POLE

引言子宫内膜癌仍然是一个公共卫生问题，发病率不断上升，特别是在年轻妇女中。在早发性子宫内膜样癌(EEEC)的治疗中，保留生育能力是一个至关重要的考虑因素，特别是在40岁以下同时保持生殖欲望和能力的患者中。2024年4月2日，华中科技大学孙朝阳、高庆蕾、李科珍、陈刚、马丁及复旦大学陈晓军等合作在Nature Genetics  在线发表题为“Proteogenomic insights into early-onset  endometrioid endometrial carcinoma: predictors for fertility-sparing therapy response”的研究论文，该研究对215例子宫内膜癌患者进行了大规模多组学研究，用以阐明EEEC的分子特征。该研究揭示了暴露体相关突变特征与EEECs之间的意外关联，其特征是特定的CTNNB1和SIGLEC10热点突变和下游途径的破坏。有趣的是，EEECs中的SIGLEC10Q144K突变导致SIGLEC10蛋白表达异常，并通过与雌激素受体α相互作用促进黄体酮抵抗。还确定了EEEC保留生育能力治疗中黄体酮反应的潜在蛋白质生物标志物。总的来说，该研究建立了EEECs的蛋白质基因组资源，揭示了暴露体和基因组易感性之间的相互作用，有助于EEECs的初级预防和早期检测策略的发展。子宫内膜癌是全球第六大最常见的女性癌症，在2020年报告了417,367例新病例和97370例死亡。虽然通常诊断为50岁以上的妇女，但显著的2-14%发生在育龄期。有趣的是，在40岁以下的女性中，低级别子宫内膜癌的诊断增加了一倍。子宫内膜癌的标准治疗是全子宫切除术，双侧输卵管-卵巢切除术和淋巴结清扫或取样，遗憾的是，这导致不孕。然而，通过内分泌治疗，特别是大剂量黄体酮治疗来保持生育能力，已经引起了全球对40岁以下有强烈怀孕愿望和能力的患者的关注。先前的研究强调了雌激素受体(ER)和孕激素受体(PR)表达以及下游途径在决定黄体酮治疗反应中的重要性。跨基因组、转录组和蛋白质组的多组学分析揭示了子宫内膜癌的新分子亚型和治疗靶点。癌症基因组图谱(TCGA)确定了四种具有预后意义的分子亚型，包括POLE超突变、微卫星不稳定超突变(MSI)、低拷贝数(CNL)和高拷贝数(CNH)。尽管取得了进展，但之前的研究主要集中在老年白人患者，包括浆液性子宫内膜癌。值得注意的是，浆液性子宫内膜癌大多被归类为CNH亚型，其复发率高，预后不良。因此，保留生育能力的治疗通常不推荐用于这种亚型。EEECs的种系突变与特定的基因组亚型相关（Credit: Nature Genetics）该研究对EEECs进行了大规模的蛋白质基因组分析。该研究为EEECs的临床病理和蛋白质基因组学特征提供了新的见解。重要的是，EEECs与LEECs表现出多种差异，表明不同的潜在病因。有趣的是，通过使用“3D-Sig-Explorer”将突变过程与特定的驱动突变联系起来，揭示了EEEC中暴露体-分子-表型的联系，反映了EEEC发生和进展中特定突变过程的可能贡献。有吸引力的推测是，在全球范围内观察到的EEEC发病率的增加可能与环境暴露的变化有关。此外，还研究了黄体酮耐药的分子基础，确定了潜在的生物标志物，用于预测选择保留生育能力治疗的患者对黄体酮的反应，有待进一步验证。原文链接https://www-nature-com.libproxy1.nus.edu.sg/articles/s41588-024-01703-z责编|探索君排版|探索君文章来源|“iNature”End往期精选围观一文读透细胞死亡(Cell Death) | 24年Cell重磅综述（长文收藏版）热文Nature | 破除传统：为何我们需要重新思考肿瘤的命名方式热文Nature | 2024年值得关注的七项技术热文Nature | 自身免疫性疾病能被治愈吗？科学家们终于看到了希望热文CRISPR技术进化史 | 24年Cell综述

