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环球视野,深度视角
各位亲爱的股东们,大家早上好中午好晚上好。
单细胞测序,我们一直特指的是scRNA-Seq,很少有提到关于scDNA-Seq,对吧?
除了Mission Bio曾经浮出过水面一段时间,然后就...没有然后了。
其实,并不难理解。
相对RNA而言,对单细胞的基因组进行测序还是太超前了点。
基因组多少数据,转录组多少数据,天渊之别。
不过,有些方向倒是可以讨论。
比如,MissionBio的靶向单细胞DNA测序。
然而,今天我们并不想过多去聊Mission Bio,今天聊的是主要是BioSkryb。
#01
我们不一样
经常做单细胞测序的朋友们都知道,这个活有个很重要的“工序”就是给每个细胞打上标记,避免不同细胞的混淆。
那么,有没有一种可能,我不需要给每个细胞打标记,也能做单细胞测序呢。
(没错,用的就是赛多利斯的CellCelector)
哎,聪明的你肯定想到了,我先把单细胞分出来不就得了。
天才!
BioSkryb也是这么想的。
先用FACS把单细胞分出来,接下来做全基因组(WGA)或者全转录组扩增(WTA),然后建库不就得了?
事实上他们也确实是这么做的。
但是这里带来两个问题:
第一,这种方法的通量显然不高。
第二,要做WGA/WTA难度也不小。
BioSkryb表示我们不一样,解决不了就不解决了。
通量问题以后再考虑,他们着重解决了放大的问题。
BioSkryb既然能在江湖上立下名号,必然有过人之处,他们发明的技术被称之为PTA(Primary Template-Directed Amplification)。
#02
吊打MDA
看了上图,经常做WGA的高手想必已经能看出BioSkryb要表达的意思了。
呃,我没...
后来才理解了,BioSkryb想要表达的是PTA技术在基因组上的覆盖是非常均匀的。
在看这张图,会发现MDA在某些区域会过度扩增,有些地方又覆盖较低。
十分不均匀,厚此薄彼必然不是好老板。
吊打MDA了属于是。
那么,PTA是怎么做到的呢?
其实说简单也并不复杂,简单的说只需要3步。
1变性:首先,DNA样本需要经过变性处理,使双链DNA分开成单链。
2、退火:然后,随机引物(6-9个碱基长度)与单链DNA退火,即引物与DNA模板结合。
3、延伸:使用Phi29 DNA聚合酶和专有的核苷酸池进行延伸反应,生成大约250到1500bp以上长度的扩增子(amplicons)。
由于用的Phi29 DNA聚合酶会持续延伸,直到遇到终止子,并且会把已经延伸出的新链切除。
这就会持续不断的在基因组上扩增出长度不一的序列,并且由于新生成的链被切除后依然会被延伸生成双链。
新链生成后,依然会被Phi29捕获生成双链,但是由于新的双链太短,无法与随机引物结合,因此阻止了扩增子过度扩增的问题。
好家伙,天才~
#03
并非无敌
很显然,PTA技术在WGA上的应用是非常不错的。
但是,如果用在scDNA-Seq上就会瓶颈。
首当其冲的就是通量问题,这表现在两个方面。
第一,单细胞的数量问题。分选出来的细胞数量是有限的,很难做到高通量。
第二,是测序数据量问题。PTA过后的数据是整个基因组,如果要做单碱基突变等后续分析,测序数据量将难以估量。
不过,这么好的技术显然有很多应用方向。
随便举几个例子:
PGT:胚胎植入前筛查。
低起始量建库:比如古法医学啥的,最低起始量可以干到4pg。
CNV/SV:对于这种基因组上均匀扩增的技术,用来做SV结构变异检测显然再好不过,CNV拷贝数变异检测也行。
你还别说,看好CNV检测这块市场的,可不止有BioSkryb。
Mission Bio 2024年9月26日宣布了自己在单细胞拷贝数检测上的最新产品。
只不过,Mission Bio的方案更简单,原先的流程基本没变,就是把靶区域换了换。
在基因组上每相隔5.8Mb左右放一对引物,这样整个人类基因组3Gb大约只需要500多对引物就能拿来算CNV了,算是基因组全覆盖了。
算,我相信也不是不能算,就是与PTA想必优缺点也很明显。
优点是Mission Bio的技术本来就可以高通量的来做scDNA-Seq,并且500多个区域需要的数据量也不高。
缺点是只能做CNV和覆盖区域的SNV检测,不能覆盖整个基因组,并且5.8Mb这个距离并不算近,难免损失精度。
可能正是因为此,BioSkryb也得到了与HCA(Human Cell Atlas)牵手的机会。
#04
最后
那么高通来给你单细胞DNA测序要崛起了吗?
