EIF5B

2024年3月，根据“热心肠因子”计算的25篇必读学术文献和10篇必看产业要闻。 该篇日报由R·AI辅助创作生成，人工审核校对。 NEJM：结直肠癌筛查新方法——多靶点粪便DNA检测 New England Journal of Medicine——[158.5] ① 这项前瞻性研究评估了新一代多靶点粪便DNA检测（包括DNA分子标志物和血红蛋白水平）用于结直肠癌筛查，发现其对结直肠癌和晚期癌前病变的敏感性高于现有的粪便免疫化学试验（FIT），但特异性较低；② 纳入20276名参与者，其中98人患有结直肠癌，2144人患有晚期癌前病变，6973人患有非晚期腺瘤，10961人患有非肿瘤性发现或阴性结肠镜检查结果；③ 新的检测技术对结直肠癌的敏感性为93.9%，晚期肿瘤的特异性为90.6%，对晚期癌前病变的敏感性为43.4%，非肿瘤性发现或阴性结肠镜检查的特异性为92.7%；④ 使用FIT，结直肠癌的敏感性为67.3%，晚期癌前病变的敏感性为23.3%，特异性分别为94.8%和95.7%；⑤ 与FIT相比，新的检测技术在结直肠癌和晚期癌前病变的敏感性更高，但对晚期肿瘤的特异性较低；⑥ 没有发生不良事件，表明该检测技术的安全性。 【原文信息】 Next-Generation Multitarget Stool DNA Test for Colorectal Cancer Screening 2024-03-14 , doi: 10.1056/NEJMoa2310336 NEJM：结直肠癌筛查的新武器——基于血液的DNA无细胞检测 New England Journal of Medicine——[158.5] ① 这项研究展示了一种基于血液的无细胞DNA（cfDNA）检测对结直肠癌筛查的有效性，为结直肠癌早期筛查提供了一种有效手段；② 在通过结肠镜检测出结直肠癌的参与者中，83.1%的人cfDNA检测呈阳性，16.9%呈阴性，这表明cfDNA检测对结直肠癌的检测敏感性为83.1%，而对于I、II或III期结直肠癌的敏感性为87.5%，对于晚期癌前病变的敏感性为13.2%；③ 在结肠镜检查中未发现任何晚期结直肠肿瘤（结直肠癌或晚期癌前病变）的参与者中，89.6%的人cfDNA血液检测呈阴性，而10.4%呈阳性，这表明对于任何晚期肿瘤的特异性为89.6%；④ 对于阴性结肠镜检查（无结直肠癌、晚期癌前病变或非晚期癌前病变）的特异性为89.9%。 【原文信息】 A Cell-free DNA Blood-Based Test for Colorectal Cancer Screening 2024-03-14 , doi: 10.1056/NEJMoa2304714 BMJ：超加工食品吃得越多，健康风险越大（综述） British Medical Journal——[105.7] ① 这项研究通过系统性综述发现超加工食品摄入越多，多种不良健康结果的风险越高，特别是心脏代谢、常见心理障碍和死亡风险；② 纳入45项汇总分析，发现超加工食品摄入与32个健康参数（包括死亡率、癌症、心理、呼吸、心血管、胃肠和代谢健康）存在直接关联；③ 将证据的可信度进行分类，有力的（“I类”），高度暗示性的（“II类”），暗示性的（“III类”），弱的（“IV类”），或无证据的（“V类”），其中21个研究为III-IV类，13个为V类；④ 有I类证据支持，超加工食品摄入量增加与心血管疾病相关死亡、2型糖尿病以及焦虑和常见心理障碍风险增加相关；⑤ II类证据显示，高度加工食品摄入量增加与全因死亡、心脏病相关死亡、2型糖尿病、抑郁症状、不良睡眠相关结果、哮喘和肥胖风险增加相关；⑥ 使用GRADE框架来衡量证据的质量，发现22个汇总分析被评为低质量，19个为非常低质量，4个为中等质量。 【原文信息】 Ultra-processed food exposure and adverse health outcomes: umbrella review of epidemiological meta-analyses 2024-02-28 , doi: 10.1136/bmj-2023-077310 Nature Reviews：肠道菌群的胆汁酸代谢（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 胃肠道胆汁酸微生物学，包括胆汁酸的合成与组成、肠道菌群的胆汁酸代谢、胆汁酸差向异构体对宿主免疫细胞的影响等研究，经历了七、八十年代的兴起，又一次进入了复兴，本文对此进行了综述；② 文章指出胆汁酸共代谢是宿主与微生物互作研究中涉及最多也是对人类健康最重要的课题，但仍然存在许多未知，如宿主胆汁酸A/B环反式异构体的合成；③ 非靶向代谢组学可以用于鉴定微生物结合胆汁酸，该类胆汁酸通过胆盐水解酶水解生成，并与核受体PXR和FXR等互作；④ 基于每个羟基在三个稳定位置之间的切换，胆汁酸羟基基团的氧化和环异构化极大地扩展了胆汁酸代谢物的多样性；⑤ 目前已知微生物胆汁酸7-脱羟基的生物化学和酶学，但C3-脱羟基和C12-脱羟基的研究还在进行中；⑥ 此外，次级胆汁酸环异构体正在成为肠道中Th17介导的炎症与Treg免疫抑制间平衡的强效调节剂，但是尚未进行有效测量。 【原文信息】 Another renaissance for bile acid gastrointestinal microbiology 2024-02-21 , doi: 10.1038/s41575-024-00896-2 Nature Reviews：ILC3与肠道健康（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 本综述介绍了3型固有淋巴细胞（ILC3）及其在肠道健康和疾病中的作用；② ILC3在一生中持续存在，包括cILC3、LTi样ILC3、炎症ILC3等亚群，分布和功能因肠道部位、生命阶段和疾病状态等而异；③ ILC3与肠道中的其他细胞密切互作，在肠道淋巴组织发育、屏障完整性、耐受菌群和饮食抗原等方面有关键作用；④ ILC3与适应性免疫反应之间的平衡对抵御肠道病原体和促进免疫调节至关重要，而ILC3失调可引发慢性肠道炎症；⑤ ILC3在疾病中的作用与适应性免疫的存在和疾病阶段有关，在炎症性肠病和结直肠癌中ILC3数量和功能均发生改变，保护性ILC3减少，向炎症表型转变的可塑性增强；⑥ 用菌群干预等方法调节ILC3的数量或功能，可通过限制炎症、促进粘膜愈合或支持抗肿瘤反应，改善肠道健康。 【原文信息】 Group 3 innate lymphoid cells in intestinal health and disease 2024-03-11 , doi: 10.1038/s41575-024-00906-3 Nature：菌丝特异性毒素帮念珠菌在肠内安家 Nature——[64.8] ① 白色念珠菌（Ca）可在酵母和菌丝两种形态间转换以适应环境，此前研究认为酵母形态利于定植，菌丝形态增强致病性而不利于定植，这项研究对这一范式提出了不同见解；② 在无菌或菌群耗竭（抗生素处理）的小鼠中，锁定于酵母形态的Ca（ efg1Δ/Δ ）有更强的定植适性，但在细菌丰富的肠道环境中，能在酵母和菌丝形态间转换的野生型Ca则有更强的定植适性；③ 野生型Ca的定植优势部分依赖于菌丝特异性因子，其中，念珠菌素（candidalysin，Ca产生的一种毒力因子，由 ECE1 基因编码）具有抗菌活性，能直接抑制某些细菌的生长和代谢，从而促进Ca的肠道定植；④ 适应性免疫在Ca定植的后期介入，肠道IgA优先选择性地靶向Ca菌丝形态，提示菌丝形态在肠道中受到正负两种选择压力；⑤ 研究者认为，Ca表达的念珠菌素等菌丝特异性因子，可在与细菌的竞争中充当“共生因子”，帮Ca在被细菌定植的肠道环境中站稳脚跟。 