作者: da Silva Santiago, André ; Knapp, Stefan ; Massirer, Katlin B. ; Mezzomo, Priscila ; Couñago, Rafael M. ; Hu, Zexi ; Laufer, Stefan ; M. Serafim, Ricardo A. ; dos Reis, Caio V. ; Takarada, Jessica E. ; Zender, Lars ; Chaikuad, Apirat ; Schwalm, Martin P. ; Kudolo, Mark ; Gerstenecker, Stefan ; Gehringer, Matthias

Monopolar spindle kinase 1 (MPS1/TTK) is a key element of the mitotic checkpoint and clinically evaluated as a target in the treatment of aggressive tumors such as triple-negative breast cancer. While long drug-target residence times have been suggested to be beneficial in the context of therapeutic MPS1 inhibition, no irreversible inhibitors have been reported. Here we present the design and characterization of the first irreversible covalent MPS1 inhibitor, RMS-07, targeting a poorly conserved cysteine in the kinase's hinge region. RMS-07 shows potent MPS1 inhibitory activity and selectivity against all protein kinases with an equivalent cysteine but also in a broader kinase panel. We demonstrate potent cellular target engagement and pronounced activity against various cancer cell lines. The covalent binding mode was validated by mass spectrometry and an X-ray crystal structure. This proof of MPS1 covalent ligandability may open new avenues for the design of MPS1-specific chemical probes or drugs.

2022-01-27·Journal of medicinal chemistry1区 · 医学

Design of a “Two-in-One” Mutant-Selective Epidermal Growth Factor Receptor Inhibitor That Spans the Orthosteric and Allosteric Sites

1区 · 医学

Article

作者: Günther, Marcel ; Knapp, Stefan ; Schmoker, Anna M. ; Heppner, David E. ; Robers, Matthew B. ; Shin, Bo Hee ; Eck, Michael J. ; Rana, Jaimin K. ; Bauer, Nicolas ; To, Ciric ; Berger, Lena M. ; Beyett, Tyler S. ; Corona, Cesear R. ; Vasta, James D. ; Jänne, Pasi A. ; Wittlinger, Florian ; Berger, Benedict-Tilman ; Laufer, Stefan A.

Inhibitors targeting the epidermal growth factor receptor (EGFR) are an effective therapy for patients with non-small cell lung cancer harboring drug-sensitive activating mutations in the EGFR kinase domain. Drug resistance due to treatment-acquired mutations has motivated the development of successive generations of inhibitors that bind in the ATP site. The third-generation agent osimertinib is now a first-line treatment for this disease. Recently, allosteric inhibitors have been developed to overcome drug-resistant mutations that confer a resistance to osimertinib. Here, we present the structure-guided design and synthesis of a mutant-selective lead compound, which consists of a pyridinyl imidazole-fused benzylisoindolinedione scaffold that simultaneously occupies the orthosteric and allosteric sites. The compound potently inhibits enzymatic activity in L858R/T790M/C797S mutant EGFR (4.9 nM), with a significantly lower activity for wild-type EGFR (47 nM). Additionally, this compound achieves modest cetuximab-independent and mutant-selective cellular efficacies on the L858R (1.2 μM) and L858R/T790M (4.4 μM) variants.

2021-10-01·The Journal of biological chemistry2区 · 生物学

Structural and functional characterization of ubiquitin variant inhibitors for the JAMM-family deubiquitinases STAMBP and STAMBPL1

2区 · 生物学

Article

作者: Qi Zhang ; Gabriel LaPlante ; Wei Zhang ; Yufeng Tong ; Evan Mallette ; Aiping Dong ; Yusong Guo ; Feng Hou ; Cody Caba ; Julia Fux ; Qi Liu ; Hui Zheng