——诺华“合成致死”新靶点创新产品进展——2024年1月26日，CDE官网公示，诺华在研创新产品HRO761获得临床试验默示许可，拟开发治疗晚期不可切除或转移性MSI-H/dMMR型实体瘤。截图来源：CDE官网HRO761为WRN抑制剂。Werner综合征RecQ解旋酶（WRN）是近年来发现的“合成致死”新靶点，对MSI-H肿瘤具有“合成致死”作用，是该赛道的潜力创新产品。但纵观诺华近年来在创新药品领域，进展多遭受坎坷。布局风险性极大的“合成致死”赛道，又是新靶点，着实风险和机遇并存。我们来回顾下该赛道目前的研究进展情况。——合成致死里程碑产品PARPi适应证撤销——PARP抑制剂（PARPi）是首款根据合成致死原理研发的抗癌药，自2014年奥拉帕利问世以来，全球已上市六款PARP抑制剂，分别是奥拉帕利、鲁卡帕尼、尼拉帕利、他拉唑帕利、氟唑帕利和帕米帕利。深刻改变了卵巢癌治疗格局，同时，也先后获得乳腺癌、胰腺癌和前列腺癌的适应症。逐步引起国际制药巨头纷纷押注合成致死赛道。但随着FDA近期对PARPi适应症的撤销，又为合成致死赛道蒙上了阴影。PARP抑制剂（PARPi）的问世，深刻改变了既往治疗手段有限的卵巢癌的治疗格局，但是，随着相应临床试验随访时间的延长，临床数据显示卵巢癌患者使用鲁卡帕尼、奥拉帕利和尼拉帕利的死亡风险有所增加，所以在2022年FDA接连撤回奥拉帕利和鲁卡帕尼末线治疗卵巢癌的适应症以及尼拉帕利末线治疗卵巢癌、输卵管癌或原发性腹膜癌的适应症。让外界对于以PARPi为代表的合成致死赛道前景充满担忧。既往时刻，诸多国际制药巨头已经纷纷押注合成致死赛道，未来是否真的如预期中的一路坦途呢？——合成致死赛道频繁BD——2022年3月22日，Volastra Therapeutics宣布，与百时美施贵宝达成研发合作，利用Volastra基于探索染色体不稳定性（chromosomal instability, CIN）的药物发现平台，发现与染色体不稳定性相关的合成致死药物靶点。合成致死是一种已经得到验证的靶点发现策略， 它通过探索肿瘤细胞的弱点，在杀死肿瘤细胞的同时避免伤害健康细胞。根据合作协议，Volastra将负责针对未公开的靶点进行一系列研发活动，直至选定开发候选疗法。百时美施贵宝将负责后续开发、监管和商业化活动。Volastra将获得3000万美元的前期付款，并有资格获得高达11亿美元的里程碑付款。2022年6月1日，RepareTherapeutics宣布，与罗氏制药集团就拆monsertib（RP-3500）的开发和商业化达成全球许可和合作协议。Repare将收到1.25亿美元的预付款，并有资格获得高达12亿美元的潜在开发、监管、商业和销售里程碑，以及全球净产品销售的特许权使用费。Camonsertib是一种选择性ATR（共济失调毛细血管扩张突变基因Rad3相关激酶）口服小分子抑制剂，用于治疗具有特定合成致死基因组改变的肿瘤，包括 ATM（共济失调-毛细血管扩张突变）基因。让大众的视线再次聚焦到合成致死赛道上。在具体回顾基本概念前，我们先讲解下ATR抑制剂的作用机制。——ATR抑制剂作用机制——内源性（DNA双链断裂）和外源性（紫外线辐射和化学毒性等）的因素，引起细胞DNA的损伤，为了维持基因组的完整性，细胞进化出DNA损伤应答机制DDR（DNAdamageresponse）可以检测DNA损伤并修复，与细胞周期的检查点相互作用以控制细胞增殖。DDR的核心激酶是3种结构独特的丝氨酸/苏氨酸激酶成分的中枢调控因子：共济失调性毛细血管扩张突变蛋白（ATM）、Rad3相关蛋白ATR、DNA依赖性蛋白激酶(DNA-PK)。ATM和DNA-PK主要在双链断裂修复中被激活；而ATR主要在单链断裂修复中被激活。DNA损伤累积并阻碍DNA复制的过程就会发生RS，在RS下，DNA链的损伤可导致复制减慢或停止，如果损坏未修复可能会崩溃，导致细胞死亡，ATR在协调RS中起着至关重要的作用。复制蛋白A（RPA）在损伤位点与单链DNA结合，所得复合物结合可引发ATR募集到DNA损伤位点。