更新于：2024-05-01

IFIT1

interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 1

更新于：2024-05-01

基本信息

别名

G10P1、GARG-16、IFI-56K

+ [9]

简介

Interferon-induced antiviral RNA-binding protein that specifically binds single-stranded RNA bearing a 5'-triphosphate group (PPP-RNA), thereby acting as a sensor of viral single-stranded RNAs and inhibiting expression of viral messenger RNAs. Single-stranded PPP-RNAs, which lack 2'-O-methylation of the 5' cap and bear a 5'-triphosphate group instead, are specific from viruses, providing a molecular signature to distinguish between self and non-self mRNAs by the host during viral infection. Directly binds PPP-RNA in a non-sequence-specific manner. Viruses evolved several ways to evade this restriction system such as encoding their own 2'-O-methylase for their mRNAs or by stealing host cap containing the 2'-O-methylation (cap snatching mechanism). Exhibits antiviral activity against several viruses including human papilloma and hepatitis C viruses.

关联

100 项与 IFIT1 相关的临床结果

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2024-02-06·BMC cardiovascular disorders

Construction and evaluation of immune-related diagnostic model in patients with heart failure caused by idiopathic dilated cardiomyopathy.

Article

作者: Sichi Xu ; Zhaogui Wu ; Haihua Chen

OBJECTIVE:

The purpose of the study was to construct the potential diagnostic model of immune-related genes during the development of heart failure caused by idiopathic dilated cardiomyopathy.

METHOD:

GSE5406 and GSE57338 were downloaded from the GEO website ( https://www-ncbi-nlm-nih-gov.libproxy1.nus.edu.sg/geo/ ). CIBERSORT was used for the evaluation of immune infiltration in idiopathic dilated cardiomyopathy (DCM) of GSE5406. Differently expressed genes were calculated by the limma R package and visualized by the volcano plot. The immune-related genes were downloaded from Immport, TISIDB, and InnateDB. Then the immune-related differential genes (IRDGs) were acquired from the intersection. Protein-protein interaction network (PPI) and Cytoscape were used to visualize the hub genes. Three machine learning methods such as random forest, logical regression, and elastic network regression model were adopted to construct the prediction model. The diagnostic value was also validated in GSE57338.

RESULTS:

Our study demonstrated the obvious different ratio of T cell CD4 memory activated, T cell regulatory Tregs, and neutrophils between DCM and control donors. As many as 2139 differential genes and 274 immune-related different genes were identified. These genes were mainly enriched in lipid and atherosclerosis, human cytomegalovirus infection, and cytokine-cytokine receptor interaction. At the same time, as many as fifteen hub genes were identified as the IRDGs (IFITM3, IFITM2, IFITM1, IFIT3, IFIT1, HLA-A, HLA-B, HLA-C, ADAR, STAT1, SAMHD1, RSAD2, MX1, ISG20, IRF2). Moreover, we also discovered that the elastic network and logistic regression models had a higher diagnostic value than that of random forest models based on these hub genes.

CONCLUSION:

Our study demonstrated the pivotal role of immune function during the development of heart failure caused by DCM. This study may offer new opportunities for the detection and intervention of immune-related DCM.

2024-01-30·Viruses

Translational Control of Alphavirus-Host Interactions: Implications in Viral Evolution, Tropism and Antiviral Response.

Review

作者: Iván Ventoso ; Juan José Berlanga ; René Toribio ; Irene Díaz-López

Alphaviruses can replicate in arthropods and in many vertebrate species including humankind, but only in vertebrate cells do infections with these viruses result in a strong inhibition of host translation and transcription. Translation shutoff by alphaviruses is a multifactorial process that involves both host- and virus-induced mechanisms, and some of them are not completely understood. Alphavirus genomes contain cis-acting elements (RNA structures and dinucleotide composition) and encode protein activities that promote the translational and transcriptional resistance to type I IFN-induced antiviral effectors. Among them, IFIT1, ZAP and PKR have played a relevant role in alphavirus evolution, since they have promoted the emergence of multiple viral evasion mechanisms at the translational level. In this review, we will discuss how the adaptations of alphaviruses to vertebrate hosts likely involved the acquisition of new features in viral mRNAs and proteins to overcome the effect of type I IFN.

2023-12-26·Fish & shellfish immunology

Functional properties of ATPIF1 in the orange-spotted grouper (Epinephelus coioides) in response to viral infection.

