药物设计人员都在使用的权威免费药物-靶点相互作用数据库推荐

2022-08-18

小分子药物蛋白降解靶向嵌合体

点击蓝字关注我们药物与靶点之间的相互作用，是药物设计的基础，今天给大家推荐两个权威公开的药物-靶点相互作用数据库，话不多说，直接上干货：01BindingDB简介：BindingDB，全称为Bindind Database，是加州大学圣地亚哥分校 Michael K.Gilson实验室发布的一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库。BindingDB的数据来自相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays 数据和 ChEMBL 记录数据。亲和力数据来自多种测量技术，包括酶抑制活性和酶动力学、等温滴定量热法（isothermal titration calorimetry，ITC）、核磁共振（NMR）以及放射性配体竞争测定法等，数据的类型包括 Ki、IC50、Kd、EC50等。BindingDB 与 PDB、PubMed、DrugBank 等多个外部数据库网站进行整合，提供数据互访链接，同时其也是PDB数据库中受体-配体结合亲和力的数据来源之一。截至目前，BindingDB 收录了110万个化合物与8800个靶点之间的250万个相互作用数据。网址：www.bindingdb.org使用介绍：建议这段大家可以照着文章边看边操作。首先打开网址，之后，在首页输入框中，可以输入蛋白（靶点）名称，化合物名称，文章标题、作者等信息，然后点击Go搜索。图片来源：BindingDB网站截图假设我们现在想查看EGFR靶点相关的所有药物-靶点相互作用，我们输入EGFR，点击搜索，在搜索结果中，我们先点击Target，然后再点击egfr。图片来源：BindingDB网站截图随后就得到了我们想要的药物-靶点相互作用的值的界面，如下图，第一条数据是化合物CHEMBL4100860与靶点EGFR相互作用的Ki值，Ki值为0.0700nM，这条数据来自于ChEMBL，如果想看这个靶点或者这个化合物的其他信息，或者想查看这条数据的文章，可以点击红框中的链接，可以链接到PDB、KEGG、CHEMBL、PubMed等其他数据库，也可以切换查看其他的亲和力参数，有ec50、ic50、kd、Kon、Koff、pH、TEMP和kcal/mole。图片来源：BindingDB网站截图想查看这条数据的更详细些的信息，可以点击In Depth下的Details，这里展示靶点和配体的更全面的信息。图片来源：BindingDB网站截图02ChEMBL简介：ChEMBL数据库是欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）开发的大型的、开放访问的药物发现数据库，旨在收集药物研究和开发过程中的药物化学数据和知识。有关小分子及其生物活性的信息来自几种核心药物化学期刊的全文文章，并与已批准的药物和临床开发候选药物的数据(如作用机制和治疗适应症)相结合。生物活性数据还与其他数据库的数据进行交换，如PubChem BioAssay和BindingDB。CHEMBL数据库的当前版本是2022年2月更新的第30版，包含了215万多个不同的化合物和1万4千多个靶点。网址：www.ebi.ac.uk/chembl/使用介绍：ChEMBL数据库包含的信息维度较多，这里主要介绍药物-靶点相互作用的查询。这一部分还是建议大家打开网址，边看边操作。仍然以查看EGFR靶点相关的所有药物-靶点相互作用为例：打开网址，在输入框中输入EGFR，点击搜索。图片来源：ChEMBL网站截图先点击Targets，然后点击CHEMBL203，可以看到有两个名称都是Epidermal growth factor receptor erbB1的，他们的生物体不一样，一个是人类，一个是小鼠的，我们点击人类的进入下一个界面。图片来源：ChEMBL网站截图这个界面中，可以看到这个靶点的许多信息，包括名称、分类，该靶点对应的药物等许多信息，我们点击Activity Charts，进入到活性数据板块。图片来源：ChEMBL网站截图在这个板块，我们看到许多药物-靶点相互作用的数据，有IC50、Ki、Kd等等，这里还不是详细数据，而是数据统计，点击具体的色块进入到详细数据，比如想要查看IC50值，点击深绿色的色块进入到下一个界面。图片来源：ChEMBL网站截图这个页面，我们就可以看到具体的药物与靶点相互作用的数值了，左侧还有很多的筛选条件，可以根据自己的需要再进行进一步的筛选。图片来源：ChEMBL网站截图03对比最后从用户体验和数据内容这两个数据库进行下对比：用户体验：从数据库设计、布局、网站配色等方面来说，ChEMBL数据库是要远远强于BindingDB的，ChEMBL数据库更接近商业数据库的水准，而BindingDB相对还比较粗糙。数据内容：ChEMBL数据库提供的信息维度要大很多，对于靶点和药物信息，ChEMBL有非常充实的内容，基本上不用再到别的网站就可以了解到靶点或者药物的具体信息，而BindingDB主要收集了药物与靶点相互作用的数据，其他的数据就相对比较简单，想要了解药物或者靶点的其他信息还得到别的网站。但是，如果只想查看药物与靶点相互作用数据的话，BindingDB会更容易找到，而ChEMBL由于包含的内容太多，反而不那么好找。总结起来就是，BindingDB是只做药物与靶点相互作用数据，其他的都是附带的，而ChEMBL是想做很多的内容，而药物与靶点相互作用只是其中的一部分而已。不管怎样，这两个数据库都是免费的，并且都是权威机构在维护，相互之间还有数据互通，可信度高，可以溯源，为我们提供了很大的便捷。04结语本期的数据库推荐与介绍就到这里，如果对于数据库还有更多的疑问，欢迎加入到我们的交流群讨论，点击下方二维码，备注进生物讲堂交流区~扫码加群—END—联系我们，体验药融云更多专业服务会议合作园区服务数据库咨询定制服务媒体合作数据库咨询 | 琳琳 18983288589（微信同号）会议合作 | 赖老师 13550291524（微信同号）园区合作 | 周老师 18725665133（微信同号）定制服务 | 陈老师 18908392210（微信同号）媒体合作 | 小薇 18908208341（微信同号）点击阅读原文，申请药融云数据库免费试用！