当ATR被复制蛋白A（RPA）激活后，会磷酸化CHK1，后者又磷酸化CDC25A，最终通过抑制周期蛋白依赖性激酶（CDK）的活性介导G2～M期和S期检测点的活化，来减少RS并触发适当的DNA修复途径。而ATR抑制剂可以干扰DNA修复，这样癌细胞的DNA就有可能产生一堆错误而且得不到修复，然后凋亡。正常细胞有很多蛋白质负责DNA修复（比如MMR相关的就有4个，MSH2、MSH6、MLH1、PMS2；此外，BRCA以及POLE等蛋白），单独阻断ATR，并不会对DNA修复有影响。综上可知，ATR抑制剂也属于合成致死理论的明日之星。——合成致死理论——合成致死（Synthetic lethality）理论由来已久，通俗来讲，指两个非致死基因同时失活将导致细胞死亡的现象。概念最早可以追溯到1992年，美国科学家卡尔文在果蝇的研究中发现，具有pd和 Pdr双基因突变的果蝇不能存活，而这其中任何一个基因单独突变都不会导致果蝇死亡。1946年，西奥多·多布赞斯基正式提出“合成致死“概念，用来描述这种不同基因之间的互补性致死作用。科学家们很容易将果蝇中发现的这种现像与肿瘤治疗理论相结合，如果发现肿瘤细胞中存在特定基因A失活，那么用药物抑制它的合成致死搭档基因B，使两者都失活，而健康的体细胞因为有正常的基因A，能够保证正常的生理功能的表达，不会受到药物的伤害，从而只特异性的杀死该类肿瘤细胞。基于合成致死原理的肿瘤治疗原理很简单，但难点相信大家也能想得到。没有技术的突破，你很难找到合适的成对存在的合成致死基因。犹如好的逗哏必须得有好的捧哏才能合演一场成功的相声。突破在于PARP与BRCA这对黄金搭档的世纪相遇，促进了PARP抑制剂的成功商业化上市，并在卵巢癌领域获得巨大成功，由此开启了基于“合成致死”理论进行药物开发的热潮。最成功的产品当然是PARP抑制剂。——PARP抑制剂——PARP（聚腺苷二磷酸核糖聚合酶）在DNA单链碱基切除、修复过程中发挥着关键作用。BRCA是重要的抑癌基因与肿瘤易感基因，包括BRCA1及BRCA2。BRCA基因突变会导致基因组不稳定性显著增加，从而显著提高女性罹患乳腺癌、卵巢癌以及其他癌症（胰腺癌、子宫内膜癌、腹膜癌及宫颈癌等）的风险。在人体内，BRCA可与PARP共同作用于同源重组（HR）修复通路，这种双保险组合，可以有效保证体内DNA复制的正确性。但部分癌细胞，BRCA基因会突变，此时，人类如若开发出能够抑制PARP的药物，通过抑制肿瘤细胞DNA损伤修复、促进肿瘤细胞发生凋亡，从而可增强放疗以及烷化剂和铂类药物化疗的疗效。特别是对于携带BRCA突变的肿瘤细胞，理论上对PARP抑制剂的敏感度会更高。 BRCA和PARP的合成致死示意图 目前，已经有四种PARP抑制剂在中国获批上市，分别是奥拉帕利、尼拉帕利、氟唑帕利以及帕米帕利，将这几款PARPi在卵巢癌领域获得FDA和NMPA批准的适应症总结如下：来源：NMPA、FDA、各公司官网（未更新最新追踪结果）——开发PARP抑制剂新策略——随着临床上PARPi不断涌现，耐药现象同样限制了PARPi的进一步运用。PARPi的耐药性的主要原因是BRCA1/2突变癌细胞HR修复活性的恢复。详细地说，BRCA1/2中的继发突变与原始突变导致的链终止子/移码的废除有关，导致全长 BRCA1/2 开放阅读框的恢复。因此，活性BRCA1/BRCA2蛋白表达被恢复，从而重新启动功能齐全的HR途径。除了BRCA1/2中其他突变介导的耐药性外，还提出了BRCA1启动子甲基化的减少/丧失，从而恢复了BRCA1的表达而导致对PARPi的耐药性。为了克服耐药性，一方面进一步对PARP抑制剂进行修饰开发以发现下一代PARP抑制剂，另一方面采取联合用药，如2023年3月，强生旗下杨森（Janssen）公司则宣布向FDA递交了将PARP抑制剂尼拉帕利和醋酸阿比特龙（abiraterone acetate）以双效片剂（DAT）形式的新药申请（NDA），联合强的松（prednisone）共同用于治疗BRCA阳性的转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）患者，或者双靶点抑制剂，如进入临床II期的Stenoparib，同时抑制PARP1/2和TNKS1/2，还有很多临床前在研的靶向PARP和其它靶点如HDAC、TOPO、BRD4、PI3K、HSP90、AChE和PD-L1等的抑制剂。