Article

作者: Zhaofeng Chen ; Junxi Chen ; Yi Li ; Bei Wang ; Yishan Lu ; Jichang Jian ; Jufen Tang ; Jia Cai

ATP synthase inhibitory factor 1 (ATPIF1) can activate mitochondrial autophagic pathway and mediates immune response by regulating ATP synthase activity. However, the role of fish ATPIF1 on viral infection is still unknown. In this study, we identified an ATPIF1 homolog (Ec-ATPIF1) from orange-spotted grouper (Epinephelus coioides). Ec-ATPIF1 is mainly expressed in the kidney and liver. The expression of Ec-ATPIF1 was significantly up-regulated after RGNNV stimulation in vitro. Further experiments showed that overexpression of Ec-ATPIF1 inhibited the expression of viral genes (CP and RdRp) and intracellular ATP synthesis. Ec-ATPIF1 overexpression also promoted the expression of mitophagy related genes (PINK1, Parkin, BNIP3, NIX, FUNDC1, LC3), inflammation-related factors (IL-1β, IL-6, IL-8, IL-10, TNF-α, TLR2) and interferon pathway factors (IRF1, IRF3, IRF7, MX1, ISG15, ISG56, MDA5, TRIF). While the knockdown of Ec-ATPIF1 exhibited the opposite effects on the expression of viral genes and immune-related factors above. These data suggest that Ec-ATPIF1 can impact viral infection by regulating mitophagy, ATP synthesis, the expression of inflammatory factors and interferon pathway factors. These findings will be beneficial to better explore the immune regulatory mechanisms of fish respond to viral infection.

