Deep Matrix Factorization）和对比学习（Contrastive Learning）技术，实现多任务协同训练。实验证明，UniPMT在预测准确度上大幅领先现有方法，尤其在预测三种分子共同结合方面的准确率提升了15%。这一突破对于肿瘤免疫治疗具有重要意义，特别是在设计TCR基因工程改造的T细胞治疗方案时，可以帮助医生更准确地预测治疗效果。模型架构UniPMT是一个创新的人工智能预测系统，它能同时预测三种重要的生物分子（病原肽段、I类主要组织相容性复合体和T细胞受体）之间的结合关系。与之前只能预测两种分子间结合的方法相比，UniPMT实现了重大突破。如图1所示，UniPMT的工作流程可以分为三个步骤：图 1数据准备：系统首先使用进化尺度建模（Evolutionary Scale Modeling, ESM）技术分析肽段和TCR的特征，同时采用TEIM方法提取MHC的关键信息。这些生物分子被转化为计算机可以理解的数据节点，它们之间的相互作用则被表示为连接线。特征学习：通过GraphSAGE图神经网络技术，系统能够深入理解这些分子之间错综复杂的关系网络，就像解读一张包含丰富信息的关系图谱。结合预测：最后，系统运用深度矩阵分解（Deep Matrix Factorization）技术，将所有学到的信息整合起来，对三种分子之间可能的结合情况进行综合预测。预测结果以0到1之间的概率值表示，数值越接近1，表示结合的可能性越大。这种创新的设计使UniPMT能够全面把握分子间的相互作用，从而在预测准确度上实现了显著提升。这对于开发新的免疫治疗方案具有重要的指导意义。UniPMT在三种核心预测任务上的性能如图2所示，研究团队对UniPMT系统进行了全面的性能测试，重点评估了三个核心预测任务：图 2对于三分子（肽段-MHC-TCR）结合预测，在包含近3万个训练样本的标准数据集上，UniPMT的预测准确率显著超越现有方法，整体预测准确度提升15%以上。在更具挑战性的新抗原数据集上，尽管整体准确率有所下降，但仍比其他方法提高了5%以上。对于双分子（肽段-MHC）结合预测，研究团队在超过15万对样本的IEDB数据集上进行测试，虽然现有方法在这一任务上已经相当成熟，UniPMT仍实现了小幅提升。对于双分子（肽段-TCR）结合预测，在常规预测中的UniPMT准确率提升18%以上，在更具挑战性的零样本预测（预测全新的肽段-TCR配对）中准确率提升20%以上。为了深入理解系统的工作机制，研究人员还进行了详细的组件分析。结果表明，三种分子之间的相互作用信息都对提高预测准确度起到了重要作用。特别是在预测肽段和TCR的结合时，考虑MHC的信息能显著提升预测效果。这一发现验证了整合多种分子信息的科学价值，为未来的免疫治疗研究提供了新的思路。UniPMT在P-M-T结合预测以及T细胞增殖上的表现如图3所示，UniPMT在下述两个关键领域的临床应用中展现出了重要价值：图 3提高肿瘤免疫治疗的精准性：在细胞治疗中，找到能够精确识别肿瘤的T细胞是治疗成功的关键。研究团队收集了312组经实验证实的案例，每组包含新抗原、呈递该抗原的MHC分子，以及能够识别它们的T细胞受体。测试结果显示：UniPMT的预测准确度达到94.29%，比现有最佳方法提高了近3%；在识别特定抗原的T细胞方面，准确率提升超过17%这一突破意味着医生能够更准确地筛选出适合进行细胞治疗的T细胞，有望提高治疗的成功率。预测T细胞的增殖能力：研究人员发现UniPMT不仅能预测结合情况，还能预测T细胞的增殖潜力。通过分析来自健康志愿者的单细胞数据：UniPMT的预测结果与T细胞实际增殖情况显示出明显的正相关；这种预测能力优于传统的分子标记方法；这一发现对于优化细胞治疗方案具有重要指导意义，可以帮助医生选择更有潜力的T细胞进行治疗。P-M-T结合的关键位点分析与发现UniPMT不仅能预测分子间的结合，还能帮助研究人员理解结合过程中的关键位点，这对开发更有效的免疫治疗方案具有重要意义。如图4所示，研究发现主要包括三个方面：图 4首先，对于关键结合位点的识别，研究团队采用了一种巧妙的“替换实验”方法：将蛋白质中的特定氨基酸替换成最简单的氨基酸（丙氨酸），观察这种改变对分子结合的影响。实验证实：UniPMT准确预测出的关键位点（如R3、L6、Q13）在替换后会显著影响分子间的结合，而预测的非关键位点（如G9）在替换后几乎不影响结合。其次，对于分子结构层面的验证，通过详细分析分子间的结合结构，研究人员发现关键位点的改变会显著影响分子间的结合距离。例如，R95位点的改变导致结合距离增加一倍多。这些发现与UniPMT的预测高度吻合，证实了模型的可靠性。最后，在新型治疗靶点的发现方面，研究团队进一步将UniPMT应用于新抗原的筛选。研究团队从癌症抗原数据库中筛选出43个候选抗原，并且预测出超过13万个可能的结合组合。通过结构模拟验证，发现UniPMT的预测结果与实际结合能力高度相关（相关系数0.796）。这些发现对癌症免疫治疗具有重要意义：它不仅能帮助医生选择更有效的治疗靶点，还能为开发新型免疫疗法提供理论指导。特别是在肿瘤浸润淋巴细胞难以富集的情况下，UniPMT的预测能力可以大大提高治疗方案的设计效率。讨论由于识别由I类MHC呈递的致病性肽段的TCR结合特异性具有广泛的临床应用，因此迫切需要有效的P–M–T（肽段-MHC-TCR）结合预测模型。研究团队提出了UniPMT——一种通用框架，可为多种场景（包括P–M–T、P–M和P–T结合预测）构建鲁棒的预测模型。UniPMT的优势在于其整体性方法，通过整合异构数据集和学习任务于单一模型中，实现了对结合现象的全面理解与预测，增强了模型在免疫治疗预测中的适用性，并揭示了深层的生物学机制。尽管UniPMT在P–M–T、P–M和P–T结合预测中优于现有方法，但仍存在以下改进空间：（1）UniPMT基于异构图神经网络训练，当更多训练数据可用时，其性能可进一步提升；（2）与先前研究类似，UniPMT仅考虑TCR的CDR3 β链与肽段的相互作用，但新抗原的TCR预测可能还依赖其他链（如α链）的捕获键作用，整合此类信息有望提高模型性能；（3）随着三维晶体结构数据的积累，融合肽段、MHC和TCR的三维数据可能进一步优化P–M–T结合预测。编译|于洲审稿|王梓旭参考资料Zhao Y, Yu J, Su Y, et al. A unified deep framework for peptide–major histocompatibility complex–T cell receptor binding prediction[J]. Nature Machine Intelligence, 2025: 1-11.