【原文信息】 The hyphal-specific toxin candidalysin promotes fungal gut commensalism 2024-03-06 , doi: 10.1038/s41586-024-07142-4 Nature：肠菌色氨酸代谢物抵抗肠道病菌的新机制 Nature——[64.8] ① 这项研究揭示了一种针对肠道病原体的非经典的定植抵抗途径；② 色氨酸饮食可保护小鼠减少肠道病原体（鼠柠檬酸杆菌）感染，该作用依赖于肠道菌群，菌群色氨酸代谢物IEt、IPyA和I3A也有相同功效；③ 这些色氨酸代谢物是多巴胺受体D2（DRD2，一种神经递质受体）的配体，通过激活肠上皮细胞（IEC）表达的DRD2，减少肠道病原体的黏附和定植；④ 机制上，DRD2激活后，通过活化Gβγ-PLC-PKCθ信号通路，促进N-WASP（驱动肌动蛋白聚合的关键蛋白）的降解，从而减少病原体黏附IEC所需的肌动蛋白基座形成；⑤ 总之该研究表明，肠菌的色氨酸代谢物通过激活DRD2，调节IEC肌动蛋白细胞骨架，从而抑制肠道病原体感染，这些发现不仅揭示了DRD2在神经系统以外的非常规作用，也提示靶向DRD2的饮食或药物干预或可防治肠道病原体感染。 【原文信息】 Dopamine receptor D2 confers colonization resistance via microbial metabolites 2024-03-13 , doi: 10.1038/s41586-024-07179-5 Nature：新方法！大规模揭示人体与菌群的跨界互作连接 Nature——[64.8] ① 微生物可通过与宿主的外蛋白（指胞外蛋白和分泌蛋白）互作来促进定植和影响宿主生物学，本研究开发了一种新技术BASEHIT，首次在蛋白质组水平上大规模评估了人类外蛋白组与微生物组之间的相互作用；② 检测519个人类相关细菌菌株和3324种人类外蛋白之间的170多万种潜在互作，揭示了一个由383个菌株和600多种宿主蛋白组成的广泛互作网络，包括数千个新发现的宿主-微生物互作；③ 该网络中的特定结合模式暗示了潜在的生物学逻辑，例如同物种菌株表现出共享的外蛋白结合模式，而特定组织的分离菌株则与组织特异性外蛋白结合；④ 还发现了数十种独特的且多为菌株特异性的互作，在生态位定植、组织重塑和免疫调节中可能发挥作用，具有不同宿主互作特征的菌株在与宿主细胞的互作和对宿主免疫系统的影响上存在差异；⑤ 该研究揭示了一个之前未被探索的宿主-菌群分子层面互作景观，可能是菌群对人类健康和疾病产生因果效应的基础。 【原文信息】 A host-microbiota interactome reveals extensive transkingdom connectivity 2024-03-20 , doi: 10.1038/s41586-024-07162-0 Nature：促肠癌的具核梭杆菌亚种分支 Nature——[64.8] ① 具核梭杆菌（ Fn ）是一种口腔菌，但在结直肠癌（CRC）中富集并可促癌，这项研究对人类 Fn 菌株进行大规模比较基因组学分析，发现 Fn 动物亚种（ Fna ）中的1个分支 Fna C2 是促CRC的主要元凶；② 该研究生成了135个 Fn 菌株的完整基因组（包括无癌个体的口腔菌株和CRC患者的肿瘤菌株），鉴定出CRC中富集的483个遗传因子；③ 肿瘤菌株主要属于 Fna ， Fna 又可分为 Fna C1 和 Fna C2 两个分支，只有 Fna C2 在CRC肿瘤中富集；④ 确定了195个 Fna C2 相关遗传因子，可能赋予其更强的细胞侵袭性（如 fap2 ）、代谢能力（如 eut 和 pdu 操纵子）和胃肠道定植能力（如抵抗胃酸）；⑤ Fna C2 显著增加模型小鼠的肠道腺瘤数量，改变肠道代谢特征，增加氧化应激；⑥ CRC患者肿瘤组织和大队列粪便菌群分析，进一步证实了 Fna C2 与CRC的关系；⑦ 总之， Fna C2 是 Fn 的一个高毒性亚群，应成为CRC机理研究和药物研发的主要关注点。 【原文信息】 A distinct Fusobacterium nucleatum clade dominates the colorectal cancer niche 2024-03-20 , doi: 10.1038/s41586-024-07182-w Cell：深入解析人肠道菌群中的隐秘质粒pBI143 Cell——[64.5] ① 隐秘质粒是一类似乎不为宿主菌提供有益功能的质粒，Cell发表的这项最新研究对人肠道微生物组中的一种隐秘质粒pBI143进行了深入分析；② pBI143主要存在于人肠道菌群中，在工业化人群中尤为普遍，在肠道宏基因组读长中占比超过0.1%，是人肠道菌群中数量最多的染色体外可移动遗传元件；③ pBI143在人肠道中受负选择压力，其突变积累在特定位点，且在多数个体中为单克隆状态，可能是因为继承自母亲（垂直传递的优先效应）；④ pBI143仅2.7kb，编码2个基因，主要在拟杆菌目成员间转移，但pBI143可作为载体短暂携带其他基因，从而可能为宿主菌提供益处；⑤ 应激情况下（如炎症性肠病），pBI143数量增多；⑥ pBI143或可作为识别人类粪便污染和肠道炎症的标志物。 【原文信息】 A cryptic plasmid is among the most numerous genetic elements in the human gut 2024-02-29 , doi: 10.1016/j.cell.2024.01.039 王良静+陈淑洁Cell：肠菌代谢物调节T细胞干性，增强癌症免疫治疗 Cell——[64.5] ① 浙江大学王良静、陈淑洁与团队发表最新研究，揭示了肠菌代谢产物通过调节T细胞干性来增强癌症免疫治疗的机制，为基于微生物的辅助治疗方法提供了新证据；② 小鼠中，肠道菌群中的约氏乳杆菌丰度与抗PD-1免疫检查点阻断治疗应答正相关；③ 补充约氏乳杆菌或色氨酸衍生代谢产物吲哚-3-丙酸（IPA），可增强CD8+ T细胞介导的抗PD-1疗效；④ IPA通过增加 Tcf7 基因超级增强子上的H3K27乙酰化修饰，调节CD8+ T细胞干性，增加肿瘤内的前体耗竭CD8+ T细胞（Tpex，响应抗PD-1治疗的重要T细胞亚群）并促进其分化为效应T细胞；⑤ 约氏乳杆菌与生孢梭菌共同生成IPA，前者生成吲哚-3-乳酸，再被后者转化为IPA；⑥ 在小鼠和患者衍生类器官模型中，IPA在包括黑色素瘤、乳腺癌和结直肠癌在内的泛癌症层面上，改善了抗PD-1治疗的反应性。 【原文信息】 Microbial metabolite enhances immunotherapy efficacy by modulating T cell stemness in pan-cancer 2024-03-11 , doi: 10.1016/j.cell.2024.02.022 Cell：超大数据资源库揭示胆汁酸多样性 Cell——[64.5] ① 胆汁酸和相关类固醇在动物生理中至关重要，参与营养元素的转运、细胞器功能、信息传导、免疫调节等等，也参与许多病理过程，但目前的研究对胆汁酸的识别、修饰及其功能的认识有限，这项研究对此提供了丰富的资源和信息；② 研究采用了近期研发的质谱查询语言MassQL，通过分析筛选12亿个公开的串联质谱(MS/MS) 中的胆汁酸选择性离子模式，创建了一个可重复使用的MS/MS图谱，进而发现了动物、人体和微生物培养物中分布的数千种胆汁酸修饰；③ 利用这一资源库，研究人员还发现了源自多胺生物合成途径的代谢物与胆汁酸的酰胺化产物，这些多胺胆汁酰胺在食肉动物中普遍存在，在人类中也存在；④ 而人类体内多胺胆汁酰胺的水平会随着其饮食类型从地中海转变为美国饮食而改变，揭示了胆汁酸修饰的巨大多样性，强调了胆汁酸在健康和疾病中作用的研究潜力。 【原文信息】 The underappreciated diversity of bile acid modifications 2024-03-06 , doi: 10.1016/j.cell.2024.02.019 国内团队Cell：发现调控胆固醇代谢的新肠道激素 Cell——[64.5] ① 清华大学王一国、南方医科大学南方医院张惠杰与团队研究发现了一种新肠道激素Cholesin（肠抑脂素），其具有抑制肝脏胆固醇合成、降低血液胆固醇水平的作用；② Cholesin由此前功能未知的基因编码（人类 C7orf50 ，小鼠 3110082I17Rik ）；③ 肠道的胆固醇吸收可诱导Cholesin生成，肠细胞中，NPC1L1介导的胆固醇摄取促进Cholesin分泌；④ SNP变异rs1007765（位于 Cholesin 基因3'端附近）能上调 Cholesin 表达，并与人类血浆胆固醇水平呈负相关；⑤ 机制上，Cholesin进入肝脏后，通过结合孤儿G蛋白偶联受体GPR146，抑制cAMP/PKA-ERK1/2信号通路，从而抑制肝脏中SREBP2控制的胆固醇合成，减少极低密度脂蛋白分泌，降低血浆胆固醇水平；⑥ Cholesin治疗可改善模型小鼠血脂和动脉粥样硬化，与他汀类药物联用效果更佳；⑦ 因此，肠道胆固醇吸收通过Cholesin-GPR146轴抑制肝脏胆固醇合成，为治疗相关疾病提供了新思路。 