SIM-0505

前言 AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。 科研进展2024年10月25日【靶点】Chem. Rev. | 不可及药物靶点大环肽核苷酸编码文库的选择2024年10月25日【蛋白质组学】J. Proteome Res. | 元蛋白质组学蛋白质序列数据库的构建：现有工具和数据库的综述2024年10月25日【SARS-CoV-2】J. Med. Chem. | 从DNA编码的化学文库筛选Hit中合理设计SARS-CoV-2 Mpro大环非共价抑制剂，显示对泛冠状病毒同源物和耐Nirmatrelvir变体的有效抑制2024年10月24日【药物发现】J. Med. Chem. | 小分子药物发现的计算方法现状2024年10月23日【高通量筛选】J. Chem. Inf. Model. | 优化高通量筛选管道的机器学习驱动数据评估2024年10月23日【机器学习】J. Med. Chem. | 通过化学空间互补DEL筛选策略增强机器学习模型的预测能力 具体信息，请滑动下方文字 1.【靶点】 医药领域的技术进步和突破性发展正以越来越强的坚持叩响着“坚不可摧”堡垒的大门。值得注意的是，21世纪出现了大环化合物，其中环肽特别令人感兴趣。这一类新的潜在候选药物占据了经典小分子药物和更大的基于蛋白质的治疗药物（如抗体）之间的巨大化学空间。随着研究朝着长期以来被认为无法达到的临床靶点发展，大环肽非常适合在后5规则制药领域应对这些挑战。促进他们的发现是一个高通量筛选方法的武器库，利用大量随机的基因编码化合物文库。这些技术得益于非天然成分的掺入，如非蛋白质氨基酸或稳定碳氢化合物主要成分。利用这些特征进行大环肽的战略性结构设计，有可能解决蛋白质-蛋白质相互作用等具有挑战性的目标，这些目标长期以来一直抵制研究工作。本文综述了大环肽的主要高通量发现技术的基本原理和最新进展，并重点介绍了它们在靶向不可药空间中的具体应用。一个特别的重点放在新的设计指导方针和原则的环化和结构稳定的环肽的发展和由此产生的成功的故事，实现了众所周知的难以接近的药物目标。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.chemrev.4c00422 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.chemrev.4c00422 2.【蛋白质组学】 在元蛋白质组学研究中，构建一个既全面又不过大的参考蛋白序列数据库是肽鉴定步骤的关键。因此，精心策划的参考数据库和定制数据库构建工具的可用性对于提高元蛋白质组学分析的性能至关重要。在这篇综述中，我们首先通过简要介绍元蛋白质组学的历史背景，概述了典型的实验和生物信息学工作流程，强调了构建元蛋白质组学蛋白质序列数据库的关键步骤。然后，我们将深入研究当前可用于构建此类数据库的工具，重点介绍它们各自的方法、实用程序以及优点和局限性。接下来，我们检查现有的蛋白质序列数据库，详细说明它们在元蛋白质组学研究中的范围和相关性。然后，我们提供了构建元蛋白质组学蛋白质序列数据库的实用建议，以及该领域当前挑战的概述。最后，我们讨论了元蛋白质组学蛋白质序列数据库建设的预期进展、新趋势和未来方向。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jproteome.4c00665 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jproteome.4c00665 3.【SARS-CoV-2】 最近的全球COVID-19大流行突出表明，治疗冠状病毒感染是一项未满足的医疗需求。主蛋白酶（Mpro）一直是开发SARS-CoV-2直接抗病毒药物的重要靶点。Nirmatrelvir作为共价Mpro抑制剂是第一个被批准的治疗方法。尽管已经报道了各种化学类别的Mpro抑制剂，但它们对耐尼马特瑞韦变异的活性通常较低，泛冠状病毒的潜力有限，在未来爆发时对人类健康构成重大风险。我们提出了一种新的方法，利用DNA编码的化学文库筛选来鉴定非共价Mpro抑制剂5，该抑制剂与Nirmatrelvir具有独特的结合模式。设计用于锁定活性构象的大环化策略导致内酯12具有显着提高的抗病毒活性。进一步优化产生了强效内酰胺26，它对耐尼马特利韦变异以及来自其他冠状病毒的一组病毒主要蛋白酶表现出卓越的效力。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c02009 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c02009 4.【药物发现】 对于计算科学来说，2024年是激动人心的一年，“人工神经网络”获得了诺贝尔物理学奖，“蛋白质结构预测与设计”获得了诺贝尔化学奖。鉴于计算机辅助药物设计（CADD）和人工智能在药物发现（AIDD）中的快速发展，总结它们的现状和未来发展方向对《药物化学杂志》的读者来说是及时和相关的。这篇评论旨在强调这些领域之间的最新发展、主要挑战和潜在的协同作用，为文献和科学博客中正在进行的讨论做出贡献。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c02462 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c02462 5.【高通量筛选】 在快速发展的药物发现领域，高通量筛选（HTS）是鉴定生物活性化合物的必要手段。本研究引入了一种新的数据评估应用，一种基于影响评估数据点重要性的概念，以增强药物发现管道。我们的方法改进了化合物库筛选的主动学习，鲁棒地识别HTS数据中的真阳性和假阳性，并在不平衡的HTS训练中识别重要的非活性样本，同时考虑到计算效率。我们证明了基于重要性的方法能够更有效地批量筛选，减少了对广泛HTS的需求。机器学习模型准确区分真正的生物活性和分析伪像，简化药物发现过程。此外，重要欠采样有助于HTS数据集平衡，在不遗漏关键非活动样本的情况下提高机器学习性能。