项与 IFIT1 相关的新闻（医药）

2024-03-06

·奇点网

《细胞》：中性粒细胞抗癌新功能！中国科学家揭秘中性粒细胞通过抗原提呈促进热肿瘤微环境形成的机制

*仅供医学专业人士阅读参考在谈抗癌的时候提起中性粒细胞，我们总是没有好印象。虽然它是人体免疫的第一道防线，发挥着多种多样的功能，但它抗癌还是抑癌仍旧没有定论。奇点糕写到它的时候，中性粒细胞更多扮演着免疫抑制者的角色，并带来更差的抗癌预后。中性粒细胞的研究其实很难做，它的“寿命”很短，通常只有6-8小时，使得大多数单细胞RNA测序手段无法完成高通量测序；同时，中性粒细胞的mRNA含量又很低，对比巨噬细胞和单核细胞的2.55mg/百万细胞，中性粒细胞的mRNA仅有0.33mg，无疑进一步增加了分析难度。所以，虽然中性粒细胞遍布人体，但我们对这个亲密伙伴的认识仍然很初级。今日，复旦大学附属中山医院樊嘉/高强、中国科学院上海免疫与感染研究所张晓明、复旦大学生物医学研究院杨力课题组在《细胞》杂志发文，研究者们使用新方法分析了143名患者的17个癌种225个样本的单个中性粒细胞转录组。研究者发现，中性粒细胞的表型非常多样，可大致分为10种不同的细胞状态，其中三种在癌症中较为常见，尤其是HLA-DR+CD74+抗原递呈型中性粒细胞值得关注，它在多个癌种中与更好的预后相关。进一步分析发现，HLA-DR+CD74+抗原递呈型中性粒细胞可以诱导T细胞反应，形成有助于抗肿瘤免疫的“热肿瘤”微环境，可协助免疫治疗。这一过程与亮氨酸代谢有关，或可通过短程亮氨酸饮食干预。论文题图中性粒细胞浸润实体瘤的程度在癌种间并不相同。研究者们测试了不同免疫定量算法，对TCGA中31种实体瘤中中性粒细胞浸润程度进行了分析，建立了标准浸润评分和中性粒细胞的组织选择模式，在此基础上完成了对不同癌种样本的标准采样策略，并最终实现了对17个癌种143例患者共计225例样本的中性粒细胞单细胞转录组分析。从分析结果来看，中性粒细胞群体的异质性相当大，研究者将其归为10个大群，分别以以下分子为标记：S100A12+，HLA-DR+CD74+，VEGFA+SPP1+，TXNIP+，CXCL8+IL1B+，CXCR2+，IFIT1+ISG15+，MMP9+，NFKBIZ+HIF1A+，ARG1+。这些亚群具有不同的表型和可塑性，例如HLA-DR+CD74+亚群表现出MHC-II分子的高表达和癌症中的普遍浸润；CXCL8+IL1B+亚群可能代表炎症反应，CXCR2+亚群则有特定趋化性特征。中性粒细胞可分为10个亚群在所有亚群中，HLA-DR+CD74+和VEGFA+SPP1+是最为丰富的亚群，它们对癌种有不同偏好，HLA-DR+CD74+中性粒细胞在非小细胞肺癌、膀胱癌和卵巢癌中富集，肾细胞癌和口腔鳞状细胞癌中较少；VEGFA+SPP1+中性粒细胞的“喜好”则完全相反。研究者将这些亚群与TCGA中的泛癌数据进行了对比分析，发现VEGFA+SPP1+中性粒细胞与预后更差显著相关，而HLA-DR+CD74+中性粒细胞则与预后更好有关，说明后者可能具有一定的抗癌潜力。HLA-DR+CD74+中性粒细胞有什么独到之处？研究者分析了HLA-DR+CD74+中性粒细胞的代谢途径，发现它表现出显著的氨基酸代谢富集，尤其是亮氨酸能够显著上调HLA-DR和CD80等共刺激分子。进一步分析发现，亮氨酸能够显著促进MHC-II复合物组装、抗原加工蛋白酶和抗原装载过程相关基因的表达。这使得HLA-DR+CD74+中性粒细胞可以提呈肿瘤新抗原至T细胞，重塑T细胞免疫组库并增强抗原特异反应。作用机制那么，我们如何利用HLA-DR+CD74+中性粒细胞的这种抗肿瘤作用呢？研究者首先给予荷瘤小鼠含1.5%亮氨酸的水来提升体内的HLA-DR+CD74+中性粒细胞，虽然这有效提升了相应细胞的比例、改善了肿瘤微环境，但未能影响小鼠肿瘤的生长。但补充亮氨酸+抗PD-1治疗表现出了不错的效果，小鼠肿瘤体积显著缩小，并在不同的肿瘤模型中得到了复现；过继CD74+中性粒细胞同样可以增强免疫治疗的效果。亮氨酸+抗PD-1可有效缩小肿瘤研究者指出，中性粒细胞具有独特的优势。相较其他专业的抗原递呈细胞，中性粒细胞对炎症反应更加灵敏，它具有活跃的吞噬和趋化特性，这能使它们快速迁移和降解抗原；此外，中性粒细胞较短的半衰期也使得它们不容易被肿瘤微环境重编程为免疫抑制细胞，这些优势突出了中性粒细胞抗癌的独特价值。参考资料：[1]https://www-cell-com.libproxy1.nus.edu.sg/cell/abstract/S0092-8674(24)00126-0[2]https://ibs.fudan.edu.cn/23/2b/c21019a664363/page.htm本文作者丨代丝雨