Ubiquitination is a crucial posttranslational protein modification involved in a myriad of biological pathways. This modification is reversed by deubiquitinases (DUBs) that deconjugate the single ubiquitin (Ub) moiety or poly-Ub chains from substrates. In the past decade, tremendous efforts have been focused on targeting DUBs for drug discovery. However, most chemical compounds with inhibitory activity for DUBs suffer from mild potency and low selectivity. To overcome these obstacles, we developed a phage display-based protein engineering strategy for generating Ub variant (UbV) inhibitors, which was previously successfully applied to the Ub-specific protease (USP) family of cysteine proteases. In this work, we leveraged the UbV platform to selectively target STAMBP, a member of the JAB1/MPN/MOV34 (JAMM) metalloprotease family of DUB enzymes. We identified two UbVs (UbV^SP.1 and UbV^SP.3) that bind to STAMBP with high affinity but differ in their selectivity for the closely related paralog STAMBPL1. We determined the STAMBPL1-UbV^SP.1 complex structure by X-ray crystallography, revealing hotspots of the JAMM-UbV interaction. Finally, we show that UbV^SP.1 and UbV^SP.3 are potent inhibitors of STAMBP isopeptidase activity, far exceeding the reported small-molecule inhibitor BC-1471. This work demonstrates that UbV technology is suitable to develop molecules as tools to target metalloproteases, which can be used to further understand the cellular function of JAMM family DUBs.