【原文信息】 A gut-derived hormone regulates cholesterol metabolism 2024-03-07 , doi: 10.1016/j.cell.2024.02.024 Science：降解纤维素的人类肠菌 Science——[56.9] ① 肠道菌群可以消化纤维素（植物纤维的主要成分），但目前对分解纤维素的人类肠菌所知有限，这项研究对此进行了深入探索；② 鉴定出3种瘤胃球菌属的降解纤维素的人类肠菌， R. primaciens （ Rp ）、 R. hominiciens （ Rh ）、 R. ruminiciens （ Rr ），都含有功能性的、能降解结晶纤维素的多酶纤维素体系统；③ 这些菌在类人猿和其他非人灵长类动物（NHP）、古人类、狩猎采集者和农村人群中广泛存在，但在工业化人群中很少见，且有不同的宿主偏好，其中 Rh 主要与人类和类人猿相关， Rp 主要与NHP和古人类相关， Rr 比较罕见；④ 系统发育分析显示，人类的 Rp 和 Rr 可能分别源自NHP和反刍动物，或许是处于过渡适应阶段的菌株，而 Rh 可能来自反刍动物肠道，在动物被驯化的过程中转移给人类并持续演化出多个菌株；⑤ 这些菌通过从其他肠道微生物获取基因来适应宿主肠道和饮食，人类相关菌株能降解人类饮食中的主要植物纤维，而NHP相关菌株则显示出降解昆虫外骨骼中几丁质的潜力。 【原文信息】 Cryptic diversity of cellulose-degrading gut bacteria in industrialized humans 2024-03-15 , doi: 10.1126/science.adj9223 Science：非抗生素药物的独特抗菌机制，及其与抗生素耐药的关系 Science——[56.9] ① 许多非抗生素药物具有很强的抗菌活性，可对人体微生物组产生不利影响，但其毒性机理很大程度上仍然未知；② 该研究对大肠杆菌基因敲除突变体进行高通量筛选，研究了186种药物的抗菌活性，分析了200万个基因-药物相互作用，揭示药物特异性毒性的机制；③ 非抗生素药物的抗菌机制与常规抗生素有很大不同，网络分析显示，抗生素按其已知类别的作用模式聚集成模块，而大多数非抗生素不与这些模块相连，半数非抗生素聚集成独立模块，揭示了潜在的新抗菌靶点，如细菌翻译起始因子IF2；④ 细菌的外排系统对抗生素和非抗生素都有影响，敲除相关基因可增加细菌对大多数药物的敏感性；⑤ 对3种非抗生素药物的实验室演化实验表明，细菌对非抗生素演化出的耐药性（如改变药物外排）可最终导致广泛的抗生素交叉耐药性。 【原文信息】 Antibacterial activity of nonantibiotics is orthogonal to standard antibiotics 2024-03-14 , doi: 10.1126/science.adk7368 Nature子刊：菌株水平的肠菌特征，助力癌症免疫治疗 Nature Medicine——[82.9] ① 对106名接受免疫检查点阻断（ICB）组合治疗（抗PD-1+抗CTLA-4）的罕见癌患者的肠道微生物进行深度测序分析，发现菌株水平的肠菌丰度特征比菌种水平的特征能更好地预测治疗效果；② 识别出22个与治疗反应相关的关键菌株，大部分属于厚壁菌门，7个与疗效正相关的菌株中有4个来自粪杆菌属（ Faecalibacterium ）；③ 对6项可比研究的数据进行荟萃分析（n=364），发现上述菌群特征在使用相同治疗方案的队列中具有较好的泛化性（跨癌症、跨国家），但不能推广到抗PD-1单药队列，提示肠道菌群特征对不同的ICB治疗方案具有特异性；④ 本研究强调了在开发基于肠道微生物的诊疗方法时，或应根据ICB治疗方案而非癌症类型进行定制，并强调了菌株分辨率在开发微生物组生物标志物中的重要性。 【原文信息】 A gut microbial signature for combination immune checkpoint blockade across cancer types 2024-03-01 , doi: 10.1038/s41591-024-02823-z 及时治疗幽门螺杆菌感染或可预防结肠癌 Journal of Clinical Oncology——[45.3] ① 纳入812736名接受幽门螺杆菌检测的美国退伍军人，进行大型回顾性队列研究，评估幽门螺杆菌感染和治疗对结直肠癌（CRC）发病率和死亡率的影响；② 其中205178人（25.2%）呈阳性；③ 与幽门螺杆菌阴性相比，幽门螺杆菌阳性与更高的CRC发病率和死亡率相关，且分别高出18%和12%；④ 随访15年，与接受治疗的与幽门螺杆菌感染者相比，未经治疗者与更高的CRC发病率和死亡率相关，且分别高出23%和40%；⑤ 非血清学检测个体的分析中，结果更加显著；⑥ 本研究表明及时治疗幽门螺杆菌感染在预防CRC方面的重要性。 【原文信息】 Impact of Helicobacter pylori Infection and Treatment on Colorectal Cancer in a Large, Nationwide Cohort 2024-03-01 , doi: 10.1200/JCO.23.00703 朱书+潘文等Cell子刊：肠菌胆汁酸代谢可影响抗肿瘤免疫，促肠癌 Immunity——[32.4] ① 中国科学技术大学朱书、潘文与团队发表最新研究，揭示了肠菌代谢物脱氧胆酸（DCA）通过抑制CD8+ T细胞功能促进结直肠癌（CRC）的机制，为防治CRC提供新的思路和靶点；② 该研究对肠道菌群代谢物文库进行筛选，发现次级胆汁酸DCA可抑制CD8+ T细胞效应功能，削弱其介导的抗肿瘤免疫，促进小鼠CRC生长；③ 机制上，DCA可结合质膜钙ATP酶（PMCA，钙离子外排泵）并增强其活性，以减少胞内钙离子积累，进而抑制钙离子-活化T细胞核因子2（NFAT2）信号通路，减少NFAT2入核和转录活性，从而削弱CD8+ T细胞功能；④ CRC患者中，DCA浓度及其细菌合成基因 baiF 表达水平，与CD8+ T细胞效应功能负相关；⑤ 携带DCA合成基因、能生成DCA的肠菌可抑制CD8+ T细胞效应功能，促进小鼠肿瘤生长，这种作用可通过靶向肠菌DCA代谢（胆汁酸螯合、敲除细菌DCA合成途径、噬菌体干预）来消除。 【原文信息】 Bile acids modified by the intestinal microbiota promote colorectal cancer growth by suppressing CD8+ T cell effector functions 2024-03-06 , doi: 10.1016/j.immuni.2024.02.014 Cell子刊：系统性揭示人体菌群的长期动态和与宿主的相互作用 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 斯坦福大学周欣和申小涛作为共同一作发表研究，系统性地分析了86名成人6年期间的4个身体部位的菌群动态及其与宿主（血液多组学和临床特征）的互作关联，涉及5432个生物样本和近1.2亿个分析物；② 菌群与季节和饮食等环境因素的关联、生态学属性、稳定性和个体化程度，因身体部位而异，且很大程度受宿主影响，肠道和口腔的菌群比皮肤和鼻腔的更稳定，有更多核心微生物；③ 肠道菌群在所有部位中最为个体化，且个体化程度高的菌属比普遍携带的菌属有更高的稳定性；④ 不同身体部位的菌群动态是相关联的，反映了全身性的宿主-微生物-环境互作；⑤ 分析菌群与免疫因子和代谢物等宿主分子的互作表明，营养供给和免疫反应可能是调控菌群组成的关键机制；⑥ 胰岛素抵抗者的菌群稳定性降低，宿主-微生物互作减少，肠道菌群多样性降低、产丁酸菌减少，皮肤菌群对病原体的抵抗性受损。 