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什么是抗氧化肽低浓度的自由基在各种人体生物功能中起着至关重要的作用，包括凋亡和蛋白质磷酸化过程。然而，在人体内过多的自由基往往与阿尔茨海默病、癌症和其他慢性疾病等疾病有关。因此，发现安全、高效且易得的抗氧化剂以预防自由基对细胞的有害影响或减轻其负面影响至关重要。抗氧化肽是一种具有特殊结构的蛋白质片段，它们在体内可以帮助对抗氧化应激。抗氧化肽可以帮助中和这些自由基，减少它们对细胞的损伤，从而保护身体免受疾病和衰老的影响。挑战与方法然而，材料准备、蛋白质提取、水解、纯化和鉴定抗氧化肽可能是一项耗时且很有难度的任务。由Olsen等人收集的数据表明，目前仅存在696种天然来源的抗氧化肽。这说明抗氧化肽化学空间很大，而且还有很大的空间等待我们去探索。为了解决这一问题，机器学习模型提供了一种可以替代传统方法的途径，用于快速发现具有作者所期望的功能的抗氧化肽。在这项研究中，作者首次开发了基于递归神经网络（RNNs）的生成模型，用于新型AOPs的从头设计。考虑到抗氧化剂数据集中仅有696个独特序列，是一个相对较小的数据集，用它做从头开始训练的生成模型是不切实际的。由于抗氧化肽与Specht等人编制的肽序列数据集之间关键氨基酸分布具有相似性。所以，作者使用了该肽序列数据集训练了RNN模型。图1：用于抗氧化肽设计的传统和从头生成方法流程图2：用于抗氧化肽设计的机器学习方法的流程图从头抗氧化肽设计的概述图。(a) 基础（预训练）生成模型。(b) 用于预测 AOP 的微调模型。(c) 用于预测生成序列的抗氧化活性的分类模型。根据五重分类评估开发了五个模型。(d) 从微调模型中生成了最多 8 个氨基酸的 5 万条肽序列。(e) 根据生成的肽的新颖性和独特性对其进行过滤。(f)使用抗氧化剂分类模型过滤剩余生成的肽，并基于所有五个分类模型的输出概率将结果与0.99或更大的阈值相交。(g) 两个肽毒性预测网络服务器在 122 个剩余肽序列上的交集。(h) 使用 Levenshtein 距离对剩余序列进行聚类，并选择每个聚类的质心数据点。(i)对12个肽进行DFT计算，并根据其性质选择6个肽。(j) 实施 DPPH 清除测定。(l)实施羟基清除测定。(k)实施溶血测定。随后，作者采用迁移学习来对作者的模型进行微调，特别是用于生成AOPs。从微调模型获得的所有数据都经过分类，以确定其清除活性。这种分类依赖于一个训练有关抗氧化剂数据集的模型，以及从两个不同服务器评估其毒性。经过这一严格的过滤过程，编制了最终的肽列表。这些肽进一步通过对其序列进行聚类分析，并选择质心肽进行后续研究。密度泛函理论（DFT）计算被用来评估分子属性，包括最高占据分子轨道（HOMO）、最低未占据分子轨道（LUMO）和HOMO–LUMO能隙。这些参数作为本研究中肽抗氧化剂排序的标准。根据这些计算参数，作者选择了六种肽作为进一步调查的候选物。随后，作者通过合成和测试所选择的肽，证明了通过2,2-联苯基-1-苯基肼（DPPH）、羟基和溶血试验，作者将能够识别非溶血性AOPs。所有实施的过程如图2所示。在追求强大的抗氧化肽的过程中，作者采用了多方面的策略，以发现生成的肽是否能够同时展现出抗氧化清除活性并通过利用分子动力学（MD）模拟抑制Keap1蛋白。Keap1-Nrf2蛋白相互作用（PPI）在调节Nrf2方面起着关键作用，Nrf2是一种转录因子，通过控制含有200多个抗氧化反应元件（ARE）的基因的转录来保护细胞免受氧化应激的影响。Keap1与Cullin3-RBX1复合物结合在一起，通过细胞负向结合，促进其泛素化和蛋白质体降解，从而对Nrf2起到负调控作用。氧化应激是各种病理状况的主要促发因素，突显了打破Nrf2/Keap1 PPI的重要性。结论该研究应用机器学习模型进行抗氧化肽（AOPs）的全新设计，并通过优化的生成模型生成了十二个新颖的AOP序列。通过DFT计算，基于它们的EHOMO和Eg对生成的肽进行排名，以识别最有希望用于合成的肽。其中，具有EHOMO为-4.92 eV的GP12肽被认为是一种强大的电子供体，表明其具有卓越的抗氧化性质。为了评估这些肽的抗氧化能力和抗溶血活性，作者合成了EHOMO最高的三种肽（GP9、GP10和GP12）以及另外三种随机选择的肽。结果显示，在六种合成肽中有三种（GP9、GP10和GP12）的抗氧化活性达到了抗坏血酸的水平，并且具有非溶血性质。在计算机生成的肽GP1-GP12存在的情况下，蛋白质的RMSF和FES分析显示不同的序列会引起蛋白质的显著结构变化，影响其稳定性和灵活性。