项与 Structural Genomics Consortium 相关的新闻（医药）

2024-04-25

·美通社

成都先导披露业绩报告：核心业务回升向好

创新能力矩阵持续释放增长势能成都 2024年4月25日 /美通社/ -- 4月24日晚间，上海证券交易所科创板上市公司成都先导药物开发股份有限公司（股票代码：688222.SH，以下简称"成都先导"或"公司"）公布2023年年度报告及2024年第一季度报告（以下分别简称"年报"、"一季报"）。自2023年以来，随着国内外跨境交流逐渐恢复，公司进一步优化国际国内市场策略，持续拓展业务范围和合作伙伴，不断探索新的商业机会并推进落地转化，与全球多家生物制药公司和研究机构达成深度合作，共同推进研发项目成果商业转化，保持了主营业务的基本稳定及发展韧性。2023年，公司实现营业收入3.71亿元，同比增长12.64%；实现归母净利润4,071.85万元，同比增长61.16%；主营业务整体毛利率49.28%，同比上升1.61个百分点；经营性现金流净额1.25亿元，同比增长137.42%；公司拟每10股派发现金红利0.5元（含税），分红总额占年度归母净利润的49.05%。良好的恢复增长态势亦延续至2024年初，今年一季度公司实现营业收入1.07亿元，同比增长54.35%；实现归母净利润1,394.00万元，扣非归母净利润819.42万元，同比均实现由负转正。成都先导董事长兼首席执行官李进博士表示："2023年，在复杂多变的外部环境下，成都先导对内不断提高创新能力，夯实扩大差异化优势，对外深入洞察持续变化的市场需求，提供灵活且多元化的产品和服务组合。公司的恢复和增长势能得到不断累积，主营业务在2023年回温明显。2024年以来，驱动业务发展的积极因素仍在持续发挥作用，公司实现良好开局。成都先导将持续提高经营效率，进一步巩固和提升核心竞争优势，加强全球商务团队与业务单元的紧密协作，推动商业项目优质高效交付，并不断开拓新兴技术领域，培育更多高质量的增长点，为客户、员工、股东和社会创造更多长期价值。" 收入： DEL 核心业务恢复显著，其他技术平台和关键新药研发能力显现增长潜力成都先导自成立以来一直聚焦小分子及核酸新药研发的发现与优化，经过十余年的发展，已经从依托单一核心技术平台逐步成长为拥有四个核心技术平台以及其他关键新药研发能力的生物技术公司。近几年，成都先导积极落实推进围绕"一个愿景、两大创新药类型、三种商业模式、四个核心技术平台"的新发展战略，利用四个核心技术平台及其他关键新药研发能力的协同，探索新的商业转化。持续的投入与努力在2023年迎来阶段性成效，公司业务"多点开花"。 DEL技术平台作为公司业务发展基石的作用持续凸显，DEL板块核心业务在2023年恢复显著，实现收入1.84亿元，同比增加25.45%；并在2024年一季度延续了恢复性增长态势，收入同比增加49.33%。一方面，公司积极响应持续增长的市场和合作伙伴在新靶点、新机制探索中对化合物的需求，不断升级和迭代万亿级DEL库化合物结构的多样性和新颖性，提供多元化的高质量DEL筛选服务以及筛选延伸服务；另一方面，DEL库定制服务变得更加灵活且多元化，公司现可提供面向大型药物公司的传统DEL定制库服务、针对生物技术公司的小型专有DEL定制库服务以及信息全公开、可覆盖更广泛客户群体的OpenDEL™自助筛选服务产品。 FBDD/SBDD平台在2023年实现营业收入9,177.83万元，同比下降11.13%。该平台收入主要来自英国子公司Vernalis (R&D) Limited。2023年，Vernalis受其客户研发战略调整的影响，收入不及预期，带动FBDD/SBDD平台整体收入有所下降。但Vernalis作为FBDD/SBDD技术领域的国际领先者，有着深厚的专长和技术积淀，是公司药物发现与优化技术版图的重要一块，2024年一季度，Vernalis获得项目里程碑收入，带动FBDD/SBDD平台收入同比增加78.83%。 STO技术平台基于核酸药的一站式服务（包括递送分子合成、寡核苷酸/特殊单体的设计、修饰和合成、核酸药物相关的体内外评价等）在2023年实现营业收入3,437.78万元，同比下降10.62%。需要说明的是，该平台整体收入较2022年有所减少，主要是由于2022年平台产生了核酸新药管线转让项目收入，若剔除此部分收入的因素，STO平台在2023年的服务收入则同比实现了60.16%的强劲增长，呈现出良好的增长态势。 TPD技术平台的增长潜力逐渐显现，在2023年实现营业收入1,852.50万元，同比增长111.85%，包括E3配体发现、分子胶筛选、PROTAC分子合成与生物评价等相关服务带来的收入。