与此同时也在开展其它靶向PARP新策略，如PARP的PROTAC和PARP抑制剂的前药。除了在PARPi升级改造下苦功夫以外，也期望能够在其他的靶点上，如WEE1和TP53，重塑PARPi的辉煌。——WEE1与TP53——PRMT5/MAT2A抑制剂、WEE1抑制剂，都是潜在的合成致死赛道的黑马，本文主要介绍尚在临床早期的WEE1抑制剂的相关知识。与 WEE1 形成合成致死基因搭档的，则是大名鼎鼎的抑癌基因 TP53。 TP53 与 WEE1合成致死效应 TP53 是人类非常重要的抑癌基因，在正常细胞中低表达，在恶性肿瘤中高表达。TP53 基因翻译的 P53 蛋白是细胞生长、增殖和损伤修复的重要调节因子。细胞的 DNA 受损时，P53 蛋白阻止细胞增殖而停止于 G1/S 期，把损伤修复好后才能进入 G2 期，如不能修复则促进细胞凋亡。在所有恶性肿瘤中，50% 以上会出现该基因的突变，从而导致大多数恶性肿瘤细胞于 G1/S 期检查点存在修复缺陷，复制出错的细胞就会轻松通过 G1 关卡，进入到 G2 期。 WEE1在 G2/M 检查点中作用的示意图  目前，直接针对抑癌基因 TP53 的药物研发，比直接针对原癌基因，如 EGFR、ALK 的靶向药物研发要艰难的多。现在针对抑癌基因的药物研发，更多的是在信号通路的上下游想办法，找相应的药物靶点，进行抑制。而 WEE1 就是合理的与 TP53 相搭配的合成致死靶点。WEE1 是 DNA 损伤修复（DDR）通路相关的一个重要激酶。WEE1 激酶能磷酸化细胞分裂周期基因 (cell division cycle，CDC2)，下调其活性，进而可以调控细胞 G 2 到 M 期的转变并调节细胞有丝分裂。它在染色体浓缩延迟和组蛋白合成中也起到关键作用，与 TP53基因突变存在一定的合成致死效应。 ——WEE1抑制剂在研项目汇总—— PARPi和WEE1抑制剂与化疗的增敏探索目前，临床有多款 WEE1 抑制剂在研，且各种 WEE1 抑制剂与 DNA 损伤 (化疗或放射治疗) 相结合的联合治疗方式已取得了很多进展，如进展最快的 Adavosertib（AZD1775），已在全球布局50余项临床试验，多为联合用药方案。基于此，WEE1 逐渐成为肿瘤治疗中的一个重要靶点。来源：医药魔方巧合的是，与 PARPi 在卵巢癌领域所获得的巨大成就相比，作为临床进展最快的 WEE1抑制剂—Adavosertib，在妇瘤领域中的浆液性子宫癌（USC）中也有着不俗的表现。                           USC非化疗药物数据对比  普通化疗对USC疗效较差，近年来，Her-2靶向治疗，抗血管生成药，酪氨酸激酶抑制剂与免疫检查点抑制剂的结合，以及我们今天所介绍的WEE1细胞周期调节剂，在USC领域取得了不错的ORR和PFS数据 。然而 Adavosertib 单药或联合用药均出现频率较高的不良事件，主要为腹泻、呕吐等胃肠道相关及贫血等血液方面不良事件, 对于Adavosertib 进一步的拓展蒙上了阴影。                           国内一众企业，在“合成致死“肿瘤治疗领域，多聚焦于已经商业化运作成功的PARPi的研发，鲜有突破创新者。不过值得一提的是，专注于”合成致死“作用机制药物研发的英派药业，是国内该领域鲜有的突破创新者，利用自主研发的 DNA损伤修复通路平台，开始探索PARP、WEE1等合成致死靶点的药物研发。在研产品包括PARP抑制剂（IMP4297）、WEE1抑制剂（IMP7068）、Hedgehog通路抑制剂（IMP5471）等。