基于MD模拟和抗氧化试验的结果和观察，GP12表现出最佳结果，值得进一步分析其在体外和体内抗氧化活性及对Keap1的活性。可以肯定地说，机器学习方法结合DFT计算和MD分析适用于在未来的前景中自动化肽的设计，无需提取、纯化、合成和测试大量的肽。然而，正如结果所显示的那样，该模型无法为羟基清除试验生成活性的AOPs。由于目前缺乏用可以于评估每种抗氧化剂活性特定测试方法的信息，对创建具有特定活性的抗氧化肽造成了限制。为了解决这些问题，有必要对当前数据集中的所有肽进行高通量筛选，利用特定和固定的抗氧化活性测定方法，如DPPH、羟基和ROS活性来进行筛选。这样不仅可以丰富数据集，还可以全面了解序列中氨基酸之间的相互关系。参考资料：Hesamzadeh, P., Seif, A., Mahmoudzadeh, K. et al. De novo antioxidant peptide design via machine learning and DFT studies. Sci Rep 14, 6473 (2024). https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1038/s41598-024-57247-z版权信息本文系AIDD Pro接受的外部投稿，文中所述观点仅代表作者本人观点，不代表AIDD Pro平台，如您发现发布内容有任何版权侵扰或者其他信息错误解读，请及时联系AIDD Pro (请添加微信号sixiali_fox59)进行删改处理。本文为原创内容，未经授权禁止转载，授权后转载亦需注明出处。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

背景：根据尾巴的形态，噬菌体通常分为足病毒科(Podoviridae)、虹膜病毒科(Siphoviridae)和肌病毒科(Myoviridae)三个科，Myophage的收缩尾巴是最复杂的，它在附着到宿主细胞上时经历了一个实质性的构象转换，形成通道，使噬菌体基因组能够注射到宿主细胞质中。最近，在中国巢湖分离出一种名为Pam3的肌病毒科噬藻体，它能特异性感染宿主蓝藻假藻(Pseudanabaena mucicola)。与T4噬菌体相比，Pam3拥有一个更简单的基板，这些组成较简单的噬菌体基板与已知结构的CISs相似，这表明它们在进化和工作模式上具有相似性。在这里，作者报道了其完整结构，并揭示了各组件的组装模式，这些精细的结构提供了对最小噬菌体的组装模式和感染模型的见解。结果：1.Pam3的整体结构为解析Pam3的基本保守模块及组装机制，作者首先纯化了Pam3颗粒，通过低温电镜得到其完整结构（图1）。图1 Pam3病毒粒子的整体结构Pam3的结构基因聚集在基因组的2272~19635 bp内，包含4个操纵子，编码头、颈、尾和底板组装的蛋白质。    Cryo-EM map显示Pam3有一个直径~680 Å的二十面体，由gp7，gp6，gp3等组成，gp9、gp11和gp12构成颈，壳内有54.5 kb基因组，然后是~840 Å收缩尾，基板非常简化，由wedge、其包围的hub-spike复合体和12个尾部纤维组成。2.Caspid与portal对称不匹配装配Portal vertex作为DNA转运马达组装的平台，作者首先解析了Caspid与Portal的结构与组装机制，发现他们以一种对称不匹配的机制相互作用：12重对称的portal十二聚体与5个具有5重对称的六邻体接触（图2）。另外，caspid和portal内有一些特殊结构稳定构型（图3,4），保持噬菌体的稳定性。          图2 Pam3的Caspid和Portal不对称组装图3 caspid的结构和组装  图4 portal vertex的结构和组装gp7是主要的caspid蛋白，外周节段变化使其聚成两种形式的衣壳——六方体和五方体，进一步组装成二十面体衣壳；gp6形成三聚体与相邻caspid的N端臂相互作用，增强衣壳结构的稳定性。portal的gp3十二聚体有一个中心通道，内有DNA链；每个gp3亚基由桶、冠、翼、茎和夹状物组成，最后由10个gp7亚基包围；在portal和caspid之间形成了一个套索结构使DNA固定在portal上。3.Adaptor、connector和terminator依次互锁成颈颈部与portal相连，在中心形成DNA注射通道，作者通过解析颈部结构的组成，揭示了Pam3颈部的连接机制（图5）。    图5 Pam3颈部的装配与连接portal与颈相连，颈包括adaptor/gp9十二聚体、connector/gp11六聚体和terminator/gp12六聚体，中心形成DNA通道，DNA末端被tape measure/gp16(TMP)所堵塞。