【原文信息】 Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and individualized dynamics during health and disease 2024-03-08 , doi: 10.1016/j.chom.2024.02.012 AGA指南：在特定胃肠疾病中使用基于粪便菌群的疗法 Gastroenterology——[29.4] ① 美国胃肠病学会（AGA）发布最新临床实践指南，该指南采用GRADE框架制定，为在成人中使用基于粪便微生物群的疗法（如传统粪菌移植和相关活体生物药）提供指导建议；② 对于免疫功能正常的复发性艰难梭菌感染成人患者，在完成标准抗生素治疗后，AGA建议选择性使用基于粪便微生物群的疗法以预防复发；③ 对于轻度或中度免疫功能受损的复发性艰难梭菌感染成人患者，AGA建议选择性使用传统粪菌移植；④ 对于免疫功能严重受损的成人，AGA建议不要使用任何基于粪便微生物群的疗法去预防复发性艰难梭菌感染；⑤ 对于对标准抗生素治疗无效的严重或暴发性艰难梭菌感染住院成人，AGA建议选择性使用常规粪菌移植；⑥ AGA建议不要将传统的粪菌移植用作治疗炎症性肠病或肠易激综合征，除非在临床试验中。 【原文信息】 AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases 2024-03-01 , doi: 10.1053/j.gastro.2024.01.008 Nature子刊：肠菌胆汁酸代谢改变，促进T细胞驱动的炎症 Nature Microbiology——[28.3] ① 本研究揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）过程中，微生物胆汁酸代谢的改变可加剧T细胞驱动的炎症；② T细胞驱动的炎症可降低菌群编码的胆盐水解酶（BSH）基因的丰度，并减少非结合态和微生物衍生的胆汁酸水平；③ 几种微生物来源的胆汁酸可减弱法尼醇X受体（FXR）的激活，即炎症期间这些代谢物的缺失可能增加FXR活性并加剧疾病进程；④ 在GVHD小鼠模型中，通过药物激活FXR导致小鼠死亡率增加，而供体T细胞中敲除FXR则降低死亡率；⑤ 经异基因造血干细胞移植后患有GVHD的患者具有类似的BSH缺失以及未结合态和微生物衍生的胆汁酸减少；⑥ FXR拮抗剂熊去氧胆酸可减少人类T细胞的增殖，并与患者GVHD相关死亡风险降低相关。 【原文信息】 Altered microbial bile acid metabolism exacerbates T cell-driven inflammation during graft-versus-host disease 2024-03-01 , doi: 10.1038/s41564-024-01617-w 以食为药：营养健康与医疗保健（综述） Journal of the American College of Cardiology——[24] ① “以食为药”（FIM）策略通过将基于食物的干预措施整合到医疗保健中，对于特定健康状况和社会需求的患者展现出积极效果，包括改善食物安全、饮食质量、血糖控制、高血压、体重管理、疾病自我管理以及身心健康感知等，并显示出成本效益；② FIM旨在解决营养不良和食物不安全问题，重点是增加健康食品的获取、供应、可负担性和消费，以健康公平为基础，关注弱势群体的护理和福祉，并解决其营养和健康方面的一些结构性障碍；③ 个体患者的FIM治疗方案在强度和支持水平上各不相同，通常为患有多种复杂合并症和日常生活活动受限的患者提供更有力的靶向治疗，例如医疗定制膳食（MTM）可减少就诊、住院、专业护理机构入院和总医疗支出；④ FIM对健康大有益处，但最初的大部分计划重点和证据都集中在心脏代谢健康上，且大都是准实验或干预前后对比，需要更大规模、更长期的随机试验为FIM策略提供更充分证据；⑤ 新的国家和地方项目及政策正快速推动FIM在医疗保健中的应用，成功整合FIM将需要多方合作伙伴评估、优化并扩大这些有希望的治疗方法，以推进健康和健康平等。 【原文信息】 "Food Is Medicine" Strategies for Nutrition Security and Cardiometabolic Health Equity: JACC State-of-the-Art Review 2024-02-19 , doi: 10.1016/j.jacc.2023.12.023 Nature子刊：人是铁，饭是钢，7天不吃会怎样？ Nature Metabolism——[20.8] ① 对12名参与者进行为期7天的禁食（绝对热量限制和自由饮水），在禁食前2天、禁食期间每天以及停止禁食后的3天收集空腹血样，并对117个样本进行高通量蛋白质组学分析；② 参与者平均减重5.7公斤，自禁食第三天起，通过对约3000种血浆蛋白监测，识别到九种不同的蛋白质反应模式；③ 禁食会引起的多器官响应在参与者间高度一致，超1000种蛋白质显著响应，特别是脑特异性细胞外基质蛋白质tenascin-R的极端变化，显示禁食不仅仅是能量适应，还包括深刻的非代谢性适应；④ 通过评估禁食期间变化的212种蛋白质对约500种结果的健康影响，识别出潜在的有益（如SWAP70与类风湿性关节炎，HYOU1与心脏病）及不利效应。 【原文信息】 Systemic proteome adaptions to 7-day complete caloric restriction in humans 2024-03-01 , doi: 10.1038/s42255-024-01008-9 Cell子刊：饮食、微生物及其代谢物相互作用调节IBD Cell Host and Microbe——[30.3] ① 缺乏膳食纤维的肠道微生物群能在IL10-/-小鼠中诱发致命性结肠炎，这一过程首先由天然杀伤细胞的扩增和某些细菌的免疫球蛋白A涂层的改变触发；② 黏液降解细菌的活性增加，导致黏液变薄的区域首先发炎，随后由Th1免疫反应推动致命性结肠炎的发展；③ 缺乏膳食纤维的全肠内营养（EEN）饮食虽然也会导致黏液减少，但通过增加抗炎细菌代谢物异丁酸，发挥了抗炎作用；④ 本研究揭示了在遗传易感宿主中，饮食、微生物组及代谢物通过不同机制共同调控炎症性肠病（IBD）的过程。 【原文信息】 Opposing diet, microbiome, and metabolite mechanisms regulate inflammatory bowel disease in a genetically susceptible host 2024-03-18 , doi: 10.1016/j.chom.2024.03.001 陈豪燕/张有为/黄永瀚/洪洁Cell子刊：癌症免疫治疗对老年人更有效？与肠道菌群有关 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 上海交通大学医学院附属仁济医院陈豪燕、洪洁团队联合徐州医科大学张有为、香港大学黄永瀚团队揭示了老年癌症患者中特定肠道菌群类型可提高免疫检查点阻断治疗（ICB）的反应性，为个性化癌症免疫治疗提供了新的途径；② 对25项小中型ICB试验进行荟萃分析，发现老年人对ICB治疗的反应性更强；③ 单细胞测序发现老年患者肿瘤微环境中耗竭和细胞毒性T细胞标记物显著上调；④ 鉴定发现一种与老年患者免疫治疗结果改善相关的衰老富集肠型，且小鼠粪菌移植实验进一步证实其增强治疗敏感性和重塑肿瘤微环境的潜力；⑤ 本研究突出了在为癌症患者制定免疫治疗策略时考虑与年龄相关的免疫变化和肠道菌群组成的重要性。 【原文信息】 A specific enterotype derived from gut microbiome of older individuals enables favorable responses to immune checkpoint blockade therapy 2024-03-18 , doi: 10.1016/j.chom.2024.03.002 伊利递交活菌冰淇淋食品安全企业标准 ① 3月13日，呼和浩特市卫生健康委员会对内蒙古伊利报送的活菌冰淇淋食品安全企业标准进行登记受理，对企业递交的食品安全企业标准文本进行公示；② 根据文件显示，冰淇淋中的乳酸菌数应超过1×103CFU/g（mL)，检验方法依据GB 4789.35；③ 此活菌冰淇淋企业标准将于4月1日起实施。 