其他关键新药研发能力亦逐渐开始显示商业价值。2023年，基于小分子药物相关生物体内/体外评价、ADME/DMPK等的生物学服务（BioSer）实现营业收入1,587.59万元，同比上升544.41%；基于小分子化学合成、平行合成等的化学服务（ChemSer）实现营业收入1,579.19万元，同比上升231.43%；新药定制项目服务（IDD）、其他服务（Others）、新药在研项目权益转让（POL）分别实现收入687.51万元、237.40万元、188.68万元。 2023年，成都先导和英国子公司Vernalis与全球多家生物制药公司和研究机构达成深度合作，部分公开披露的新签合作伙伴包括ARase Therapeutics、Nested Therapeutics、Pierre Fabre Laboratories、Structural Genomics Consortium、长春金赛药业、广东众生睿创、北京卫信康等。研发：基于 DEL 技术的创新能力矩阵，由点扩面筑牢发展基础作为一家研发驱动型生物医药企业，成都先导每年在DEL、FBDD/SBDD、STO、TPD四个核心技术平台、其他关键新药研发能力以及新药管线上持续投入，不断完善新药发现与优化能力，并在此基础上搭建起了"一站式"从靶基因到新药临床试验申请阶段的药物发现与优化体系。2023年，公司研发投入7,961.08万元，占营业收入比例21.44%，同比减少5.06个百分点，主要由于公司基于营运现金流平衡的角度审慎考虑，对自研管线项目进行了聚焦调整。2024年，公司继续聚焦调整自研管线项目，同时随着核心技术平台能力建设逐步完善，平台业务重心向商业项目有所偏移，一季度自研项目研发费用降至1,298.92万元，叠加同期公司营收实现同比较大幅度增长的因素，一季度研发投入占营收比例为12.10%。成都先导一直致力于核心技术——DNA编码化合物库（DEL）技术的开发、应用和升级。2023年，公司的DEL核心技术平台实现了快速迭代，为持续输出不同阶段的新分子实体提供了可靠的技术保障：一是DEL库结构分子更加多样化，涵盖共价化合物、蛋白降解化合物、分子片段化合物、大环化合物、多肽化合物，可为追踪创新药前沿研究的制药企业和生物技术公司提供独特的新分子实体；同时，合成分子骨架的种类超过6,000种，基本涵盖了所有当前已获批上市的小分子药物的核心骨架以及临床在研小分子项目的大多数优势骨架；DNA兼容的化学反应超过150种，覆盖了绝大部分药物化学合成的常见化学反应。二是DEL技术的质量和效率不断提升，通过新推出的"DEL For"系列进一步扩展DEL技术的适用范围，应用至更多类型的靶点和生物机制的筛选，以及通过"DEL Plus"（包含DEL+Protein、DEL+Assay、DEL+AI/ML等）为合作伙伴在蛋白获取、化合物评价、筛选分子扩展等领域提供无缝连接。截至2023年，公司累计筛选靶点超过53类、数百个靶点，包括各种新颖靶点或挑战性靶点，近三年的项目平均筛选成功率（获得功能性的分子）超过75%，筛选项目平均周期缩短至3个月以内，累计完成86个项目（超过800个化合物实体分子）的化合物知识产权转让。 FBDD/SBDD平台通过DEL技术扩展Vernalis自有可供筛选的"分子模块库"，分子片段总数已超过4万种，可高效快速地针对不同靶点进行片段的发现。同时，利用多样化的DEL中间体优化分子片段，可在1个月内将毫摩尔（mM）级别的分子片段优化为纳摩尔（nM）级别的苗头化合物，大大缩短传统的分子片段优化过程。与此同时，公司亦积极建设基于DEL技术衍生开拓的STO以及TPD核心技术平台。STO平台建设进展迅速，可支持从靶点到临床申报阶段的核酸药物发现及开发。截至2023年，公司已开发了多种自主知识产权的核酸药物递送系统，包括肝内靶向的GalNAc和基于C16的肝外递送分子等；控股子公司四川先东制药有限公司启动运营, 可提供小核酸的GMP生产服务。TPD平台方面，截至2023年，公司已累计完成超过50个新颖E3泛素连接酶（大于100个Protein Constructs（蛋白质构建体））的制备，可供客户进行直接订购并进行DEL筛选和化合物合成与评价；同时以自主开发或合作方式针对这些新颖E3泛素连接酶及配体进行蛋白降解剂的开发，比如TRIM21配体的PROTAC开发，另外，TRIM21配体具有开发成分子胶的潜力，公司正进行进一步机制探索。公司围绕四个核心技术平台搭建了"一站式"从靶基因到新药临床试验申请阶段的药物发现与优化体系，覆盖范围包括重组蛋白表达纯化、结构生物学、计算化学与药物化学、生物化学和生物物理学、细胞生物学、体内药理学、药代动力学、药学研究等多个技术环节，能够针对多种生物机制和靶点类别进行新分子的发现和后续开发，直至推进到临床前候选物阶段甚至临床试验阶段。