目前BioSkryb和Mission Bio的方案都存在比较大的缺点,只能算是过渡阶段的产品。
当然,这并不妨碍大家用这两家的技术发文章。
甚至,拿他们做个二次开发也不是不行。
其实,高通量单细胞DNA测序还有两个巨大的门槛需要跨越。
第一,极低的测序成本。
如果要充分发挥高通量单细胞DNA测序的威能,至少得做到单细胞WES测序吧,那么目前9.9RMB/G的价格可能远远不够低,华大智造、真迈、赛陆们再努努力。
第二,极低的存储成本。自不必多言了,那时候一个小姐姐的房间可能还放不下你一个样品的数据。
第三,极快的分析速度。同样,存储了还得算吧,这么海量的数据,要是算完都延毕两次了咋整...
最后的最后,HCA看上BioSkryb不会是因为他们加入折扣计划给的优惠太多了吧...
END
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相关资料:注1:https://www.bioskryb.com/news/bioskryb-partners-with-human-cell-atlas/注2:https://missionbio.com/press/genome-integrity-assay
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各位亲爱的股东们,大家早上好中午好晚上好。
话说,是不是得加个“突发!”....
#01
“辞任者”
2024年9月27日,燃石发布公告,公司董事会、首席财务官(CFO)Leo Li离任。
根据公司公告,“Li先生已经确认他的辞职是由于个人原因,而不是因为与董事会、公司或其任何关联方在公司运营、政策或实践的任何问题上存在分歧。”
“Li先生进一步确认,他没有对公司提出任何索赔,无论是关于费用、报酬还是因离职而产生的补偿。”
Leo Li 2019年加入燃石,2019Q3起任燃石CFO,2020Q1任燃石董事。
在加入Burning Rock Biotech Limited之前,他曾担任Weidai Ltd.(纽约证券交易所上市的中国领先的汽车支持融资解决方案提供商)的首席财务官。在加入wechat 之前,他曾担任远景骑士资本(Vision Knight Capital,简称VKC,专注于中国互联网驱动行业的私募股权基金)的投资董事和执行董事。加入VKC之前,他在Morgan Stanley Asia Limited 工作。他于2004年至2008年就读于牛津大学(University of Oxford),获得四年物理学硕士学位。他是特许金融分析师。
我们推测,Leo Li辞任CFO可能事发突然,并不是公司管理层计划好的权力交接。
作为CFO面子给足的表示,CEO 汉雨生也是面子同样给足。
“Leo Li先生在服务期间,尤其是在公司首次公开募股(IPO)和随后的业务发展项目中,为公司做出了重要贡献。”
那么,CFO的继任者会是谁呢?
#02
“继任者”
事实上,并没有继任者。
这也是我们推测本次CFO的离职事发突然的原因。
相关的工作由公司高级财务总监胡晓芝女士负责,但是并没有给CFO或者临时CFO的title。
这个原因有很多:
第一,管理层尚未就胡总监接任CFO达成共识;
第二,胡总监自己不愿意担任CFO;
第三,已经有了CFO人选,尚未到公布的时候...
我还能列出很多,都是胡乱猜测而已。
那么,胡晓芝女士是谁?
胡晓芝女士2014年加入燃石,汉雨生亲自在酒店.......大堂面试,是燃石创始员工之一。
按照时间推算,其实胡女士加入燃石时也就毕业才两年左右,十年时间就成为公司财务一把手(暂时)也是莫大机缘。
由此可见,跟对人很重要。
不过不管怎么说,燃石这次人事变动还是一件大事。
就...花街觉得这比较重要,截至撰稿时燃石股价下滑13.9%。
这里一个可能的原因是,最近燃石的董事会变动还不止这一个。
#03
“不止一个”
2024年9月4日,燃石宣布公司独立董事Min-Jui Richard Shen辞任。
Min-Jui Richard Shen 2020年6月加入燃石董事会。
随后,在2024年9月20日燃石宣布Licen Lisa Xu加入公司董事会,担任独立董事和审计委员会成员。
当然,独立董事的变动其实事并不大。
只是一个月内,两个董事辞任,多少让人有点浮想联翩。
#04
该担心吗?
说实话我并不知道。
从上一季度的财报来看,燃石是在向好的方向发展。
而且,在合规压力之下,燃石的自营入院路线无疑是一个非常正确的解。
另外,燃石也在拼命省成本...
2024年8月19日,燃石宣布由于伦敦交易所交易量低迷,再待在伦敦交易所就是浪费钱,所以想从伦敦交易所退市。
对,燃石还在伦敦交易所挂牌了。
话说,这个新闻的标题谁写的...乍一看以为燃石要退市了...