【原文信息】 关于对内蒙古伊利实业集团股份有限公司食品安全企业标准备案公示 2024-03-13 , 呼和浩特市卫生健康委员会 活菌药SK08 3期临床首例入组，受试者启动招募 ① 3月16日，知易生物的SK08活菌散完成了3期临床的首例受试者入组，该试验针对腹泻型肠易激综合征（IBS-D）；② 本次试验由中山大学附属第一医院陈旻湖教授/肖英莲教授牵头，在全国50余家研究中心开展；③ SK08活菌散是中国首个进入临床、首个进入3期的采用新一代益生菌开发的活体生物药，其成分为脆弱拟杆菌；④ 知易生物是中国活体生物药的领跑者，已完成多轮融资，投资机构包括深创投、国投创业等国内外知名机构。 【原文信息】 SK08 Ⅲ期临床首例入组，受试者启动招募 2024-03-16 , 知易生物 3期临床失败，工程菌明星公司Synlogic裁员90%，停止运行 ① 2月12日，Synlogic公司宣布，终止SYNB1934治疗苯丙酮尿症（PKU）的3期临床试验Synpheny-3；② 该决定是基于独立数据监测委员会（DMC）评估之前的内部审查结果，评估结果表明该试验不太可能达到其主要终点，并非基于对安全性或耐受性的担忧；③ 基于此，Synlogic将停止运营，并减少90%以上的员工，只保留某些员工来协助战略审查和协助终止研究；④ 受此消息影响，Synlogic股价腰斩，目前市值仅剩1600万美元；⑤ Synlogic公司董事会计划对战略选择进行评估，以提高股东价值，其中包括但不限于收购、合并、反向合并、其他业务合并、出售资产、解散或其他战略交易。 【原文信息】 3期临床失败，卢冠达创立的合成生物明星公司Synlogic裁员90%，停止运行 2024-02-12 , 生物世界 长双歧杆菌婴儿亚种M-63等3种新食品原料公开征求意见 ① 3月1日，国家食品安全风险评估中心对海岸松树皮提取物、长双歧杆菌婴儿亚种M-63、N-乙酰氨基葡萄糖3种新食品原料进行公开征求意见；② 意见反馈截止日期为2024年4月1日；③ 其中，长双歧杆菌婴儿亚种M-63已被列入中国《可用于食品的菌种名单》和欧洲QPS名单，美国将其视为“一般认为安全的物质（GRAS）”管理，可用于婴幼儿食品；④ 长双歧杆菌婴儿亚种M-63已通过安全性评估，批准列入《可用于婴幼儿食品的菌种名单》；⑤ 该菌株的生产和使用需符合食品安全法规和《食品安全国家标准 食品加工用菌种制剂》的要求，同时克罗诺杆菌属不得检出（/100g）。 【原文信息】 新食品原料或再添新成员：海岸松树皮提取物、长双歧杆菌婴儿亚种 M-63、N-乙酰氨基葡萄糖公开征求意见 2024-03-07 , 庶正康讯 功能成分上新，国家卫健委发布23种“三新食品”公告 ① 3月13日，国家卫健委食品安全标准与监测评估司发布了石斛原球茎等23种“三新食品”的公告，包括新食品原料、食品添加剂新品种和食品相关产品新品种；② 专家对上述品种的安全性评估材料进行了审查并予以通过；③ 本次批准6种新食品原料分别是石斛原球茎、(3R,3'S)-二羟基-β-胡萝卜素、克鲁维毕赤酵母、枯草芽孢杆菌DE111、L-α-甘磷酸胆碱和假肠膜明串珠菌；④ 2种营养强化剂新品种分别是2’-岩藻糖基乳糖和d-核糖。 【原文信息】 关于石斛原球茎等23种“三新食品”的公告 2024-03-13 , 食品安全标准与监测评估司 新版GB2760发布，食品安全国标目录更新至1610项 ① 3月12日，国家卫健委发布了《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》（GB 2760-2024）等47项食品安全国家标准和6项修改单，同时发布了更新后的《食品安全国家标准目录》；② GB2760-2024更新了已批准使用的食品添加剂品种和使用规定；增加了修订了部分食品添加剂品种和/或使用规定；修订了食品用香料、香精的使用原则等；③ 新发布的《乳粉及调制乳粉》（GB 19644-2024 ）根据乳品行业发展和消费者需求，进一步规范调制乳粉产品要求，纳入骆驼乳等多种特色乳畜的乳粉要求，维护促进消费者食品安全和营养健康；④ 《食品安全国家标准目录》更新至1610项，包括，5项通用标准、72项食品产品标准、10项特殊膳食食品标准、18项食品相关产品标准、36项生产经营规范标准、256项理化检验方法标准、45项微生物检验方法标准、29项毒理学检验方法与规程标准、120项农药残留检测方法标准、95项兽药残留检测方法标准和190项被替代（拟替代）和已废止（待废止）标准等。 【原文信息】 新版GB2760发布！食品安全国标目录更新至1610项！ 2024-03-14 , 庶正康讯 武田GLP-2类似物「替度格鲁肽」在中国获批上市，治疗短肠综合征 ① 2月23日，武田中国宣布，消化领域产品瑞唯抒（通用名：注射用替度格鲁肽）正式获得中国国家药品监督管理局（NMPA）批准，用于治疗短肠综合征（SBS）成人和1岁及以上儿童患者；② 替度格鲁肽是中国首个治疗SBS的人胰高血糖素样肽2（GLP-2）类似物；③ SBS患者因各种原因引起广泛小肠切除或旷置后，肠道有效吸收面积显著减少，残存的功能性肠管不能维持患者的营养或生长需求；④ 几乎所有SBS都需要肠外营养支持（PN）治疗以维持和改善营养需求；⑤ 替度格鲁肽通过增加绒毛高度及隐窝深度，加强肠道上皮屏障，减轻局部炎症并改善肠道通透性，促进肠适应，有助于降低PN用量，甚至摆脱对PN的依赖；⑥ 本次获批基于针对成人和儿童SBS患者的全球及日本3期临床研究结果。 【原文信息】 武田GLP-2类似物「替度格鲁肽」在中国获批上市 2024-02-23 , 医药观澜 罗氏「奥马珠单抗」新适应证获批，治疗多种食物过敏 ① 2月16日，罗氏宣布奥马珠单抗（Xolair）的补充生物制剂许可申请（sBLA）获FDA批准；② 可用于成人和1岁以上儿童因意外暴露于一种或多种食物而可能发生IgE介导的过敏反应，推荐剂量为75mg至600mg，每2或4周一次；③ 该药物是FDA批准的首款也是唯一一款用于减少一种或多种食物过敏反应的药物；④ 此次获批是基于3期OUtMATCH的阳性研究结果，结果显示，奥马珠单抗治疗可显著提高患者对花生和其他常见食物的过敏阈值；⑤ 奥马珠单抗是一款采用基因重组技术以中国仓鼠卵巢细胞生产的人IgE人源化单克隆抗体。 【原文信息】 首款！奥马珠单抗新适应症获批，治疗多种食物过敏 2024-02-17 , 医药魔方Info 武田口服小分子疗法Eohilia治疗EoE获美国FDA批准 ① 2月13日，武田（Takeda）公司宣布，美国FDA批准Eohilia（布地奈德口服混悬液）上市，治疗11岁以上嗜酸性粒细胞性食管炎（EoE）患者；② 这是FDA批准治疗EoE的首款口服疗法，有望解决患者的显著未竟需求；③ FDA的批准是基于两项为期12周的随机双盲、含安慰剂对照的临床试验，在这两项试验中，参与者接受每日两次Eohilia或安慰剂的治疗；④ 试验结果显示，Eohilia组患者达到组织学缓解（histologic remission）的比例在研究1中达到53.1%，显著高于安慰剂组（1%），在研究2中，Eohilia组这一数值为38%，安慰剂组为2.4%；⑤ Eohilia是布地奈德的一种新型口服粘性制剂，它能够局部粘附在粘膜上，从而在食道部位产生活性，是针对EoE特别设计的配方。 【原文信息】 速递 | 首款！武田口服小分子疗法获美国FDA批准 2024-02-13 , 药明康德 一线治疗胃癌，基石药业抗PD-L1单抗新适应证获批上市 ① 3月15日，基石药业宣布其抗PD-L1单抗舒格利单抗新适应证获得中国国家药监局批准；② 新适应证为联合合含氟尿嘧啶类和铂类药物化疗用于治疗表达PD-L1（综合阳性评分[CPS] ≥5）的不可手术切除的局部晚期或转移性胃及胃食管结合部腺癌的一线治疗；③ 舒格利单抗是基石药业开发的抗PD-L1单克隆抗体，此次批准为其在中国获得的第五项适应证；④ 此次批准基于多中心、随机、安慰剂对照的3期注册性临床研究GEMSTONE-303的结果，该研究显示舒格利单抗联合化疗明显改善了患者的无进展生存期和总生存期；⑤ 基石药业已与辉瑞达成战略合作，其中包括基石药业与辉瑞投资就舒格利单抗在中国大陆地区的开发和商业化等。 