新药管线方面，公司基于营运现金流平衡的角度审慎考虑，对自研管线项目进行了聚焦调整，截至2023年末有3个项目处于I期临床阶段，2个项目处于IND申报准备阶段，2个处于临床前候选化合物（PCC）筛选阶段。另有若干个早期项目分别处于靶点验证、苗头化合物的筛选以及结构优化阶段。在持续推进核心技术平台与关键能力建设的同时，成都先导亦积极投入前沿科技研究。当前，人工智能（AI）在生物医药领域的疾病靶点研究、蛋白质结构预测与解析、药物分子设计与优化、虚拟筛选等多个方面有着广泛应用和深厚技术积累，且有望为新药研发带来颠覆式的改变。成都先导一直持续关注并不断探索AI在创新药物发现优化上的应用。公司将多年积累的DEL筛选海量数据用于机器学习（ML）、AI大模型的训练和迭代，可以更加有效地在非DEL空间预测化合物活性、成药性等，进一步扩大可探索的化合物空间以及加快化合物的优化过程。基于此，公司积极推进"DEL+AI"的项目研发及能力建设，并搭建高通量化学合成和高通量化合物检测平台，以迭代式的"设计-合成-测试-分析"（DMTA）循环模式加速临床前候选药物发现及优化过程。展望：持续优化升级核心技术，保持长期领先优势目前，成都先导的核心技术平台和其他关键新药研发能力矩阵以及灵活的商业模式已成为驱动公司业务发展的多重引擎。未来，公司将不断升级核心技术，在创新能力和应用拓展领域走实、走深、走宽，夯实差异化发展的"护城河"。随着公司药物发现与优化平台的完善，未来公司将产生更多新药项目并推进至临床阶段，同时加速部分新药管线的对外转让，产生更多收入，从而促进公司将更多新药项目推进至临床阶段后期并实现转化。一方面，公司将继续完善核心技术平台体系，包括提升DEL库分子的多样性、新颖性，拓展适用靶点和筛选条件范围，推动DEL技术的标准化、工业化和大规模应用，加快DEL+FBDD/SBDD的技术融合与协同，进一步推进STO平台高质量的小核酸序列设计和递送系统开发，优化提升TPD平台能力并布局差异化的蛋白降解项目等。另一方面，公司将继续推进"DEL+AI"的项目研发及能力建设，结合DEL数据积累和AI技术开发下一代探索化合物空间的方法，并利用内部的高通量化学合成和高通量化合物检测平台，通过迭代式的"设计-合成-测试-分析"（DMTA）循环模式加速临床前候选药物发现及优化。 *专有名词注释： DEL：DNA编码化合物库平台（DEL库的设计、合成、筛选、化合物知识产权转让及拓展应用等相关服务） FBDD/SBDD：基于分子片段和三维结构信息的药物设计平台（蛋白表达、结晶以及基于分子片段和三维结构信息的药物设计相关服务） STO：寡聚核酸新药研发平台（递送分子合成、寡核苷酸/特殊单体的设计、修饰和合成，核酸药物相关的体内外评价、CMC，以及siRNA一站式定制服务等） TPD：靶向蛋白降解平台（新颖E3配体发现、分子胶筛选、PROTAC分子合成与生物评价等相关服务） BioSer：生物学服务（小分子药物相关的生物体内/体外评价、ADME/DMPK等相关服务） ChemSer：化学服务（小分子化学合成、平行合成等相关服务） IDD：新药定制项目服务，主要指小分子药物一站式定制服务 Others：其他服务（分析分离、生物分析等其他基于新药研发能力的服务） POL：新药在研项目权益转让（小分子自研管线项目权益转让或后续里程碑等相关收入）前瞻性陈述：本年度报告与一季度报告所涉及的未来规划、发展战略等前瞻性描述，因存在不确定性的因素，不构成本公司对投资者的实质性承诺，敬请广大投资者注意投资风险。关于成都先导成都先导药物开发股份有限公司（上海证券交易所股票代码：688222.SH，股票名称：成都先导）致力于打造全球一流的创新型生物医药企业，总部位于中国成都，在英国剑桥、美国休斯顿设有子公司。公司聚焦小分子及核酸新药的发现与优化，着力打造了国际领先的DNA编码化合物库技术（包括DEL库的设计、合成和筛选及拓展应用）平台，并拓展了基于分子片段和三维结构信息的药物设计技术（FBDD/SBDD）、寡聚核酸新药研发相关技术（STO）和靶向蛋白降解相关技术（TPD）的核心技术平台。通过新药研发服务、不同阶段在研项目转让以及远期的药物上市等多元化的商业模式，成都先导与全球数百家制药公司、生物技术公司、化学公司、基金会以及科研机构建立了合作。目前，公司有多个内部新药项目处于临床及临床前不同阶段。获取更多信息，请致电+86-28-85197385，+1-508-840-9646或访问 www.hitgen.com 。媒体查询： media@hitgen.com 投资者咨询： investors@hitgen.com 商务开发： bd@hitgen.com