这些进步可以显著提高药物开发的效率和准确性。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jcim.4c01547 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jcim.4c01547 6.【机器学习】 DNA编码文库（DNA-encoded library， DEL）技术是一种有效的小分子药物发现方法，可实现针对靶蛋白的高通量筛选。虽然DEL筛选产生广泛的数据，但它可以揭示人类分析不容易识别的复杂模式。从DEL筛选的先导化合物通常具有较高的分子量，这给药物开发带来了挑战。本研究通过整合光交联筛选等替代技术来改进传统的DELs，以增强化学多样性。这些方法的结合提高了小分子识别模型的预测性能。使用这种方法，我们预测了BRD4和p300的活性小分子，实现了26.7%和35.7%的命中率。值得注意的是，与传统的DEL分子相比，所鉴定的化合物具有更小的分子量和更好的修饰潜力。这项研究证明了DEL和AI技术之间的协同作用，促进了药物的发现。 链接网址：https://pubs-acs-org.libproxy1.nus.edu.sg/doi/10.1021/acs.jmedchem.4c01416 DOI：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1021/acs.jmedchem.4c01416 上下滚动查看更多 药企动态2024年10月26日【Iterum Therapeutics】首款！FDA批准创新小分子药物上市2024年10月25日【先声药业】先声药业癌症新药CDH6 ADC申报临床2024年10月24日【百时美施贵宝】全球首创心肌肌球蛋白抑制剂迈凡妥®（玛伐凯泰胶囊）在国内上市2024年10月24日【宜联生物】宜联生物ADC癌症新药拟纳入突破性治疗品种2024年10月23日【默沙东】13亿美元！默沙东收购一家biotech2024年10月23日【首药控股】首药控股肺癌1类新药申报上市各动态具体信息，请滑动下方文字 1.【Iterum Therapeutics】 Iterum Therapeutics今日宣布，美国FDA已批准其药品Orlynvah（sulopenem etzadroxil & probenecid）用于治疗由指定微生物（大肠杆菌、肺炎克雷伯菌或奇异变形杆菌）引起的无并发症尿路感染（uUTIs）成年女性，这类患者没有或几乎没有可替代口服抗菌治疗方案。根据新闻稿，Orlynvah是FDA批准的首个口服培南类抗生素，也是过去二十年中第二款获得FDA批准的uUTI治疗药物。 链接网址请戳我 2.【先声药业】 10月25日，CDE官网显示，先声药业旗下先祥医药申报的1类新药—注射用SIM0505的临床试验申请获得NMPA受理。据其官网，SIM0505为一款 CDH6 ADC，是先声药业申报的首款ADC新药，也是第2款国产CDH6 ADC。 链接网址请戳我 3.【百时美施贵宝】 10月24日，百时美施贵宝宣布，继获得中国国家药品监督管理局（NMPA）优先审评批准后，创新治疗药物迈凡妥®（通用名：玛伐凯泰胶囊）现已在国内上市，用于治疗纽约心脏协会（NYHA）心功能分级II-III级的梗阻性肥厚型心肌病（HCM）成人患者，以改善运动能力和症状。这是全球首创，也是目前唯一获批用于治疗梗阻性肥厚型心肌病的心肌肌球蛋白抑制剂。 链接网址请戳我 4.【宜联生物】 10月24日，中国国家药监局药品审评中心（CDE）官网最新公示，宜联生物注射用YL201拟纳入突破性治疗品种，拟定适应症为经初始含铂治疗失败的复发性小细胞肺癌。YL201是宜联生物研发的一款靶向B7-H3的抗体偶联药物（ADC）。 链接网址请戳我 5.【默沙东】 10月23日，默沙东表示，公司已斥资高达13亿美元收购Modifi Biosciences，获得其实验性癌症疗法的使用权。作为交易的一部分，Modifi有资格获得高达13亿美元的潜在里程碑付款，默沙东预付了3000万美元，以获得一类新的治疗方法KL-50——正在开发用于治疗难以治疗的脑肿瘤，包括恶性胶质瘤。 链接网址请戳我 6.【首药控股】 今日（10月23日），中国国家药监局药品审评中心（CDE）官网公示，首药控股和双鹭药业共同申报的1类新药康太替尼颗粒上市申请获得受理。根据首药控股公告介绍，这是该公司自主研发的ALK抑制剂（研发代号：CT-707 ），本次申报上市的适应症为单药治疗间变性淋巴瘤激酶（ALK）阳性的局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者。 链接网址请戳我 上下滚动查看更多 会议信息 2024年11月15-16日 中关村科技园区大兴生物医药基地管理委员会举办首届中国药谷 · 未来生物创新药论坛 2025年1月9-10日 举办ICGT第八届细胞与基因治疗深度聚焦峰会 各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字 首届中国药谷 · 未来生物创新药论坛 主办方：中关村科技园区大兴生物医药基地管理委员会 会议时间：2024年11月15-16日 会议地点：北京 会议主旨：本论坛汇聚行业专家及优秀企业家代表，共同探讨行业前沿趋势，促进医药健康产业发展要素深度融合，进一步提升大兴区在创新药领域的影响力。将全球首创的科技成果写在大兴的土地上！让大兴成为全球首创药落地首选地！ 链接网址请戳我 ICGT第八届细胞与基因治疗深度聚焦峰会 会议时间：2025年1月9-10日 会议地点：上海 会议主旨：共同探讨CGT产业链上中下游的关键环节，覆盖细胞免疫、眼科、罕见病和CMC热点议题，直面行业痛点，破解发展难点，共迎CGT产业的黄金十年。 链接网址请戳我 上下滚动查看更多 版权信息 本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。 原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn 关注我，更多资讯早知道↓↓↓