【原文信息】 一线治疗胃癌！基石药业抗PD-L1单抗新适应症获批上市​ 2024-03-15 , 医药观澜 感谢本期日报的审核者：章台柳，好雨，mildbreeze，NL，圆圈儿，九卿臣，RZN，注册营养师陈彬林，617，Richard，Alex Zhang，lxx 点击阅读过去10天的日报： 0331 | 聚焦特殊人群：老年人和孕妈妈的饮食新知 0330 | Akk菌或是免疫性肾病帮凶？Science子刊揭示机制 0329 | 33页综述纵论：超加工食品健康转型的新策略 0328 | Science子刊：锁定肠道中让病毒逃脱免疫的"避风港" 0327 | 10文聚焦菌群-肠-脑轴研究新进展 0326 | 100分综述详解：IBD细胞因子疗法最前沿 0325 | 大肠癌患病为何年轻化？遗传与生活方式的双重影响 0324 | 大型临床试验：补钙补D如何影响老年女性长期健康？ 0323 | Lancet+JAMA领衔，聚焦炎症性肠病诊断与治疗 0322 | 陈豪燕/洪洁等Cell子刊：免疫治疗对老年人更有效，肠道菌群或是隐藏功臣

*仅供医学专业人士阅读参考没想到有一天，抗生素竟然遭到了非抗生素的“背刺”。近期，马萨诸塞大学医学院Amir Mitchell团队发表了一项重要研究成果，他们在分析了186种抗生素和非抗生素药物后发现，非抗生素与抗生素之间很多时候呈正交关系，即它们通过不同的机制作用于细菌。值得注意的是，药物输送相关基因的分析显示，虽然非抗生素与抗生素对细菌的作用机制不同，但他们却都受到了细菌外排（细菌耐药的一个重要机制）的影响。这也就意味着，细菌在对非抗生素产生耐药性的同时，也会不小心引发抗生素交叉耐药。研究发表在顶级期刊《科学》上。论文首页截图抗生素耐药是全球健康的最大问题之一，据估计，到2050年，每年将会有1000万人死于耐药性感染。更让人头疼的是，从1990年以来，人类发现新的抗生素种类相当有限。而近年来，非抗生素展现出的抗菌活性让人们看到了新的希望。然而更大的问题是，我们对非抗生素的抗菌活性还存在很多未知，比如非抗生素是如何作用于细菌的，是否和抗生素一样？它是否会导致细菌耐药？等等，总之这些问题都有待解答。Amir Mitchell团队为了搞清楚非抗生素作用于细菌的机制，他们选取了1280种药物，这些药物包括市面上已经获批了的，还有一些是正在研发中的药物，其中226种为抗生素，1054种为非抗生素。通过观察每个药物对大肠杆菌的影响，研究人员最终选取了186种可以显著抑制大肠杆菌生长的药物（103种抗生素和83种非抗生素）。药物筛选接下来，研究人员想知道，非抗生素的抑菌作用是否可以归咎于与抗生素有着一致的化学相似性。通过计算Tanimoto系数（0.8以上就是高度相似了），研究人员发现，同类抗生素，即对细菌有着相同作用机制的抗生素们通常具有很高的化学相似性，但不同类型的抗生素、抗生素和非抗生素，以及非抗生素之间化学相似性较低。这一发现表明，非抗生素显示出的抗菌活性，并不能归咎于它们在化学特征上类似于抗生素，而更可能是它们通过不同的机制来抑制细菌生长。随后，研究人员利用混合基因筛选方法捕获了90种抗生素对细菌的作用机制，并生成了针对抗生素的药物相关性网络。在将非抗生素加入到抗生素的药物相关性网络中后，研究人员发现，非抗生素与抗生素之间呈正交关系，也就是说，大多数非抗生素与抗生素作用机制的确不同（如果存在一样的机制，网络模块会聚集在一起）。药物相关性网络不过意外的是，一些非抗生素之间却存在相关性。于是研究人员又构建了非抗生素的药物相关性网络，结果共发现九个独立的网络模块，共涉及如生物合成和代谢过程，脂多糖生物合成相关的过程等多种生物功能。接下来，研究人员观察了一些参与细菌膜通透性和转运的基因对药物抗菌活性的影响，结果发现删除细菌的某些基因会增加药物的敏感性（尤其是一些编码抗性-结瘤-分裂家族转运蛋白、Tol-Pal系统和外膜蛋白的基因）。敲除编码膜通透性和转运的基因，会增加抗生素和非抗生素的抗菌活性此外，研究还发现，有26种包括抗生素和非抗生素在内药物都会受到五种或更多不同转运系统的影响。根据以上结果，研究人员推测，尽管大多数非抗生素与抗生素作用机制不同，但若因为非抗生素相关膜通透性和转运途径导致的耐药，那么细菌也可能通过同样途径对抗生素产生耐药。为了证明这一猜想，研究人员打算做一个药物抗性演化实验。研究人员从非抗生素的药物相关性网络的不同模块中选取了链脲佐菌素（Streptozotocin）、三氯苯达唑（Triclabendazole）和舍曲林（sertraline）这三种非抗生素，并将其放置于5种独立进化的大肠杆菌中。结果发现，对链脲佐菌素、三氯苯达唑适应的演化细菌完全耐药，而对舍曲林适应的演化细菌竟然增加了两倍以上的抗药性。通过对演化细菌进行基因组测序，研究人员发现了三种的非抗生素导致细菌耐药的机制。对链脲佐菌素耐药的细菌进化出了让nagE基因失活（这一基因编码葡萄糖-6－磷酸运输体，负责把药物运输到细菌内）的本事，总结就是谁都别想进来。对三氯苯达唑耐药的细菌让编码翻译起始因子IF2的基因突变了（非抗生素可与IF2结合可组织细菌蛋白质生成），总结就是细菌换了个锁芯，主打一个让你有钥匙也打不开。对舍曲林耐药的细菌让调节外排泵的基因（marR、acrR和lon）发生了突变，增加了多种外排途径，总结就是谁来都得给撵出去。鉴于细胞外排也是细菌对抗生素耐药的主要机制，研究人员认为对舍曲林耐药细菌也可能无意间促进了其对抗生素的耐药（围绕舍曲林耐药菌的抗生素耐药性实验也证实了这一点）。这就好比抗生素和细菌要打架，非抗生素巴巴地冲过去给细菌送了一份装备经验大礼包，这让抗生素怎么玩，纯纯背刺。总之，该研究通过遗传筛选和网络分析，发现一些非抗生素药物可能存在与抗生素不同的抑菌机制，这为开发新型抗菌药物提供了新的方向。不过在抗生素使用过程中导致的抗生素耐药也是一个亟须关注的问题。 参考文献：[1]Guillen M N, Li C, Rosener B, et al. Antibacterial activity of nonantibiotics is orthogonal to standard antibiotics[J]. Science, 2024: eadk7368.本文作者丨张金旭

该篇日报由R·AI辅助创作生成，人工审核校对。 王良静+陈淑洁Cell：肠菌代谢物调节T细胞干性，增强癌症免疫治疗 Cell——[64.5] ① 浙江大学王良静、陈淑洁与团队发表最新研究，揭示了肠菌代谢产物通过调节T细胞干性来增强癌症免疫治疗的机制，为基于微生物的辅助治疗方法提供了新证据；② 小鼠中，肠道菌群中的约氏乳杆菌丰度与抗PD-1免疫检查点阻断治疗应答正相关；③ 补充约氏乳杆菌或色氨酸衍生代谢产物吲哚-3-丙酸（IPA），可增强CD8+ T细胞介导的抗PD-1疗效；④ IPA通过增加 Tcf7 基因超级增强子上的H3K27乙酰化修饰，调节CD8+ T细胞干性，增加肿瘤内的前体耗竭CD8+ T细胞（Tpex，响应抗PD-1治疗的重要T细胞亚群）并促进其分化为效应T细胞；⑤ 约氏乳杆菌与生孢梭菌共同生成IPA，前者生成吲哚-3-乳酸，再被后者转化为IPA；⑥ 在小鼠和患者衍生类器官模型中，IPA在包括黑色素瘤、乳腺癌和结直肠癌在内的泛癌症层面上，改善了抗PD-1治疗的反应性。 【原文信息】 Microbial metabolite enhances immunotherapy efficacy by modulating T cell stemness in pan-cancer 2024-03-14 , doi: 10.1016/j.cell.2024.02.022 Science：降解纤维素的人类肠菌 Science——[56.9] ① 肠道菌群可以消化纤维素（植物纤维的主要成分），但目前对分解纤维素的人类肠菌所知有限，这项研究对此进行了深入探索；② 鉴定出3种瘤胃球菌属的降解纤维素的人类肠菌， R. primaciens （ Rp ）、 R. hominiciens （ Rh ）、 R. ruminiciens （ Rr ），都含有功能性的、能降解结晶纤维素的多酶纤维素体系统；③ 这些菌在类人猿和其他非人灵长类动物（NHP）、古人类、狩猎采集者和农村人群中广泛存在，但在工业化人群中很少见，且有不同的宿主偏好，其中 Rh 主要与人类和类人猿相关， Rp 主要与NHP和古人类相关， Rr 比较罕见；④ 系统发育分析显示，人类的 Rp 和 Rr 可能分别源自NHP和反刍动物，或许是处于过渡适应阶段的菌株，而 Rh 可能来自反刍动物肠道，在动物被驯化的过程中转移给人类并持续演化出多个菌株；⑤ 这些菌通过从其他肠道微生物获取基因来适应宿主肠道和饮食，人类相关菌株能降解人类饮食中的主要植物纤维，而NHP相关菌株则显示出降解昆虫外骨骼中几丁质的潜力。 