此次施贵宝重金布局合成致死领域，会更加吸引大众视野。——PRMT5与MTAP的初识探索——有企业全力押注PARPi的研发，自然也有企业想弯道超车，基于PARPi的成功，能否寻找到堪比PARP/BRCA的下一对“合成致死“黄金搭档呢？答案是有的， PRMT5/MTAP正是这种潜在的组合。PRMT5在基因表达、剪接和DDR中的作用模型PRMT（蛋白质精氨酸甲基转移酶）能够使多种蛋白甲基化，并在基因表达、剪接和DNA损伤修复等生物学过程中发挥重要作用。目前，已发现了11种PRMT家族的成员，主要的研究热点集中在PEMT5上。 MTAP（methylthioadenosine phosphorylase，甲硫腺苷磷酸化酶）常与体内常见的抑癌基因CDKN2A发生共缺失现象，这种共缺失现象在肿瘤中的比例可达9%~15%。 PRMT5和MTAP是合成致死组合2016年的两篇背靠背《Science》文章首次报道了抑制PRMT5在MTAP缺失肿瘤中的合成致死效应。另外，有研究证明，MTAP缺失的癌细胞对蛋氨酸腺苷转移酶2A（MAT2A）也敏感。因此，PRMT5抑制剂和MAT2A抑制剂有望成为治疗MTAP缺失肿瘤的新一代靶向药物。  在研PRMT5/MAT2A抑制剂项目汇总目前，有多款PRMT5/MAT2A抑制剂正在临床试验中，其中不乏GSK、辉瑞等大药企的身影，也有Agios这类新兴生物制药公司。让我们期待在肿瘤靶向药物治疗领域，“合成致死“理论能够再下一城。声明：发表/转载本文仅仅是出于传播信息的需要，并不意味着代表本公众号观点或证实其内容的真实性。据此内容作出的任何判断，后果自负。若有侵权，告知必删！长按关注本公众号   粉丝群/投稿/授权/广告等请联系公众号助手 觉得本文好看，请点这里↓

北京 2023年10月23日 /美通社/ -- 近日，美国病理学家协会(College of American Pathologists, CAP)公布了2022年下半年Next-Generation Sequencing - Solid Tumor Survey（NGSST-B 2022）能力验证（Proficiency Testing, PT）结果。泛生子旗下北京泛生子医学检验实验室、广州泛生子医学检验实验室均以满分通过此次室间质评，获得"Good"的好成绩。至此，泛生子已连续7年通过37项由CAP组织的能力测评项目，充分展现泛生子稳定可靠的检测能力和技术实力，以国际水准的质量和行业领先的效率为更多的临床医生、患者提供服务。 NGSST-B项目是2022年下半年CAP组织用于评估全球基因检测实验室使用二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）方法，检测实体瘤组织基因变异能力的项目。本次项目共检测三个样本，样本编号分别为NGSST-04、NGSST-05、NGSST-06，变异基因包括：BRAF、BRCA1、CDKN2A、EGFR、ERBB2、ESR1、GNA11、IDH1、IDH2、KIT、KRAS、MET、NRAS、PIK3CA、POLE、TP53，涉及SNV、Indel等突变类型。泛生子采用自主研发的Onco PanScanTM进行检测，整个过程涵盖实验操作、生物信息分析、结果解读等全流程，检测结果与CAP所公布的标准结果完全一致。 CAP NGSST-B 2022项目成绩单： 北京泛生子医学检验实验室 广州泛生子医学检验实验室 自成立以来，泛生子一次性满分通过CAP（美国病理学家协会）、CLIA（美国临床实验室委员会）、A2LA（美国实验室认可协会）三认证，积极参与并满分通过CAP、NCCL等国内外权威机构开展的室间质评，证实了泛生子实验室检测各项目的准确性和可靠性。 泛生子秉持科学合规、持续创新、追求卓越品质，以客户为中心，致力于为客户提供优质产品和服务的质量价值观，不断精进质量管理。未来，泛生子将继续秉承质量先行的管理理念，持续完善质量管理体系，为每份样本负责，助力实现癌症治疗的技术突破。