但是,反映在股价上就让人不那么开心了。
2024年5月,燃石刚通过更改ADS比率把股价维持到1美元以上才不到半年,这股价又奔着1美元去了。
哎,股东朋友们,你们怎么看?
当然,不管怎么看,都没香港某早筛上市公司精彩。
END
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相关资料:注1:https://brbiotech.gcs-web.com/news-releases/news-release-details/burning-rock-announces-changes-management-and-board-directors注2:https://tech.sina.cn/2020-07-07/detail-iirczymm1038535.d.html注3:http://mpacc.bus.sysu.edu.cn/mpacc/show-105-4066.html注4:https://www.flash-dx.com/leadership注5:https://brbiotech.gcs-web.com/news-releases/news-release-details/burning-rock-announces-ads-ratio-change-be-effective-may-15-2024
环球视野,深度视角
各位亲爱的股东们,大家早上好中午好晚上好。
我们的固定系列又上线了,原因无他,是我们的常驻嘉宾-印度又上榜了。
这次,是印度前十大制药公司-Zydus(国内一般被翻译为卡迪拉医药或卡迪拉医疗)。
为了节约大家的时间,我们将略过具体的违规,只选取离谱的部分,最后穿插一点上榜公司的背景知识。
2024年9月10日,美国药监局FDA向印度制药企业Zydus Lifesciences发出警告信。
信中,FDA披露了Zydus存在的诸多违规问题。
下面,我们就主要问题跟大家做下分享,让大家见识见识前十的印度制药公司。
#01
交叉污染问题
FDA发现,Zydus生产的盐酸维拉帕米注射液(Verapamil Hydrochloride Injection)存在交叉污染问题。
在大约3个月的时间里,Zydus 经历了多次交叉污染事件。
公司发现由于清洁不充分,至少有xx个后续其他药品批次在共享设备生产时受到了xx药品的交叉污染。
(这里的xx,是FDA给打的码)。
在制药公司里面,由于是批次生产,会存在不同产品共线的问题。
这时候就需要进行清洁、清场,避免交叉污染。
很显然,Zydus这个工厂没做到。
2024年7月2日,Zydus对两个剂型、4个批号的盐酸维拉帕米注射液进行了主动召回。
#02
玻璃碎渣问题
FDA发现在Zydus生产的维生素B12注射液中玻璃颗粒物超出限值,并且该公司并未进行根因分析。
此外,FDA发现,该公司的人工检查也是不充分的。
该公司的无法通过人工检出低于150um的玻璃颗粒,因此无法充分保证产品的质量。
根据《关于注射剂中可见异物研究进展》一文指出:“(异物)通常粒径或长度超过50 μm。这些异物可能对人体造成直接影响,引发静脉血管炎、血栓、过敏等症状。”
因此,在2024年6月27日,Zydus主动找回了1个型号3个批次的维生素B12注射液。
这里插一嘴,与大家认知的不同,注射剂于贴标之前均应进行目检,可以使用自动检测技术、半自动目检、人工目检进行检查。
也就是,如果仅仅使用人工检查,也是合规的。
只是,FDA质疑Zydus的检测不够充分,放行的产品不合格。
当然,这两个也只是FDA发现的问题的一部分,我们就不再赘述了。
#03
一点背景
Zydus成立于1952年,位于印度古吉拉特邦,目前拥有约26921名员工。
2024财年Zydus营收达到1954.74亿印度卢比,大约2.5亿美元吧。
对,你没看错,人家2024财年过完了。
该公司在印度孟买和纽交所都可以交易,属于上市公司。
公司产品涵盖皮肤科、感染、心血管、肿瘤等多个领域,拥有小分子和生物药全产业链。
只是,从FDA的表述上来看,我是没感觉Zydus的“尖端生产能力”在哪...
可能,这些产品都属于常规药品吧,不需要这么尖端...
Zydus虽然是家上市公司,但也是家家族企业。
FDA警告信的收件人是公司执行董事Sharvil P. Patel,巧了,他就是董事长Pankaj R. Patel之子。
这班没接上,信先接上了。
也许是要培养他跟FDA的关系刻意安排的吧,果然,印度人民对FDA那是相当的拿捏。
哦,别担心患者。
反正,没人投诉在产品中发现了玻璃。
也是,躺了病床上是不太容易发现打进血管的是玻璃还是药。
什么?你说医生护士为啥不投诉?
咱也不知道,也许真没有?就是FDA瞎扯?
不管你信不信,我先信了...毕竟美国多专业。
哦,对了,Zydus大约有50%的营收来自美国。
END
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相关资料:注1:https://www.fda.gov/inspections-compliance-enforcement-and-criminal-investigations/warning-letters/zydus-lifesciences-limited-685224-08292024注2:https://www.zyduslife.com/investor/
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