【原文信息】 Cryptic diversity of cellulose-degrading gut bacteria in industrialized humans 2024-03-15 , doi: 10.1126/science.adj9223 Science：非抗生素药物的独特抗菌机制，及其与抗生素耐药的关系 Science——[56.9] ① 许多非抗生素药物具有很强的抗菌活性，可对人体微生物组产生不利影响，但其毒性机理很大程度上仍然未知；② 该研究对大肠杆菌基因敲除突变体进行高通量筛选，研究了186种药物的抗菌活性，分析了200万个基因-药物相互作用，揭示药物特异性毒性的机制；③ 非抗生素药物的抗菌机制与常规抗生素有很大不同，网络分析显示，抗生素按其已知类别的作用模式聚集成模块，而大多数非抗生素不与这些模块相连，半数非抗生素聚集成独立模块，揭示了潜在的新抗菌靶点，如细菌翻译起始因子IF2；④ 细菌的外排系统对抗生素和非抗生素都有影响，敲除相关基因可增加细菌对大多数药物的敏感性；⑤ 对3种非抗生素药物的实验室演化实验表明，细菌对非抗生素演化出的耐药性（如改变药物外排）可最终导致广泛的抗生素交叉耐药性。 【原文信息】 Antibacterial activity of nonantibiotics is orthogonal to standard antibiotics 2024-03-14 , doi: 10.1126/science.adk7368 Science呼吁：微生物组检测行业需要更多监管 Science——[56.9] ① 本文对直接面向消费者（DTC）的微生物组检测服务产业现状进行了深入分析，指出目前存在的不足，并提出一系列监管建议；② DTC微生物组检测服务在全球范围内兴起，提供服务的公司通常采用类似DTC基因检测公司的商业模式，宣称能检测消费者微生物组的“失调”状态，并据此提出健康建议；③ 然而，这些DTC微生物组检测在分析有效性方面存在严重不足，导致结果的不一致性，而且基于测试结果推荐的饮食和补充剂调整建议也大多缺乏临床证据；④ 监管机构应制定规范和标准，要求这些公司证明其检测方法和宣称的一致性和有效性，并明确这类检测的监管类型（医疗器械或保健产品），以保护消费者免受可能的财务和健康风险。 【原文信息】 The DTC microbiome testing industry needs more regulation 2024-03-14 , doi: 10.1126/science.adk4271 Lancet子刊：临床试验揭示抗生素对肠道菌群的影响 Lancet Microbe——[38.2] ① 碳青霉烯类药物可以用于治疗多重耐药感染，但通常通过静脉注射而非口服，Lancet Microbe发表的这篇文章对其口服效果进行了研究；② 研究比较了口服一种新型碳青霉烯类抗生素tebipenem pivoxil hydrobromide和一种广泛使用的β-内酰胺-β-内酰胺酶抑制剂组合amoxicillin–clavulanic acid对瑞典健康成人肠道菌群的影响；③ 两组药物对肠道菌群影响类似，均显著降低了菌群的丰富度和均匀度。特别是tebipenem pivoxil hydrobromide组造成 Enterobacterales 、 Enterococcus spp、 Bifidobacterium spp和 Bacteroides spp的显著减少；④ 与基线相比，两组的β多样性没有显著变化，表明两种抗生素都不具有长期的破坏效应。 【原文信息】 Effect of tebipenem pivoxil hydrobromide on the normal gut microbiota of a healthy adult population in Sweden: a randomised controlled trial 2024-02-29 , doi: 10.1016/S2666-5247(23)00360-9 β-内酰胺类抗生素暴露后肠道菌群的扰动和恢复 Microbiome——[15.5] ① 本研究通过对健康志愿者使用β-内酰胺类抗生素3天并观察其90天内的肠道菌群扰动与恢复情况，发现内源性产β-内酰胺酶菌在保护肠道菌群功能中发挥重要作用；② 肠道中抗生素被大量降解，静脉注射β-内酰胺可显著干扰细菌和噬菌体菌群及代谢组组成，但基本不影响真菌菌群；③ 监测期结束时，大部分肠道系统组成部分恢复至初始状态，尽管细菌菌群结构发生变化，不同组成部分随时间的动态变化很少相关；④ 抗生素抗性基因的丰富度在30天内显著降低，而β-内酰胺酶编码基因的相对丰度在10天内显著增加，与此同时，肠道菌群的β-内酰胺酶活性也相应增加；⑤ 基线时肠道菌群的β-内酰胺酶活性与代谢组成分的恢复力呈正相关。 【原文信息】 Perturbation and resilience of the gut microbiome up to 3 months after β-lactams exposure in healthy volunteers suggest an important role of microbial β-lactamases 2024-03-12 , doi: 10.1186/s40168-023-01746-0 抗生素耗竭肠道菌群，减缓急性肾损伤向慢性肾病转变 Kidney International——[19.6] ① 本研究揭示了抗生素诱导的肠道菌群耗竭通过抑制NADPH氧化酶2（NOX2）和三甲胺-N-氧化物（TMAO）减缓急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变；② AKI患者血浆中TMAO水平的升高与AKI转变为CKD的风险显著增加相关；③ AKI转变为CKD的小鼠模型中，抗生素诱导的肠道菌群耗竭抑制单侧缺血再灌注损伤引起的TMAO增加，减少细胞凋亡、炎症和纤维化，而抑制NOX2可改善病情并伴随氧化应激的减少，但不影响TMAO水平；④ 在体外，TMAO诱导NOX2激活和氧化应激导致的纤维化，而抑制NOX2可减轻细胞凋亡、炎症和纤维化。 【原文信息】 Antibiotic-induced intestinal microbiota depletion can attenuate the acute kidney injury to chronic kidney disease transition via NADPH oxidase 2 and trimethylamine-N-oxide inhibition 2024-02-29 , doi: 10.1016/j.kint.2024.01.040 曾芳芳/陈裕明/郑钜圣：肠道菌群及其代谢物与非酒精性脂肪肝病的关系 BMC Medicine——[9.3] ① 暨南大学曾芳芳、中山大学陈裕明、西湖大学郑钜圣与团队，通过机器学习模型分析了广州中老年社区居民非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与肠道菌群及其代谢物的关系，揭示了肠道菌群组成变化与NAFLD发展的生物学相关性；② 使用性能最优的lightGBM算法从12种与NAFLD相关的肠道菌群特征中构建了个体微生物风险评分（MRS），发现MRS的增加与NAFLD的风险呈正相关，MRS每增加1个单位，优势比为1.86；③ 粪便菌群韦荣氏菌科丰度升高与NAFLD风险增加相关，而理研菌科、巴恩斯氏菌科和青春双歧杆菌的丰度降低与NAFLD风险减少相关；④ 较高水平的特定肠道菌群衍生的胆汁酸代谢物（牛磺胆酸）可能与较高的MRS和NAFLD风险呈正相关，高MRS与NAFLD发展之间存在因果关系。 