免疫疗法信使RNA

2023-09-09

·生物制品圈

厉害了！曹雪涛团队再发文

导读：在抗病毒先天应答中，IRF3的磷酸化对于诱导I型干扰素(IFN-I)的产生至关重要。9月6日，中国医学科学院北京协和医学院曹雪涛及Xu Xiaoqing在《Cell Death & Disease》上在线发表题为“Lysine methyltransferase SMYD2 inhibits antiviral innate immunity by promoting IRF3 dephosphorylation”的研究论文，该研究报道赖氨酸甲基转移酶SMYD2在病毒感染时抑制巨噬细胞中IFN-I和促炎细胞因子的表达。Smyd2缺陷小鼠通过产生更多的IFN-I和促炎细胞因子来抵抗病毒感染。https://www-nature-com.libproxy1.nus.edu.sg/articles/s41419-023-06118-y#Abs1研究背景 01 先天免疫应答是保护宿主免受病原体感染的第一线。在先天免疫细胞和其他类型的细胞中表达的模式识别受体（PRR），例如RIG-I，MDA5和cGAS，可识别病原体相关分子模式（PAMP）以触发信号通路，例如MAVS-TBK1-IRF3途径，磷酸化IRF3（p-IRF3）易位到细胞核中，从而诱导I型干扰素（IFN-I）的产生，以消除包括病毒在内的入侵病原体。NF-κB对于感知病毒RNA或DNA后产生IFN-I和促炎细胞因子也至关重要。IRF3具有具有特征性5个色氨酸重复序列的N端DNA结合结构域（DBD），C端包含保守的IRF关联结构域（IAD）和磷酸受体位点丰富的序列。IRF3在细胞质中作为非活性单体组成型表达和定位，其由IAD两侧的自身抑制结构域维持。TBK1/IKKε对IRF3的磷酸化对于诱导IFN-I响应病毒感染至关重要，因此需要充分了解先天反应中IRF3磷酸化的调节。赖氨酸甲基转移酶通过甲基化修饰组蛋白和无组蛋白，甲基化通过调节染色质重塑和蛋白质构象在一系列生物学和免疫学过程中具有关键功能。SMYD蛋白是一类蛋白质赖氨酸甲基转移酶，其甲基化组蛋白和非组蛋白靶标，到目前为止有五个已鉴定的成员SMYD 1-5。SMYD是SMYD5的除外，它由s序列、MYND结构域、插入SET结构域（SETi）、ET、后ET和CTD结构域组成，并且该家族的结构很特殊，因为SET（杂散抑制因子、Zeste增强子、Trithorax）结构域由MYND结构域隔开。SET结构域是几乎所有组蛋白甲基转移酶中赖氨酸甲基化的保守催化单元，MYND结构域是锌指基序，主要介导蛋白质-蛋白质相互作用。据报道，SMYD蛋白在肿瘤发生、肌生成和心肌细胞分化中起重要作用。然而，SMYD2在抗病毒先天免疫应答中的功能尚不清楚。Smyd2的缺失促进一系列I型细胞因子和ISG的表达 02 转录组测序显示，与对照组相比，VSV感染的Smyd2−/− PM中有298个增加的基因和882个减少的基因（图4A，B）。KEGG分析表明，未受VSV刺激的Smyd2−/− PM的差异表达基因在泛素介导的蛋白水解、肌动蛋白细胞骨架调控、溶酶体、单纯疱疹感染、Rap1信号通路和趋化因子信号通路等信号通路中富集。VSV感染的Smyd2−/− PM的差异表达基因富集在TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、局灶粘附和ECM-受体相互作用等通路中。我们进一步分析了测序数据，以确认感染VSV的Smyd2−/− PM中参与免疫应答的基因表达增加。我们发现，与对照组相比，Smyd2−/− PM中一系列细胞因子（尤其是IFN-I）和转录因子Stat5a的mRNA表达显著增加（图4C）。此外，许多干扰素刺激的基因（ISG），如Bcl2l11和Trim家族，在Smyd2−/−PM中增加，以响应VSV感染（图4D）。几种ISG，如Ifit1，Isg15，Cxcl10和Ccl5，被证实在感染VSV的Smyd2−/− PM中显著增加（图4E）。综上所述，我们的转录组测序数据进一步证实，SMYD2通过靶向IFN-I产生来抑制抗病毒先天免疫应答。Smyd2缺陷巨噬细胞中抗病毒先天免疫应答增加。研究结论 03 本研究，我们证明了SMYD2通过抑制IRF3磷酸化来抑制抗病毒IFN-I的产生，IRF3磷酸化与其甲基转移酶活性无关。在机制上，SMYD2通过IRF3的结合IAD结构域与IRF3相互作用，磷酸酶PP1α被SMYD2募集到IRF3以减少IRF3的磷酸化。总体而言，SMYD2是先天反应中抗病毒干扰素的负调节因子。参考资料：https://www-nature-com.libproxy1.nus.edu.sg/articles/s41419-023-06118-y#Abs1识别微信二维码，添加生物制品圈小编，符合条件者即可加入生物制品微信群！请注明：姓名+研究方向！版权声明本公众号所有转载文章系出于传递更多信息之目的，且明确注明来源和作者，不希望被转载的媒体或个人可与我们联系(cbplib@163.com)，我们将立即进行删除处理。所有文章仅代表作者观点，不代表本站立场。