颈通过portal和gp9的C端直接相互作用连接；gp9停靠在gp11上，被其α1螺旋包围；gp11的β发夹夹住gp12的N端环，这些颈组件之间的互补性使得颈高效连接和组装。4.尾部是一个三层的DNA注射机，由一个收缩鞘和围绕TMP的刚性管组成与T4相比，Pam3具有更短的收缩尾末端，作者解析Pam3尾部的冷冻电镜图谱，尾部的结构组成是由sheath、tube和TMP组成的三层结构。尾部的长度是由TMP决定的，作者发现Pam3的TMP采用了六倍螺旋束结构，为尾部组装提供支架；另外，gp12也对阻止尾部tube和sheath的生长起到重要作用（图6）。图6 Pam3尾部的结构Cryo-EM图谱显示，Pam3尾部包括sheath gp13六聚体、tube gp14六聚体、sheath initiator gp21六聚体和tube initiator gp17六聚体，并通过gp12与颈部相连。gp14围绕TMP组成一个六入口螺旋，gp14内部的β片与gp12的中心β片相似，两者形成直径~40 Å的通道；gp13通过交错的四链β片稳定前后六聚体。    gp12与tube的环作用，破坏tube的间六聚体界面并终止其生长，同时改变sheath的六聚体间结构，最终终止尾部sheath的生长；tube initiator gp17和sheath initiator gp21在基板上启动生长。5.Pam3有由六个基本组件组成的最小基板     Pam3拥有非常小的基板且正常行使功能，这是非常值得深入研究的。作者得到基板的完整结构，很大程度上帮助了对简单噬菌体组装模式和尾鞘收缩机制的理解。Pam3基板包含六种成分：三聚体gp20 spike、三聚体gp19 hub、baseplate wedge (异三聚体gp22-gp23)、6个单体gp18 plug和12个三聚体gp24 纤维。作者解析了Pam3穿透宿主细胞包膜的独特机制以及稳定各结构组分的独特方式。    图7 Pam3基板的结构gp20与gp19对接，形成hub-spike复合体。hub的三个亚基形成枢纽，与tube initiator相互作用。值得注意的是，spike的C端螺旋形成远端O型螺旋束，这是先前噬菌体研究中未发现过的。异质三联体形成一个核心的六螺旋束和一个三分叉单元，与T4 wedge不同，Pam3更简单，且缺乏额外插入域。wedge通过gp21和gp18锚定在hub-spike复合体上，每个plug单体嵌入tube initiator，将wedge的螺旋束固定在hub上。6.12个尾部纤维通过二硫键在上下交替中锚定在wedge上在wedge周围，12根尾纤维交替排列，α-螺旋结构域将纤维连接到wedge上，而其他两个结构域指向外，这可能有助于识别宿主受体。作者对二硫键进行测试，发现二硫键对于尾部纤维的连接是必不可少的。    图8 尾部纤维通过二硫键连接到wedge上wedge的每个异质三联体包含两个富含Cys的区域，它们通过二硫键桥接向上和向下的纤维。通常，wedge上的两个富含半胱氨酸的区域提供两个三角形平台，以交替的向上和向下配置促进两个尾部纤维与wedge的对接。在DTT处理下，Pam3的几乎所有尾部纤维都从wedge中分离出来。此外，用DTT处理4小时，大部分Pam3粒子的尾部呈现后收缩状态。因此，作者认为这些二硫键对于稳定尾部纤维和wedge互作是必不可少的。结论：作者通过对Pam3的完整结构解析，揭示了一个最小的肌病毒科噬菌体的头、颈、尾、基板和尾部纤维的组装和连接，也为噬菌体感染期间鞘收缩的机制提供了见解。与其他噬菌体作对比，发现了其独特的特性与机制，具体的组装步骤如图9。图9 Pam3组装的假设模型总之，Pam3包含了构建有效和功能性的噬菌体所必需的必要的和保守的成分作者解决了淡水噬藻体的完整结构，为了解最小噬藻体的组装模式提供了基础。这些结构揭示了功能性肌噬体组装和作用所需的基本和高度保守的模块，这可能是合成生物学中应用的简化和用户友好的模型。              原文链接：https://doi-org.libproxy1.nus.edu.sg/10.1073/pnas.2213727120识别微信二维码，添加生物制品圈小编，符合条件者即可加入生物制品微信群！请注明：姓名+研究方向！版权声明本公众号所有转载文章系出于传递更多信息之目的，且明确注明来源和作者，不希望被转载的媒体或个人可与我们联系(cbplib@163.com)，我们将立即进行删除处理。所有文章仅代表作者观点，不代表本站立场。