【原文信息】 Gut microbiome features and metabolites in non-alcoholic fatty liver disease among community-dwelling middle-aged and older adults 2024-03-07 , doi: 10.1186/s12916-024-03317-y 揭示全球肠球菌多样性：发现18个新菌种 PNAS——[11.1] ① 肠球菌是陆生动物肠道中最常见的微生物之一。目前已知60多个菌种，其中 Enterococcus faecalis 粪肠球菌和 E. faecium 屎肠球菌可引起多重耐药感染；② 为了厘清肠球菌种与宿主关联的特征，PNAS发表的研究性论文从不同的动物、生态和地理位置收集了886株肠球菌菌株，发现了18个以前未知的菌种，将该属的多样性扩展了超过25%；③ 这些新发现的种类具有多样的基因，包括毒素、解毒系统和资源获取系统，揭示了肠球菌种类的适应性和多样性；④ 其中粪肠球菌和屎肠球菌属于通才型细菌，其它菌株与宿主多为专一关联性；⑤ 该研究以前所未有的分辨率探究肠球菌属的系统发育，识别出区分其四个深层支系的特征，并将与范围扩展相关的基因（如B族维生素合成和鞭毛运动）映射到系统发育中。 【原文信息】 Global diversity of enterococci and description of 18 previously unknown species 2024-02-28 , doi: 10.1073/pnas.2310852121 人类肠道微生物组中细菌重组动态过程 PLoS Biology——[9.8] ① 本研究通过揭示人类肠道微生物组中细菌重组的动态过程，表明自然选择会促进遗传变异在不同菌株背景中的传播，对肠道微生物群落的适应性产生重要影响；② 通过分析29种人类肠道细菌的核心基因组中的近期重组事件，发现在转移片段的速率和长度上存在广泛的异质性；③ 这些异质性很难通过现有的生态隔离或同源性依赖的重组率模型来解释；④ 自然选择在个体宿主内部及更广泛的人群中有助于促进遗传变异在菌株背景中的传播。 【原文信息】 Dynamics of bacterial recombination in the human gut microbiome 2024-02-08 , doi: 10.1371/journal.pbio.3002472 Siolta Therapeutics获得1200万美元C轮融资 ① 近日，Siolta Therapeutics公司宣布完成了1200万美元（约合人民8631万元）的C轮融资，SymBiosis和Khosla Ventures共同完成领投；② 融资将支持其活菌药在研管线STMC-103H的2期临床开发；③ 在研管线STMC-103H是一种配方菌类型的活菌药，旨在用于治疗多种过敏性疾病，包括特异性皮炎、哮喘和食物过敏等；④ 此外，Siolta Therapeutics公司近期还获得了美国国立卫生研究院的资助，用于推进其STMC-106治疗坏死性小肠结肠炎的临床前项目开发。 【原文信息】 Siolta Therapeutics Raises $12 Million in Series C Financing for Clinical Development 2024-03-12 , businesswire 婴幼儿辅食品牌Serenity Kids完成5200万美元融资 ① 近日，婴幼儿辅食品牌Serenity Kids宣布完成5200万美元（约合人民币3.73亿元）融资；② 本轮融资由Stride Consumer Partners独家投资；③ 融资资金将用于推动该品牌在人才、运营和技术等多个方面的进步；④ Serenity Kids成立于2018年，致力于研发低糖且含有均衡营养素的婴幼儿食品，旨在为婴幼儿提供成分优质且营养丰富的健康选择。 【原文信息】 婴幼儿辅食品牌Serenity Kids完成5200万美元融资 2024-03-13 , foodaily 克罗恩病和溃疡性结肠炎基金会资助三家IBD药物开发公司 ① 近日，美国克罗恩与结肠炎基金会宣布投资三家生物技术公司，以加速针对炎症性肠病（IBD）新型疗法的开发；② 这三家公司分别为Seres Therapeutics、Allonix Therapeutics和Exeliom Biosciences；③ Seres Therapeutics公司计划利用该笔资金推进活菌药SER-301治疗溃疡性结肠炎的2期临床试验；④ Allonix Therapeutics公司在研的口服药能够加快IBD患者结肠粘膜愈合，其计划利用该笔资金报批临床；⑤ Exeliom Biosciences公司正在开发EXL01活菌药产品，计划利用该笔资金开展EXL01的首个临床研究。 【原文信息】 Crohn’s and Colitis Foundation Invests in Three Companies Developing Investigational Therapies for IBD 2024-03-13 , managed healthcare executive 人造脂肪公司「Cultivated Biosciences」获500万美元融资 ① 近日，瑞士初创公司Cultivated Biosciences完成500万美元（约合人民币3596万元）的种子轮融资，Navus Ventures领衔了此次投资，其总融资额达到650万美元；② Cultivated Biosciences公司利用发酵技术从含油酵母中开发脂肪成分，用于改善非乳制品的口感和质感；③ Cultivated Biosciences公司的酵母发酵脂肪质地和颜色类似奶油，已在咖啡奶精、牛奶和冰淇淋等产品中得到了验证；④ Cultivated Biosciences公司计划今年向FDA和欧洲食品安全局提交监管批准文件，以实现明年在美国和欧洲推出产品。 【原文信息】 融资500万美元，瑞士初创利用酵母生产脂肪成分等，已在多款产品中验证应用 2024-03-07 , 生辉SynBio Fractyl Health更新减重减糖疗法RJVA-001临床前积极结果 ① 3月12日，Fractyl Health公司对外更新了RJVA-001在糖尿病和肥胖db/db小鼠模型中的最新研究结果；② RJVA-001在单次给药后四周内，能使小鼠血糖降低高达50%，体重减轻11%，而司美格鲁肽组血糖降低32%，体重减轻2%，RJVA-001减重降糖效果优于司美格鲁肽；③ RJVA-001是一款采用腺病毒递送的胰腺基因靶向疗法，携带GLP-1表达基因，旨在恢复胰腺功能；④ Fractyl Health公司计划在2024年完成RJVA-001的毒理研究，并于2025年上半年开启首个临床研究。 【原文信息】 UPDATE -- Fractyl Health Announces New Results From Its Rejuva® Platform Demonstrating Potent and Durable Effects of a Single Dose of a Human GLP-1 Pancreatic Gene Therapy Transgene Compared to Semaglutide in the db/db Mouse Model of Diabetes and Obesity 2024-03-13 , globenewswire 感谢本期日报的审核者：mildbreeze，好雨，圆圈儿，RZN，九卿臣，Richard，lxx 点击阅读过去10天的日报： 0314 | 今日Nature：抵御肠道感染，菌群色氨酸代谢物有新招 0313 | 朱书/潘文等Cell子刊新发现：肠菌胆汁酸代谢如何影响大肠癌抗肿瘤免疫？ 0312 | 65分综述详解ILC3：守护肠道健康的重要免疫细胞 0311 | 分析81万人数据：根除幽门螺杆菌，还能防肠癌？ 0310 | 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