2023-07-24

·生物谷

郑春福教授在JMV发表NLRC4调控抗病毒天然免疫cGAS-STING信号通路的文章

郑春福还荣获2019全球Publons同行评议奖(微生物学领域TOP1%) 获得者，2019-2021连续三年荣登Journal of Virology杂志年度同行评议排行榜近日郑春福教授在Journal of Medical Virology发表研究论文“NLRC4 promotes the cGAS-STING signaling pathway by facilitating CBL-mediated K63-linked polyubiquitination of TBK1” (NLRC4 通过促进 CBL 介导的 K63 连接的 TBK1 多聚泛素化来促进 cGAS-STING 信号通路)。JMV 2023年在所有的SCI杂志中排名341。 TANK 结合激酶 1 (TBK1) 对于产生 Ⅰ 型干扰素 (IFN-I) 至关重要，而 Ⅰ 型干扰素在抗病毒先天免疫中发挥着关键作用。 TBK1的严格调控，特别是其激活，非常重要。本研究发现NLRC4 为 TBK1 的正调控因子。NLRC4 的超表达促进 IFN-β 启动子的激活、IFN-β、ISG54 和 ISG56 的 mRNA 水平以及 cGAS 和 STING 诱导的 IRF3 核转位。在单纯疱疹病毒-1 (HSV-1) 感染下，BJ 细胞和 NLRC4 缺陷 (Nlrc4-/-) 小鼠的原代腹膜巨噬细胞中的 NLRC4 敲低或敲除显示 IFN-β、ISG54 和 ISG56 mRNA 转录减弱、TBK1 磷酸化和病毒复制增强。此外，NLRC4-/- 小鼠在 HSV-1 感染后表现出更高的死亡率。机制上，NLRC4 促进 TBK1 和 E3 泛素连接酶 CBL 之间的相互作用，从而增强 TBK1 的 K63 连接的多泛素化。本研究揭示了NLRC4在上调 cGAS-STING 信号通路和抗病毒先天免疫的全新功能。图 1. NLRC4 正向调控cGAS-STING 信号通路。图 2. 敲低或敲除NLRC4下调 cGAS-STING 信号通路。图 3. NLRC4 缺陷削弱了抗病毒天然免疫。图 4. NLRC4 与 TBK1 相互作用。图 5. NLRC4 增强 TBK1 的 K63 连接的多聚泛素化。图 6. NLRC4 促进 CBL 介导的 K63 连接的 TBK1 多聚泛素化。图7. NLRC4在cGAS-STING信号通路中的工作模型。郑春福教授，入选Elsevier 2021/2022年全球Top 1%顶尖科学家榜单，中国科学院百人计划入选者；加拿大University of Calgary Adjunct Professor，在I型单纯疱疹病毒（HSV-1）感染与宿主相互作用的分子机制研究、HSV-1逃逸宿主抗病毒天然免疫研究中取得突破性研究成果，在Lancet Microbe, Trends in Microbiology , Microbiology and Molecular Biology Reviews (封面文章), Journal of Virology (´28，其中1篇为封面文章，2篇为亮点文章; ), FEMS Microbiology Reviews , Blood , Cell Host & Microbe, Signal Transduction and Targeted Therapy , Journal of Medical Virology (´15), Cytokine & Growth Factor Reviews (´2), Reviews in Medical Virology, Proceedings of the National Academy of Sciences USA , mBio , J Clin Microbiol., Journal of Biomedical Science, Cellular and Molecular Life Sciences (´2), Journal of Immunology (2篇), Protein and Cell (2篇)，等主流期刊发表SCI 论文120余篇，总引用次数4500余次。郑春福教授担任多个顶级期刊杂志的编辑和编委 mBio; JVI; CMLS; TBED; VJ; JMV; Microbes and Infection; Int. Immunophmaco.; J. of Innate Immunity; Virology; etc. 郑教授参与审稿的部分杂志： Nature Microbiology, Lancet Microbe, Journal of Virology, Nature Comm, Advanced Material, Signal Transduction and Targeted Therapy, Cell Host & Microbe, Seminar in Immunology, Microbiome, Cell Report, PLoS Pathogen, Molecular Therapy, Cellular Molecular and Immunology, Acta Pharmaceutica Sinica B, Theranostics, Reviews in Medical Virology, Emerging Microbes and Infections, Bioactive Materials, etc. 郑春福还荣获2019全球Publons同行评议奖(微生物学领域TOP1%) 获得者，2019-2021连续三年荣登Journal of Virology杂志年度同行评议排行榜(TOP25, 年度审稿15-20篇)。2021年Frontiers杰出编辑奖，2022年Springer Nature杰出编辑奖。